Редагування РНК (англ. RNA editing, RNAe) — спрямована зміна окремих нуклеотидів у РНК після транскрипції; клітинні процеси, що ведуть до модифікації РНК, яка не пов'язана з послідовністю матриці ДНК (чи РНК), з якої зчитана модифікована РНК. Іншими словами, редагування РНК визначають як таку післятранскрипційну зміну РНК, яка не є сплайсингом, кепуванням, поліаденілюванням або деградацією. Результатом зміни нуклеотидів у РНК можуть бути зміни послідовності амінокислот і функції білка; поява чи зникнення сайтів сплайсингу мРНК; зміна послідовностей тРНК; відміна пригнічення трансляції за допомогою мікроРНК. Коливання рівня редагування РНК спостерігаються при деяких нервових захворюваннях, онкологічних та інфекційних патологіях.
![image](https://www.wikidata.uk-ua.nina.az/image/aHR0cHM6Ly93d3cud2lraWRhdGEudWstdWEubmluYS5hei9pbWFnZS9hSFIwY0hNNkx5OTFjR3h2WVdRdWQybHJhVzFsWkdsaExtOXlaeTkzYVd0cGNHVmthV0V2WTI5dGJXOXVjeTkwYUhWdFlpOWlMMkpsTDBwdmRYSnVZV3d1Y0c5dVpTNHdNRGd6TnprMkxtY3dNRGN1Y0c1bkx6UXdNSEI0TFVwdmRYSnVZV3d1Y0c5dVpTNHdNRGd6TnprMkxtY3dNRGN1Y0c1bi5wbmc=.png)
Редагування РНК характерне майже суто для евкаріотів, хоча в бактерій та архей виявлено декілька механізмів редагування тРНК. Різні групи евкаріотів мають різні механізми посттранскрипційної заміни нуклеотидів, що часто є унікальними для кожної групи.
Загальнобіологічне значення
Редагування РНК є механізмом посттранскрипційних змін РНК. Цей процес разом з альтернативним сплайсингом збільшує різноманіття білків, які кодуються в ДНК, а також дозволяє розширити функціональну активність некодуючих РНК. Існують різні оцінки поширення редагування РНК у природі, тому і внесок процесу в регуляцію роботи клітини оцінюється спеціалістами неоднозначно. Одразу після відкриття редагування сприймалося як рідкісне явище, характерне для протист і рослин. Натомість 2010 року американська дослідниця Мінг'яо Лі повідомила, що у ссавців редагування зазнають більше як 95 % транскриптів. Надалі така оцінка піддавалася критиці молекулярних біологів як перебільшення. До початку 2015 року у людини було надійно встановлено 115 сайтів редагування у мРНК за допомогою аденозин-дезаміназ, які призводили до заміни амінокислоти у білку, а також 53 сайти в мишей, тоді як дрозофіли мають 645 сайтів, а у нервовій системі кальмарів шляхом редагування РНК змінюються амінокислоти 60 % білків. Однак кількість виявлених випадків редагування РНК постійно зростає, особливо у регуляторних некодуючих ділянках РНК, що свідчить про непересічну роль механізму. Посилене редагування РНК у мозку та імунній системі ссавців вказує на те, що ця система регуляції роботи клітини забезпечує тонке налагодження процесів, пов'язаних із пам'яттю, навчанням, імунною відповіддю.
У рослин та грибів редагування РНК має адаптивне значення і призводить до виправлення помилок, які накопичуються в геномній ДНК ядра та органел.
Історія відкриття
![image](https://www.wikidata.uk-ua.nina.az/image/aHR0cHM6Ly93d3cud2lraWRhdGEudWstdWEubmluYS5hei9pbWFnZS9hSFIwY0hNNkx5OTFjR3h2WVdRdWQybHJhVzFsWkdsaExtOXlaeTkzYVd0cGNHVmthV0V2WTI5dGJXOXVjeTkwYUhWdFlpOHlMekl6TDFSeWVYQmhibTl6YjIxaFgzTndMbDlRU0VsTVh6WXhNMTlzYjNKbGN5NXFjR2N2TkRBd2NIZ3RWSEo1Y0dGdWIzTnZiV0ZmYzNBdVgxQklTVXhmTmpFelgyeHZjbVZ6TG1wd1p3PT0uanBn.jpg)
1986 року нідерландська група біохіміків під керівництвом професора Жака ван Бома з Лейденського університету опублікувала в журналі «Cell» дослідження мітохондріальних РНК одного з видів трипаносом. Дослідники повідомили, що білок цитохромоксидази II відрізняється від передбачуваного продукту свого гену, починаючи зі 170-го амінокислотного залишку. Оскільки цей ген є висококонсервативним між різними видами трипаносом, вчені припустили, що він є функціонально важливим. Виявилось, що мРНК, яка зчитується з цього гену, має 4 додатково вставлені урацилові нуклеотиди, що й зсувало триплетного коду. Нідерландські дослідники постулювали, що ці нуклеотиди вставляються після або під час транскрипції і є наслідком невідомого процесу, який вони назвали «редагуванням РНК».
Мітохондрії кінетопластид є унікальними органелами, тому дослідники були дуже обережними щодо екстраполяції свого відкриття на інші організми. Надалі виявилось, що більшість мітохондріальних мРНК трипаносом зазнають редагування зі вставлянням чи вилученням урацилів.
1987 року подібне явище було виявлено у людини. Група американських вчених із Техасу досліджувала білок аполіпопротеїн B, що існує у двох формах: ApoB-100 й ApoB-48. Перша ізоформа за амінокислотною послідовністю збігалася з теоретично передбаченою з нуклеотидів гену ApoB, тоді як інша, менша за розміром, хоча й мала антигенні властивості N-кінцевої ділянки першої, проте значно відрізнялася за функцією. Більша форма ApoB-100 синтезується в печінці й відповідає за обмін ліпідів, перебуваючи у складі ліпопротеїдів великої і низької щільності в плазмі крові. Менша форма ApoB-48 секретується клітинами тонкого кишківника. Аналіз мРНК у печінці й кишківнику виявив наявність повних транскриптів гену ApoB, але в кишківнику цитозин у 6457 положенні було замінено на урацил. Така заміна в цьому місці перетворювала кодон ЦАА, що кодує амінокислоту глутамін, на триплет УАА, що є одним зі стоп-кодонів. Це призводило до припинення трансляції білку й утворення вкороченої молекули ApoB-48. Автори дослідження не знали про роботу нідерландських біохіміків на трипаносомах, тому висунули гіпотезу про відкриття унікального механізму зміни транскрипції. Надалі було описано цілу систему дезамінування цитозинів у мРНК після транскрипції.
Наступним кроком, що склав цілісне уявлення про процес редагування РНК, стала опублікована 1991 року в журналі Cell наукова праця німецької групи нейробіологів із Гейдельберзького університету, які досліджували глутаматні рецептори. Електрофізіологічні експерименти довели, що існує два функціональних типи глутаматних рецепторів у мозку ссавців: одні, які пропускають лише іони натрію, та інші, проникні як для іонів натрію, так і для іонів кальцію. Селективність AMPA- і каїнатних глутаматних рецепторів забезпечується залишком аргініну або глутаміну в локусі на другому трансмембранному сегменті пептидного ланцюга. Дослідники виявили наявність як аргінінового, так і глутамінового кодону в мРНК глутаматних рецепторів, тоді як їхні гени містять лише триплети глутаміну. Заміна призводила до появи гуанінового нуклеотиду замість аденінового, тобто А змінювалося на Г. Відмінність між геномною ДНК і мРНК було пояснено саме явищем редагування РНК, до якого німецькі науковці вперше віднесли й нуклеотидні вставки в мітохондріях трипаносом, і появу стоп-кодону в аполіпопротеїні B. Це відкриття дало поштовх для дослідження системи аденіндезаміназ і всього розмаїття механізмів редагування РНК.
Аденозиндезамінази було відкрито наприкінці 1980-х років під час вивчення вірусів кору. Було доведено, що при персистуванні інфекції в мозку значна кількість вірусної РНК мала велику кількість замін У на Ц. Пізніше дослідники звернули увагу, що такі заміни відповідають мутаціям у РНК-матриці А на Г, і зіставили цей факт із можливою заміною А на І Надалі було доведено, що така реакція справді відбувається, здійснюється вона аденозиндезаміназою, що є інтерферон-залежною й дезамінує аденозини у дволанцюговій РНК (англ. DRADA, ds-RNA adenosine desaminase).
У рослин редагування РНК було вперше визначено у 1989 році в мітохондріях, а 1991 року в хлоропластах. Ген рибосомного білку L2 хлоропластів рису посівного та кукурудзи замість старт-кодону АУГ чи ГУГ, які кодують амінокислоту метіонін, мав триплет АЦГ (кодує треонін). Таким чином, трансляція білкового продукту була теоретично неможливою, оскільки синтез будь-якого білка починається з метіоніна, однак в реальності білок був виявлений в рибосомах хлоропластів. Німецькі дослідники припустили, що послідовність нуклеотидів у мРНК цього гену відрізняється від послідовності кільцевої ДНК хлоропласту, та дійсно виявили явище заміни Ц на У, яке призводило до появи старт-кодону.
Типи редагування
До відкриття нових сайтів редагування призводить накопичення інформації про послідовності ДНК і кДНК живих організмів. Усе кращі методи секвенування ДНК дозволяють отримати послідовність нуклеотидів, що містить мінімум помилок, а порівняння сиквенсу геномної ДНК і мРНК дає змогу знайти відмінності між цими послідовностями. У передгеномну еру такі відмінності пояснювали методичними помилками, але нові підходи «глибокого» багаторазового читання геномів і транскриптомів зводять можливі помилки до мінімуму. Таким чином, дослідження редагування РНК відбувається спочатку за результатами редагування в РНК, а вже потім вивчаються механізми таких редагувань. Тому для деяких типів редагування молекулярних систем досі не описано.
За якістю змін у послідовності РНК розрізняють такі типи редагування:
- вставки (інсерції) нуклеотидів
- видалення (делеції) нуклеотидів
- заміни нуклеотидів, що не призводять до зсуву рамки зчитування та не впливають на кількість нуклеотидів у РНК.
Найбільш поширеними серед усіх груп евкаріотичних організмів є саме нуклеотидні заміни:
- заміна А на І (або на Г) — найчастіше відбувається шляхом дезамінування аденозину (А) з утворенням інозину (І), нуклеозиду, який містить мінорну азотисту основу гіпоксантин, що розпізнається клітинними системами (трансляції, реплікації, репарації тощо) як гуанозин (Г); реакція здійснюється ферментами аденозин-дезаміназами
- заміна Ц на У — найчастіше відбувається шляхом дезамінування цитидину (Ц) з утворенням уридину (У); реакція здійснюється ферментами цитидиндезаміназами в тварин та PPR-білками в рослин
- заміни Г на А, У на Ц та деякі інші описано в літературі, але механізми для них поки що залишаються невідомими.
Системи редагування
![image](https://www.wikidata.uk-ua.nina.az/image/aHR0cHM6Ly93d3cud2lraWRhdGEudWstdWEubmluYS5hei9pbWFnZS9hSFIwY0hNNkx5OTFjR3h2WVdRdWQybHJhVzFsWkdsaExtOXlaeTkzYVd0cGNHVmthV0V2WTI5dGJXOXVjeTkwYUhWdFlpOWpMMk0wTDBGa1pXNXZjMmx1Ylc5dWIzQm9iM053YUdGMFgzQnliM1J2Ym1sbGNuUXVjM1puTHpFMU1IQjRMVUZrWlc1dmMybHViVzl1YjNCb2IzTndhR0YwWDNCeWIzUnZibWxsY25RdWMzWm5MbkJ1Wnc9PS5wbmc=.png)
![image](https://www.wikidata.uk-ua.nina.az/image/aHR0cHM6Ly93d3cud2lraWRhdGEudWstdWEubmluYS5hei9pbWFnZS9hSFIwY0hNNkx5OTFjR3h2WVdRdWQybHJhVzFsWkdsaExtOXlaeTkzYVd0cGNHVmthV0V2WTI5dGJXOXVjeTkwYUhWdFlpOWpMMk00TDBsdWIzTnBibWxqWDJGamFXUXVjRzVuTHpFMU1IQjRMVWx1YjNOcGJtbGpYMkZqYVdRdWNHNW4ucG5n.png)
![image](https://www.wikidata.uk-ua.nina.az/image/aHR0cHM6Ly93d3cud2lraWRhdGEudWstdWEubmluYS5hei9pbWFnZS9hSFIwY0hNNkx5OTFjR3h2WVdRdWQybHJhVzFsWkdsaExtOXlaeTkzYVd0cGNHVmthV0V2WTI5dGJXOXVjeTkwYUhWdFlpOHdMekJpTDBkMVlXNXZjMmx1Ylc5dWIzQm9iM053YUdGMFgzQnliM1J2Ym1sbGNuUXVjM1puTHpFMU1IQjRMVWQxWVc1dmMybHViVzl1YjNCb2IzTndhR0YwWDNCeWIzUnZibWxsY25RdWMzWm5MbkJ1Wnc9PS5wbmc=.png)
Редагування А на І
Аденозин-дезамінази РНК
![image](https://www.wikidata.uk-ua.nina.az/image/aHR0cHM6Ly93d3cud2lraWRhdGEudWstdWEubmluYS5hei9pbWFnZS9hSFIwY0hNNkx5OTFjR3h2WVdRdWQybHJhVzFsWkdsaExtOXlaeTkzYVd0cGNHVmthV0V2WTI5dGJXOXVjeTkwYUhWdFlpOWhMMkV6TDBGRVFWSmZaMjl0YjJ4dloza3VhbkJuTHpNd01IQjRMVUZFUVZKZloyOXRiMnh2WjNrdWFuQm4uanBn.jpg)
Аденозин-дезамінази РНК (ADAR) являють собою родину ферментів, які взаємодіють із дволанцюговою РНК, відщеплюють від аденозинового нуклеотиду NH2-групу та перетворюють його на інозин. За амінокислотною послідовністю й рентгенограмами білкових кристалів вони принципово відрізняються від інших аденозиндезаміназ (ADA), що відщеплюють аміногрупу від аденозинмонофосфату (АМФ). Деяку гомологію спостерігають між генами ADAR та цитозиндезаміназ, що може свідчити про їх походження від спільного гену-предка. Утворений внаслідок дезамінування нуклеотид інозин розпізнається системами трансляції, РНК-інтерференції, зворотної транскрипції та іншими молекулярними машинами, побудованими на принципі комплементарності, як гуанозин.
До родини аденозин-дезаміназ у ссавців належать 3 гени: ADAR1, ADAR2, ADAR3. Білок ADAR3 присутній лише в головному мозку, тоді як ADAR1 і ADAR2 наявні в усіх тканинах, хоча більше їх також у ЦНС. Аденозин-дезамінази діють у формі димерів. Кожен із білків ADAR має у своєму складі РНК-зв'язуючий домен, який містить іон цинку. Також в активному центрі ферменту є молекула (IP6).
Найбільшу кількість генів ADAR станом на 2018 рік мають реброплави, у геномі яких наявні 4 ізоформи аденозиндезаміназ. Ці ферменти є найбільш активними під час ембріогенезу.
Аденозин-дезамінази взаємодіють із первинними транскриптами, найчастіше — до сплайсингу РНК. Мішенню є дволанцюгова РНК, зазвичай — спарені нуклеотиди у шпильках. Невідомо, чи існують послідовності, що є сприятливими до редагування, але є відомості щодо специфічної третинної й четвертинної укладки молекули РНК, яку використовують аденозин-дезамінази. Редагування відбувається в пре-мРНК, первинних транскриптах мікроРНК, у транскриптах повторів (наприклад, ). Редагування призводить до замін амінокислот у білку, що синтезується з мРНК, до створення або ліквідації сайтів для сплайсингу чи до зміни активності мікроРНК.
Вкорочений сплайс-варіант ферменту ADAR1 і білок ADAR2 містяться в ядрі та експресуються постійно. Білок ADAR1 із повною послідовністю (p150, масою 150 кілодальтон) рухається з ядра до цитоплазми й назад. Для білку ADAR3 людини не доведено дезаміназної активності.
Редагування А на І може відбуватися для всіх транскриптів (Q/R сайт глутаматних рецепторів — понад 99,9 % транскриптів редагуються) або лише для частини з них, тоді як інші транскрипти залишаються нередагованими. Регуляція редагування здійснюється багатьма факторами: інтерфероном, транскрипційними кофакторами, збиранням субодиниць білка в димери тощо. ADAR2 саморегулюється через негативний зворотний зв'язок: надлишок білка починає редагувати пре-мРНК самого ADAR2, викликаючи появу додаткового сайту сплайсингу й утворення вкороченого нефункціонального ферменту.
Досліди з аденозин-дезаміназ довели, що вони є життєво важливими для ссавців. Миші з вимкненим ADAR1 гинули ще в ембріональний період розвитку через масову втрату нейронів апоптозом і порушення системи кровотворення. Миші, позбавлені ADAR2, помирали одразу після народження через епілептичну активність мозку. Проте заміна лише одного нуклеотиду А на Г у сайті гену GluR2, що кодує глутамін, надавала змогу нокаутним мишам жити без таких порушень.
Заміни А на І у грибів
У 2014 році у ядерному геномі трутовика лакованого було виявлено численні сайти редагування РНК, зокрема з заміною А на І, вперше серед вищих грибів. При цьому жодного ферменту, гомологічного білкам ADAR тварин, у геномі цього трутовика не виявлено. Втім, знайдено 3 гени, споріднені з дезаміназами родини ADAT, близькі до даких у дріжджів. Більшість замін спостерігалося в кодуючих послідовність білка ділянках ДНК.
Детальне вивчення редагування А на І у аскоміцетів роду Fusarium виявило їх роль у статевому розмноженні та спороутворенні. Зокрема редагування одного з нуклеотидів у псевдогені AMD прибирає стоп-кодон і відновлює синтез білка, який відповідає за дозрівання та відокремлення спор.
Редагування Ц на У
Цитидиндезамінази
![image](https://www.wikidata.uk-ua.nina.az/image/aHR0cHM6Ly93d3cud2lraWRhdGEudWstdWEubmluYS5hei9pbWFnZS9hSFIwY0hNNkx5OTFjR3h2WVdRdWQybHJhVzFsWkdsaExtOXlaeTkzYVd0cGNHVmthV0V2WTI5dGJXOXVjeTkwYUhWdFlpOWhMMkU1TDBSbGMyRnRhVzVwWlhKMWJtZERkRzlWTG5CdVp5OHlNREJ3ZUMxRVpYTmhiV2x1YVdWeWRXNW5RM1J2VlM1d2JtYz0ucG5n.png)
До родини цитидиндезаміназ належать білки AID/APOBEC, що здатні дезамінувати цитидин як у складі РНК, так і в ДНК. Головну роль у редагуванні РНК відіграє фермент APOBEC1. Якщо аденозиндезамінази взаємодіють із мРНК до чи під час сплайсингу, APOBEC1 редагує вже зрілі мРНК в ядрі. Для редагування необхідний білковий комплекс, до якого окрім APOBEC1 входить білок A1CF (apobec-1 complementation factor), допоміжний фактор APOBEC1 і ще деякі білки. Цей комплекс розпізнає ділянку РНК у 30-40 нуклеотидів, що утворює шпильку, причому цільовий цитозин міститься в «голівці» (неспареній ділянці) цієї шпильки. Білок A1CF виконує адапторну функцію, забезпечуючи контакт дезамінази з РНК. Комплекс розпізнає послідовність UUUN(A/U)U, яка має міститися далі за сайтом редагування та перетинається з якірною послідовністю, до якої приєднується молекула A1CF.
Від ступеня збігу цієї ділянки різних РНК з послідовністю мРНК ApoB залежить ефективність редагування конкретного цитидину.
На відміну від аденозиндезаміназ, у ссавців станом на 2013 рік було відомо лише чотири сайти редагування. Окрім транскрипту ApoB, редагується мРНК B-субодиниці сукцинатдегідрогенази мітохондрій у моноцитах людини, причому редагування активізується при гіпоксії, транскрипт гену фактору нейрофіброматозу NF1, і мРНК репресору трансляції NAT1. У всіх цих випадках редагування зі звичайного кодону, який відповідає амінокислоті, утворюються стоп-кодони, що призводить до синтезу вкороченої форми білка, яка може бути функціональною (як у ApoB) чи нефункціональною (при редагуванні NAT-1). Проте дослідження 2014 року виявило ще більше 50 подібних сайтів у кишківнику і печінці мишей.
У гіпокампі редагується гліциновий рецептор.
Заміни Ц на У в органелах вищих рослин
У мітохондріях і хлоропластах судинних рослин поширене редагування мРНК і тРНК. Найчастіше заміни Ц на У відбуваються в кодонах мРНК, причому характерне редагування першого чи другого нуклеотиду триплету, яке веде до заміни амінокислоти. У багатьох мітохондріях вищих рослин наявні до 300—500 сайтів для редагування РНК. Виявлено групу PPR-білків (англ. pentatricopeptide repeat), що відповідають за розпізнавання сайтів редагування. Родина цих білків у покритонасінних є однією з найбільших і містить від 400 до 600 білків, проти 10-20 у всіх інших евкаріотів, включно із зеленими водоростями.
Основною функцією такого редагування вважається не збільшення білкового різноманіття, а виправлення мутацій Т→Ц у геномі органел. Спостерігається тенденція до зниження числа сайтів редагування в органелах вищих покритонасінних порівняно з голонасінними та папоротеподібними. Це пояснюють зворотними мутаціями Ц→Т в ДНК мітохондрій та пластид.
Редагування У на Ц
![image](https://www.wikidata.uk-ua.nina.az/image/aHR0cHM6Ly93d3cud2lraWRhdGEudWstdWEubmluYS5hei9pbWFnZS9hSFIwY0hNNkx5OTFjR3h2WVdRdWQybHJhVzFsWkdsaExtOXlaeTkzYVd0cGNHVmthV0V2WTI5dGJXOXVjeTkwYUhWdFlpODNMemMyTDBsdWMyVnlkR2x2Ymw5MWF5NXdibWN2TkRBd2NIZ3RTVzV6WlhKMGFXOXVYM1ZyTG5CdVp3PT0ucG5n.png)
Процес, характерний здебільшого для мітохондрій і хлоропластів антоцеротовидних мохів та папоротей. Крім того, задокументовано подібні випадки у РНК-транскриптів, що кодують -подібні нейропептиди в амфібій, у гені WT1 ссавців, а також у мітохондріальній мРНК трихоплакса. Механізми такої заміни невідомі, але припускають, що вони можуть бути подібними до реакції, яка каталізується ферментом ссавців ЦТФ-синтазою, піридоксин-залежним ензимом, що відіграє ключову роль у метаболізмі нуклеотидів, переносячи аміногрупу з глутаміну до УТФ для синтезу ЦТФ.
Редагування РНК у протист
Вставки і видалення нуклеотидів у кінетопластид відбуваються майже в усіх мітохондріальних транскриптах. Видаляються і вставляються уридинові залишки з пре-мРНК, що регулюється короткими гідовими РНК, які є комплементарними до вже відредагованої мРНК. Особливий багатобілковий комплекс (едитосома) розрізає пре-мРНК і вставляє або видаляє уридини залежно від комплементарної послідовності гідової РНК.
Інший тип вставок нуклеотидів спостерігають у мітохондріях слизовика Physarum polycephalum. У цьому випадку редагування призводить до вставки додаткових цитозинів під час транскрипції.
Мішені редагування
Основна частина редагування РНК у тварин відбувається шляхом заміни А на І за участі аденозин-дезаміназ. Відомо лише 4 сайти в РНК для цитозин-дезаміназ. Редагування у тРНК досить різноманітне в різних групах організмів, але там теж переважає дезамінування аденіну.
Точкові заміни в екзонах
Станом на початок 2015 року у людини було надійно встановлено 115 сайтів редагування у мРНК за допомогою аденозин-дезаміназ, які призводили до заміни амінокислоти у білку, а також 53 сайти в мишей, тоді як дрозофіли мають 645 сайтів, джмелі близько 160, а в нервовій системі кальмарів шляхом редагування РНК змінюються амінокислоти 60 % білків.. Найбільший рівень редагування спостерігається у мРНК іонних каналів і рецепторів мозку, рецепторів імунної системи, білків цитоскелету, . Деякі дослідники вважають, що найбільш часто редагуються ті мРНК, які є довгими, а значить мають складнішу третинну структуру і більше шпильок.
Цікавим прикладом редагування є заміни А на І у мРНК калієвого каналу Kv1 восьминога. У восьми досліджених видів із тропічних та полярних океанічних вод рівень редагування цієї мРНК корелює зі зниженням температури. Замінена під час редагування амінокислота валін дає змогу каналу швидше інактивуватися, тому для досягнення нового потенціалу дії потрібно менше часу, що вигідно в умовах зниженої температури середовища.
Ген | Амінокислотна заміна | Функція білка | Тканина | Результат редагування |
---|---|---|---|---|
GluR2 (Gria2, GluR-B, AMPA2) | Q/R R/G | Глутаматний AMPA-рецептор з іонним каналом | мозок | Непроникність каналу для кальцію |
GluR3 | R/G | Глутаматний AMPA-рецептор з іонним каналом | мозок | Прискорене відновлення після |
GluR4 | R/G | Глутаматний AMPA-рецептор з іонним каналом | мозок | Прискорене відновлення після десенсетизації |
GluR5 (Grik1) | Q/R | Глутаматний каїнатний рецептор з іонним каналом | мозок | Непроникність каналу для кальцію |
GluR6 (Grik2) | Q/R I/V Y/C | Глутаматний каїнатний рецептор з іонним каналом | мозок | Зміна проникності для іонів |
KCNA1 | I/V | Потенціал-залежний калієвий канал | мозок | Уповільнена інактивація каналу |
Gabra3 | K/E | Рецептор ГАМК з іонним каналом | мозок, кишківник | Зміна спорідненості до ГАМК |
5HT2cR | I/V I/M N/S N/D N/G I/V | мозок | Змінене зв'язування із серотоніном, змінений транспорт рецептора | |
CyFIP2 | I/M | Регулятор полімеризації актину | всюди | ? |
FLNA | Q/R | Філамін А, взаємодіє з актином у розгалуженнях, місцях прикріплення рецепторів, при передачі сигналів | всюди, редагування активне у шлунково-кишковому тракті | можливий сплайсинг |
FLNB | Q/R | Філамін B, взаємодіє з актином у розгалуженнях, місцях прикріплення рецепторів, при передачі сигналів | всюди, редагування активне у шлунково-кишковому тракті | ? |
BLCAP | K/R Q/R Y/C | Зменшена активність при метастатичному раку сечового міхура та при інших пухлинах | сечовий міхур | ? |
IGFBP7 | K/R R/G | Інсуліновий рецептор, регуляція росту й міграції клітин гліоми | мозок, глія | змінює зв'язування з гепарином |
C1QL1 | T/A Q/R Q/R | Елемент системи комплементу | лімфоцити, макрофаги, клітини Пуркіньє мозочка | зміни олігомеризації білка |
HMCN1 | K/E | Білок позаклітинного матриксу | око | ? |
RSU1 | M/V | , міграції | ? | |
KCNMA1 | S/G | Кальційзалежний калієвий канал великої провідності | ? | |
KIF20B | K/R | Кінезиновий білок, транспорт по мікротрубках, цитокінез | всюди | ? |
ARFGAP2 | Q/R | Транспортний білок COPI (coat protein complex 1) | ? | |
CD6 | S/G | Поверхневий рецептор активації Т-лімфоцитів | Т-лімфоцити | ? |
GANAB | Q/R | Глюкозидаза, відрізає N-зв'язані глікани від білків | ? | |
OS9 | E/G | Глікопротеїн системи деградації, пов'язаної з ретикулумом | ? | |
NEIL1 | K/R | Специфічна до окиснювального пошкодження ендонуклеаза, ДНК-гликозилаза | всюди | зміна специфічності ферменту |
MEX3B | Q/R | Локалізований у P-тільцях білок, РНК-зв'язуючий, регуляція мРНК | ? | |
STRN4 (стріатин, зінедин) | R/G | Білок цитоскелету, кальмодулін-зв'язуючий білок, передача сигналу в нейронах | нейрони | ? |
BIN1 (амфіфізин II) | K/R | Пухлинний супресор, кардіоміопатія | мозок | ? |
SS18L1 | S/G | Кальційзалежний активатор транскрипції, необхідний для нормального росту й галуження дендритів у нейронах кори | нейрони кори головного мозку | ? |
CADPS | E/G | Кальційзалежний активатор секреції й екзоцитозу щільних везикул | ? | |
ATXN7 (атаксин 7) | K/R | Субодиниця ацетил-трансферази гістонів | мозок | ? |
TTLL3 | K/R | Представник родини подібних до тубулінових тирозин-лігаз білків, необхідний для роботи війок | кишківник | ? |
CCNI (циклін 1) | R/G | Антиапоптичний фактор, регулятор клітинного циклу | клітини одразу після мітозу | ? |
PTPRN2 | E/G | Тирозинова фосфатаза, трансмембранний білок у щільних секреторних везикулах у нейроендокринних клітинах, при діабеті І типу, бере участь у регуляції поведінки, тривалості життя, секреції нейромедіаторів | нейрони | ? |
AZIN1 | S/G | Інгібітор орнітин-декарбоксилази | підвищене редагування при раку печінки | |
PTK2 (тирозинова протеїн-кіназа 2) | T/A | Пов'язана з цитоскелетом протеїн-кіназа | ? | |
FBXL6 | Stop/W | Убіквітин-лігаза білка Tel (ETV6) | ? | |
CRB2 | T/A | Трансмембранний білок, бере участь у міжклітинних контактах | ? | |
TRO (трофінін) | S/G | Трансмембранний білок, білок клітинної адгезії, імплантація ембріону у ссавців | ? | |
ARL6IP4 | K/R | Гомолог фактору сплайсингу | ? | |
Elavl2 | I/V N/D | Нейрон-специфічний РНК-зв'язувальний білок, диференціація нейронів і синаптична пластичність | нейрони | ? |
Редагування повторів
У ссавців редагування шляхом дезамінування аденозину найчастіше трапляється в повторах, особливо в таких, що походять із транспозонів. У геномі приматів багато таких повторів мають Alu-елементи, що через мале внутрішнє різноманіття й високу комплементарність один до одного створюють подвійні ланцюги РНК у транскриптах. Такі дволанцюгові ділянки РНК є ідеальним місцем для зв'язування ферментів ADAR та вони часто зазнають множинного редагування А на І.
Більшість Alu-елементів, як й інших повторів, містяться в інтронах генів або в нетрансльованих екзонах, тому їх редагування не змінює послідовність амінокислот білка. Попри це, редагування може впливати на появу або зникнення сайтів сплайсингу. Зокрема, редагування А на І може створювати донорний (АТ на ІТ) або акцепторний (АА на АІ) сайт сплайсингу, змінювати ефективність сплайсингу за рахунок редагування енхансерної або інгібіторної послідовності на РНК, руйнувати акцепторний сайт сплайсингу (АГ на ІГ). Більшість же Alu-елементів зазнають масового редагування, що призводить до появи великого вмісту інозину в їх послідовностях. Є відомості, що частина таких багатих на інозин РНК руйнується в ядрі за допомогою спеціального інозин-чутливого білкового комплексу, хоча інші подібні РНК знайдено в цитоплазмі навіть у складі полісом.
МікроРНК
МікроРНК походять із пре-мікроРНК, що являє собою дволанцюгову РНК-шпильку. Тому вони також є звичайним субстратом для роботи аденозин-дезаміназ. Редагування може запобігти дозріванню мікроРНК, якщо відредаговано сайти для РНКаз Дроша (англ. Drosha) і Дайсер (англ. Dicer). Заміни А на І у посадковій послідовності мікроРНК, яка зв'язується із сайтом на цільовій мРНК і викликає блокування її трансляції, можуть призводити до зміни репертуару матричних РНК, на які діє конкретна нередагована мікроРНК. Це характерно, наприклад, до мікроРНК-376 у людини. Редагування також може змінювати самі сайти для мікроРНК на мРНК, що знов-таки змінює подальшу РНК-інтерференцію.
Транспортні РНК
Транспортні РНК мають цілий набір змінених нуклеотидів із мінорними азотистими основами у складі (таких нуклеотидів у тРНК зустрічається 79 типів). Редагування тРНК замінює нуклеотиди в антикодоні на канонічні плюс інозин. Такі заміни доведено для Acanthamoeba, , слизовиків, сумчастих, наземних рослин, равликів, восьминогів, лейшманій, бактерій. Наприклад, в опосума редагування антикодону «аспартатної» тРНК у мітохондріях призводить до її здатності приєднувати гліцин. Редагування створює також необхідні елементи для утворення вторинної, третинної і четвертинної структури тРНК, включаючи петлі й спарені нуклеотиди шпильок. Це здійснюється за рахунок як вставок/видалень, так і шляхом заміни нуклеотидів.
Для дезамінування аденозину в тРНК існує окрема підродина ферментів ADAT, аденозиндезаміназ транспортних РНК. Основні заміни відбуваються в антикодоні та акцепторній послідовності.
Найбільш щільне редагування тРНК відбувається в мітохондріях оніхофор. У них редагується до 50 % нуклеотидів.
Редагування РНК і патології
![image](https://www.wikidata.uk-ua.nina.az/image/aHR0cHM6Ly93d3cud2lraWRhdGEudWstdWEubmluYS5hei9pbWFnZS9hSFIwY0hNNkx5OTFjR3h2WVdRdWQybHJhVzFsWkdsaExtOXlaeTkzYVd0cGNHVmthV0V2WTI5dGJXOXVjeTkwYUhWdFlpODNMemM0TDFKT1FXVmZhVzVmVUhWaVRXVmtMbWRwWmk4ME1EQndlQzFTVGtGbFgybHVYMUIxWWsxbFpDNW5hV1k9LmdpZg==.gif)
Нервові захворювання
Активність редагування РНК у нервовій системі підвищена й відіграє важливу роль у її функціонуванні, тому ризики появи патологічних дефектів редагування тут більші за інші тканини. Змінене редагування РНК виявлено при деяких випадках депресії, шизофренії, епілепсії, суїцидальній поведінці, пріонних нейродегенеративних захворюваннях, аутосомній домінантній катапсії І типу, синдрому Прадера-Віллі, бічному аміотрофічному склерозі, хворобі Альцгеймера, хворобі Гантінгтона.
Під час бічного аміотрофічного склерозу спостерігається знижене редагування Q/R-сайту глутаматних рецепторів, що ймовірно призводить до підвищеного входу кальцію у нейрони та їх загибелі. Помилкове редагування доведено для цілого переліку захворювань нервової системи. Таким чином, ферменти ADAR є потенційними мішенями для лікування багатьох психічних і неврологічних порушень.
Онкологічні захворювання
Роль редагування РНК під час онкологічних захворюваннях є нез'ясованою. Вважається, що помилкова зміна нуклеотидів у мРНК і мікроРНК може призводити до інактивації пухлин або до активації .
Порушення редагування мРНК спостерігаються під час деяких типів раку. Загальний рівень редагування РНК зменшується, особливо при астроцитомах та гліомах. Під час виявлено неправильне редагування мРНК, що викликає неканонічний сплайсинг та утворення нефункціонального білку тирозинової кінази PTPN6. Під час досліджень раку молочної залози виявлено групу нових сайтів редагування мРНК, хоча ці сайти редагувалися і в нормальних клітинах.
Також виявлено вплив замін А на І у мікроРНК, наприклад, зменшення редагування мікроРНК-376 спостерігалося під час раку підшлункової залози, а мікроРНК-142 — під час лейкемії. Допоки незрозуміло, чи зміни редагування передують злоякісній трансформації клітин, чи навпаки — викликаються нею.
Інфекційні захворювання
Білки ADAR1 і APOBEC є активними регуляторами антивірусного імунітету. Вони активуються інтерфероном та здатні редагувати як РНК, так і ДНК вірусів, блокуючи їх розмноження ще з цитоплазми. Імовірно, аденозин-дезамінази є також супресорами антивірусної відповіді, тому деякі віруси здатні використовувати ADAR1 для блокування апоптозу й імунної відповіді, зокрема ВІЛ, вірус кору, вірус .
Редагування РНК і еволюція
![image](https://www.wikidata.uk-ua.nina.az/image/aHR0cHM6Ly93d3cud2lraWRhdGEudWstdWEubmluYS5hei9pbWFnZS9hSFIwY0hNNkx5OTFjR3h2WVdRdWQybHJhVzFsWkdsaExtOXlaeTkzYVd0cGNHVmthV0V2WTI5dGJXOXVjeTkwYUhWdFlpODVMemsxTDBGRVFWSmZkSEpsWlM1d2JtY3ZOREF3Y0hndFFVUkJVbDkwY21WbExuQnVadz09LnBuZw==.png)
Походження систем редагування РНК
Згідно із сучасними уявленнями, системи редагування РНК мають поліфілетичне походження..
Білки родин ADAR і AID/APOBEC, імовірно, походять від предкового білку з родини ADAT, який виконував функцію редагування тРНК. Інша гіпотеза передбачає їхнє походження від бактеріальних дезаміназ токсинів.
Білки PPR вищих рослин, імовірно, походять від спільних для всіх евкаріотів предкових генів, що розмножилися у геномі за рахунок множинних ретротранспозицій. 2010 року подібний до рослинного тип редагування у мітохондріях виявлено у протисти з типу Percolozoa. Залишається невідомим, чи є це прикладом горизонтального переносу генів, чи є спільність походження цієї системи.
Вставки уридинів, що спостерігаються у мітохондріях кінетопластид, властиві лише представникам цього класу, хоча схожі події у мітохондріальному транскриптомі описано у представника спорідненого класу диплонеміди Diplonema papillatum.
Еволюційне значення редагування РНК
Різноманітні системи редагування РНК виникали багаторазово в ході еволюції та існують у більшості відомих великих таксонів. Змінюючи інформацію, що надходить із ДНК, вони дозволяють на базі одного генотипу існувати великому розмаїттю функціональних білків. Редагування А на І у ссавців часто відбувається в консервативних сайтах білку, де повна заміна амінокислоти має летальний ефект. Проте часткове чи тканиноспецифічне редагування таких сайтів дозволяє існувати організмам, що мають у своєму складі такі видозмінені білки. При певних змінах умов навколишнього середовища отримані в такий спосіб варіанти ферментів можуть виявитися корисними. Крім того аналіз сайтів редагування А на І в дрозофіли та людини виявив сліди позитивного добору для цих сайтів, через що низка дослідників вважає це редагування адаптивним.
Російський історик науки Юрій Чайковський вважає процес редагування РНК та його виникнення центральним для розуміння біологічної еволюції нарівні з реплікацією, рекомбінацією та репарацією ДНК.
Особливістю ссавців є вища експресія ферментів редагування РНК у найбільш прогресивних системах органів: нервовій та імунній. Система аденозин-дезаміназ є дуже чутливою до зовнішніх впливів, тому може відігравати важливу роль в еволюції цих систем. Найбільший рівень редагування А на І у РНК серед хребетних характерний для людини. Alu-елементи людини й приматів мають дуже високий ступінь внутрішньої подібності порівняно з аналогічними повторами інших ссавців, тому їх транскрипти частіше утворюють дволанцюгові структури, придатні до редагування РНК. Разом із високою аденозин-дезаміназною активністю в мозку цей факт дає деяким дослідникам можливість припускати особливу роль редагування в еволюції людини.
Джерела
- Farajollahi, Sanaz and Maas, Stefan (2010). Molecular diversity through RNA editing: a balancing act. Trends in Genetics. Elsevier. 26 (5): 221—230.
- Gott JM, Emeson RB. Functions and mechanisms of RNA editing. Annu Rev Genet 2000;34:499-531. PubMed:11092837
- Gray, Michael W. (2012). Evolutionary Origin of RNA Editing. Biochemistry. 51 (26): 5235—5242. doi:10.1021/bi300419r.
- http://www.nature.com/news/2010/101105/full/news.2010.586.html
- Mingyao Li, Isabel X. Wang, Yun Li, Alan Bruzel, Allison L. Richards, Jonathan M. Toung, and Vivian G. Cheung (2011). Widespread RNA and DNA Sequence Differences in the Human Transcriptome. Science. 333 (6038): 53—58. doi:10.1126/science.1207018.
- Schrider DR, Gout J-F, Hahn MW (2011). Very Few RNA and DNA Sequence Differences in the Human Transcriptome. PLoS ONE. 6 (10). doi:10.1371/journal.pone.0025842.
{{}}
: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом () - Alon, Shahar; Garrett, Sandra C; Levanon, Erez Y; Olson, Sara; Graveley, Brenton R; Rosenthal, Joshua J C; Eisenberg, Eli (2015). The majority of transcripts in the squid nervous system are extensively recoded by A-to-I RNA editing. eLife. 4. doi:10.7554/eLife.05198. ISSN 2050-084X.
{{}}
: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом () - Pullirsch D, Jantsch MF (2010). Proteome diversification by adenosine to inosine RNA-editing. RNA Biol. 7: 1—8.
- Sun, Tao; Bentolila, Stephane; Hanson, Maureen R. (2016). The Unexpected Diversity of Plant Organelle RNA Editosomes. Trends in Plant Science. 21 (11): 962—973. doi:10.1016/j.tplants.2016.07.005. ISSN 1360-1385.
- http://www.research.leiden.edu/famous/boom.html
- Rob Benne, Janny Van Den Burg, Just P.J. Brakenhoff, Paul Sloof, Jacques H. Van Boom, Marijke C. Tromp, Major transcript of the frameshifted coxll gene from trypanosome mitochondria contains four nucleotides that are not encoded in the DNA, Cell, Volume 46, Issue 6, 12 September 1986, Pages 819—826, ISSN [https://portal.issn.org/resource/ISSN/0092-8674 0092-8674, http://dx.doi.org/10.1016/0092-8674(86)90063-2].
- Chen, SH and Habib, G and Yang, CY and Gu, ZW and Lee, BR and Weng, SA and Silberman and Cai, SJ and Deslypere, JP and Rosseneu, M and et, al. (1987). Apolipoprotein B-48 is the product of a messenger RNA with an organ-specific in-frame stop codon. Science. 238 (4825): 363—366. doi:10.1126/science.3659919.
- Bernd Sommer and Martin Köhler and Rolf Sprengel and Peter H. Seeburg (1991). RNA editing in brain controls a determinant of ion flow in glutamate-gated channels. Cell. 67 (1): 11—19. doi:10.1016/0092-8674(91)90568-J. ISSN 0092-8674.
- Cattaneo R, Schmid A, Eschle D, Baczko K, ter Meulen V, Billeter MA. Biased hypermutation and other genetic changes in defective measles viruses in human brain infections. Cell. 1988 Oct 21;55(2):255-265.
- Bass BL, Weintraub H, Cattaneo R, Billeter MA (1989) Biased hypermutation of viral RNA genomes could be due to unwinding/modification of double-stranded RNA. Cell 56: 331
- Weier, H. U. G., George, C. X., Greulich, K. M., & Samuel, C. E. (1995). The interferon-inducible, double-stranded RNA-specific adenosine deaminase gene (DSRAD) maps to human chromosome 1q21. 1-21.2. Genomics, 30(2), 372—375.
- Gualberto, José M.; Lamattina, Lorenzo; Bonnard, Géraldine; Weil, Jacques-Henry; Grienenberger, Jean-Michel (1989). RNA editing in wheat mitochondria results in the conservation of protein sequences. Nature. 341 (6243): 660—662. doi:10.1038/341660a0. ISSN 0028-0836.
- Hoch, Brigrtte; Maier, Rainer M.; Appel, Kurt; Igloi, Gabor L.; Kössel, Hans (1991). Editing of a chloroplast mRNA by creation of an initiation codon. Nature. 353 (6340): 178—180. doi:10.1038/353178a0. ISSN 0028-0836.
- Willemijn M. Gommans, Dylan E. Dupuis, Jill E. McCane, Nicholas E. Tatalias, Stefan Maas (2008), Diversifying Exon Code through A-to-I RNA Editing, у Smith, H. (ред.), DNA RNA Editing, Wiley & Sons, Inc, с. 3—30
- Moroz, Leonid L.; Kocot, Kevin M.; Citarella, Mathew R.; Dosung, Sohn; Norekian, Tigran P.; Povolotskaya, Inna S.; Grigorenko, Anastasia P.; Dailey, Christopher; Berezikov, Eugene; Buckley, Katherine M.; Ptitsyn, Andrey; Reshetov, Denis; Mukherjee, Krishanu; Moroz, Tatiana P.; Bobkova, Yelena; Yu, Fahong; Kapitonov, Vladimir V.; Jurka, Jerzy; Bobkov, Yuri V.; Swore, Joshua J.; Girardo, David O.; Fodor, Alexander; Gusev, Fedor; Sanford, Rachel; Bruders, Rebecca; Kittler, Ellen; Mills, Claudia E.; Rast, Jonathan P.; Derelle, Romain; Solovyev, Victor V.; Kondrashov, Fyodor A.; Swalla, Billie J.; Sweedler, Jonathan V.; Rogaev, Evgeny I.; Halanych, Kenneth M.; Kohn, Andrea B. (2014). The ctenophore genome and the evolutionary origins of neural systems. Nature. 510 (7503): 109—114. doi:10.1038/nature13400. ISSN 0028-0836.
- Zhu, Yingjie; Luo, Hongmei; Zhang, Xin; Song, Jingyuan; Sun, Chao; Ji, Aijia; Xu, Jiang; Chen, Shilin (2014). Abundant and Selective RNA-Editing Events in the Medicinal Mushroom Ganoderma lucidum. Genetics. 196 (4): 1047—1057. doi:10.1534/genetics.114.161414. ISSN 0016-6731.
- Cao, Shulin; He, Yi; Hao, Chaofeng; Xu, Yan; Zhang, Hongchang; Wang, Chenfang; Liu, Huiquan; Xu, Jin-Rong (2017). RNA editing of the AMD1 gene is important for ascus maturation and ascospore discharge in Fusarium graminearum. Scientific Reports. 7 (1). doi:10.1038/s41598-017-04960-7. ISSN 2045-2322.
- Baysal, Bora E. and De Jong, Kitty and Liu, Biao and Wang, Jianmin and Patnaik, Santosh K. and Wallace, Paul K. and Taggart, Robert T. (9 2013). Hypoxia-inducible C-to-U coding RNA editing downregulates SDHB in monocytes,. doi:10.7717/peerj.152.
{{}}
: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом () - Gary R. Skuse,; Amedeo J. Cappione, Mark Sowden, Linda J. Metheny, and Harold C. Smith (1996). The Neurofibromatosis Type I Messenger RNA Undergoes Base-Modification RNA Editing. Nucl. Acids Res. 24 (3): 478—486. doi:10.1093/nar/24.3.478.
- S Yamanaka; K S Poksay, K S Arnold, and T L Innerarity (1 лютого 1997). A novel translational repressor mRNA is edited extensively in livers containing tumors caused by the transgene expression of the apoB mRNA-editing enzyme. Genes Dev. 11: 321—333. doi:10.1101/gad.11.3.321.
- Valerie Blanc, Eddie Park, Sabine Schaefer, Melanie Miller, Yiing Lin, Susan Kennedy, Anja M. Billing, Hisham Ben Hamidane, Johannes Graumann, Ali Mortazavi, Joseph H. Nadeau & Nicholas O. Davidson (2014). Genome-wide identification and functional analysis of Apobec-1-mediated C-to-U RNA editing in mouse small intestine and liver. [en]. 15 (6): R79. doi:10.1186/gb-2014-15-6-r79. PMID 24946870.
{{}}
: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом () - Schaefermeier, Philipp; Heinze, Sarah (2017). Hippocampal Characteristics and Invariant Sequence Elements Distribution of GLRA2 and GLRA3 C-to-U Editing. Molecular Syndromology. 8 (2): 85—92. doi:10.1159/000453300. ISSN 1661-8769.
- Porath, Hagit T.; Hazan, Esther; Shpigler, Hagai; Cohen, Mira; Band, Mark; Ben-Shahar, Yehuda; Levanon, Erez Y.; Eisenberg, Eli; Bloch, Guy (2019). RNA editing is abundant and correlates with task performance in a social bumblebee. Nature Communications. 10 (1). doi:10.1038/s41467-019-09543-w. ISSN 2041-1723.(англ.)
- Garrett S.; Rosenthal J. J. C. (2012). RNA Editing Underlies Temperature Adaptation in K+ Channels from Polar Octopuses. Science. 335 (6070): 848—851. doi:10.1126/science.1212795. ISSN 0036-8075.
- Tanaka, Masaki; Watanabe, Yoshihisa (2020). RNA Editing of Serotonin 2C Receptor and Alcohol Intake. Frontiers in Neuroscience. 13. doi:10.3389/fnins.2019.01390. ISSN 1662-453X.
{{}}
: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()(англ.) - Börner, GV and Mörl, M and Janke, Axel and Pääbo, S (1996). RNA editing changes the identity of a mitochondrial tRNA in marsupials. The EMBO journal. Nature Publishing Group. 15 (21): 5949.
- Segovia R.; Pett, W.; Trewick, S.; Lavrov, D. V. (2011). Extensive and Evolutionarily Persistent Mitochondrial tRNA Editing in Velvet Worms (Phylum Onychophora). Molecular Biology and Evolution. 28 (10): 2873—2881. doi:10.1093/molbev/msr113. ISSN 0737-4038.
- Gommans Willemijn M., Mullen Sean P., Maas Stefan (2009). RNA editing: a driving force for adaptive evolution?. BioEssays. 31 (10): 1137—1145. doi:10.1002/bies.200900045. ISSN 0265-9247.
- Gallach, Miguel; von Haeseler, Arndt; Jantsch, Michael; Eisenberg, Eli; Buchumenski, Ilana; Huber, Christian D; Popitsch, Niko; Eyre-Walker, Adam (2020). A-to-I RNA Editing Uncovers Hidden Signals of Adaptive Genome Evolution in Animals. Genome Biology and Evolution. 12 (4): 345—357. doi:10.1093/gbe/evaa046. ISSN 1759-6653.(англ.)
- Ю. В. Чайковский (2003). Эволюция. М: Товарищество КМК.
Література
Україномовна
- А. В. Сиволоб (2008). Молекулярна біологія (PDF). К: Видавничо-поліграфічний центр «Київський університет». с. 194.
- Л. Калачнюк, О. Савка, Д. Мельничук, Г. Калачнюк (2004). (PDF). Вісник Львівського університету. Серія біологічна (українська) . 38: 57—66. Архів оригіналу (PDF) за 9 листопада 2013.
- Мітч Леслі (10 січня 2012). Модифікація РНК для адаптації. Український науковий клуб. Архів оригіналу за 10 січня 2014.
- Сергєєв, Олександр. МікроРНК теж піддаються редагуванню. Наука. Технология. Архів оригіналу за 10 січня 2014.
Англомовна
- Farajollahi, Sanaz and Maas, Stefan (2010). Molecular diversity through RNA editing: a balancing act. Trends in Genetics. Elsevier. 26 (5): 221—230.
- Licht, Konstantin; Jantsch, Michael F. (2016). Rapid and dynamic transcriptome regulation by RNA editing and RNA modifications. The Journal of Cell Biology. 213 (1): 15—22. doi:10.1083/jcb.201511041. ISSN 0021-9525.
Посилання
- (англ.)
- DARNED (DAtabase of RNa EDiting in humans, mice and flies). База даних з редагування РНК у людини, мишей і мух(англ.)
- (англ.)
- (англ.)
Ця стаття належить до Української Вікіпедії. |
Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет
Ne plutati z redaguvannyam genoma metodom genetichnoyi inzheneriyi Redaguvannya RNK angl RNA editing RNAe spryamovana zmina okremih nukleotidiv u RNK pislya transkripciyi klitinni procesi sho vedut do modifikaciyi RNK yaka ne pov yazana z poslidovnistyu matrici DNK chi RNK z yakoyi zchitana modifikovana RNK Inshimi slovami redaguvannya RNK viznachayut yak taku pislyatranskripcijnu zminu RNK yaka ne ye splajsingom kepuvannyam poliadenilyuvannyam abo degradaciyeyu Rezultatom zmini nukleotidiv u RNK mozhut buti zmini poslidovnosti aminokislot i funkciyi bilka poyava chi zniknennya sajtiv splajsingu mRNK zmina poslidovnostej tRNK vidmina prignichennya translyaciyi za dopomogoyu mikroRNK Kolivannya rivnya redaguvannya RNK sposterigayutsya pri deyakih nervovih zahvoryuvannyah onkologichnih ta infekcijnih patologiyah Vzayemodiya ribonukleoproteyidu RNP editosomi E i ribosomi pid chas redaguvannya RNK u mitohondriyah kinetoplastid Redaguvannya RNK harakterne majzhe suto dlya evkariotiv hocha v bakterij ta arhej viyavleno dekilka mehanizmiv redaguvannya tRNK Rizni grupi evkariotiv mayut rizni mehanizmi posttranskripcijnoyi zamini nukleotidiv sho chasto ye unikalnimi dlya kozhnoyi grupi Zagalnobiologichne znachennyaRedaguvannya RNK ye mehanizmom posttranskripcijnih zmin RNK Cej proces razom z alternativnim splajsingom zbilshuye riznomanittya bilkiv yaki koduyutsya v DNK a takozh dozvolyaye rozshiriti funkcionalnu aktivnist nekoduyuchih RNK Isnuyut rizni ocinki poshirennya redaguvannya RNK u prirodi tomu i vnesok procesu v regulyaciyu roboti klitini ocinyuyetsya specialistami neodnoznachno Odrazu pislya vidkrittya redaguvannya sprijmalosya yak ridkisne yavishe harakterne dlya protist i roslin Natomist 2010 roku amerikanska doslidnicya Ming yao Li povidomila sho u ssavciv redaguvannya zaznayut bilshe yak 95 transkriptiv Nadali taka ocinka piddavalasya kritici molekulyarnih biologiv yak perebilshennya Do pochatku 2015 roku u lyudini bulo nadijno vstanovleno 115 sajtiv redaguvannya u mRNK za dopomogoyu adenozin dezaminaz yaki prizvodili do zamini aminokisloti u bilku a takozh 53 sajti v mishej todi yak drozofili mayut 645 sajtiv a u nervovij sistemi kalmariv shlyahom redaguvannya RNK zminyuyutsya aminokisloti 60 bilkiv Odnak kilkist viyavlenih vipadkiv redaguvannya RNK postijno zrostaye osoblivo u regulyatornih nekoduyuchih dilyankah RNK sho svidchit pro neperesichnu rol mehanizmu Posilene redaguvannya RNK u mozku ta imunnij sistemi ssavciv vkazuye na te sho cya sistema regulyaciyi roboti klitini zabezpechuye tonke nalagodzhennya procesiv pov yazanih iz pam yattyu navchannyam imunnoyu vidpoviddyu U roslin ta gribiv redaguvannya RNK maye adaptivne znachennya i prizvodit do vipravlennya pomilok yaki nakopichuyutsya v genomnij DNK yadra ta organel Istoriya vidkrittyaTripanosomi pershi organizmi v yakih viyavleno redaguvannya RNK 1986 roku niderlandska grupa biohimikiv pid kerivnictvom profesora Zhaka van Boma z Lejdenskogo universitetu opublikuvala v zhurnali Cell doslidzhennya mitohondrialnih RNK odnogo z vidiv tripanosom Doslidniki povidomili sho bilok citohromoksidazi II vidriznyayetsya vid peredbachuvanogo produktu svogo genu pochinayuchi zi 170 go aminokislotnogo zalishku Oskilki cej gen ye visokokonservativnim mizh riznimi vidami tripanosom vcheni pripustili sho vin ye funkcionalno vazhlivim Viyavilos sho mRNK yaka zchituyetsya z cogo genu maye 4 dodatkovo vstavleni uracilovi nukleotidi sho j zsuvalo tripletnogo kodu Niderlandski doslidniki postulyuvali sho ci nukleotidi vstavlyayutsya pislya abo pid chas transkripciyi i ye naslidkom nevidomogo procesu yakij voni nazvali redaguvannyam RNK Mitohondriyi kinetoplastid ye unikalnimi organelami tomu doslidniki buli duzhe oberezhnimi shodo ekstrapolyaciyi svogo vidkrittya na inshi organizmi Nadali viyavilos sho bilshist mitohondrialnih mRNK tripanosom zaznayut redaguvannya zi vstavlyannyam chi viluchennyam uraciliv 1987 roku podibne yavishe bulo viyavleno u lyudini Grupa amerikanskih vchenih iz Tehasu doslidzhuvala bilok apolipoproteyin B sho isnuye u dvoh formah ApoB 100 j ApoB 48 Persha izoforma za aminokislotnoyu poslidovnistyu zbigalasya z teoretichno peredbachenoyu z nukleotidiv genu ApoB todi yak insha mensha za rozmirom hocha j mala antigenni vlastivosti N kincevoyi dilyanki pershoyi prote znachno vidriznyalasya za funkciyeyu Bilsha forma ApoB 100 sintezuyetsya v pechinci j vidpovidaye za obmin lipidiv perebuvayuchi u skladi lipoproteyidiv velikoyi i nizkoyi shilnosti v plazmi krovi Mensha forma ApoB 48 sekretuyetsya klitinami tonkogo kishkivnika Analiz mRNK u pechinci j kishkivniku viyaviv nayavnist povnih transkriptiv genu ApoB ale v kishkivniku citozin u 6457 polozhenni bulo zamineno na uracil Taka zamina v comu misci peretvoryuvala kodon CAA sho koduye aminokislotu glutamin na triplet UAA sho ye odnim zi stop kodoniv Ce prizvodilo do pripinennya translyaciyi bilku j utvorennya vkorochenoyi molekuli ApoB 48 Avtori doslidzhennya ne znali pro robotu niderlandskih biohimikiv na tripanosomah tomu visunuli gipotezu pro vidkrittya unikalnogo mehanizmu zmini transkripciyi Nadali bulo opisano cilu sistemu dezaminuvannya citoziniv u mRNK pislya transkripciyi Nastupnim krokom sho sklav cilisne uyavlennya pro proces redaguvannya RNK stala opublikovana 1991 roku v zhurnali Cell naukova pracya nimeckoyi grupi nejrobiologiv iz Gejdelberzkogo universitetu yaki doslidzhuvali glutamatni receptori Elektrofiziologichni eksperimenti doveli sho isnuye dva funkcionalnih tipi glutamatnih receptoriv u mozku ssavciv odni yaki propuskayut lishe ioni natriyu ta inshi pronikni yak dlya ioniv natriyu tak i dlya ioniv kalciyu Selektivnist AMPA i kayinatnih glutamatnih receptoriv zabezpechuyetsya zalishkom argininu abo glutaminu v lokusi na drugomu transmembrannomu segmenti peptidnogo lancyuga Doslidniki viyavili nayavnist yak argininovogo tak i glutaminovogo kodonu v mRNK glutamatnih receptoriv todi yak yihni geni mistyat lishe tripleti glutaminu Zamina prizvodila do poyavi guaninovogo nukleotidu zamist adeninovogo tobto A zminyuvalosya na G Vidminnist mizh genomnoyu DNK i mRNK bulo poyasneno same yavishem redaguvannya RNK do yakogo nimecki naukovci vpershe vidnesli j nukleotidni vstavki v mitohondriyah tripanosom i poyavu stop kodonu v apolipoproteyini B Ce vidkrittya dalo poshtovh dlya doslidzhennya sistemi adenindezaminaz i vsogo rozmayittya mehanizmiv redaguvannya RNK Adenozindezaminazi bulo vidkrito naprikinci 1980 h rokiv pid chas vivchennya virusiv koru Bulo dovedeno sho pri persistuvanni infekciyi v mozku znachna kilkist virusnoyi RNK mala veliku kilkist zamin U na C Piznishe doslidniki zvernuli uvagu sho taki zamini vidpovidayut mutaciyam u RNK matrici A na G i zistavili cej fakt iz mozhlivoyu zaminoyu A na I Nadali bulo dovedeno sho taka reakciya spravdi vidbuvayetsya zdijsnyuyetsya vona adenozindezaminazoyu sho ye interferon zalezhnoyu j dezaminuye adenozini u dvolancyugovij RNK angl DRADA ds RNA adenosine desaminase U roslin redaguvannya RNK bulo vpershe viznacheno u 1989 roci v mitohondriyah a 1991 roku v hloroplastah Gen ribosomnogo bilku L2 hloroplastiv risu posivnogo ta kukurudzi zamist start kodonu AUG chi GUG yaki koduyut aminokislotu metionin mav triplet ACG koduye treonin Takim chinom translyaciya bilkovogo produktu bula teoretichno nemozhlivoyu oskilki sintez bud yakogo bilka pochinayetsya z metionina odnak v realnosti bilok buv viyavlenij v ribosomah hloroplastiv Nimecki doslidniki pripustili sho poslidovnist nukleotidiv u mRNK cogo genu vidriznyayetsya vid poslidovnosti kilcevoyi DNK hloroplastu ta dijsno viyavili yavishe zamini C na U yake prizvodilo do poyavi start kodonu Tipi redaguvannyaDo vidkrittya novih sajtiv redaguvannya prizvodit nakopichennya informaciyi pro poslidovnosti DNK i kDNK zhivih organizmiv Use krashi metodi sekvenuvannya DNK dozvolyayut otrimati poslidovnist nukleotidiv sho mistit minimum pomilok a porivnyannya sikvensu genomnoyi DNK i mRNK daye zmogu znajti vidminnosti mizh cimi poslidovnostyami U peredgenomnu eru taki vidminnosti poyasnyuvali metodichnimi pomilkami ale novi pidhodi glibokogo bagatorazovogo chitannya genomiv i transkriptomiv zvodyat mozhlivi pomilki do minimumu Takim chinom doslidzhennya redaguvannya RNK vidbuvayetsya spochatku za rezultatami redaguvannya v RNK a vzhe potim vivchayutsya mehanizmi takih redaguvan Tomu dlya deyakih tipiv redaguvannya molekulyarnih sistem dosi ne opisano Za yakistyu zmin u poslidovnosti RNK rozriznyayut taki tipi redaguvannya vstavki inserciyi nukleotidiv vidalennya deleciyi nukleotidiv zamini nukleotidiv sho ne prizvodyat do zsuvu ramki zchituvannya ta ne vplivayut na kilkist nukleotidiv u RNK Najbilsh poshirenimi sered usih grup evkariotichnih organizmiv ye same nukleotidni zamini zamina A na I abo na G najchastishe vidbuvayetsya shlyahom dezaminuvannya adenozinu A z utvorennyam inozinu I nukleozidu yakij mistit minornu azotistu osnovu gipoksantin sho rozpiznayetsya klitinnimi sistemami translyaciyi replikaciyi reparaciyi tosho yak guanozin G reakciya zdijsnyuyetsya fermentami adenozin dezaminazami zamina C na U najchastishe vidbuvayetsya shlyahom dezaminuvannya citidinu C z utvorennyam uridinu U reakciya zdijsnyuyetsya fermentami citidindezaminazami v tvarin ta PPR bilkami v roslin zamini G na A U na C ta deyaki inshi opisano v literaturi ale mehanizmi dlya nih poki sho zalishayutsya nevidomimi Sistemi redaguvannyaAdenozinmonofosfat Inozinmonofosfat Guanozinmonofosfat Redaguvannya A na I Adenozin dezaminazi RNK Dokladnishe Adenozin dezaminazi RNK Rozmayittya struktura j gomologiya geniv rodini ADAR Dezaminaznij domen fioletovij RNK zv yazuyuchij domen zhovtogaryachij Z DNK zv yazuyuchij domen ADAR1 zelenij Pokazano geni lyudini kalmara drozofili nematodi gidri a takozh ADAT lyudini j drozofili Adenozin dezaminazi RNK ADAR yavlyayut soboyu rodinu fermentiv yaki vzayemodiyut iz dvolancyugovoyu RNK vidsheplyuyut vid adenozinovogo nukleotidu NH2 grupu ta peretvoryuyut jogo na inozin Za aminokislotnoyu poslidovnistyu j rentgenogramami bilkovih kristaliv voni principovo vidriznyayutsya vid inshih adenozindezaminaz ADA sho vidsheplyuyut aminogrupu vid adenozinmonofosfatu AMF Deyaku gomologiyu sposterigayut mizh genami ADAR ta citozindezaminaz sho mozhe svidchiti pro yih pohodzhennya vid spilnogo genu predka Utvorenij vnaslidok dezaminuvannya nukleotid inozin rozpiznayetsya sistemami translyaciyi RNK interferenciyi zvorotnoyi transkripciyi ta inshimi molekulyarnimi mashinami pobudovanimi na principi komplementarnosti yak guanozin Do rodini adenozin dezaminaz u ssavciv nalezhat 3 geni ADAR1 ADAR2 ADAR3 Bilok ADAR3 prisutnij lishe v golovnomu mozku todi yak ADAR1 i ADAR2 nayavni v usih tkaninah hocha bilshe yih takozh u CNS Adenozin dezaminazi diyut u formi dimeriv Kozhen iz bilkiv ADAR maye u svoyemu skladi RNK zv yazuyuchij domen yakij mistit ion cinku Takozh v aktivnomu centri fermentu ye molekula IP6 Najbilshu kilkist geniv ADAR stanom na 2018 rik mayut rebroplavi u genomi yakih nayavni 4 izoformi adenozindezaminaz Ci fermenti ye najbilsh aktivnimi pid chas embriogenezu Adenozin dezaminazi vzayemodiyut iz pervinnimi transkriptami najchastishe do splajsingu RNK Mishennyu ye dvolancyugova RNK zazvichaj spareni nukleotidi u shpilkah Nevidomo chi isnuyut poslidovnosti sho ye spriyatlivimi do redaguvannya ale ye vidomosti shodo specifichnoyi tretinnoyi j chetvertinnoyi ukladki molekuli RNK yaku vikoristovuyut adenozin dezaminazi Redaguvannya vidbuvayetsya v pre mRNK pervinnih transkriptah mikroRNK u transkriptah povtoriv napriklad Redaguvannya prizvodit do zamin aminokislot u bilku sho sintezuyetsya z mRNK do stvorennya abo likvidaciyi sajtiv dlya splajsingu chi do zmini aktivnosti mikroRNK Vkorochenij splajs variant fermentu ADAR1 i bilok ADAR2 mistyatsya v yadri ta ekspresuyutsya postijno Bilok ADAR1 iz povnoyu poslidovnistyu p150 masoyu 150 kilodalton ruhayetsya z yadra do citoplazmi j nazad Dlya bilku ADAR3 lyudini ne dovedeno dezaminaznoyi aktivnosti Redaguvannya A na I mozhe vidbuvatisya dlya vsih transkriptiv Q R sajt glutamatnih receptoriv ponad 99 9 transkriptiv redaguyutsya abo lishe dlya chastini z nih todi yak inshi transkripti zalishayutsya neredagovanimi Regulyaciya redaguvannya zdijsnyuyetsya bagatma faktorami interferonom transkripcijnimi kofaktorami zbirannyam subodinic bilka v dimeri tosho ADAR2 samoregulyuyetsya cherez negativnij zvorotnij zv yazok nadlishok bilka pochinaye redaguvati pre mRNK samogo ADAR2 viklikayuchi poyavu dodatkovogo sajtu splajsingu j utvorennya vkorochenogo nefunkcionalnogo fermentu Doslidi z adenozin dezaminaz doveli sho voni ye zhittyevo vazhlivimi dlya ssavciv Mishi z vimknenim ADAR1 ginuli she v embrionalnij period rozvitku cherez masovu vtratu nejroniv apoptozom i porushennya sistemi krovotvorennya Mishi pozbavleni ADAR2 pomirali odrazu pislya narodzhennya cherez epileptichnu aktivnist mozku Prote zamina lishe odnogo nukleotidu A na G u sajti genu GluR2 sho koduye glutamin nadavala zmogu nokautnim misham zhiti bez takih porushen Zamini A na I u gribiv U 2014 roci u yadernomu genomi trutovika lakovanogo bulo viyavleno chislenni sajti redaguvannya RNK zokrema z zaminoyu A na I vpershe sered vishih gribiv Pri comu zhodnogo fermentu gomologichnogo bilkam ADAR tvarin u genomi cogo trutovika ne viyavleno Vtim znajdeno 3 geni sporidneni z dezaminazami rodini ADAT blizki do dakih u drizhdzhiv Bilshist zamin sposterigalosya v koduyuchih poslidovnist bilka dilyankah DNK Detalne vivchennya redaguvannya A na I u askomicetiv rodu Fusarium viyavilo yih rol u statevomu rozmnozhenni ta sporoutvorenni Zokrema redaguvannya odnogo z nukleotidiv u psevdogeni AMD pribiraye stop kodon i vidnovlyuye sintez bilka yakij vidpovidaye za dozrivannya ta vidokremlennya spor Redaguvannya C na U Citidindezaminazi Reakciya dezaminuvannya citozinu Dokladnishe Citidindezaminazi Do rodini citidindezaminaz nalezhat bilki AID APOBEC sho zdatni dezaminuvati citidin yak u skladi RNK tak i v DNK Golovnu rol u redaguvanni RNK vidigraye ferment APOBEC1 Yaksho adenozindezaminazi vzayemodiyut iz mRNK do chi pid chas splajsingu APOBEC1 redaguye vzhe zrili mRNK v yadri Dlya redaguvannya neobhidnij bilkovij kompleks do yakogo okrim APOBEC1 vhodit bilok A1CF apobec 1 complementation factor dopomizhnij faktor APOBEC1 i she deyaki bilki Cej kompleks rozpiznaye dilyanku RNK u 30 40 nukleotidiv sho utvoryuye shpilku prichomu cilovij citozin mistitsya v golivci nesparenij dilyanci ciyeyi shpilki Bilok A1CF vikonuye adaptornu funkciyu zabezpechuyuchi kontakt dezaminazi z RNK Kompleks rozpiznaye poslidovnist UUUN A U U yaka maye mistitisya dali za sajtom redaguvannya ta peretinayetsya z yakirnoyu poslidovnistyu do yakoyi priyednuyetsya molekula A1CF Vid stupenya zbigu ciyeyi dilyanki riznih RNK z poslidovnistyu mRNK ApoB zalezhit efektivnist redaguvannya konkretnogo citidinu Na vidminu vid adenozindezaminaz u ssavciv stanom na 2013 rik bulo vidomo lishe chotiri sajti redaguvannya Okrim transkriptu ApoB redaguyetsya mRNK B subodinici sukcinatdegidrogenazi mitohondrij u monocitah lyudini prichomu redaguvannya aktivizuyetsya pri gipoksiyi transkript genu faktoru nejrofibromatozu NF1 i mRNK represoru translyaciyi NAT1 U vsih cih vipadkah redaguvannya zi zvichajnogo kodonu yakij vidpovidaye aminokisloti utvoryuyutsya stop kodoni sho prizvodit do sintezu vkorochenoyi formi bilka yaka mozhe buti funkcionalnoyu yak u ApoB chi nefunkcionalnoyu pri redaguvanni NAT 1 Prote doslidzhennya 2014 roku viyavilo she bilshe 50 podibnih sajtiv u kishkivniku i pechinci mishej U gipokampi redaguyetsya glicinovij receptor Zamini C na U v organelah vishih roslin Dokladnishe PPR bilki U mitohondriyah i hloroplastah sudinnih roslin poshirene redaguvannya mRNK i tRNK Najchastishe zamini C na U vidbuvayutsya v kodonah mRNK prichomu harakterne redaguvannya pershogo chi drugogo nukleotidu tripletu yake vede do zamini aminokisloti U bagatoh mitohondriyah vishih roslin nayavni do 300 500 sajtiv dlya redaguvannya RNK Viyavleno grupu PPR bilkiv angl pentatricopeptide repeat sho vidpovidayut za rozpiznavannya sajtiv redaguvannya Rodina cih bilkiv u pokritonasinnih ye odniyeyu z najbilshih i mistit vid 400 do 600 bilkiv proti 10 20 u vsih inshih evkariotiv vklyuchno iz zelenimi vodorostyami Osnovnoyu funkciyeyu takogo redaguvannya vvazhayetsya ne zbilshennya bilkovogo riznomanittya a vipravlennya mutacij T C u genomi organel Sposterigayetsya tendenciya do znizhennya chisla sajtiv redaguvannya v organelah vishih pokritonasinnih porivnyano z golonasinnimi ta paporotepodibnimi Ce poyasnyuyut zvorotnimi mutaciyami C T v DNK mitohondrij ta plastid Redaguvannya U na C Mehanizm vstavki dodatkovih uraciliv do mRNK pri redaguvanni RNK u tripanosom gRNK gidova RNK Proces harakternij zdebilshogo dlya mitohondrij i hloroplastiv antocerotovidnih mohiv ta paporotej Krim togo zadokumentovano podibni vipadki u RNK transkriptiv sho koduyut podibni nejropeptidi v amfibij u geni WT1 ssavciv a takozh u mitohondrialnij mRNK trihoplaksa Mehanizmi takoyi zamini nevidomi ale pripuskayut sho voni mozhut buti podibnimi do reakciyi yaka katalizuyetsya fermentom ssavciv CTF sintazoyu piridoksin zalezhnim enzimom sho vidigraye klyuchovu rol u metabolizmi nukleotidiv perenosyachi aminogrupu z glutaminu do UTF dlya sintezu CTF Redaguvannya RNK u protist Vstavki i vidalennya nukleotidiv u kinetoplastid vidbuvayutsya majzhe v usih mitohondrialnih transkriptah Vidalyayutsya i vstavlyayutsya uridinovi zalishki z pre mRNK sho regulyuyetsya korotkimi gidovimi RNK yaki ye komplementarnimi do vzhe vidredagovanoyi mRNK Osoblivij bagatobilkovij kompleks editosoma rozrizaye pre mRNK i vstavlyaye abo vidalyaye uridini zalezhno vid komplementarnoyi poslidovnosti gidovoyi RNK Inshij tip vstavok nukleotidiv sposterigayut u mitohondriyah slizovika Physarum polycephalum U comu vipadku redaguvannya prizvodit do vstavki dodatkovih citoziniv pid chas transkripciyi Misheni redaguvannyaOsnovna chastina redaguvannya RNK u tvarin vidbuvayetsya shlyahom zamini A na I za uchasti adenozin dezaminaz Vidomo lishe 4 sajti v RNK dlya citozin dezaminaz Redaguvannya u tRNK dosit riznomanitne v riznih grupah organizmiv ale tam tezh perevazhaye dezaminuvannya adeninu Tochkovi zamini v ekzonah Stanom na pochatok 2015 roku u lyudini bulo nadijno vstanovleno 115 sajtiv redaguvannya u mRNK za dopomogoyu adenozin dezaminaz yaki prizvodili do zamini aminokisloti u bilku a takozh 53 sajti v mishej todi yak drozofili mayut 645 sajtiv dzhmeli blizko 160 a v nervovij sistemi kalmariv shlyahom redaguvannya RNK zminyuyutsya aminokisloti 60 bilkiv Najbilshij riven redaguvannya sposterigayetsya u mRNK ionnih kanaliv i receptoriv mozku receptoriv imunnoyi sistemi bilkiv citoskeletu Deyaki doslidniki vvazhayut sho najbilsh chasto redaguyutsya ti mRNK yaki ye dovgimi a znachit mayut skladnishu tretinnu strukturu i bilshe shpilok Cikavim prikladom redaguvannya ye zamini A na I u mRNK kaliyevogo kanalu Kv1 vosminoga U vosmi doslidzhenih vidiv iz tropichnih ta polyarnih okeanichnih vod riven redaguvannya ciyeyi mRNK korelyuye zi znizhennyam temperaturi Zaminena pid chas redaguvannya aminokislota valin daye zmogu kanalu shvidshe inaktivuvatisya tomu dlya dosyagnennya novogo potencialu diyi potribno menshe chasu sho vigidno v umovah znizhenoyi temperaturi seredovisha Gen Aminokislotna zamina Funkciya bilka Tkanina Rezultat redaguvannyaOpisani vipadki redaguvannya v ekzonah yaki zminyuyut funkciyu bilka GluR2 Gria2 GluR B AMPA2 Q R R G Glutamatnij AMPA receptor z ionnim kanalom mozok Neproniknist kanalu dlya kalciyu GluR3 R G Glutamatnij AMPA receptor z ionnim kanalom mozok Priskorene vidnovlennya pislya GluR4 R G Glutamatnij AMPA receptor z ionnim kanalom mozok Priskorene vidnovlennya pislya desensetizaciyi GluR5 Grik1 Q R Glutamatnij kayinatnij receptor z ionnim kanalom mozok Neproniknist kanalu dlya kalciyu GluR6 Grik2 Q R I V Y C Glutamatnij kayinatnij receptor z ionnim kanalom mozok Zmina proniknosti dlya ioniv KCNA1 I V Potencial zalezhnij kaliyevij kanal mozok Upovilnena inaktivaciya kanalu Gabra3 K E Receptor GAMK z ionnim kanalom mozok kishkivnik Zmina sporidnenosti do GAMK 5HT2cR I V I M N S N D N G I V mozok Zminene zv yazuvannya iz serotoninom zminenij transport receptora CyFIP2 I M Regulyator polimerizaciyi aktinu vsyudi FLNA Q R Filamin A vzayemodiye z aktinom u rozgaluzhennyah miscyah prikriplennya receptoriv pri peredachi signaliv vsyudi redaguvannya aktivne u shlunkovo kishkovomu trakti mozhlivij splajsing FLNB Q R Filamin B vzayemodiye z aktinom u rozgaluzhennyah miscyah prikriplennya receptoriv pri peredachi signaliv vsyudi redaguvannya aktivne u shlunkovo kishkovomu trakti BLCAP K R Q R Y C Zmenshena aktivnist pri metastatichnomu raku sechovogo mihura ta pri inshih puhlinah sechovij mihur IGFBP7 K R R G Insulinovij receptor regulyaciya rostu j migraciyi klitin gliomi mozok gliya zminyuye zv yazuvannya z geparinom C1QL1 T A Q R Q R Element sistemi komplementu limfociti makrofagi klitini Purkinye mozochka zmini oligomerizaciyi bilka HMCN1 K E Bilok pozaklitinnogo matriksu oko RSU1 M V migraciyi KCNMA1 S G Kalcijzalezhnij kaliyevij kanal velikoyi providnosti KIF20B K R Kinezinovij bilok transport po mikrotrubkah citokinez vsyudi ARFGAP2 Q R Transportnij bilok COPI coat protein complex 1 CD6 S G Poverhnevij receptor aktivaciyi T limfocitiv T limfociti GANAB Q R Glyukozidaza vidrizaye N zv yazani glikani vid bilkiv OS9 E G Glikoproteyin sistemi degradaciyi pov yazanoyi z retikulumom NEIL1 K R Specifichna do okisnyuvalnogo poshkodzhennya endonukleaza DNK glikozilaza vsyudi zmina specifichnosti fermentu MEX3B Q R Lokalizovanij u P tilcyah bilok RNK zv yazuyuchij regulyaciya mRNK STRN4 striatin zinedin R G Bilok citoskeletu kalmodulin zv yazuyuchij bilok peredacha signalu v nejronah nejroni BIN1 amfifizin II K R Puhlinnij supresor kardiomiopatiya mozok SS18L1 S G Kalcijzalezhnij aktivator transkripciyi neobhidnij dlya normalnogo rostu j galuzhennya dendritiv u nejronah kori nejroni kori golovnogo mozku CADPS E G Kalcijzalezhnij aktivator sekreciyi j ekzocitozu shilnih vezikul ATXN7 ataksin 7 K R Subodinicya acetil transferazi gistoniv mozok TTLL3 K R Predstavnik rodini podibnih do tubulinovih tirozin ligaz bilkiv neobhidnij dlya roboti vijok kishkivnik CCNI ciklin 1 R G Antiapoptichnij faktor regulyator klitinnogo ciklu klitini odrazu pislya mitozu PTPRN2 E G Tirozinova fosfataza transmembrannij bilok u shilnih sekretornih vezikulah u nejroendokrinnih klitinah pri diabeti I tipu bere uchast u regulyaciyi povedinki trivalosti zhittya sekreciyi nejromediatoriv nejroni AZIN1 S G Ingibitor ornitin dekarboksilazi pidvishene redaguvannya pri raku pechinki PTK2 tirozinova proteyin kinaza 2 T A Pov yazana z citoskeletom proteyin kinaza FBXL6 Stop W Ubikvitin ligaza bilka Tel ETV6 CRB2 T A Transmembrannij bilok bere uchast u mizhklitinnih kontaktah TRO trofinin S G Transmembrannij bilok bilok klitinnoyi adgeziyi implantaciya embrionu u ssavciv ARL6IP4 K R Gomolog faktoru splajsingu Elavl2 I V N D Nejron specifichnij RNK zv yazuvalnij bilok diferenciaciya nejroniv i sinaptichna plastichnist nejroni Redaguvannya povtoriv U ssavciv redaguvannya shlyahom dezaminuvannya adenozinu najchastishe traplyayetsya v povtorah osoblivo v takih sho pohodyat iz transpozoniv U genomi primativ bagato takih povtoriv mayut Alu elementi sho cherez male vnutrishnye riznomanittya j visoku komplementarnist odin do odnogo stvoryuyut podvijni lancyugi RNK u transkriptah Taki dvolancyugovi dilyanki RNK ye idealnim miscem dlya zv yazuvannya fermentiv ADAR ta voni chasto zaznayut mnozhinnogo redaguvannya A na I Bilshist Alu elementiv yak j inshih povtoriv mistyatsya v intronah geniv abo v netranslovanih ekzonah tomu yih redaguvannya ne zminyuye poslidovnist aminokislot bilka Popri ce redaguvannya mozhe vplivati na poyavu abo zniknennya sajtiv splajsingu Zokrema redaguvannya A na I mozhe stvoryuvati donornij AT na IT abo akceptornij AA na AI sajt splajsingu zminyuvati efektivnist splajsingu za rahunok redaguvannya enhansernoyi abo ingibitornoyi poslidovnosti na RNK rujnuvati akceptornij sajt splajsingu AG na IG Bilshist zhe Alu elementiv zaznayut masovogo redaguvannya sho prizvodit do poyavi velikogo vmistu inozinu v yih poslidovnostyah Ye vidomosti sho chastina takih bagatih na inozin RNK rujnuyetsya v yadri za dopomogoyu specialnogo inozin chutlivogo bilkovogo kompleksu hocha inshi podibni RNK znajdeno v citoplazmi navit u skladi polisom MikroRNK Dokladnishe MikroRNK MikroRNK pohodyat iz pre mikroRNK sho yavlyaye soboyu dvolancyugovu RNK shpilku Tomu voni takozh ye zvichajnim substratom dlya roboti adenozin dezaminaz Redaguvannya mozhe zapobigti dozrivannyu mikroRNK yaksho vidredagovano sajti dlya RNKaz Drosha angl Drosha i Dajser angl Dicer Zamini A na I u posadkovij poslidovnosti mikroRNK yaka zv yazuyetsya iz sajtom na cilovij mRNK i viklikaye blokuvannya yiyi translyaciyi mozhut prizvoditi do zmini repertuaru matrichnih RNK na yaki diye konkretna neredagovana mikroRNK Ce harakterno napriklad do mikroRNK 376 u lyudini Redaguvannya takozh mozhe zminyuvati sami sajti dlya mikroRNK na mRNK sho znov taki zminyuye podalshu RNK interferenciyu Transportni RNK Transportni RNK mayut cilij nabir zminenih nukleotidiv iz minornimi azotistimi osnovami u skladi takih nukleotidiv u tRNK zustrichayetsya 79 tipiv Redaguvannya tRNK zaminyuye nukleotidi v antikodoni na kanonichni plyus inozin Taki zamini dovedeno dlya Acanthamoeba slizovikiv sumchastih nazemnih roslin ravlikiv vosminogiv lejshmanij bakterij Napriklad v oposuma redaguvannya antikodonu aspartatnoyi tRNK u mitohondriyah prizvodit do yiyi zdatnosti priyednuvati glicin Redaguvannya stvoryuye takozh neobhidni elementi dlya utvorennya vtorinnoyi tretinnoyi i chetvertinnoyi strukturi tRNK vklyuchayuchi petli j spareni nukleotidi shpilok Ce zdijsnyuyetsya za rahunok yak vstavok vidalen tak i shlyahom zamini nukleotidiv Dlya dezaminuvannya adenozinu v tRNK isnuye okrema pidrodina fermentiv ADAT adenozindezaminaz transportnih RNK Osnovni zamini vidbuvayutsya v antikodoni ta akceptornij poslidovnosti Najbilsh shilne redaguvannya tRNK vidbuvayetsya v mitohondriyah onihofor U nih redaguyetsya do 50 nukleotidiv Redaguvannya RNK i patologiyiZrostannya kilkosti tematichnih naukovih statej za danimi biomedichnoyi bazi danih PubMed u 1986 2012 rokah Poshuk za klyuchovimi slovami RNA editing RNK redaguvannya Nervovi zahvoryuvannya Aktivnist redaguvannya RNK u nervovij sistemi pidvishena j vidigraye vazhlivu rol u yiyi funkcionuvanni tomu riziki poyavi patologichnih defektiv redaguvannya tut bilshi za inshi tkanini Zminene redaguvannya RNK viyavleno pri deyakih vipadkah depresiyi shizofreniyi epilepsiyi suyicidalnij povedinci prionnih nejrodegenerativnih zahvoryuvannyah autosomnij dominantnij katapsiyi I tipu sindromu Pradera Villi bichnomu amiotrofichnomu sklerozi hvorobi Alcgejmera hvorobi Gantingtona Pid chas bichnogo amiotrofichnogo sklerozu sposterigayetsya znizhene redaguvannya Q R sajtu glutamatnih receptoriv sho jmovirno prizvodit do pidvishenogo vhodu kalciyu u nejroni ta yih zagibeli Pomilkove redaguvannya dovedeno dlya cilogo pereliku zahvoryuvan nervovoyi sistemi Takim chinom fermenti ADAR ye potencijnimi mishenyami dlya likuvannya bagatoh psihichnih i nevrologichnih porushen Onkologichni zahvoryuvannya Rol redaguvannya RNK pid chas onkologichnih zahvoryuvannyah ye nez yasovanoyu Vvazhayetsya sho pomilkova zmina nukleotidiv u mRNK i mikroRNK mozhe prizvoditi do inaktivaciyi puhlin abo do aktivaciyi Porushennya redaguvannya mRNK sposterigayutsya pid chas deyakih tipiv raku Zagalnij riven redaguvannya RNK zmenshuyetsya osoblivo pri astrocitomah ta gliomah Pid chas viyavleno nepravilne redaguvannya mRNK sho viklikaye nekanonichnij splajsing ta utvorennya nefunkcionalnogo bilku tirozinovoyi kinazi PTPN6 Pid chas doslidzhen raku molochnoyi zalozi viyavleno grupu novih sajtiv redaguvannya mRNK hocha ci sajti redaguvalisya i v normalnih klitinah Takozh viyavleno vpliv zamin A na I u mikroRNK napriklad zmenshennya redaguvannya mikroRNK 376 sposterigalosya pid chas raku pidshlunkovoyi zalozi a mikroRNK 142 pid chas lejkemiyi Dopoki nezrozumilo chi zmini redaguvannya pereduyut zloyakisnij transformaciyi klitin chi navpaki viklikayutsya neyu Infekcijni zahvoryuvannya Bilki ADAR1 i APOBEC ye aktivnimi regulyatorami antivirusnogo imunitetu Voni aktivuyutsya interferonom ta zdatni redaguvati yak RNK tak i DNK virusiv blokuyuchi yih rozmnozhennya she z citoplazmi Imovirno adenozin dezaminazi ye takozh supresorami antivirusnoyi vidpovidi tomu deyaki virusi zdatni vikoristovuvati ADAR1 dlya blokuvannya apoptozu j imunnoyi vidpovidi zokrema VIL virus koru virus Redaguvannya RNK i evolyuciyaNayavnist geniv ADAR u tvarin Chervonim poznacheno ADAR1 sinim ADAR2 Vidno sho obidva geni z yavilisya she do rozdilennya bagatoklitinnih tvarin ale komahi rakopodibni j nematodi vtratili ADAR1 Pohodzhennya sistem redaguvannya RNK Zgidno iz suchasnimi uyavlennyami sistemi redaguvannya RNK mayut polifiletichne pohodzhennya Bilki rodin ADAR i AID APOBEC imovirno pohodyat vid predkovogo bilku z rodini ADAT yakij vikonuvav funkciyu redaguvannya tRNK Insha gipoteza peredbachaye yihnye pohodzhennya vid bakterialnih dezaminaz toksiniv Bilki PPR vishih roslin imovirno pohodyat vid spilnih dlya vsih evkariotiv predkovih geniv sho rozmnozhilisya u genomi za rahunok mnozhinnih retrotranspozicij 2010 roku podibnij do roslinnogo tip redaguvannya u mitohondriyah viyavleno u protisti z tipu Percolozoa Zalishayetsya nevidomim chi ye ce prikladom gorizontalnogo perenosu geniv chi ye spilnist pohodzhennya ciyeyi sistemi Vstavki uridiniv sho sposterigayutsya u mitohondriyah kinetoplastid vlastivi lishe predstavnikam cogo klasu hocha shozhi podiyi u mitohondrialnomu transkriptomi opisano u predstavnika sporidnenogo klasu diplonemidi Diplonema papillatum Evolyucijne znachennya redaguvannya RNK Riznomanitni sistemi redaguvannya RNK vinikali bagatorazovo v hodi evolyuciyi ta isnuyut u bilshosti vidomih velikih taksoniv Zminyuyuchi informaciyu sho nadhodit iz DNK voni dozvolyayut na bazi odnogo genotipu isnuvati velikomu rozmayittyu funkcionalnih bilkiv Redaguvannya A na I u ssavciv chasto vidbuvayetsya v konservativnih sajtah bilku de povna zamina aminokisloti maye letalnij efekt Prote chastkove chi tkaninospecifichne redaguvannya takih sajtiv dozvolyaye isnuvati organizmam sho mayut u svoyemu skladi taki vidozmineni bilki Pri pevnih zminah umov navkolishnogo seredovisha otrimani v takij sposib varianti fermentiv mozhut viyavitisya korisnimi Krim togo analiz sajtiv redaguvannya A na I v drozofili ta lyudini viyaviv slidi pozitivnogo doboru dlya cih sajtiv cherez sho nizka doslidnikiv vvazhaye ce redaguvannya adaptivnim Rosijskij istorik nauki Yurij Chajkovskij vvazhaye proces redaguvannya RNK ta jogo viniknennya centralnim dlya rozuminnya biologichnoyi evolyuciyi narivni z replikaciyeyu rekombinaciyeyu ta reparaciyeyu DNK Osoblivistyu ssavciv ye visha ekspresiya fermentiv redaguvannya RNK u najbilsh progresivnih sistemah organiv nervovij ta imunnij Sistema adenozin dezaminaz ye duzhe chutlivoyu do zovnishnih vpliviv tomu mozhe vidigravati vazhlivu rol v evolyuciyi cih sistem Najbilshij riven redaguvannya A na I u RNK sered hrebetnih harakternij dlya lyudini Alu elementi lyudini j primativ mayut duzhe visokij stupin vnutrishnoyi podibnosti porivnyano z analogichnimi povtorami inshih ssavciv tomu yih transkripti chastishe utvoryuyut dvolancyugovi strukturi pridatni do redaguvannya RNK Razom iz visokoyu adenozin dezaminaznoyu aktivnistyu v mozku cej fakt daye deyakim doslidnikam mozhlivist pripuskati osoblivu rol redaguvannya v evolyuciyi lyudini DzherelaFarajollahi Sanaz and Maas Stefan 2010 Molecular diversity through RNA editing a balancing act Trends in Genetics Elsevier 26 5 221 230 Gott JM Emeson RB Functions and mechanisms of RNA editing Annu Rev Genet 2000 34 499 531 PubMed 11092837 Gray Michael W 2012 Evolutionary Origin of RNA Editing Biochemistry 51 26 5235 5242 doi 10 1021 bi300419r http www nature com news 2010 101105 full news 2010 586 html Mingyao Li Isabel X Wang Yun Li Alan Bruzel Allison L Richards Jonathan M Toung and Vivian G Cheung 2011 Widespread RNA and DNA Sequence Differences in the Human Transcriptome Science 333 6038 53 58 doi 10 1126 science 1207018 Schrider DR Gout J F Hahn MW 2011 Very Few RNA and DNA Sequence Differences in the Human Transcriptome PLoS ONE 6 10 doi 10 1371 journal pone 0025842 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Alon Shahar Garrett Sandra C Levanon Erez Y Olson Sara Graveley Brenton R Rosenthal Joshua J C Eisenberg Eli 2015 The majority of transcripts in the squid nervous system are extensively recoded by A to I RNA editing eLife 4 doi 10 7554 eLife 05198 ISSN 2050 084X a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Pullirsch D Jantsch MF 2010 Proteome diversification by adenosine to inosine RNA editing RNA Biol 7 1 8 Sun Tao Bentolila Stephane Hanson Maureen R 2016 The Unexpected Diversity of Plant Organelle RNA Editosomes Trends in Plant Science 21 11 962 973 doi 10 1016 j tplants 2016 07 005 ISSN 1360 1385 http www research leiden edu famous boom html Rob Benne Janny Van Den Burg Just P J Brakenhoff Paul Sloof Jacques H Van Boom Marijke C Tromp Major transcript of the frameshifted coxll gene from trypanosome mitochondria contains four nucleotides that are not encoded in the DNA Cell Volume 46 Issue 6 12 September 1986 Pages 819 826 ISSN https portal issn org resource ISSN 0092 8674 0092 8674 http dx doi org 10 1016 0092 8674 86 90063 2 Chen SH and Habib G and Yang CY and Gu ZW and Lee BR and Weng SA and Silberman and Cai SJ and Deslypere JP and Rosseneu M and et al 1987 Apolipoprotein B 48 is the product of a messenger RNA with an organ specific in frame stop codon Science 238 4825 363 366 doi 10 1126 science 3659919 Bernd Sommer and Martin Kohler and Rolf Sprengel and Peter H Seeburg 1991 RNA editing in brain controls a determinant of ion flow in glutamate gated channels Cell 67 1 11 19 doi 10 1016 0092 8674 91 90568 J ISSN 0092 8674 Cattaneo R Schmid A Eschle D Baczko K ter Meulen V Billeter MA Biased hypermutation and other genetic changes in defective measles viruses in human brain infections Cell 1988 Oct 21 55 2 255 265 Bass BL Weintraub H Cattaneo R Billeter MA 1989 Biased hypermutation of viral RNA genomes could be due to unwinding modification of double stranded RNA Cell 56 331 Weier H U G George C X Greulich K M amp Samuel C E 1995 The interferon inducible double stranded RNA specific adenosine deaminase gene DSRAD maps to human chromosome 1q21 1 21 2 Genomics 30 2 372 375 Gualberto Jose M Lamattina Lorenzo Bonnard Geraldine Weil Jacques Henry Grienenberger Jean Michel 1989 RNA editing in wheat mitochondria results in the conservation of protein sequences Nature 341 6243 660 662 doi 10 1038 341660a0 ISSN 0028 0836 Hoch Brigrtte Maier Rainer M Appel Kurt Igloi Gabor L Kossel Hans 1991 Editing of a chloroplast mRNA by creation of an initiation codon Nature 353 6340 178 180 doi 10 1038 353178a0 ISSN 0028 0836 Willemijn M Gommans Dylan E Dupuis Jill E McCane Nicholas E Tatalias Stefan Maas 2008 Diversifying Exon Code through A to I RNA Editing u Smith H red DNA RNA Editing Wiley amp Sons Inc s 3 30 Moroz Leonid L Kocot Kevin M Citarella Mathew R Dosung Sohn Norekian Tigran P Povolotskaya Inna S Grigorenko Anastasia P Dailey Christopher Berezikov Eugene Buckley Katherine M Ptitsyn Andrey Reshetov Denis Mukherjee Krishanu Moroz Tatiana P Bobkova Yelena Yu Fahong Kapitonov Vladimir V Jurka Jerzy Bobkov Yuri V Swore Joshua J Girardo David O Fodor Alexander Gusev Fedor Sanford Rachel Bruders Rebecca Kittler Ellen Mills Claudia E Rast Jonathan P Derelle Romain Solovyev Victor V Kondrashov Fyodor A Swalla Billie J Sweedler Jonathan V Rogaev Evgeny I Halanych Kenneth M Kohn Andrea B 2014 The ctenophore genome and the evolutionary origins of neural systems Nature 510 7503 109 114 doi 10 1038 nature13400 ISSN 0028 0836 Zhu Yingjie Luo Hongmei Zhang Xin Song Jingyuan Sun Chao Ji Aijia Xu Jiang Chen Shilin 2014 Abundant and Selective RNA Editing Events in the Medicinal Mushroom Ganoderma lucidum Genetics 196 4 1047 1057 doi 10 1534 genetics 114 161414 ISSN 0016 6731 Cao Shulin He Yi Hao Chaofeng Xu Yan Zhang Hongchang Wang Chenfang Liu Huiquan Xu Jin Rong 2017 RNA editing of the AMD1 gene is important for ascus maturation and ascospore discharge in Fusarium graminearum Scientific Reports 7 1 doi 10 1038 s41598 017 04960 7 ISSN 2045 2322 Baysal Bora E and De Jong Kitty and Liu Biao and Wang Jianmin and Patnaik Santosh K and Wallace Paul K and Taggart Robert T 9 2013 Hypoxia inducible C to U coding RNA editing downregulates SDHB in monocytes doi 10 7717 peerj 152 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Gary R Skuse Amedeo J Cappione Mark Sowden Linda J Metheny and Harold C Smith 1996 The Neurofibromatosis Type I Messenger RNA Undergoes Base Modification RNA Editing Nucl Acids Res 24 3 478 486 doi 10 1093 nar 24 3 478 S Yamanaka K S Poksay K S Arnold and T L Innerarity 1 lyutogo 1997 A novel translational repressor mRNA is edited extensively in livers containing tumors caused by the transgene expression of the apoB mRNA editing enzyme Genes Dev 11 321 333 doi 10 1101 gad 11 3 321 Valerie Blanc Eddie Park Sabine Schaefer Melanie Miller Yiing Lin Susan Kennedy Anja M Billing Hisham Ben Hamidane Johannes Graumann Ali Mortazavi Joseph H Nadeau amp Nicholas O Davidson 2014 Genome wide identification and functional analysis of Apobec 1 mediated C to U RNA editing in mouse small intestine and liver en 15 6 R79 doi 10 1186 gb 2014 15 6 r79 PMID 24946870 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Schaefermeier Philipp Heinze Sarah 2017 Hippocampal Characteristics and Invariant Sequence Elements Distribution of GLRA2 and GLRA3 C to U Editing Molecular Syndromology 8 2 85 92 doi 10 1159 000453300 ISSN 1661 8769 Porath Hagit T Hazan Esther Shpigler Hagai Cohen Mira Band Mark Ben Shahar Yehuda Levanon Erez Y Eisenberg Eli Bloch Guy 2019 RNA editing is abundant and correlates with task performance in a social bumblebee Nature Communications 10 1 doi 10 1038 s41467 019 09543 w ISSN 2041 1723 angl Garrett S Rosenthal J J C 2012 RNA Editing Underlies Temperature Adaptation in K Channels from Polar Octopuses Science 335 6070 848 851 doi 10 1126 science 1212795 ISSN 0036 8075 Tanaka Masaki Watanabe Yoshihisa 2020 RNA Editing of Serotonin 2C Receptor and Alcohol Intake Frontiers in Neuroscience 13 doi 10 3389 fnins 2019 01390 ISSN 1662 453X a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya angl Borner GV and Morl M and Janke Axel and Paabo S 1996 RNA editing changes the identity of a mitochondrial tRNA in marsupials The EMBO journal Nature Publishing Group 15 21 5949 Segovia R Pett W Trewick S Lavrov D V 2011 Extensive and Evolutionarily Persistent Mitochondrial tRNA Editing in Velvet Worms Phylum Onychophora Molecular Biology and Evolution 28 10 2873 2881 doi 10 1093 molbev msr113 ISSN 0737 4038 Gommans Willemijn M Mullen Sean P Maas Stefan 2009 RNA editing a driving force for adaptive evolution BioEssays 31 10 1137 1145 doi 10 1002 bies 200900045 ISSN 0265 9247 Gallach Miguel von Haeseler Arndt Jantsch Michael Eisenberg Eli Buchumenski Ilana Huber Christian D Popitsch Niko Eyre Walker Adam 2020 A to I RNA Editing Uncovers Hidden Signals of Adaptive Genome Evolution in Animals Genome Biology and Evolution 12 4 345 357 doi 10 1093 gbe evaa046 ISSN 1759 6653 angl Yu V Chajkovskij 2003 Evolyuciya M Tovarishestvo KMK LiteraturaUkrayinomovna A V Sivolob 2008 Molekulyarna biologiya PDF K Vidavnicho poligrafichnij centr Kiyivskij universitet s 194 L Kalachnyuk O Savka D Melnichuk G Kalachnyuk 2004 PDF Visnik Lvivskogo universitetu Seriya biologichna ukrayinska 38 57 66 Arhiv originalu PDF za 9 listopada 2013 Mitch Lesli 10 sichnya 2012 Modifikaciya RNK dlya adaptaciyi Ukrayinskij naukovij klub Arhiv originalu za 10 sichnya 2014 Sergyeyev Oleksandr MikroRNK tezh piddayutsya redaguvannyu Nauka Tehnologiya Arhiv originalu za 10 sichnya 2014 Anglomovna Farajollahi Sanaz and Maas Stefan 2010 Molecular diversity through RNA editing a balancing act Trends in Genetics Elsevier 26 5 221 230 Licht Konstantin Jantsch Michael F 2016 Rapid and dynamic transcriptome regulation by RNA editing and RNA modifications The Journal of Cell Biology 213 1 15 22 doi 10 1083 jcb 201511041 ISSN 0021 9525 Posilannya angl DARNED DAtabase of RNa EDiting in humans mice and flies Baza danih z redaguvannya RNK u lyudini mishej i muh angl angl angl Cya stattya nalezhit do vibranih statej Ukrayinskoyi Vikipediyi