РНК-інтерференція, РНКі (англ. RNA interference, RNAi) — система контролю активності генів еукаріотичних клітин, що здійснюється за допомогою коротких (20-25 нуклеотидів) молекул рибонуклеїнової кислоти. Ключовими молекулами в РНКі є малі інтерферуючі РНК (англ. small interfering RNA, siRNA) та мікроРНК (microRNA), ці молекули можуть вступати у взаємодію із комплементарними послідовностями в інших молекулах РНК, наприклад у матричних РНК і підвищувати або пригнічувати їхню активність. Одним з найпоширеніших та найкраще вивчених механізмів дії РНКі є посттранскрипційне пригнічення експресії генів шляхом руйнування або деаденілювання мРНК.
РНК-інтерференція виявлена у клітинах більшості еукаріот (тварин, рослин, грибів). Вона є важливим механізмом захисту клітини від паразитуючих генів — вірусів та транспозонів, також бере участь у регуляції експресії власних генів організму, зокрема у процесі ембріогенезу (піРНК).
Вибірковий і потужний характер впливу РНКі на експресію генів дозволяє використовувати це явище як зручний інструмент біологічних досліджень, як у культурах клітин так і в живих організмах. Використання цього шляху також є багатообіцяючим для біотехнології та медицини, зокрема для розробки та впровадження нового покоління ліків.
Історично РНК-інтерференція була відома під іншими назвами, зокрема косупресія та посттранскрипційне пригнічення експресії генів. Тільки після детальнішого дослідження цих процесів, які спочатку здавались непов'язаними, стало зрозуміло, що всі вони є прикладами РНК-інтерференції. У 2006 році Ендрю Фаєр та Крейг Мелло отримали Нобелівську премію з фізіології та медицини за роботу, присвячену механізмам РНК-інтерференції у Caenorhabditis elegans, яку вони опублікували у 1998 році.
Історія відкриття
Відкриттю РНК-інтерференції передувало спостереження пригнічення експресії генів у рослин під впливом антисенсових РНК. Пізніше вчені в Нідерландах та США отримали несподівані результати при введенні у рослини петунії. Річард Йоргенсен та співробітники намагались модифікувати рослини таким чином, щоб їхні квіти мали більш глибокий колір. Для цього вчені ввели у клітини додаткові копії гену ферменту , що відповідає за утворення фіолетового пігменту. Проте, як з'ясувалось, збільшення копійності цього гену не призвело до прояву темнішого забарвлення віночка петунії, навпаки — рослини утворювали менше пігменту і квіти ставали повністю або частково білими. Ці результати свідчили про значне зниження активності халконсинтази, при чому пригнічувалась робота як трансгену, так і ендогенної копії гена цього ферменту. Це явище у рослин було назване «косупресія». Згодом аналогічне явище було відкрите і в грибів Neurospora crassa. Спочатку аналогії між цими двома випадками не було проведено, і у випадку N.crassa такий ефект називався іншим терміном — «квелінг» (англ. Quelling). Подальші дослідження показали, що косупресія у рослин зумовлена пост-траснкрипційним пригніченням експресії гену внаслідок підвищення рівня деградації мРНК.
Незабаром схожий несподіваний ефект був описаний при спробі підвищити стійкість рослин до вірусних інфекцій. На той час було відомо, що рослини, які експресують вірусні білки, мають нечутливість до інфікування відповідним вірусом. Несподіванкою стало те, що для отримання такої стійкості достатньо було ввести у геном рослини короткі некодуючі послідовності вірусної РНК. Припускалось, що вірусна РНК, яка утворювалась у рослинних клітинах, також пригнічувала реплікацію вірусу. У зворотному експерименті короткі ділянки рослинних генів вводились у геном вірусу. В цьому випадку спостерігалось пригнічення експресії відповідного гену в рослинній клітині після її зараження модифікованим вірусом. Цей феномен отримав назву «вірус-індуковане заглушення експресії генів» (англ. virus-induced gene silencing, VIGS), а всю сукупність подібних явищ називали пост-транскрипційним заглушенням експресії генів (англ. post transcriptional gene silencing). У 1998 році у журналі Nature була опублікована робота Ендрю Фаєра та Крейґа Мело, у якій вони описували спробу заглушення експресії генів С.elegans із використанням антисенсових РНК. Ці вчені показали, що введення окремо коротких РНК, що збігалися з послідовністю мРНК цього гену або були антисенсовими до неї, у клітини нематоди, мало як мінімум у 10 разів слабший ефект на експресію гену, ніж введення суміші обох типів РНК, які утворювали дволанцюгову молекулу. Таким чином було показано, що причиною виникнення пост-транскрипційного пригнічення генів є саме наявність у клітині коротких дволанцюгових молекул РНК. Результатом цих робіт було створення самого терміна «РНК-інтерференція». Фаєр та Мело отримали Нобелівську премію з фізіології та медицини у 2006 році «за відкриття РНК-інтерференції — пригнічення експресії генів дволанцюговою РНК».
Молекулярні механізми
РНКі — це РНК-залежне заглушення (не плутати з пригніченням транскрипції) експресії генів, що здійснюється завдяки ефекторному білковому РНК-індукованому комплексу заглушення (англ. RNA-induced silencing complex, RISC) та ініціюється короткими дволанцюговими РНК (длРНК), які взаємодіють із цим комплексом у цитоплазмі клітини. Існує два шляхи РНКі: екзогенний та ендогенний. У випадку екзогенного шляху длРНК походить із геному вірусу або є результатом лабораторних маніпуляцій. Такі длРНК у цитоплазмі ріжуться на короткі фрагменти ферментом із активністю РНКази ІІІ дайсер (англ. Dicer).
Ендогенні дволанцюгові РНК утворюються внаслідок експресії власних генів організму, наприклад генів пре-мікроРНК. Процесинг первинних транскриптів цих генів передбачає утворення характерних шпилькових структур у ядрі, які пізніше транспортуються у цитоплазму і розрізаються ферментом дайсер, внаслідок чого утворюються мікроРНК, що можуть взаємодіяти з RISC-комплексом. Таким чином шляхи екзогенних та ендогенних длРНК сходяться на рівні RISC.
Малі інтерферуючі РНК
Малі інтерферуючі РНК (міРНК, англ. siRNA) — це дволанцюгові РНК довжиною 21-25 нуклеотидів із двонуклеотидними виступами на 3’-кінцях. Кожен ланцюг має фосфатну групу на 5’- і гідроксильну на 3’-кінці. Така структура утворюються в результаті дії ферменту дайсер на довгі дволанцюгові РНК або РНК, що містять шпильки. Після розщеплення дайсером дволанцюгові міРНК потрапляють у каталітичний RISC-комплекс. У цьому комплексі білок аргонавт (англ. Argonaute) розплітає дуплекс РНК, в результаті чого у RISC залишається тільки один із двох ланцюгів — «напрямний?». Напрямний ланцюг міРНК дозволяє ефекторному комплексу знайти специфічну мРНК-мішень, оскільки він комплементраний до певної її ділянки. Приєднання комплексу siRNA-RISC до мРНК призводить до деградації останньої. На відміну від мікроРНК, малі інтерферуючі РНК, як правило, гібридизуються із єдиним типом мРНК-мішені дуже точно і призводять до її ендонуклеотичного розщеплення.
МікроРНК
МікроРНК, «мір» (англ. microRNA, miRNA) — молекули РНК довжиною 21-22 нуклеотиди ендогенного походження, що беруть участь у регуляції експресії генів, зокрема у процесі індивідуального розвитку організмів. Гени мікроРНК транскрибуються із утворенням довгих транскриптів первинної мікроРНК (англ. primordial miRNA), ці РНК процесуються у ядрі, внаслідок чого вони перетворюються у пре-мікроРНК — структури у вигляді шпильки довжиною приблизно 70 нуклеотидів. Комплекс процесингу первинного транскрипту в пре-мікроРНК містить фермент із активністю РНКази ІІІ, який називають Drosha, та білок, що зв'язує дволанцюгову РНК — Pasha. Після процесингу pre-miRNA транспортується з ядра в цитоплазму, де вона стає субстратом для ферменту дайсер (у Drosophila melanogaster та С.elegans міРНК та мікроРНК процесуються різними дайсер). Зріла молекула мікроРНК може зв'язуватись із ферментативним RISC-комплексом. Відомий також шлях процесингу мікроРНК, не залежний від дайсеру. У цьому випадку пре-мікроРНК ріжеться білком-аргонавтом 2. Принципова різниця між міРНК та мікроРНК полягає у тому, що у тварин послідовність мікроРНК не повністю комплементарна до послідовності мРНК-мішені, таким чином мікроРНК можуть інгібувати трансляцію із кількох різних мРНК, що містять схожі послідовності (у рослин як мікроРНК так і міРНК зазвичай повністю комплементарні до РНК-мішені). МікроРНК приєднуються до 3'-UTR (3'-кінцевої ділянки, що не транслюється) мРНК і викликають видалення полі(А)-хвоста?? або пригнічення трансляції іншим шляхом.
Ефекторний комплекс RISC
RISC (англ. RNA-induced silencing complex, РНК-індукований сайленсинг-комплекс) — ефекторний білковий комплекс, що забезпечує ендонуклеазне розщеплення мРНК у процесі РНК-інтерференції. Каталітичною частиною RISC є ендонуклеази родини аргонавтів (Argonaute), які розщеплюють мРНК, комплементарну до міРНК або мікроРНК RISC-комплексу.
Фрагменти, які утворюються внаслідок дії ферменту дайсер на дволанцюгову РНК, є також дволанцюговими, і, теоретично, будь-який із двох ланцюгів може входити в активний RISC-комплекс. Проте із білком-аргонавтом зв'язуються тільки один з цих ланцюгів, який називається «напрямним» (англ. guide strand), і тільки він бере участь у пошуку мРНК-мішені. Інший ланцюг — ланцюг-супутник (англ. passenger strand, anti-guide strand) розщеплюється у процесі активації RISC. Раніше вважалось, що ланцюги розділяються АТФ-залежними геліказами; зараз стало відомо, що даний процес є АТФ-незалежним і здійснюється безпосередньо білками, що входять до складу RISC. За напрямний зазвичай вибирається той ланцюг, 5'- кінець якого менш міцно приєднаний до комплементарного ланцюга; на вибір не впливає напрямок, у якому розрізає длРНК дайсер. Більш стабільний 5'-кінець ланцюга-супутника може розпізнаватись білком R2D2.
Рентгеноструктурний аналіз дозволив проаналізувати зв'язування молекул РНК із РНК-зв'язуючим доменом білків-аргонавтів. Було встановлено, що фосфорильований 5'-кінець одноланцюгової РНК потрапляє у позитивно заряджену кишеню білка, і через іони Mg2+ вступає у із консервативними залишком тирозину. Ця ділянка білка стимулює зв'язування інтерферуючих РНК із мішенню мРНК.
Механізм, за яким RISC знаходить комплементарну мРНК, досліджений недостатньо. Показано, що для успішної деградації мРНК комплексом мікроРНК-RISC трансляція не є необхідною, більше того шлях РНК-інтерференції може бути ефективнішим для мРНК-мішеней, які не транслюються в цей час.
Білки-аргонавти є каталітичною частиною RISC, вони локалізуються у спеціальних ділянках цитоплазми, відомих як Р-тільця (англ. Processing bodies). Р-тільця — це ділянки з високими рівнями деградації РНК; показано, що саме тут спостерігається максимальна активність мікроРНК. Руйнування Р-тілець призводить до значного зниження ефективності процесу РНК-інтерференції.
Пригнічення транскрипції
Крім того, що РНКі діє на рівні пригнічення трансляції, вона також може впливати і на транскрипцію генів. Багато еукаріотів використовують цей шлях для підтримання структури геному. Модифікація гістонів дозволяє зменшити експресію генів із певної ділянки, оскільки ця ділянка переходить у стан гетерохроматину. Деколи цей процес пов'язаний із РНК-інтерференцією, тоді його називають RITS (англ. RNA-induced transcriptional silencing, РНК-індуковане пригнічення транскрипції). Вивчення явища RITS в основному було обмежене дослідженням експресії ділянки, що відповідає за тип спарювання у дріжджів Schizosaccharomyces pombe, але отримані дані можуть не справджуватись для геномів інших організмів.
У дріжджів S.pombe пригнічення транскрипції забезпечує RITS-комплекс, який містить аргонавт, білок Chp1 із хромодоменом (домен, який знаходять у білків, пов'язаних із організацією і перебудовою хроматину), та білок із невідомою функцією Tas3. Для індукції утворення ділянок гетерохроматину необхідний фермент дайсер, а також білок-аргонавт і РНК-залежна РНК-полімераза. Делеція цих генів у S.pombe порушує метилювання гістонів і формування центромер, через що поділ клітини зупиняється або сповільнюється в анафазі.
Для підтримання вже сформованих ділянок гетерохроматину RITS формує комплекс із міРНК, комплементарними до генів у даній ділянці, і стабільно зв'язується із метильованими гістонами. Цей комплекс забезпечує котранскрипційну деградацію будь-яких пре-мРНК, синтез яких ініціює РНК-полімераза. Вважається, що ділянки гетерохроматину підтримуються на основі позитивного зворотного зв'язку, через те що нові міРНК формуються РНК-залежною РНК-полімеразою із випадкових транскриптів і включаються в комплекс RITS. Всі описані дані були отримані тільки для S.pombe, у ссавців підтримання ділянок гетерохроматину може бути РНКі-незалежним.
Зв'язок із редагуванням РНК
Найбільш розповсюдженою формою редагування РНК у вищих еукаріот є перетворення аденозину в інозин у дволанцюгових РНК, яке здійснюється ферментом аденозиндеаміназою. У 2000 році було припущено, що шлях РНК-інтерференції і шлях редагування РНК A→I можуть конкурувати за спільний субстрат — дволанцюгову РНК. Справді, деякі пре-мікроРНК можуть підлягати редагуванню A→I, причому цей механізм може регулювати процесинг та експресію зрілих молекул мікроРНК. У ссавців описаний як мінімумум один фермент РНК-редагування, що може вивести молекули міРНК із системи РНКі. Дослідження лінії C.elegans, що не має генів редагування A→I, показали, що редагування РНК може запобігати пригніченню експресії ендогенних генів і по шляху РНКі.
Відмінності між організмами
Організми відрізняються між собою по здатності сприймати чужорідні дволанцюгові РНК і використовувати їх у процесі РНК-інтерференції. У рослин та C.elegans (але не в дрозофіли та ссавців) ефект РНК-інтерференції може бути системним: введення навіть невеликої кількості длРНК у клітини викликає пригнічення експресії відповідного гену у всьому організмі, у C.elegans ефект РНКі може навіть успадковуватись. Для системної дії РНКі сигнал повинен ампліфікуватись та передаватись між клітинами. В ампліфікації сигналу бере участь РНК-залежна РНК-полімераза; вважається, що міРНК може виступати праймером для синтезу наступних молекул дволанцюгової РНК, що стане субстратом для ферменту дайсер. Транспорт siRNA у рослин може відбуватись по плазмодесмах. Успадкування ефектів РНКі у рослин може бути незалежним від самих РНК, а забезпечуватись метилюванням промоторів відповідних генів, змінений характер метилювання передається кожній із дочірніх клітин при поділі .
Основні відмінності у механізмі РНКі в тварин та рослин полягають у тому, що в рослин ендогенні мікроРНК ідеально комплементарні до мРНК мішені і в комплексі з RISC викликають деградацію цієї РНК. У тварин мікроРНК не повністю комплементарні до гену-мішені і викликають пригнічення трансляції, наприклад шляхом запобігання взаємодії факторів ініціації трансляції та полі-(А)-хвоста мРНК.
У деяких еукаріот, наприклад, паразитичних одноклітинних та всі компоненти РНКі відсутні. Велика частина компонентів системи РНК-інтерференції також відсутня і у деяких грибів, наприклад у пивних дріжджів Saccharomyces cerevisiae. В інших дріжджів, що розмножуються брунькуванням, наприклад у та Candida albicans присутні всі компоненти РНК-інтерференції. Перенесення двох білків системи РНКі із S.castellii у клітини S.cerevisiae робить можливою РНК-інтерференцію в останніх . Той факт, що деякі аскоміцети та базидіоміцети не мають шляху РНК-інтерференції вказує на те, що гени, які кодують білки необхідні для даного процесу, були втрачені незалежно у багатьох філогенетичних гілках грибів, ймовірно, через еволюцію нового шляху зі схожими функціями, або через втрату адаптивної переваги в даних екологічних нішах.
Аналог РНКі у прокаріот
У прокаріот експресія генів залежить від РНК-залежної системи, схожої до РНКі: контролюють кількість мРНК та трансляцію через утворення комплементарних РНК, що приєднуються до мРНК. Проте ці регуляторні РНК не вважаються гомологічними до мікроРНК, оскільки фермент дайсер не задіяний в їх утворенні. Також припускається, що система інтерференції CRISPR (англ. Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats, короткі паліндромні повтори, регулярно розміщені групами), яка забезпечує бактеріям захист від бактеріофагів, є аналогом еукаріотичної системи РНК-інтерференції. Проте жоден із білкових компонентів цих двох систем не є гомологічними.
Біологічні функції
Імунітет
Система РНК-інтерференції — важлива частина імунної відповіді на віруси та інший генетично чужорідний матеріал, особливо у рослин, в яких вона також обмежує розповсюдження транспозонів. Рослини (наприклад A.thaliana) мають кілька гомологів білка дайсер, які використовуються проти різних типів вірусів. У рослин РНКі, що виникає у відповідь на зараження вірусом, має системний характер — тобто може розповсюджуватись по всьому тілу рослини, і навіть передаватись від підщепи до . Отже РНКі є механізмом набутого противірусного імунітету у рослин. У відповідь у ході еволюції багато вірусів розвинули механізми пригнічення РНК-інтерференції у клітинах рослин. Описано вірусні білки, що можуть зв'язувати короткі дволанцюгові РНК із двонуклеотидними виступами на кінцях, які є продуктами ферменту дайсер. Деякі рослини після зараження певними бактеріями починають експресувати ендогенні міРНК. Така реакція може бути частиною генералізованої відповіді організму на патогени, що здійснюється шляхом пригінчення багатьох метаболічних процесів.
Хоча в клітинах тварин, як правило, експресується менше варіантів білка дайсер, ніж у рослин, система РНКі може брати участь в антивірусній відповіді і в них. РНКі відіграє важливу роль у вродженому противірусному імунітеті, зокрема захищає від ювенільні і дорослі особини D.melanogaster. Подібну роль в імунітеті система РНКі відіграє у C.elegans: експресія білків-аргонавтів підвищується при вірусній інфекції, при цьому нематоди отримують стійкість до вірусних інфекцій.
Роль РНКі у ссавців не повністю досліджена. Однак той факт, що деякі віруси ссавців містять гени, які можуть пригнічувати цю систему в клітинах хазяїна, свідчить про те, що РНКі може бути частиною противірусного імунітету ссавців . Проте ця гіпотеза поки не має достатнього підґрунтя і потребує подальших досліджень. Віруси ссавців можуть використовувати РНК-інтерференцію і в інших цілях, наприклад малі інтерферуючі РНК, що експресуються вірусом герпесу, можуть викликати утворення гетерохроматину, що призводить до переходу вірусу в латентний стан.
Пригнічення експресії генів
МікроРНК у геномі більшості еукаріот відіграють важливу роль у заглушенні експресії інших генів та у регуляції розвитку, особливо у визначенні часу морфогенезу та підтриманні недиференційованих або не повністю диференційованих типів клітин, таких як стовбурові клітини. Роль ендогенних мікроРНК у заглушенні експресії генів була вперше описана у C. elegans у 1993 році. У рослин таку функцію виявили, коли було показано, що «JAW мікроРНК» A.thaliana задіяна у регуляції кількох генів, що визначають форму рослини. У рослин більшість генів, на експресію яких впливають мікроРНК, — це гени транскрипційних факторів, таким чином розмах активності РНКі дуже широкий, вона регулює цілі сітки генів під час ембріогенезу і впливає на експресію головних , включаючи фактори траснкрипції та білки F-box. У багатьох організмів, в тому числі і в людей, мікроРНК також можуть бути пов'язані із формуванням пухлин та пригніченням клітинного циклу. В цьому випадку окремі мікроРНК можуть діяти і як онкогени, і як .
Активація експресії генів
РНК-послідовності (міРНК або мікроРНК), комплементарні до ділянок промотора, можуть підвищувати транскрипцію відповідних генів, цей феномен назвали РНК-активацією. У даному механізмі активації генів беруть участь білки дайсер та аргонавти.
Еволюція
Методи обчислювального філогенетичного аналізу показують, що найближчий спільний предок усіх еукаріотичних організмів мав ранній шлях РНКі. Відсутність цього шляху в деяких еукаріот є ознакою, набутою пізніше у процесі еволюції. Предкова система РНКі містила принаймні один дайсер-подібний білок, один аргонавт, один білок PIWI та РНК-залежну РНК-полімеразу, яка могла брати участь і в інших клітинних процесах. Первинною функцією РНКі був імунний захист від екзогенних генетичних елементів, таких як вірусні геноми та транспозони; інші функції, такі як також могли бути присутніми у предкових форм. Однак брати участь у менш споріднених процесах, зокрема регуляції ембріогенезу, мікроРНК стали пізніше в процесі еволюції. Гени РНК-інтерференції, як частина вродженої імунної системи багатьох еукаріот, постійно змінюються внаслідок еволюційної гонки озброєнь. Деякі віруси «навчились» пригнічувати РНКі у клітинах живителя, зокрема багато вірусів рослин. Дослідження швидкості еволюції у дрозофіли показали, що на гени шляху РНКі діє сильний рушійний добір. Швидкість еволюції цих генів є одною із найвищих у геномі дрозофіли.
Прикладне застосування
Нокдаун генів
Шлях РНК-інтерференції часто використовується в біології для вивчення функцій окремих генів, як у культурах клітин, так і in vivo. Дволанцюгова РНК, один із ланцюгів якої комплементарний до досліджуваного гену, вводиться у клітину або організм, де вона розпізнається як чужорідна і активує РНК-інтерференцію. Використовуючи цей механізм, вчені можуть дуже сильно знизити експресію гена-мішені. Вивчення впливу «вимикання» відповідного гену на організм чи клітину дає можливість робити висновки про фізіологічну роль продукту даного гену. Оскільки РНКі не повністю усуває експресію гена, а тільки дуже суттєво її знижує, така методика називається «нокдауном» гену, на противагу до , за якого ген повністю видаляється .
Зусилля біоінформатики спрямовані на те, щоб розробити цільові дволанцюгові РНК, які будуть мати максимальний вплив на ген-мішень і мінімальні побічні ефекти. Побічні ефекти виникають, коли введена в клітину РНК має спільні нуклеотидні послідовності з кількома генами і впливає на них всі. Дослідження геномів H. sapiens, C. elegans та Schizosaccharomyces pombe показали, що близько 10 % можливих siRNA будуть діяти на гени, відмінні від своєї мішені. Розроблена велика кількість програмного забезпечення для підбору послідовностей міРНК, в тому числі специфічних для ссавців і вірусів. Ці програми автоматично перевіряють можливість перехресного реагування із послідовностями інших генів.
Залежно від виду організму та експериментальної системи, екзогенні РНК можуть бути або довгими, у такому разі вона має стати субстратом для розщеплення дайсером, або короткими фрагментами, що є вже готовими молекулами міРНК. Для більшості клітин ссавців використовують короткі РНК, оскільки довгі дволанцюгові РНК можуть запускати інтерферонову відповідь — форму вродженого імунітету, яка неспецифічно реагує на будь-який чужорідний генетичний матеріал. У миші в яйцеклітинах та клітинах ембріонів ранніх стадій така реакція на чужорідну длРНК відсутня, тому ці клітини є поширеними моделями для вивчення ефектів нокдауну генів у ссавців. Розробляються спеціальні лабораторні методи, що дозволяють покращити використання РНКі у ссавців, уникаючи прямого введення міРНК. Одним із таких методів є стабільна трансфекція клітин плазмідою, що містить послідовність, з якої можуть зчитуватись міРНК. Складніша процедура, в якій використовуються лентівірусні , передбачає можливість індукованої активації або деактивації транскрипції, і відома під назвою умовна РНКі (англ. conditional RNAi).
Функціональна геноміка
Методи , що використовують РНКі, зазвичай застосовують для C. elegans та дрозофіли, через те що у цих модельних організмів РНКі найбільш ефективна. C. elegans — особливо зручний об'єкт з двох причин: по-перше, ефекти пригнічення експресії генів у неї успадковуються, по-друге — доставка длРНК надзвичайно проста. Хоча механізм цього явища не цілком зрозумілий, при згодовуванні бактерій, наприклад E.coli, які експресують потрібну РНК, нематоді, РНК проходить через травну систему у клітини C. elegans. Така «доставка годуванням» настільки ж ефективна, як і інші, дорожчі методи, наприклад занурення нематоди у розчин длРНК або введення останньої у гонади. Хоча в інших організмів доставка значно складніша, прикладається багато зусиль щодо використання методів РНКі у широкомасштабному в культурах клітин ссавців.
Підходи до створення бібліотек РНКі для цілих геномів організмів значно складніші, ніж створення однієї міРНК для конкретного експерименту. Для створення таких бібліотек міРНК передбачення ефективності їх дії використовуються . Масовий геномний скрінінг вважається багатообіцяючим методом тлумачення геномів, тому розвиваються високопродуктивні методи скрінінгу, базовані на технології ДНК-мікрочипів. Проте, під питанням залишається те, чи можна поширювати отримані дані навіть на близькі види, наприклад дані про C.elegans на паразитичні види нематод Функціональна геноміка, що використовує РНКі, є особливо привабливою методикою для картування та тлумачення геномів рослин, тому що багато із них , що ускладнює використання стандартних методів генетичної інженерії. Наприклад, РНКі успішно використовується для дослідження геному пшениці м'якої Triticum aestivum (гексаплоїд), а також класичних об'єктів, таких як Arabidopsis та кукурудза.
Медицина
Клітинний шлях РНК-інтерференції потенційно можна використовувати для лікування багатьох захворювань, в тому числі СНІДу, злоякісних новоутворень та . Хоча введення довгих длРНК у клітини ссавців проблематичне через інтерферонову відповідь, короткі РНК, що копіюють дію міРНК, дають бажаний ефект. Були проведені перші клінічні дослідження методу РНКі для лікування дегенерації жовтої плями сітківки та зараження респіраторним синцитіальним вірусом. Також ця методика успішно використовувалась для терапії пошкодження печінки у лабораторних мишей.
Потенційно РНКі може використовуватись в антивірусній терапії для лікування інфекції вірусом герпесу 2-го типу, пригнічення експресії вірусних генів у пухлинних клітинах, нокдауну рецепторів та корецепторів до ВІЛ, для супресії генів вірусів гепатитів А та В, вірусу грипу, інгібування реплікації вірусу кору. Також методики, що базуються на РНКі, є багатообіцяючими для терапії нейродегенеративних захворювань, таких як хвороба Гантінгтона. Досліджується можливість використання РНКі для лікування раку, шляхом пригнічення експресії генів, активність яких селективно збільшена у пухлинних клітинах, та генів, задіяних у регуляції клітинного циклу. Ключовим питанням у дослідженнях медичного використання РНКі є розробка безпечних методів доставки длРНК. Зараз для цього використовується багато вірусних векторів, схожих на ті, що запропоновані до використання у генній терапії. Розробляються також методики, базовані на РНКі для лікування персистентної інфекції ВІЛ першого типу. Віруси, схожі на ВІЛ-1, особливо проблематичні у терапії, оскільки потребують комбінації кількох шляхів РНКі.
Незважаючи на стрімкий ріст кількості досліджень, у яких ліки на основі РНК-інтерференції успішно використовуються в культурах клітин, постають також і питання стосовно безпечності використання таких методів лікування, особливо зважаючи на можливість побічних ефектів — супресію генів, що мають схожі послідовності до гену-мішені. За допомогою методів обчислювальної геноміки було встановлено, що імовірність такої неспецифічної дії становить близько 10 %. Масштабне дослідження захворювань печінки мишей показало високий рівень смертності серед піддослідних тварин при лікуванні РНКі. Вчені пояснюють такі результати «перенасиченням» шляху длРНК, через те що використовуються РНК із шпильками, що процесуються в ядрі і повинні переноситись у цитоплазму по механізму активного транспорту. Всі ці аспекти зараз активно досліджуються, щоб встановити наскільки безпечним є використання даної методики у терапії. Отже, РНК-інтерференція є багатообіцяючим інструментом у лікуванні багатьох захворювань, проте дуже важливо проводити ретельні пре-клінічні дослідження та оцінку імовірності неспецифічних взаємодій.
Перший препарат на основі малих інтерференційних олігонуклеотидів, патісіран був дозволений FDA США в серпні 2018 року та спрямований на лікування поліневриту, що виникає в результаті рідкісного спадкового захворювання — [en]. Олігонуклеотиди призводять до пригнічення синтезу ненормального мутованого білка транстиретину.
Біотехнологія
РНК-інтерференція використовується у біотехнології, зокрема для створення їстівних рослин із меншим вмістом природних токсинів. Наприклад, насіння бавовни містить багато поживного білка, але до його складу входить також і токсичний терпеноїд , через що це насіння непридатне для споживання. Використання РНКі дозволило створити сорти бавовни із зменшеною активністю ферменту, що синтезує госипол, у насінні, але не в інших частинах рослини, де ця речовина необхідна для захисту рослини від шкідників. Були здійснені схожі спроби скоротити кількість у рослинах маніоки (Manihot utilissima).
Хоча жоден із сортів рослин, створених за допомогою техніки, базованої на РНКі, не пройшов поки що експериментальної стадії, ці методи і далі стрімко розвиваються: розроблені сорти помідорів із зниженою кількістю алергенів, тютюн із зменшеним вмістом попередників канцерогенних речовин. Методики РНКі також використовувались і для створення маку Papaver somniferum, що міститиме менше , підвищення стійкості рослин до вірусних інфекцій, підвищення вмісту антикосидантів у томатах . Перші трансгенні рослини — помідори Flavr Sarv і стійка до вірусів папая — були створені із використанням методики антисенсових РНК, яка, швидше за все, діє по шляху РНК-інтерференції.
Джерела
- Daneholt, Bertil. Advanced Information: RNA interference. The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2006. Архів оригіналу за 25 серпня 2011. Процитовано 25 січня 2007.
- Fire A, Xu S, Montgomery M, Kostas S, Driver S, Mello C (1998). Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans. Nature. 391 (6669): 806—11. doi:10.1038/35888. PMID 9486653.
- Matzke MA, Matzke AJM. (2004). Planting the Seeds of a New Paradigm. PLoS Biol. 2 (5): e133. doi:10.1371/journal.pbio.0020133. PMID 15138502.
{{}}
: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом () - Ecker JR, Davis RW (1986). Inhibition of gene expression in plant cells by expression of antisense RNA. Proc Natl Acad Sci USA. 83 (15): 5372—5376. doi:10.1073/pnas.83.15.5372. PMC 386288. PMID 16593734.
- Napoli C, Lemieux C, Jorgensen R (1990). Introduction of a Chimeric Chalcone Synthase Gene into Petunia Results in Reversible Co-Suppression of Homologous Genes in trans. Plant Cell. 2 (4): 279—289. doi:10.1105/tpc.2.4.279. PMC 159885. PMID 12354959.
- Romano N, Macino G (1992). Quelling: transient inactivation of gene expression in Neurospora crassa by transformation with homologous sequences. Mol Microbiol. 6 (22): 3343—53. doi:10.1111/j.1365-2958.1992.tb02202.x. PMID 1484489.
- Van Blokland R, Van der Geest N, Mol JNM, Kooter JM (1994). Transgene-mediated suppression of chalcone synthase expression in Petunia hybrida results from an increase in RNA turnover. Plant J. 6: 861—77. doi:10.1046/j.1365-313X.1994.6060861.x/abs/.[недоступне посилання з 01.10.2019]
- Covey S, Al-Kaff N, Lángara A, Turner D (1997). Plants combat infection by gene silencing. Nature. 385 (6619): 781—2. doi:10.1038/385781a0.
- Ratcliff F, Harrison B, Baulcombe D (1997). A Similarity Between Viral Defense and Gene Silencing in Plants. Science. 276 (5318): 1558—60. doi:10.1126/science.276.5318.1558. PMID 18610513.
- Macrae I, Zhou K, Li F, Repic A, Brooks A, Cande W, Adams P, Doudna J (2006). Structural basis for double-stranded RNA processing by dicer. Science. 311 (5758): 195—8. doi:10.1126/science.1121638. PMID 16410517.
- Bagasra O, Prilliman KR (2004). RNA interference: the molecular immune system (PDF). J. Mol. Histol. 35 (6): 545—53. doi:10.1007/s10735-004-2192-8. PMID 15614608.
- Bernstein E, Caudy A, Hammond S, Hannon G (2001). Role for a bidentate ribonuclease in the initiation step of RNA interference. Nature. 409 (6818): 363—6. doi:10.1038/35053110. PMID 11201747.
- Pillai RS, Bhattacharyya SN, Filipowicz W (2007). Repression of protein synthesis by miRNAs: how many mechanisms?. Trends Cell Biol. 17 (3): 118—26. doi:10.1016/j.tcb.2006.12.007. PMID 17197185.
- Wang QL, Li ZH (2007). The functions of microRNAs in plants. Front. Biosci. 12: 3975—82. PMID 17485351.
- Zhao Y, Srivastava D (2007). A developmental view of microRNA function. Trends Biochem. Sci. 32 (4): 189—97. doi:10.1016/j.tibs.2007.02.006. PMID 17350266.
- Lee Y, Nakahara K, Pham J, Kim K, He Z, Sontheimer E, Carthew R (2004). Distinct roles for Drosophila Dicer-1 and Dicer-2 in the siRNA/miRNA silencing pathways. Cell. 117 (1): 69—81. doi:10.1016/S0092-8674(04)00261-2. PMID 15066283.
- Gregory R, Chendrimada T, Shiekhattar R (2006). MicroRNA biogenesis: isolation and characterization of the microprocessor complex. Methods Mol Biol. 342: 33—47. doi:10.1385/1-59745-123-1:33. PMID 16957365.
- Cheloufi S, Dos Santos CO, Chong MM, Hannon GJ. A dicer-independent miRNA biogenesis pathway that requires Ago catalysis // Nature. — 2010. — Вип. doi:10.1038/nature09092. — С. Published Online April 27, 2010.
- Gregory R, Chendrimada T, Cooch N, Shiekhattar R (2005). Human RISC couples microRNA biogenesis and posttranscriptional gene silencing. Cell. 123 (4): 631—40. doi:10.1016/j.cell.2005.10.022. PMID 16271387.
- Lodish H, Berk A, Matsudaira P, Kaiser CA, Krieger M, Scott MP, Zipurksy SL, Darnell J (2004). Molecular Cell Biology (вид. 5th). WH Freeman: New York, NY. ISBN .
- Matranga C, Tomari Y, Shin C, Bartel D, Zamore P (2005). Passenger-strand cleavage facilitates assembly of siRNA into Ago2-containing RNAi enzyme complexes. Cell. 123 (4): 607—20. doi:10.1016/j.cell.2005.08.044. PMID 16271386.
- Leuschner P, Ameres S, Kueng S, Martinez J (2006). Cleavage of the siRNA passenger strand during RISC assembly in human cells. EMBO Rep. 7 (3): 314—20. doi:10.1038/sj.embor.7400637. PMC 1456892. PMID 16439995.
- Schwarz DS, Hutvágner G, Du T, Xu Z, Aronin N, Zamore PD (2003). Asymmetry in the assembly of the RNAi enzyme complex. Cell. 115 (2): 199—208. doi:10.1016/S0092-8674(03)00759-1. PMID 14567917.
- Preall J, He Z, Gorra J, Sontheimer E (2006). Short interfering RNA strand selection is independent of dsRNA processing polarity during RNAi in Drosophila. Curr Biol. 16 (5): 530—5. doi:10.1016/j.cub.2006.01.061. PMID 16527750.
- Tomari Y, Matranga C, Haley B, Martinez N, Zamore P (2004). A protein sensor for siRNA asymmetry. Science. 306 (5700): 1377—80. doi:10.1126/science.1102755. PMID 15550672.
- Ma J, Yuan Y, Meister G, Pei Y, Tuschl T, Patel D (2005). Structural basis for 5'-end-specific recognition of guide RNA by the A. fulgidus Piwi protein. Nature. 434 (7033): 666—70. doi:10.1038/nature03514. PMID 15800629.
- Sen G, Wehrman T, Blau H (2005). mRNA translation is not a prerequisite for small interfering RNA-mediated mRNA cleavage. Differentiation. 73 (6): 287—93. doi:10.1111/j.1432-0436.2005.00029.x. PMID 16138829.
- Gu S, Rossi J (2005). Uncoupling of RNAi from active translation in mammalian cells. RNA. 11 (1): 38—44. doi:10.1261/rna.7158605. PMC 1370689. PMID 15574516.
- Sen G, Blau H (2005). Argonaute 2/RISC resides in sites of mammalian mRNA decay known as cytoplasmic bodies. Nat Cell Biol. 7 (6): 633—6. doi:10.1038/ncb1265. PMID 15908945.
- Jakymiw A, Lian S, Eystathioy T, Li S, Satoh M, Hamel J, Fritzler M, Chan E (2005). Disruption of P bodies impairs mammalian RNA interference. Nat Cell Biol. 7 (12): 1267—74. doi:10.1038/ncb1334. PMID 16284622.
- Verdel A, Jia S, Gerber S, Sugiyama T, Gygi S, Grewal S, Moazed D (2004). RNAi-mediated targeting of heterochromatin by the RITS complex. Science. 303 (5658): 672—6. doi:10.1126/science.1093686. PMID 14704433.
- Irvine D, Zaratiegui M, Tolia N, Goto D, Chitwood D, Vaughn M, Joshua-Tor L, Martienssen R (2006). Argonaute slicing is required for heterochromatic silencing and spreading. Science. 313 (5790): 1134—7. doi:10.1126/science.1128813. PMID 16931764.
- Noma K, Sugiyama T, Cam H, Verdel A, Zofall M, Jia S, Moazed D, Grewal S (2004). RITS acts in cis to promote RNA interference-mediated transcriptional and post-transcriptional silencing. Nat Genet. 36 (11): 1174—80. doi:10.1038/ng1452. PMID 15475954.
- Volpe T, Kidner C, Hall I, Teng G, Grewal S, Martienssen R (2002). Regulation of heterochromatic silencing and histone H3 lysine-9 methylation by RNAi. Science. 297 (5588): 1833—7. doi:10.1126/science.1074973. PMID 12193640.
- Volpe T, Schramke V, Hamilton G, White S, Teng G, Martienssen R, Allshire R (2003). RNA interference is required for normal centromere function in fission yeast. Chromosome Res. 11 (2): 137—46. doi:10.1023/A:1022815931524. PMID 12733640.
- Sugiyama T, Cam H, Verdel A, Moazed D, Grewal S (2005). RNA-dependent RNA polymerase is an essential component of a self-enforcing loop coupling heterochromatin assembly to siRNA production. Proc Natl Acad Sci USA. 102 (1): 152—7. doi:10.1073/pnas.0407641102. PMC 544066. PMID 15615848.
- Wang F, Koyama N, Nishida H, Haraguchi T, Reith W, Tsukamoto T (2006). The assembly and maintenance of heterochromatin initiated by transgene repeats are independent of the RNA interference pathway in mammalian cells. Mol Cell Biol. 26 (11): 4028—40. doi:10.1128/MCB.02189-05. PMC 1489094. PMID 16705157.
- Bass B (2002). RNA editing by adenosine deaminases that act on RNA. Annu Rev Biochem. 71: 817—46. doi:10.1146/annurev.biochem.71.110601.135501. PMC 1823043. PMID 12045112.
- Bass B (2000). Double-stranded RNA as a template for gene silencing. Cell. 101 (3): 235—8. doi:10.1016/S0092-8674(02)71133-1. PMID 10847677.
- Luciano D, Mirsky H, Vendetti N, Maas S (2004). RNA editing of a miRNA precursor. RNA. 10 (8): 1174—7. doi:10.1261/rna.7350304. PMC 1370607. PMID 15272117.
- Yang W, Chendrimada T, Wang Q, Higuchi M, Seeburg P, Shiekhattar R, Nishikura K (2006). Modulation of microRNA processing and expression through RNA editing by ADAR deaminases. Nat Struct Mol Biol. 13 (1): 13—21. doi:10.1038/nsmb1041. PMC 2950615. PMID 16369484.
- Yang W, Wang Q, Howell K, Lee J, Cho D, Murray J, Nishikura K (2005). ADAR1 RNA deaminase limits short interfering RNA efficacy in mammalian cells. J Biol Chem. 280 (5): 3946—53. doi:10.1074/jbc.M407876200. PMC 2947832. PMID 15556947.
{{}}
: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом () - Nishikura K (2006). Editor meets silencer: crosstalk between RNA editing and RNA interference. Nat Rev Mol Cell Biol. 7 (12): 919—31. doi:10.1038/nrm2061. PMC 2953463. PMID 17139332.
- Saumet A, Lecellier CH (2006). Anti-viral RNA silencing: do we look like plants?. Retrovirology. 3 (3): 3. doi:10.1186/1742-4690-3-3. PMC 1363733. PMID 16409629.
{{}}
: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом () - Hannon GL (2002). RNA interference. Nature. 418: 244—51. PMID 12110901.
- Jones L, Ratcliff F, Baulcombe DC (2001). RNA-directed transcriptional gene silencing in plants can be inherited independently of the RNA trigger and requires Met1 for maintenance. Current Biology. 11 (10): 747—757. doi:10.1016/S0960-9822(01)00226-3. PMID 11378384.
- Humphreys DT, Westman BJ, Martin DI, Preiss T (2005). MicroRNAs control translation initiation by inhibiting eukaryotic initiation factor 4E/cap and poly(A) tail function. Proc Natl Acad Sci USA. 102 (47): 16961—16966. doi:10.1073/pnas.0506482102. PMC 1287990. PMID 16287976.
- DaRocha W, Otsu K, Teixeira S, Donelson J (2004). Tests of cytoplasmic RNA interference (RNAi) and construction of a tetracycline-inducible T7 promoter system in Trypanosoma cruzi. Mol Biochem Parasitol. 133 (2): 175—86. doi:10.1016/j.molbiopara.2003.10.005. PMID 14698430.
- Robinson K, Beverley S (2003). Improvements in transfection efficiency and tests of RNA interference (RNAi) approaches in the protozoan parasite Leishmania. Mol Biochem Parasitol. 128 (2): 217—28. doi:10.1016/S0166-6851(03)00079-3. PMID 12742588.
- L. Aravind, Hidemi Watanabe, David J. Lipman, and Eugene V. Koonin (2000). Lineage-specific loss and divergence of functionally linked genes in eukaryotes. Proceedings of the National Academy of Sciences. 97 (21): 11319—11324. doi:10.1073/pnas.200346997. PMC 17198. PMID 11016957.
- Drinnenberg IA, Weinberg DE, Xie KT, Nower JP, Wolfe KH, Fink GR, Bartel DP (2009). RNAi in Budding Yeast. Science. 326 (5952): 544—50. doi:10.1126/science.1176945. PMID 19745116.
- Nakayashiki H, Kadotani N, Mayama S (2006). Evolution and diversification of RNA silencing proteins in fungi. J Mol Evol. 63 (1): 127—35. doi:10.1007/s00239-005-0257-2. PMID 16786437.
- Morita T, Mochizuki Y, Aiba H (2006). Translational repression is sufficient for gene silencing by bacterial small noncoding RNAs in the absence of mRNA destruction. Proc Natl Acad Sci USA. 103 (13): 4858—63. doi:10.1073/pnas.0509638103. PMC 1458760. PMID 16549791.
- Makarova K, Grishin N, Shabalina S, Wolf Y, Koonin E (2006). A putative RNA-interference-based immune system in prokaryotes: computational analysis of the predicted enzymatic machinery, functional analogies with eukaryotic RNAi, and hypothetical mechanisms of action. Biol Direct. 1: 7. doi:10.1186/1745-6150-1-7. PMC 1462988. PMID 16545108.
{{}}
: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом () - Stram Y, Kuzntzova L (2006). Inhibition of viruses by RNA interference. Virus Genes. 32 (3): 299—306. doi:10.1007/s11262-005-6914-0. PMID 16732482.
- Blevins T, Rajeswaran R, Shivaprasad P, Beknazariants D, Si-Ammour A, Park H, Vazquez F, Robertson D, Meins F, Hohn T, Pooggin M (2006). Four plant Dicers mediate viral small RNA biogenesis and DNA virus induced silencing. Nucleic Acids Res. 34 (21): 6233—46. doi:10.1093/nar/gkl886. PMC 1669714. PMID 17090584.
- Palauqui J, Elmayan T, Pollien J, Vaucheret H (1997). Systemic acquired silencing: transgene-specific post-transcriptional silencing is transmitted by grafting from silenced stocks to non-silenced scions. EMBO J. 16 (15): 4738—45. doi:10.1093/emboj/16.15.4738. PMC 1170100. PMID 9303318.
- Lucy A, Guo H, Li W, Ding S (2000). Suppression of post-transcriptional gene silencing by a plant viral protein localized in the nucleus. EMBO J. 19 (7): 1672—80. doi:10.1093/emboj/19.7.1672. PMC 310235. PMID 10747034.
- Mérai Z, Kerényi Z, Kertész S, Magna M, Lakatos L, Silhavy D (2006). Double-stranded RNA binding may be a general plant RNA viral strategy to suppress RNA silencing. J Virol. 80 (12): 5747—56. doi:10.1128/JVI.01963-05. PMC 1472586. PMID 16731914.
- Katiyar-Agarwal S, Morgan R, Dahlbeck D, Borsani O, Villegas A, Zhu J, Staskawicz B, Jin H (2006). A pathogen-inducible endogenous siRNA in plant immunity. Proc Natl Acad Sci USA. 103 (47): 18002—7. doi:10.1073/pnas.0608258103. PMC 1693862. PMID 17071740.
- Fritz J, Girardin S, Philpott D (2006). Innate immune defense through RNA interference. Sci STKE. 2006 (339): pe27. doi:10.1126/stke.3392006pe27. PMID 16772641.
- Zambon R, Vakharia V, Wu L (2006). RNAi is an antiviral immune response against a dsRNA virus in Drosophila melanogaster. Cell Microbiol. 8 (5): 880—9. doi:10.1111/j.1462-5822.2006.00688.x. PMID 16611236.
- Wang X, Aliyari R, Li W, Li H, Kim K, Carthew R, Atkinson P, Ding S (2006). RNA interference directs innate immunity against viruses in adult Drosophila. Science. 312 (5772): 452—4. doi:10.1126/science.1125694. PMC 1509097. PMID 16556799.
- Lu R, Maduro M, Li F, Li H, Broitman-Maduro G, Li W, Ding S (2005). Animal virus replication and RNAi-mediated antiviral silencing in Caenorhabditis elegans. Nature. 436 (7053): 1040—3. doi:10.1038/nature03870. PMC 1388260. PMID 16107851.
- Wilkins C, Dishongh R, Moore S, Whitt M, Chow M, Machaca K (2005). RNA interference is an antiviral defence mechanism in Caenorhabditis elegans. Nature. 436 (7053): 1044—7. doi:10.1038/nature03957. PMID 16107852.
- Berkhout B, Haasnoot J (2006). The interplay between virus infection and the cellular RNA interference machinery. FEBS Lett. 580 (12): 2896—902. doi:10.1016/j.febslet.2006.02.070. PMID 16563388.
- Schütz S, Sarnow P (2006). Interaction of viruses with the mammalian RNA interference pathway. Virology. 344 (1): 151—7. doi:10.1016/j.virol.2005.09.034. PMID 16364746.
- Cullen B (2006). Is RNA interference involved in intrinsic antiviral immunity in mammals?. Nat Immunol. 7 (6): 563—7. doi:10.1038/ni1352. PMID 16715068.
- Li H, Ding S (2005). Antiviral silencing in animals. FEBS Lett. 579 (26): 5965—73. doi:10.1016/j.febslet.2005.08.034. PMC 1350842. PMID 16154568.
- Carrington J, Ambros V (2003). Role of microRNAs in plant and animal development. Science. 301 (5631): 336—8. doi:10.1126/science.1085242. PMID 12869753.
- Lee R, Feinbaum R, Ambros V (1993). The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14. Cell. 75 (5): 843—54. doi:10.1016/0092-8674(93)90529-Y. PMID 8252621.
- Palatnik J, Allen E, Wu X, Schommer C, Schwab R, Carrington J, Weigel D (2003). Control of leaf morphogenesis by microRNAs. Nature. 425 (6955): 257—63. doi:10.1038/nature01958. PMID 12931144.
- Zhang B, Pan X, Cobb G, Anderson T (2006). Plant microRNA: a small regulatory molecule with big impact. Dev Biol. 289 (1): 3—16. doi:10.1016/j.ydbio.2005.10.036. PMID 16325172.
- Jones-Rhoades M, Bartel D, Bartel B (2006). MicroRNAS and their regulatory roles in plants. Annu Rev Plant Biol. 57: 19—53. doi:10.1146/annurev.arplant.57.032905.105218. PMID 16669754.
- Zhang B, Pan X, Cobb G, Anderson T (2007). microRNAs as oncogenes and tumor suppressors. Dev Biol. 302 (1): 1—12. doi:10.1016/j.ydbio.2006.08.028. PMID 16989803.
- Check E (2007). RNA interference: hitting the on switch. Nature. 448 (7156): 855—858. doi:10.1038/448855a. PMID 17713502.
- Li LC, Okino ST, Zhao H та ін. (2006). Small dsRNAs induce transcriptional activation in human cells. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103 (46): 17337—42. doi:10.1073/pnas.0607015103. PMC 1859931. PMID 17085592.
{{}}
: Явне використання «та ін.» у:|author=
() - Cerutti H, Casas-Mollano J (2006). On the origin and functions of RNA-mediated silencing: from protists to man. Curr Genet. 50 (2): 81—99. doi:10.1007/s00294-006-0078-x. PMC 2583075. PMID 16691418.
- Buchon N, Vaury C (2006). RNAi: a defensive RNA-silencing against viruses and transposable elements. Heredity. 96 (2): 195—202. doi:10.1038/sj.hdy.6800789. PMID 16369574.
- Obbard D, Jiggins F, Halligan D, Little T (2006). Natural selection drives extremely rapid evolution in antiviral RNAi genes. Curr Biol. 16 (6): 580—5. doi:10.1016/j.cub.2006.01.065. PMID 16546082.
- Voorhoeve PM, Agami R (2003). Knockdown stands up. Trends Biotechnol. 21 (1): 2—4. doi:10.1016/S0167-7799(02)00002-1. PMID 12480342.
- Qiu S, Adema C, Lane T (2005). A computational study of off-target effects of RNA interference. Nucleic Acids Res. 33 (6): 1834—47. doi:10.1093/nar/gki324. PMC 1072799. PMID 15800213.
- Naito Y, Yamada T, Matsumiya T, Ui-Tei K, Saigo K, Morishita S (2005). dsCheck: highly sensitive off-target search software for double-stranded RNA-mediated RNA interference. Nucleic Acids Res. 33 (Web Server issue): W589—91. doi:10.1093/nar/gki419. PMC 1160180. PMID 15980542.
- Henschel A, Buchholz F, Habermann B (2004). DEQOR: a web-based tool for the design and quality control of siRNAs. Nucleic Acids Res. 32 (Web Server issue): W113—20. doi:10.1093/nar/gkh408. PMC 441546. PMID 15215362.
- Naito Y, Yamada T, Ui-Tei K, Morishita S, Saigo K (2004). siDirect: highly effective, target-specific siRNA design software for mammalian RNA interference. Nucleic Acids Res. 32 (Web Server issue): W124—9. doi:10.1093/nar/gkh442. PMC 441580. PMID 15215364.
- Naito Y, Ui-Tei K, Nishikawa T, Takebe Y, Saigo K (2006). siVirus: web-based antiviral siRNA design software for highly divergent viral sequences. Nucleic Acids Res. 34 (Web Server issue): W448—50. doi:10.1093/nar/gkl214. PMC 1538817. PMID 16845046.
- Reynolds A, Anderson E, Vermeulen A, Fedorov Y, Robinson K, Leake D, Karpilow J, Marshall W, Khvorova A (2006). Induction of the interferon response by siRNA is cell type- and duplex length-dependent. RNA. 12 (6): 988—93. doi:10.1261/rna.2340906. PMC 1464853. PMID 16611941.
- Stein P, Zeng F, Pan H, Schultz R (2005). Absence of non-specific effects of RNA interference triggered by long double-stranded RNA in mouse oocytes. Dev Biol. 286 (2): 464—71. doi:10.1016/j.ydbio.2005.08.015. PMID 16154556.
- Brummelkamp T, Bernards R, Agami R (2002). A system for stable expression of short interfering RNAs in mammalian cells. Science. 296 (5567): 550—3. doi:10.1126/science.1068999. PMID 11910072.
- Tiscornia G, Tergaonkar V, Galimi F, Verma I (2004). CRE recombinase-inducible RNA interference mediated by lentiviral vectors. Proc Natl Acad Sci USA. 101 (19): 7347—51. doi:10.1073/pnas.0402107101. PMC 409921. PMID 15123829.
- Ventura A, Meissner A, Dillon C, McManus M, Sharp P, Van Parijs L, Jaenisch R, Jacks T (2004). Cre-lox-regulated conditional RNA interference from transgenes. Proc Natl Acad Sci USA. 101 (28): 10380—5. doi:10.1073/pnas.0403954101. PMC 478580. PMID 15240889.
- Brock T, Browse J, Watts J (2006). . PLoS Genet. 2 (7): e108. doi:10.1371/journal.pgen.0020108. PMC 1500810. PMID 16839188. Архів оригіналу за 22 лютого 2008. Процитовано 28 квітня 2019.
{{}}
: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом () - Kamath R, Ahringer J (2003). Genome-wide RNAi screening in Caenorhabditis elegans. Methods. 30 (4): 313—21. doi:10.1016/S1046-2023(03)00050-1. PMID 12828945.
- Boutros M, Kiger A, Armknecht S, Kerr K, Hild M, Koch B, Haas S, Paro R, Perrimon N (2004). Genome-wide RNAi analysis of growth and viability in Drosophila cells. Science. 303 (5659): 832—5. doi:10.1126/science.1091266. PMID 14764878.
- Fortunato A, Fraser A (2005). Uncover genetic interactions in Caenorhabditis elegans by RNA interference. Biosci Rep. 25 (5–6): 299—307. doi:10.1007/s10540-005-2892-7. PMID 16307378.
- Cullen L, Arndt G (2005). Genome-wide screening for gene function using RNAi in mammalian cells. Immunol Cell Biol. 83 (3): 217—23. doi:10.1111/j.1440-1711.2005.01332.x. PMID 15877598.
- Huesken D, Lange J, Mickanin C, Weiler J, Asselbergs F, Warner J, Meloon B, Engel S, Rosenberg A, Cohen D, Labow M, Reinhardt M, Natt F, Hall J (2005). Design of a genome-wide siRNA library using an artificial neural network. Nat Biotechnol. 23 (8): 995—1001. doi:10.1038/nbt1118. PMID 16025102.
- Janitz M, Vanhecke D, Lehrach H (2006). High-throughput RNA interference in functional genomics. Handb Exp Pharmacol. 173 (173): 97—104. doi:10.1007/3-540-27262-3_5. PMID 16594612.
- Vanhecke D, Janitz M (2005). Functional genomics using high-throughput RNA interference. Drug Discov Today. 10 (3): 205—12. doi:10.1016/S1359-6446(04)03352-5. PMID 15708535.
- Geldhof P, Murray L, Couthier A, Gilleard J, McLauchlan G, Knox D, Britton C (2006). Testing the efficacy of RNA interference in Haemonchus contortus. Int J Parasitol. 36 (7): 801—10. doi:10.1016/j.ijpara.2005.12.004. PMID 16469321.
- Geldhof P, Visser A, Clark D, Saunders G, Britton C, Gilleard J, Berriman M, Knox D. (2007). RNA interference in parasitic helminths: current situation, potential pitfalls and future prospects. Parasitology. 134 (Pt 5): 1—11. doi:10.1017/S0031182006002071. PMID 17201997.
- Travella S, Klimm T, Keller B (2006). RNA interference-based gene silencing as an efficient tool for functional genomics in hexaploid bread wheat. Plant Physiol. 142 (1): 6—20. doi:10.1104/pp.106.084517. PMC 1557595. PMID 16861570.
- McGinnis K, Chandler V, Cone K, Kaeppler H, Kaeppler S, Kerschen A, Pikaard C, Richards E, Sidorenko L, Smith T, Springer N, Wulan T (2005). Transgene-induced RNA interference as a tool for plant functional genomics. Methods Enzymol. 392: 1—24. doi:10.1016/S0076-6879(04)92001-0. PMID 15644172.
- Paddison P, Caudy A, Hannon G (2002). Stable suppression of gene expression by RNAi in mammalian cells. Proc Natl Acad Sci USA. 99 (3): 1443—8. doi:10.1073/pnas.032652399. PMC 122210. PMID 11818553.
- Sah D (2006). Therapeutic potential of RNA interference for neurological disorders. Life Sci. 79 (19): 1773—80. doi:10.1016/j.lfs.2006.06.011. PMID 16815477.
- Zender L, Hutker S, Liedtke C, Tillmann H, Zender S, Mundt B, Waltemathe M, Gosling T, Flemming P, Malek N, Trautwein C, Manns M, Kuhnel F, Kubicka S (2003). Caspase 8 small interfering RNA prevents acute liver failure in mice. Proc Natl Acad Sci USA. 100 (13): 7797—802. doi:10.1073/pnas.1330920100. PMC 164667. PMID 12810955.
- Jiang M, Milner J (2002). Selective silencing of viral gene expression in HPV-positive human cervical carcinoma cells treated with siRNA, a primer of RNA interference. Oncogene. 21 (39): 6041—8. doi:10.1038/sj.onc.1205878. PMID 12203116.
- Crowe S (2003). Suppression of chemokine receptor expression by RNA interference allows for inhibition of HIV-1 replication, by Martínez et al. AIDS. 17 Suppl 4: S103—5. PMID 15080188.
- Kusov Y, Kanda T, Palmenberg A, Sgro J, Gauss-Müller V (2006). Silencing of hepatitis A virus infection by small interfering RNAs. J Virol. 80 (11): 5599—610. doi:10.1128/JVI.01773-05. PMC 1472172. PMID 16699041.
- Jia F, Zhang Y, Liu C (2006). A retrovirus-based system to stably silence hepatitis B virus genes by RNA interference. Biotechnol Lett. 28 (20): 1679—85. doi:10.1007/s10529-006-9138-z. PMID 16900331.
- Li Y, Kong L, Cheng B, Li K (2005). Construction of influenza virus siRNA expression vectors and their inhibitory effects on multiplication of influenza virus. Avian Dis. 49 (4): 562—73. doi:10.1637/7365-041205R2.1. PMID 16405000.
- Hu L, Wang Z, Hu C, Liu X, Yao L, Li W, Qi Y (2005). Inhibition of Measles virus multiplication in cell culture by RNA interference. Acta Virol. 49 (4): 227—34. PMID 16402679.
- Raoul C, Barker S, Aebischer P (2006). Viral-based modelling and correction of neurodegenerative diseases by RNA interference. Gene Ther. 13 (6): 487—95. doi:10.1038/sj.gt.3302690. PMID 16319945.
- Putral L, Gu W, McMillan N (2006). RNA interference for the treatment of cancer. Drug News Perspect. 19 (6): 317—24. doi:10.1358/dnp.2006.19.6.985937. PMID 16971967.
- Izquierdo M (2005). Short interfering RNAs as a tool for cancer gene therapy. Cancer Gene Ther. 12 (3): 217—27. doi:10.1038/sj.cgt.7700791. PMID 15550938.
- Li C, Parker A, Menocal E, Xiang S, Borodyansky L, Fruehauf J (2006). Delivery of RNA interference. Cell Cycle. 5 (18): 2103—9. doi:10.4161/cc.5.18.3192. PMID 16940756.
- Takeshita F, Ochiya T (2006). Therapeutic potential of RNA interference against cancer. Cancer Sci. 97 (8): 689—96. doi:10.1111/j.1349-7006.2006.00234.x. PMID 16863503.
- Berkhout, B; ter Brake, O (2010). RNAi Gene Therapy to Control HIV-1 Infection. RNA Interference and Viruses: Current Innovations and Future Trends. Caister Academic Press. ISBN .
- Tong A, Zhang Y, Nemunaitis J (2005). Small interfering RNA for experimental cancer therapy. Curr Opin Mol Ther. 7 (2): 114—24. PMID 15844618.
- Grimm D, Streetz K, Jopling C, Storm T, Pandey K, Davis C, Marion P, Salazar F, Kay M (2006). Fatality in mice due to oversaturation of cellular microRNA/short hairpin RNA pathways. Nature. 441 (7092): 537—41. doi:10.1038/nature04791. PMID 16724069.
- Ledford, Heidi (2018). Gene-silencing technology gets first drug approval after 20-year wait. Nature. doi:10.1038/d41586-018-05867-7. ISSN 0028-0836.(англ.)
- Sunilkumar G, Campbell L, Puckhaber L, Stipanovic R, Rathore K (2006). Engineering cottonseed for use in human nutrition by tissue-specific reduction of toxic gossypol. Proc Natl Acad Sci USA. 103 (48): 18054—9. doi:10.1073/pnas.0605389103. PMC 1838705. PMID 17110445.
- Siritunga D, Sayre R (2003). Generation of cyanogen-free transgenic cassava. Planta. 217 (3): 367—73. doi:10.1007/s00425-003-1005-8. PMID 14520563.
- Le L, Lorenz Y, Scheurer S, Fötisch K, Enrique E, Bartra J, Biemelt S, Vieths S, Sonnewald U (2006). Design of tomato fruits with reduced allergenicity by dsRNAi-mediated inhibition of ns-LTP (Lyc e 3) expression. Plant Biotechnol J. 4 (2): 231—42. doi:10.1111/j.1467-7652.2005.00175.x. PMID 17177799.
- Gavilano L, Coleman N, Burnley L, Bowman M, Kalengamaliro N, Hayes A, Bush L, Siminszky B (2006). Genetic engineering of Nicotiana tabacum for reduced nornicotine content. J Agric Food Chem. 54 (24): 9071—8. doi:10.1021/jf0610458. PMID 17117792.
- Allen R, Millgate A, Chitty J, Thisleton J, Miller J, Fist A, Gerlach W, Larkin P (2004). RNAi-mediated replacement of morphine with the nonnarcotic alkaloid reticuline in opium poppy. Nat Biotechnol. 22 (12): 1559—66. doi:10.1038/nbt1033. PMID 15543134.
- Zadeh A, Foster G (2004). Transgenic resistance to tobacco ringspot virus. Acta Virol. 48 (3): 145—52. PMID 15595207.
- Niggeweg R, Michael A, Martin C (2004). Engineering plants with increased levels of the antioxidant chlorogenic acid. Nat Biotechnol. 22 (6): 746—54. doi:10.1038/nbt966. PMID 15107863.
- Sanders R, Hiatt W (2005). Tomato transgene structure and silencing. Nat Biotechnol. 23 (3): 287—9. doi:10.1038/nbt0305-287b. PMID 15765076.
- Chiang C, Wang J, Jan F, Yeh S, Gonsalves D (2001). Comparative reactions of recombinant papaya ringspot viruses with chimeric coat protein (CP) genes and wild-type viruses on CP-transgenic papaya. J Gen Virol. 82 (Pt 11): 2827—36. PMID 11602796.
Посилання
- Огляд процесу РНК-інтерференції від The Naked Scientists (англ.)
- Анімація процесу РНК-інтерференції із журналу Nature (англ.)
- NOVA scienceNOW про РНК-інтерференцію — 5-хвилинне популярне відео про відкриття РНК-інтерференції (англ.)
- Silencing Genomes Опис експериментів по РНК-інтерференції на C. elegans для навчання. Від центру вивчення ДНК Cold Spring Harbor Laboratory. (англ.)
- 2 American ‘Worm People’ Win Nobel for RNA Work, стаття про Нобелівських лауреатів, що відкрили РНК-інтерференцію, у New York Times (англ.)
- Molecular Therapy web focus: «The development of RNAi as a therapeutic strategy», збірка безкоштовних статей про використання РНК-інтерференції у терапії. (англ.)
Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет
RNK interferenciya RNKi angl RNA interference RNAi sistema kontrolyu aktivnosti geniv eukariotichnih klitin sho zdijsnyuyetsya za dopomogoyu korotkih 20 25 nukleotidiv molekul ribonukleyinovoyi kisloti Klyuchovimi molekulami v RNKi ye mali interferuyuchi RNK angl small interfering RNA siRNA ta mikroRNK microRNA ci molekuli mozhut vstupati u vzayemodiyu iz komplementarnimi poslidovnostyami v inshih molekulah RNK napriklad u matrichnih RNK i pidvishuvati abo prignichuvati yihnyu aktivnist Odnim z najposhirenishih ta najkrashe vivchenih mehanizmiv diyi RNKi ye posttranskripcijne prignichennya ekspresiyi geniv shlyahom rujnuvannya abo deadenilyuvannya mRNK Dostavka korotkih RNK sho mistyat shpilki za dopomogoyu vektora na osnovi lentivirusu i mehanizm RNK interferenciyi v klitinah ssavciv RNK interferenciya viyavlena u klitinah bilshosti eukariot tvarin roslin gribiv Vona ye vazhlivim mehanizmom zahistu klitini vid parazituyuchih geniv virusiv ta transpozoniv takozh bere uchast u regulyaciyi ekspresiyi vlasnih geniv organizmu zokrema u procesi embriogenezu piRNK Vibirkovij i potuzhnij harakter vplivu RNKi na ekspresiyu geniv dozvolyaye vikoristovuvati ce yavishe yak zruchnij instrument biologichnih doslidzhen yak u kulturah klitin tak i v zhivih organizmah Vikoristannya cogo shlyahu takozh ye bagatoobicyayuchim dlya biotehnologiyi ta medicini zokrema dlya rozrobki ta vprovadzhennya novogo pokolinnya likiv Istorichno RNK interferenciya bula vidoma pid inshimi nazvami zokrema kosupresiya ta posttranskripcijne prignichennya ekspresiyi geniv Tilki pislya detalnishogo doslidzhennya cih procesiv yaki spochatku zdavalis nepov yazanimi stalo zrozumilo sho vsi voni ye prikladami RNK interferenciyi U 2006 roci Endryu Fayer ta Krejg Mello otrimali Nobelivsku premiyu z fiziologiyi ta medicini za robotu prisvyachenu mehanizmam RNK interferenciyi u Caenorhabditis elegans yaku voni opublikuvali u 1998 roci Istoriya vidkrittyaKviti v klitinah yakoyi ekspresiya geniv sho vidpovidayut za zabarvlennya znizhena RNK interferenciyeyu Zliva roslina dikogo tipu roslini sprava mistyat ekspresiya yakih prignichena yak i ekspresiya vlasnih geniv organizmu sho vidpovidayut za zabarvlennya vinochka Vidkrittyu RNK interferenciyi pereduvalo sposterezhennya prignichennya ekspresiyi geniv u roslin pid vplivom antisensovih RNK Piznishe vcheni v Niderlandah ta SShA otrimali nespodivani rezultati pri vvedenni u roslini petuniyi Richard Jorgensen ta spivrobitniki namagalis modifikuvati roslini takim chinom shob yihni kviti mali bilsh glibokij kolir Dlya cogo vcheni vveli u klitini dodatkovi kopiyi genu fermentu sho vidpovidaye za utvorennya fioletovogo pigmentu Prote yak z yasuvalos zbilshennya kopijnosti cogo genu ne prizvelo do proyavu temnishogo zabarvlennya vinochka petuniyi navpaki roslini utvoryuvali menshe pigmentu i kviti stavali povnistyu abo chastkovo bilimi Ci rezultati svidchili pro znachne znizhennya aktivnosti halkonsintazi pri chomu prignichuvalas robota yak transgenu tak i endogennoyi kopiyi gena cogo fermentu Ce yavishe u roslin bulo nazvane kosupresiya Zgodom analogichne yavishe bulo vidkrite i v gribiv Neurospora crassa Spochatku analogiyi mizh cimi dvoma vipadkami ne bulo provedeno i u vipadku N crassa takij efekt nazivavsya inshim terminom kveling angl Quelling Podalshi doslidzhennya pokazali sho kosupresiya u roslin zumovlena post trasnkripcijnim prignichennyam ekspresiyi genu vnaslidok pidvishennya rivnya degradaciyi mRNK Nezabarom shozhij nespodivanij efekt buv opisanij pri sprobi pidvishiti stijkist roslin do virusnih infekcij Na toj chas bulo vidomo sho roslini yaki ekspresuyut virusni bilki mayut nechutlivist do infikuvannya vidpovidnim virusom Nespodivankoyu stalo te sho dlya otrimannya takoyi stijkosti dostatno bulo vvesti u genom roslini korotki nekoduyuchi poslidovnosti virusnoyi RNK Pripuskalos sho virusna RNK yaka utvoryuvalas u roslinnih klitinah takozh prignichuvala replikaciyu virusu U zvorotnomu eksperimenti korotki dilyanki roslinnih geniv vvodilis u genom virusu V comu vipadku sposterigalos prignichennya ekspresiyi vidpovidnogo genu v roslinnij klitini pislya yiyi zarazhennya modifikovanim virusom Cej fenomen otrimav nazvu virus indukovane zaglushennya ekspresiyi geniv angl virus induced gene silencing VIGS a vsyu sukupnist podibnih yavish nazivali post transkripcijnim zaglushennyam ekspresiyi geniv angl post transcriptional gene silencing U 1998 roci u zhurnali Nature bula opublikovana robota Endryu Fayera ta Krejga Melo u yakij voni opisuvali sprobu zaglushennya ekspresiyi geniv S elegans iz vikoristannyam antisensovih RNK Ci vcheni pokazali sho vvedennya okremo korotkih RNK sho zbigalisya z poslidovnistyu mRNK cogo genu abo buli antisensovimi do neyi u klitini nematodi malo yak minimum u 10 raziv slabshij efekt na ekspresiyu genu nizh vvedennya sumishi oboh tipiv RNK yaki utvoryuvali dvolancyugovu molekulu Takim chinom bulo pokazano sho prichinoyu viniknennya post transkripcijnogo prignichennya geniv ye same nayavnist u klitini korotkih dvolancyugovih molekul RNK Rezultatom cih robit bulo stvorennya samogo termina RNK interferenciya Fayer ta Melo otrimali Nobelivsku premiyu z fiziologiyi ta medicini u 2006 roci za vidkrittya RNK interferenciyi prignichennya ekspresiyi geniv dvolancyugovoyu RNK Molekulyarni mehanizmiDajser Giardia intestinalis bilok sho katalizuye rozrizannya dvolancyugovih RNK iz utvorennyam malih interferuyuchih RNK Domen RNKazi zabarvlenij zelenim PAZ domen zhovtim domen platformi chervonim a zv yazuyucha spiral sinim RNKi ce RNK zalezhne zaglushennya ne plutati z prignichennyam transkripciyi ekspresiyi geniv sho zdijsnyuyetsya zavdyaki efektornomu bilkovomu RNK indukovanomu kompleksu zaglushennya angl RNA induced silencing complex RISC ta iniciyuyetsya korotkimi dvolancyugovimi RNK dlRNK yaki vzayemodiyut iz cim kompleksom u citoplazmi klitini Isnuye dva shlyahi RNKi ekzogennij ta endogennij U vipadku ekzogennogo shlyahu dlRNK pohodit iz genomu virusu abo ye rezultatom laboratornih manipulyacij Taki dlRNK u citoplazmi rizhutsya na korotki fragmenti fermentom iz aktivnistyu RNKazi III dajser angl Dicer Endogenni dvolancyugovi RNK utvoryuyutsya vnaslidok ekspresiyi vlasnih geniv organizmu napriklad geniv pre mikroRNK Procesing pervinnih transkriptiv cih geniv peredbachaye utvorennya harakternih shpilkovih struktur u yadri yaki piznishe transportuyutsya u citoplazmu i rozrizayutsya fermentom dajser vnaslidok chogo utvoryuyutsya mikroRNK sho mozhut vzayemodiyati z RISC kompleksom Takim chinom shlyahi ekzogennih ta endogennih dlRNK shodyatsya na rivni RISC Mali interferuyuchi RNK Mali interferuyuchi RNK miRNK angl siRNA ce dvolancyugovi RNK dovzhinoyu 21 25 nukleotidiv iz dvonukleotidnimi vistupami na 3 kincyah Kozhen lancyug maye fosfatnu grupu na 5 i gidroksilnu na 3 kinci Taka struktura utvoryuyutsya v rezultati diyi fermentu dajser na dovgi dvolancyugovi RNK abo RNK sho mistyat shpilki Pislya rozsheplennya dajserom dvolancyugovi miRNK potraplyayut u katalitichnij RISC kompleks U comu kompleksi bilok argonavt angl Argonaute rozplitaye dupleks RNK v rezultati chogo u RISC zalishayetsya tilki odin iz dvoh lancyugiv napryamnij Napryamnij lancyug miRNK dozvolyaye efektornomu kompleksu znajti specifichnu mRNK mishen oskilki vin komplementranij do pevnoyi yiyi dilyanki Priyednannya kompleksu siRNA RISC do mRNK prizvodit do degradaciyi ostannoyi Na vidminu vid mikroRNK mali interferuyuchi RNK yak pravilo gibridizuyutsya iz yedinim tipom mRNK misheni duzhe tochno i prizvodyat do yiyi endonukleotichnogo rozsheplennya MikroRNK Struktura steblo petlya vtorinna struktura pre mikroRNK iz Brassica oleracea Dokladnishe MikroRNK MikroRNK mir angl microRNA miRNA molekuli RNK dovzhinoyu 21 22 nukleotidi endogennogo pohodzhennya sho berut uchast u regulyaciyi ekspresiyi geniv zokrema u procesi individualnogo rozvitku organizmiv Geni mikroRNK transkribuyutsya iz utvorennyam dovgih transkriptiv pervinnoyi mikroRNK angl primordial miRNA ci RNK procesuyutsya u yadri vnaslidok chogo voni peretvoryuyutsya u pre mikroRNK strukturi u viglyadi shpilki dovzhinoyu priblizno 70 nukleotidiv Kompleks procesingu pervinnogo transkriptu v pre mikroRNK mistit ferment iz aktivnistyu RNKazi III yakij nazivayut Drosha ta bilok sho zv yazuye dvolancyugovu RNK Pasha Pislya procesingu pre miRNA transportuyetsya z yadra v citoplazmu de vona staye substratom dlya fermentu dajser u Drosophila melanogaster ta S elegans miRNK ta mikroRNK procesuyutsya riznimi dajser Zrila molekula mikroRNK mozhe zv yazuvatis iz fermentativnim RISC kompleksom Vidomij takozh shlyah procesingu mikroRNK ne zalezhnij vid dajseru U comu vipadku pre mikroRNK rizhetsya bilkom argonavtom 2 Principova riznicya mizh miRNK ta mikroRNK polyagaye u tomu sho u tvarin poslidovnist mikroRNK ne povnistyu komplementarna do poslidovnosti mRNK misheni takim chinom mikroRNK mozhut ingibuvati translyaciyu iz kilkoh riznih mRNK sho mistyat shozhi poslidovnosti u roslin yak mikroRNK tak i miRNK zazvichaj povnistyu komplementarni do RNK misheni MikroRNK priyednuyutsya do 3 UTR 3 kincevoyi dilyanki sho ne translyuyetsya mRNK i viklikayut vidalennya poli A hvosta abo prignichennya translyaciyi inshim shlyahom Efektornij kompleks RISC Dokladnishe RISC biologiya Livoruch povnorozmirnij bilok argonavt iz vidu arhej Pravoruch PIWI domen bilka argonavta u kompleksi iz dvolancyugovoyu RNK RISC angl RNA induced silencing complex RNK indukovanij sajlensing kompleks efektornij bilkovij kompleks sho zabezpechuye endonukleazne rozsheplennya mRNK u procesi RNK interferenciyi Katalitichnoyu chastinoyu RISC ye endonukleazi rodini argonavtiv Argonaute yaki rozsheplyuyut mRNK komplementarnu do miRNK abo mikroRNK RISC kompleksu Fragmenti yaki utvoryuyutsya vnaslidok diyi fermentu dajser na dvolancyugovu RNK ye takozh dvolancyugovimi i teoretichno bud yakij iz dvoh lancyugiv mozhe vhoditi v aktivnij RISC kompleks Prote iz bilkom argonavtom zv yazuyutsya tilki odin z cih lancyugiv yakij nazivayetsya napryamnim angl guide strand i tilki vin bere uchast u poshuku mRNK misheni Inshij lancyug lancyug suputnik angl passenger strand anti guide strand rozsheplyuyetsya u procesi aktivaciyi RISC Ranishe vvazhalos sho lancyugi rozdilyayutsya ATF zalezhnimi gelikazami zaraz stalo vidomo sho danij proces ye ATF nezalezhnim i zdijsnyuyetsya bezposeredno bilkami sho vhodyat do skladu RISC Za napryamnij zazvichaj vibirayetsya toj lancyug 5 kinec yakogo mensh micno priyednanij do komplementarnogo lancyuga na vibir ne vplivaye napryamok u yakomu rozrizaye dlRNK dajser Bilsh stabilnij 5 kinec lancyuga suputnika mozhe rozpiznavatis bilkom R2D2 Rentgenostrukturnij analiz dozvoliv proanalizuvati zv yazuvannya molekul RNK iz RNK zv yazuyuchim domenom bilkiv argonavtiv Bulo vstanovleno sho fosforilovanij 5 kinec odnolancyugovoyi RNK potraplyaye u pozitivno zaryadzhenu kishenyu bilka i cherez ioni Mg2 vstupaye u iz konservativnimi zalishkom tirozinu Cya dilyanka bilka stimulyuye zv yazuvannya interferuyuchih RNK iz mishennyu mRNK Mehanizm za yakim RISC znahodit komplementarnu mRNK doslidzhenij nedostatno Pokazano sho dlya uspishnoyi degradaciyi mRNK kompleksom mikroRNK RISC translyaciya ne ye neobhidnoyu bilshe togo shlyah RNK interferenciyi mozhe buti efektivnishim dlya mRNK mishenej yaki ne translyuyutsya v cej chas Bilki argonavti ye katalitichnoyu chastinoyu RISC voni lokalizuyutsya u specialnih dilyankah citoplazmi vidomih yak R tilcya angl Processing bodies R tilcya ce dilyanki z visokimi rivnyami degradaciyi RNK pokazano sho same tut sposterigayetsya maksimalna aktivnist mikroRNK Rujnuvannya R tilec prizvodit do znachnogo znizhennya efektivnosti procesu RNK interferenciyi Prignichennya transkripciyi Krim togo sho RNKi diye na rivni prignichennya translyaciyi vona takozh mozhe vplivati i na transkripciyu geniv Bagato eukariotiv vikoristovuyut cej shlyah dlya pidtrimannya strukturi genomu Modifikaciya gistoniv dozvolyaye zmenshiti ekspresiyu geniv iz pevnoyi dilyanki oskilki cya dilyanka perehodit u stan geterohromatinu Dekoli cej proces pov yazanij iz RNK interferenciyeyu todi jogo nazivayut RITS angl RNA induced transcriptional silencing RNK indukovane prignichennya transkripciyi Vivchennya yavisha RITS v osnovnomu bulo obmezhene doslidzhennyam ekspresiyi dilyanki sho vidpovidaye za tip sparyuvannya u drizhdzhiv Schizosaccharomyces pombe ale otrimani dani mozhut ne spravdzhuvatis dlya genomiv inshih organizmiv U drizhdzhiv S pombe prignichennya transkripciyi zabezpechuye RITS kompleks yakij mistit argonavt bilok Chp1 iz hromodomenom domen yakij znahodyat u bilkiv pov yazanih iz organizaciyeyu i perebudovoyu hromatinu ta bilok iz nevidomoyu funkciyeyu Tas3 Dlya indukciyi utvorennya dilyanok geterohromatinu neobhidnij ferment dajser a takozh bilok argonavt i RNK zalezhna RNK polimeraza Deleciya cih geniv u S pombe porushuye metilyuvannya gistoniv i formuvannya centromer cherez sho podil klitini zupinyayetsya abo spovilnyuyetsya v anafazi Dlya pidtrimannya vzhe sformovanih dilyanok geterohromatinu RITS formuye kompleks iz miRNK komplementarnimi do geniv u danij dilyanci i stabilno zv yazuyetsya iz metilovanimi gistonami Cej kompleks zabezpechuye kotranskripcijnu degradaciyu bud yakih pre mRNK sintez yakih iniciyuye RNK polimeraza Vvazhayetsya sho dilyanki geterohromatinu pidtrimuyutsya na osnovi pozitivnogo zvorotnogo zv yazku cherez te sho novi miRNK formuyutsya RNK zalezhnoyu RNK polimerazoyu iz vipadkovih transkriptiv i vklyuchayutsya v kompleks RITS Vsi opisani dani buli otrimani tilki dlya S pombe u ssavciv pidtrimannya dilyanok geterohromatinu mozhe buti RNKi nezalezhnim Zv yazok iz redaguvannyam RNK Najbilsh rozpovsyudzhenoyu formoyu redaguvannya RNK u vishih eukariot ye peretvorennya adenozinu v inozin u dvolancyugovih RNK yake zdijsnyuyetsya fermentom adenozindeaminazoyu U 2000 roci bulo pripusheno sho shlyah RNK interferenciyi i shlyah redaguvannya RNK A I mozhut konkuruvati za spilnij substrat dvolancyugovu RNK Spravdi deyaki pre mikroRNK mozhut pidlyagati redaguvannyu A I prichomu cej mehanizm mozhe regulyuvati procesing ta ekspresiyu zrilih molekul mikroRNK U ssavciv opisanij yak minimumum odin ferment RNK redaguvannya sho mozhe vivesti molekuli miRNK iz sistemi RNKi Doslidzhennya liniyi C elegans sho ne maye geniv redaguvannya A I pokazali sho redaguvannya RNK mozhe zapobigati prignichennyu ekspresiyi endogennih geniv i po shlyahu RNKi Vidminnosti mizh organizmami Shematichne zobrazhennya osnovnih vidminnostej mizh zaglushennyam ekspresiyi geniv u roslin ta tvarin Endogenni mikroRNK abo ekzogenni mali interferuyuchi RNK rizhutsya fermentom dajser ta vklyuchayutsya u RISC kompleks yakij zabezpechuye prignichennya ekspresiyi Organizmi vidriznyayutsya mizh soboyu po zdatnosti sprijmati chuzhoridni dvolancyugovi RNK i vikoristovuvati yih u procesi RNK interferenciyi U roslin ta C elegans ale ne v drozofili ta ssavciv efekt RNK interferenciyi mozhe buti sistemnim vvedennya navit nevelikoyi kilkosti dlRNK u klitini viklikaye prignichennya ekspresiyi vidpovidnogo genu u vsomu organizmi u C elegans efekt RNKi mozhe navit uspadkovuvatis Dlya sistemnoyi diyi RNKi signal povinen amplifikuvatis ta peredavatis mizh klitinami V amplifikaciyi signalu bere uchast RNK zalezhna RNK polimeraza vvazhayetsya sho miRNK mozhe vistupati prajmerom dlya sintezu nastupnih molekul dvolancyugovoyi RNK sho stane substratom dlya fermentu dajser Transport siRNA u roslin mozhe vidbuvatis po plazmodesmah Uspadkuvannya efektiv RNKi u roslin mozhe buti nezalezhnim vid samih RNK a zabezpechuvatis metilyuvannyam promotoriv vidpovidnih geniv zminenij harakter metilyuvannya peredayetsya kozhnij iz dochirnih klitin pri podili Osnovni vidminnosti u mehanizmi RNKi v tvarin ta roslin polyagayut u tomu sho v roslin endogenni mikroRNK idealno komplementarni do mRNK misheni i v kompleksi z RISC viklikayut degradaciyu ciyeyi RNK U tvarin mikroRNK ne povnistyu komplementarni do genu misheni i viklikayut prignichennya translyaciyi napriklad shlyahom zapobigannya vzayemodiyi faktoriv iniciaciyi translyaciyi ta poli A hvosta mRNK U deyakih eukariot napriklad parazitichnih odnoklitinnih ta vsi komponenti RNKi vidsutni Velika chastina komponentiv sistemi RNK interferenciyi takozh vidsutnya i u deyakih gribiv napriklad u pivnih drizhdzhiv Saccharomyces cerevisiae V inshih drizhdzhiv sho rozmnozhuyutsya brunkuvannyam napriklad u ta Candida albicans prisutni vsi komponenti RNK interferenciyi Perenesennya dvoh bilkiv sistemi RNKi iz S castellii u klitini S cerevisiae robit mozhlivoyu RNK interferenciyu v ostannih Toj fakt sho deyaki askomiceti ta bazidiomiceti ne mayut shlyahu RNK interferenciyi vkazuye na te sho geni yaki koduyut bilki neobhidni dlya danogo procesu buli vtracheni nezalezhno u bagatoh filogenetichnih gilkah gribiv jmovirno cherez evolyuciyu novogo shlyahu zi shozhimi funkciyami abo cherez vtratu adaptivnoyi perevagi v danih ekologichnih nishah Analog RNKi u prokariot U prokariot ekspresiya geniv zalezhit vid RNK zalezhnoyi sistemi shozhoyi do RNKi kontrolyuyut kilkist mRNK ta translyaciyu cherez utvorennya komplementarnih RNK sho priyednuyutsya do mRNK Prote ci regulyatorni RNK ne vvazhayutsya gomologichnimi do mikroRNK oskilki ferment dajser ne zadiyanij v yih utvorenni Takozh pripuskayetsya sho sistema interferenciyi CRISPR angl Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats korotki palindromni povtori regulyarno rozmisheni grupami yaka zabezpechuye bakteriyam zahist vid bakteriofagiv ye analogom eukariotichnoyi sistemi RNK interferenciyi Prote zhoden iz bilkovih komponentiv cih dvoh sistem ne ye gomologichnimi Biologichni funkciyiImunitet Sistema RNK interferenciyi vazhliva chastina imunnoyi vidpovidi na virusi ta inshij genetichno chuzhoridnij material osoblivo u roslin v yakih vona takozh obmezhuye rozpovsyudzhennya transpozoniv Roslini napriklad A thaliana mayut kilka gomologiv bilka dajser yaki vikoristovuyutsya proti riznih tipiv virusiv U roslin RNKi sho vinikaye u vidpovid na zarazhennya virusom maye sistemnij harakter tobto mozhe rozpovsyudzhuvatis po vsomu tilu roslini i navit peredavatis vid pidshepi do Otzhe RNKi ye mehanizmom nabutogo protivirusnogo imunitetu u roslin U vidpovid u hodi evolyuciyi bagato virusiv rozvinuli mehanizmi prignichennya RNK interferenciyi u klitinah roslin Opisano virusni bilki sho mozhut zv yazuvati korotki dvolancyugovi RNK iz dvonukleotidnimi vistupami na kincyah yaki ye produktami fermentu dajser Deyaki roslini pislya zarazhennya pevnimi bakteriyami pochinayut ekspresuvati endogenni miRNK Taka reakciya mozhe buti chastinoyu generalizovanoyi vidpovidi organizmu na patogeni sho zdijsnyuyetsya shlyahom priginchennya bagatoh metabolichnih procesiv Hocha v klitinah tvarin yak pravilo ekspresuyetsya menshe variantiv bilka dajser nizh u roslin sistema RNKi mozhe brati uchast v antivirusnij vidpovidi i v nih RNKi vidigraye vazhlivu rol u vrodzhenomu protivirusnomu imuniteti zokrema zahishaye vid yuvenilni i dorosli osobini D melanogaster Podibnu rol v imuniteti sistema RNKi vidigraye u C elegans ekspresiya bilkiv argonavtiv pidvishuyetsya pri virusnij infekciyi pri comu nematodi otrimuyut stijkist do virusnih infekcij Rol RNKi u ssavciv ne povnistyu doslidzhena Odnak toj fakt sho deyaki virusi ssavciv mistyat geni yaki mozhut prignichuvati cyu sistemu v klitinah hazyayina svidchit pro te sho RNKi mozhe buti chastinoyu protivirusnogo imunitetu ssavciv Prote cya gipoteza poki ne maye dostatnogo pidgruntya i potrebuye podalshih doslidzhen Virusi ssavciv mozhut vikoristovuvati RNK interferenciyu i v inshih cilyah napriklad mali interferuyuchi RNK sho ekspresuyutsya virusom gerpesu mozhut viklikati utvorennya geterohromatinu sho prizvodit do perehodu virusu v latentnij stan Prignichennya ekspresiyi geniv MikroRNK u genomi bilshosti eukariot vidigrayut vazhlivu rol u zaglushenni ekspresiyi inshih geniv ta u regulyaciyi rozvitku osoblivo u viznachenni chasu morfogenezu ta pidtrimanni nediferencijovanih abo ne povnistyu diferencijovanih tipiv klitin takih yak stovburovi klitini Rol endogennih mikroRNK u zaglushenni ekspresiyi geniv bula vpershe opisana u C elegans u 1993 roci U roslin taku funkciyu viyavili koli bulo pokazano sho JAW mikroRNK A thaliana zadiyana u regulyaciyi kilkoh geniv sho viznachayut formu roslini U roslin bilshist geniv na ekspresiyu yakih vplivayut mikroRNK ce geni transkripcijnih faktoriv takim chinom rozmah aktivnosti RNKi duzhe shirokij vona regulyuye cili sitki geniv pid chas embriogenezu i vplivaye na ekspresiyu golovnih vklyuchayuchi faktori trasnkripciyi ta bilki F box U bagatoh organizmiv v tomu chisli i v lyudej mikroRNK takozh mozhut buti pov yazani iz formuvannyam puhlin ta prignichennyam klitinnogo ciklu V comu vipadku okremi mikroRNK mozhut diyati i yak onkogeni i yak Aktivaciya ekspresiyi geniv RNK poslidovnosti miRNK abo mikroRNK komplementarni do dilyanok promotora mozhut pidvishuvati transkripciyu vidpovidnih geniv cej fenomen nazvali RNK aktivaciyeyu U danomu mehanizmi aktivaciyi geniv berut uchast bilki dajser ta argonavti EvolyuciyaMetodi obchislyuvalnogo filogenetichnogo analizu pokazuyut sho najblizhchij spilnij predok usih eukariotichnih organizmiv mav rannij shlyah RNKi Vidsutnist cogo shlyahu v deyakih eukariot ye oznakoyu nabutoyu piznishe u procesi evolyuciyi Predkova sistema RNKi mistila prinajmni odin dajser podibnij bilok odin argonavt odin bilok PIWI ta RNK zalezhnu RNK polimerazu yaka mogla brati uchast i v inshih klitinnih procesah Pervinnoyu funkciyeyu RNKi buv imunnij zahist vid ekzogennih genetichnih elementiv takih yak virusni genomi ta transpozoni inshi funkciyi taki yak takozh mogli buti prisutnimi u predkovih form Odnak brati uchast u mensh sporidnenih procesah zokrema regulyaciyi embriogenezu mikroRNK stali piznishe v procesi evolyuciyi Geni RNK interferenciyi yak chastina vrodzhenoyi imunnoyi sistemi bagatoh eukariot postijno zminyuyutsya vnaslidok evolyucijnoyi gonki ozbroyen Deyaki virusi navchilis prignichuvati RNKi u klitinah zhivitelya zokrema bagato virusiv roslin Doslidzhennya shvidkosti evolyuciyi u drozofili pokazali sho na geni shlyahu RNKi diye silnij rushijnij dobir Shvidkist evolyuciyi cih geniv ye odnoyu iz najvishih u genomi drozofili Prikladne zastosuvannyaNokdaun geniv Shlyah RNK interferenciyi chasto vikoristovuyetsya v biologiyi dlya vivchennya funkcij okremih geniv yak u kulturah klitin tak i in vivo Dvolancyugova RNK odin iz lancyugiv yakoyi komplementarnij do doslidzhuvanogo genu vvoditsya u klitinu abo organizm de vona rozpiznayetsya yak chuzhoridna i aktivuye RNK interferenciyu Vikoristovuyuchi cej mehanizm vcheni mozhut duzhe silno zniziti ekspresiyu gena misheni Vivchennya vplivu vimikannya vidpovidnogo genu na organizm chi klitinu daye mozhlivist robiti visnovki pro fiziologichnu rol produktu danogo genu Oskilki RNKi ne povnistyu usuvaye ekspresiyu gena a tilki duzhe suttyevo yiyi znizhuye taka metodika nazivayetsya nokdaunom genu na protivagu do za yakogo gen povnistyu vidalyayetsya Zusillya bioinformatiki spryamovani na te shob rozrobiti cilovi dvolancyugovi RNK yaki budut mati maksimalnij vpliv na gen mishen i minimalni pobichni efekti Pobichni efekti vinikayut koli vvedena v klitinu RNK maye spilni nukleotidni poslidovnosti z kilkoma genami i vplivaye na nih vsi Doslidzhennya genomiv H sapiens C elegans ta Schizosaccharomyces pombe pokazali sho blizko 10 mozhlivih siRNA budut diyati na geni vidminni vid svoyeyi misheni Rozroblena velika kilkist programnogo zabezpechennya dlya pidboru poslidovnostej miRNK v tomu chisli specifichnih dlya ssavciv i virusiv Ci programi avtomatichno pereviryayut mozhlivist perehresnogo reaguvannya iz poslidovnostyami inshih geniv Zalezhno vid vidu organizmu ta eksperimentalnoyi sistemi ekzogenni RNK mozhut buti abo dovgimi u takomu razi vona maye stati substratom dlya rozsheplennya dajserom abo korotkimi fragmentami sho ye vzhe gotovimi molekulami miRNK Dlya bilshosti klitin ssavciv vikoristovuyut korotki RNK oskilki dovgi dvolancyugovi RNK mozhut zapuskati interferonovu vidpovid formu vrodzhenogo imunitetu yaka nespecifichno reaguye na bud yakij chuzhoridnij genetichnij material U mishi v yajceklitinah ta klitinah embrioniv rannih stadij taka reakciya na chuzhoridnu dlRNK vidsutnya tomu ci klitini ye poshirenimi modelyami dlya vivchennya efektiv nokdaunu geniv u ssavciv Rozroblyayutsya specialni laboratorni metodi sho dozvolyayut pokrashiti vikoristannya RNKi u ssavciv unikayuchi pryamogo vvedennya miRNK Odnim iz takih metodiv ye stabilna transfekciya klitin plazmidoyu sho mistit poslidovnist z yakoyi mozhut zchituvatis miRNK Skladnisha procedura v yakij vikoristovuyutsya lentivirusni peredbachaye mozhlivist indukovanoyi aktivaciyi abo deaktivaciyi transkripciyi i vidoma pid nazvoyu umovna RNKi angl conditional RNAi Funkcionalna genomika Normalna dorosla muha drozofila organizm sho chasto vikoristovuyetsya v eksperimentah prisvyachenih RNKiDorosla nematoda C elegans viroshena v umovah prignichennya RNK interferenciyeyu yadernogo receptora gormonu sho bere uchast u regulyaciyi Cej cherv maye porushenij obmin zhirnih kislot ale zhittyezdatnij i fertilnij Metodi sho vikoristovuyut RNKi zazvichaj zastosovuyut dlya C elegans ta drozofili cherez te sho u cih modelnih organizmiv RNKi najbilsh efektivna C elegans osoblivo zruchnij ob yekt z dvoh prichin po pershe efekti prignichennya ekspresiyi geniv u neyi uspadkovuyutsya po druge dostavka dlRNK nadzvichajno prosta Hocha mehanizm cogo yavisha ne cilkom zrozumilij pri zgodovuvanni bakterij napriklad E coli yaki ekspresuyut potribnu RNK nematodi RNK prohodit cherez travnu sistemu u klitini C elegans Taka dostavka goduvannyam nastilki zh efektivna yak i inshi dorozhchi metodi napriklad zanurennya nematodi u rozchin dlRNK abo vvedennya ostannoyi u gonadi Hocha v inshih organizmiv dostavka znachno skladnisha prikladayetsya bagato zusil shodo vikoristannya metodiv RNKi u shirokomasshtabnomu v kulturah klitin ssavciv Pidhodi do stvorennya bibliotek RNKi dlya cilih genomiv organizmiv znachno skladnishi nizh stvorennya odniyeyi miRNK dlya konkretnogo eksperimentu Dlya stvorennya takih bibliotek miRNK peredbachennya efektivnosti yih diyi vikoristovuyutsya Masovij genomnij skrining vvazhayetsya bagatoobicyayuchim metodom tlumachennya genomiv tomu rozvivayutsya visokoproduktivni metodi skriningu bazovani na tehnologiyi DNK mikrochipiv Prote pid pitannyam zalishayetsya te chi mozhna poshiryuvati otrimani dani navit na blizki vidi napriklad dani pro C elegans na parazitichni vidi nematod Funkcionalna genomika sho vikoristovuye RNKi ye osoblivo privablivoyu metodikoyu dlya kartuvannya ta tlumachennya genomiv roslin tomu sho bagato iz nih sho uskladnyuye vikoristannya standartnih metodiv genetichnoyi inzheneriyi Napriklad RNKi uspishno vikoristovuyetsya dlya doslidzhennya genomu pshenici m yakoyi Triticum aestivum geksaployid a takozh klasichnih ob yektiv takih yak Arabidopsis ta kukurudza Medicina Klitinnij shlyah RNK interferenciyi potencijno mozhna vikoristovuvati dlya likuvannya bagatoh zahvoryuvan v tomu chisli SNIDu zloyakisnih novoutvoren ta Hocha vvedennya dovgih dlRNK u klitini ssavciv problematichne cherez interferonovu vidpovid korotki RNK sho kopiyuyut diyu miRNK dayut bazhanij efekt Buli provedeni pershi klinichni doslidzhennya metodu RNKi dlya likuvannya degeneraciyi zhovtoyi plyami sitkivki ta zarazhennya respiratornim sincitialnim virusom Takozh cya metodika uspishno vikoristovuvalas dlya terapiyi poshkodzhennya pechinki u laboratornih mishej Potencijno RNKi mozhe vikoristovuvatis v antivirusnij terapiyi dlya likuvannya infekciyi virusom gerpesu 2 go tipu prignichennya ekspresiyi virusnih geniv u puhlinnih klitinah nokdaunu receptoriv ta koreceptoriv do VIL dlya supresiyi geniv virusiv gepatitiv A ta V virusu gripu ingibuvannya replikaciyi virusu koru Takozh metodiki sho bazuyutsya na RNKi ye bagatoobicyayuchimi dlya terapiyi nejrodegenerativnih zahvoryuvan takih yak hvoroba Gantingtona Doslidzhuyetsya mozhlivist vikoristannya RNKi dlya likuvannya raku shlyahom prignichennya ekspresiyi geniv aktivnist yakih selektivno zbilshena u puhlinnih klitinah ta geniv zadiyanih u regulyaciyi klitinnogo ciklu Klyuchovim pitannyam u doslidzhennyah medichnogo vikoristannya RNKi ye rozrobka bezpechnih metodiv dostavki dlRNK Zaraz dlya cogo vikoristovuyetsya bagato virusnih vektoriv shozhih na ti sho zaproponovani do vikoristannya u gennij terapiyi Rozroblyayutsya takozh metodiki bazovani na RNKi dlya likuvannya persistentnoyi infekciyi VIL pershogo tipu Virusi shozhi na VIL 1 osoblivo problematichni u terapiyi oskilki potrebuyut kombinaciyi kilkoh shlyahiv RNKi Nezvazhayuchi na strimkij rist kilkosti doslidzhen u yakih liki na osnovi RNK interferenciyi uspishno vikoristovuyutsya v kulturah klitin postayut takozh i pitannya stosovno bezpechnosti vikoristannya takih metodiv likuvannya osoblivo zvazhayuchi na mozhlivist pobichnih efektiv supresiyu geniv sho mayut shozhi poslidovnosti do genu misheni Za dopomogoyu metodiv obchislyuvalnoyi genomiki bulo vstanovleno sho imovirnist takoyi nespecifichnoyi diyi stanovit blizko 10 Masshtabne doslidzhennya zahvoryuvan pechinki mishej pokazalo visokij riven smertnosti sered piddoslidnih tvarin pri likuvanni RNKi Vcheni poyasnyuyut taki rezultati perenasichennyam shlyahu dlRNK cherez te sho vikoristovuyutsya RNK iz shpilkami sho procesuyutsya v yadri i povinni perenositis u citoplazmu po mehanizmu aktivnogo transportu Vsi ci aspekti zaraz aktivno doslidzhuyutsya shob vstanoviti naskilki bezpechnim ye vikoristannya danoyi metodiki u terapiyi Otzhe RNK interferenciya ye bagatoobicyayuchim instrumentom u likuvanni bagatoh zahvoryuvan prote duzhe vazhlivo provoditi retelni pre klinichni doslidzhennya ta ocinku imovirnosti nespecifichnih vzayemodij Pershij preparat na osnovi malih interferencijnih oligonukleotidiv patisiran buv dozvolenij FDA SShA v serpni 2018 roku ta spryamovanij na likuvannya polinevritu sho vinikaye v rezultati ridkisnogo spadkovogo zahvoryuvannya en Oligonukleotidi prizvodyat do prignichennya sintezu nenormalnogo mutovanogo bilka transtiretinu Biotehnologiya RNK interferenciya vikoristovuyetsya u biotehnologiyi zokrema dlya stvorennya yistivnih roslin iz menshim vmistom prirodnih toksiniv Napriklad nasinnya bavovni mistit bagato pozhivnogo bilka ale do jogo skladu vhodit takozh i toksichnij terpenoyid cherez sho ce nasinnya nepridatne dlya spozhivannya Vikoristannya RNKi dozvolilo stvoriti sorti bavovni iz zmenshenoyu aktivnistyu fermentu sho sintezuye gosipol u nasinni ale ne v inshih chastinah roslini de cya rechovina neobhidna dlya zahistu roslini vid shkidnikiv Buli zdijsneni shozhi sprobi skorotiti kilkist u roslinah manioki Manihot utilissima Hocha zhoden iz sortiv roslin stvorenih za dopomogoyu tehniki bazovanoyi na RNKi ne projshov poki sho eksperimentalnoyi stadiyi ci metodi i dali strimko rozvivayutsya rozrobleni sorti pomidoriv iz znizhenoyu kilkistyu alergeniv tyutyun iz zmenshenim vmistom poperednikiv kancerogennih rechovin Metodiki RNKi takozh vikoristovuvalis i dlya stvorennya maku Papaver somniferum sho mistitime menshe pidvishennya stijkosti roslin do virusnih infekcij pidvishennya vmistu antikosidantiv u tomatah Pershi transgenni roslini pomidori Flavr Sarv i stijka do virusiv papaya buli stvoreni iz vikoristannyam metodiki antisensovih RNK yaka shvidshe za vse diye po shlyahu RNK interferenciyi DzherelaDaneholt Bertil Advanced Information RNA interference The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2006 Arhiv originalu za 25 serpnya 2011 Procitovano 25 sichnya 2007 Fire A Xu S Montgomery M Kostas S Driver S Mello C 1998 Potent and specific genetic interference by double stranded RNA in Caenorhabditis elegans Nature 391 6669 806 11 doi 10 1038 35888 PMID 9486653 Matzke MA Matzke AJM 2004 Planting the Seeds of a New Paradigm PLoS Biol 2 5 e133 doi 10 1371 journal pbio 0020133 PMID 15138502 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Ecker JR Davis RW 1986 Inhibition of gene expression in plant cells by expression of antisense RNA Proc Natl Acad Sci USA 83 15 5372 5376 doi 10 1073 pnas 83 15 5372 PMC 386288 PMID 16593734 Napoli C Lemieux C Jorgensen R 1990 Introduction of a Chimeric Chalcone Synthase Gene into Petunia Results in Reversible Co Suppression of Homologous Genes in trans Plant Cell 2 4 279 289 doi 10 1105 tpc 2 4 279 PMC 159885 PMID 12354959 Romano N Macino G 1992 Quelling transient inactivation of gene expression in Neurospora crassa by transformation with homologous sequences Mol Microbiol 6 22 3343 53 doi 10 1111 j 1365 2958 1992 tb02202 x PMID 1484489 Van Blokland R Van der Geest N Mol JNM Kooter JM 1994 Transgene mediated suppression of chalcone synthase expression in Petunia hybrida results from an increase in RNA turnover Plant J 6 861 77 doi 10 1046 j 1365 313X 1994 6060861 x abs nedostupne posilannya z 01 10 2019 Covey S Al Kaff N Langara A Turner D 1997 Plants combat infection by gene silencing Nature 385 6619 781 2 doi 10 1038 385781a0 Ratcliff F Harrison B Baulcombe D 1997 A Similarity Between Viral Defense and Gene Silencing in Plants Science 276 5318 1558 60 doi 10 1126 science 276 5318 1558 PMID 18610513 Macrae I Zhou K Li F Repic A Brooks A Cande W Adams P Doudna J 2006 Structural basis for double stranded RNA processing by dicer Science 311 5758 195 8 doi 10 1126 science 1121638 PMID 16410517 Bagasra O Prilliman KR 2004 RNA interference the molecular immune system PDF J Mol Histol 35 6 545 53 doi 10 1007 s10735 004 2192 8 PMID 15614608 Bernstein E Caudy A Hammond S Hannon G 2001 Role for a bidentate ribonuclease in the initiation step of RNA interference Nature 409 6818 363 6 doi 10 1038 35053110 PMID 11201747 Pillai RS Bhattacharyya SN Filipowicz W 2007 Repression of protein synthesis by miRNAs how many mechanisms Trends Cell Biol 17 3 118 26 doi 10 1016 j tcb 2006 12 007 PMID 17197185 Wang QL Li ZH 2007 The functions of microRNAs in plants Front Biosci 12 3975 82 PMID 17485351 Zhao Y Srivastava D 2007 A developmental view of microRNA function Trends Biochem Sci 32 4 189 97 doi 10 1016 j tibs 2007 02 006 PMID 17350266 Lee Y Nakahara K Pham J Kim K He Z Sontheimer E Carthew R 2004 Distinct roles for Drosophila Dicer 1 and Dicer 2 in the siRNA miRNA silencing pathways Cell 117 1 69 81 doi 10 1016 S0092 8674 04 00261 2 PMID 15066283 Gregory R Chendrimada T Shiekhattar R 2006 MicroRNA biogenesis isolation and characterization of the microprocessor complex Methods Mol Biol 342 33 47 doi 10 1385 1 59745 123 1 33 PMID 16957365 Cheloufi S Dos Santos CO Chong MM Hannon GJ A dicer independent miRNA biogenesis pathway that requires Ago catalysis Nature 2010 Vip doi 10 1038 nature09092 S Published Online April 27 2010 Gregory R Chendrimada T Cooch N Shiekhattar R 2005 Human RISC couples microRNA biogenesis and posttranscriptional gene silencing Cell 123 4 631 40 doi 10 1016 j cell 2005 10 022 PMID 16271387 Lodish H Berk A Matsudaira P Kaiser CA Krieger M Scott MP Zipurksy SL Darnell J 2004 Molecular Cell Biology vid 5th WH Freeman New York NY ISBN 978 0716743668 Matranga C Tomari Y Shin C Bartel D Zamore P 2005 Passenger strand cleavage facilitates assembly of siRNA into Ago2 containing RNAi enzyme complexes Cell 123 4 607 20 doi 10 1016 j cell 2005 08 044 PMID 16271386 Leuschner P Ameres S Kueng S Martinez J 2006 Cleavage of the siRNA passenger strand during RISC assembly in human cells EMBO Rep 7 3 314 20 doi 10 1038 sj embor 7400637 PMC 1456892 PMID 16439995 Schwarz DS Hutvagner G Du T Xu Z Aronin N Zamore PD 2003 Asymmetry in the assembly of the RNAi enzyme complex Cell 115 2 199 208 doi 10 1016 S0092 8674 03 00759 1 PMID 14567917 Preall J He Z Gorra J Sontheimer E 2006 Short interfering RNA strand selection is independent of dsRNA processing polarity during RNAi in Drosophila Curr Biol 16 5 530 5 doi 10 1016 j cub 2006 01 061 PMID 16527750 Tomari Y Matranga C Haley B Martinez N Zamore P 2004 A protein sensor for siRNA asymmetry Science 306 5700 1377 80 doi 10 1126 science 1102755 PMID 15550672 Ma J Yuan Y Meister G Pei Y Tuschl T Patel D 2005 Structural basis for 5 end specific recognition of guide RNA by the A fulgidus Piwi protein Nature 434 7033 666 70 doi 10 1038 nature03514 PMID 15800629 Sen G Wehrman T Blau H 2005 mRNA translation is not a prerequisite for small interfering RNA mediated mRNA cleavage Differentiation 73 6 287 93 doi 10 1111 j 1432 0436 2005 00029 x PMID 16138829 Gu S Rossi J 2005 Uncoupling of RNAi from active translation in mammalian cells RNA 11 1 38 44 doi 10 1261 rna 7158605 PMC 1370689 PMID 15574516 Sen G Blau H 2005 Argonaute 2 RISC resides in sites of mammalian mRNA decay known as cytoplasmic bodies Nat Cell Biol 7 6 633 6 doi 10 1038 ncb1265 PMID 15908945 Jakymiw A Lian S Eystathioy T Li S Satoh M Hamel J Fritzler M Chan E 2005 Disruption of P bodies impairs mammalian RNA interference Nat Cell Biol 7 12 1267 74 doi 10 1038 ncb1334 PMID 16284622 Verdel A Jia S Gerber S Sugiyama T Gygi S Grewal S Moazed D 2004 RNAi mediated targeting of heterochromatin by the RITS complex Science 303 5658 672 6 doi 10 1126 science 1093686 PMID 14704433 Irvine D Zaratiegui M Tolia N Goto D Chitwood D Vaughn M Joshua Tor L Martienssen R 2006 Argonaute slicing is required for heterochromatic silencing and spreading Science 313 5790 1134 7 doi 10 1126 science 1128813 PMID 16931764 Noma K Sugiyama T Cam H Verdel A Zofall M Jia S Moazed D Grewal S 2004 RITS acts in cis to promote RNA interference mediated transcriptional and post transcriptional silencing Nat Genet 36 11 1174 80 doi 10 1038 ng1452 PMID 15475954 Volpe T Kidner C Hall I Teng G Grewal S Martienssen R 2002 Regulation of heterochromatic silencing and histone H3 lysine 9 methylation by RNAi Science 297 5588 1833 7 doi 10 1126 science 1074973 PMID 12193640 Volpe T Schramke V Hamilton G White S Teng G Martienssen R Allshire R 2003 RNA interference is required for normal centromere function in fission yeast Chromosome Res 11 2 137 46 doi 10 1023 A 1022815931524 PMID 12733640 Sugiyama T Cam H Verdel A Moazed D Grewal S 2005 RNA dependent RNA polymerase is an essential component of a self enforcing loop coupling heterochromatin assembly to siRNA production Proc Natl Acad Sci USA 102 1 152 7 doi 10 1073 pnas 0407641102 PMC 544066 PMID 15615848 Wang F Koyama N Nishida H Haraguchi T Reith W Tsukamoto T 2006 The assembly and maintenance of heterochromatin initiated by transgene repeats are independent of the RNA interference pathway in mammalian cells Mol Cell Biol 26 11 4028 40 doi 10 1128 MCB 02189 05 PMC 1489094 PMID 16705157 Bass B 2002 RNA editing by adenosine deaminases that act on RNA Annu Rev Biochem 71 817 46 doi 10 1146 annurev biochem 71 110601 135501 PMC 1823043 PMID 12045112 Bass B 2000 Double stranded RNA as a template for gene silencing Cell 101 3 235 8 doi 10 1016 S0092 8674 02 71133 1 PMID 10847677 Luciano D Mirsky H Vendetti N Maas S 2004 RNA editing of a miRNA precursor RNA 10 8 1174 7 doi 10 1261 rna 7350304 PMC 1370607 PMID 15272117 Yang W Chendrimada T Wang Q Higuchi M Seeburg P Shiekhattar R Nishikura K 2006 Modulation of microRNA processing and expression through RNA editing by ADAR deaminases Nat Struct Mol Biol 13 1 13 21 doi 10 1038 nsmb1041 PMC 2950615 PMID 16369484 Yang W Wang Q Howell K Lee J Cho D Murray J Nishikura K 2005 ADAR1 RNA deaminase limits short interfering RNA efficacy in mammalian cells J Biol Chem 280 5 3946 53 doi 10 1074 jbc M407876200 PMC 2947832 PMID 15556947 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Nishikura K 2006 Editor meets silencer crosstalk between RNA editing and RNA interference Nat Rev Mol Cell Biol 7 12 919 31 doi 10 1038 nrm2061 PMC 2953463 PMID 17139332 Saumet A Lecellier CH 2006 Anti viral RNA silencing do we look like plants Retrovirology 3 3 3 doi 10 1186 1742 4690 3 3 PMC 1363733 PMID 16409629 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Hannon GL 2002 RNA interference Nature 418 244 51 PMID 12110901 Jones L Ratcliff F Baulcombe DC 2001 RNA directed transcriptional gene silencing in plants can be inherited independently of the RNA trigger and requires Met1 for maintenance Current Biology 11 10 747 757 doi 10 1016 S0960 9822 01 00226 3 PMID 11378384 Humphreys DT Westman BJ Martin DI Preiss T 2005 MicroRNAs control translation initiation by inhibiting eukaryotic initiation factor 4E cap and poly A tail function Proc Natl Acad Sci USA 102 47 16961 16966 doi 10 1073 pnas 0506482102 PMC 1287990 PMID 16287976 DaRocha W Otsu K Teixeira S Donelson J 2004 Tests of cytoplasmic RNA interference RNAi and construction of a tetracycline inducible T7 promoter system in Trypanosoma cruzi Mol Biochem Parasitol 133 2 175 86 doi 10 1016 j molbiopara 2003 10 005 PMID 14698430 Robinson K Beverley S 2003 Improvements in transfection efficiency and tests of RNA interference RNAi approaches in the protozoan parasite Leishmania Mol Biochem Parasitol 128 2 217 28 doi 10 1016 S0166 6851 03 00079 3 PMID 12742588 L Aravind Hidemi Watanabe David J Lipman and Eugene V Koonin 2000 Lineage specific loss and divergence of functionally linked genes in eukaryotes Proceedings of the National Academy of Sciences 97 21 11319 11324 doi 10 1073 pnas 200346997 PMC 17198 PMID 11016957 Drinnenberg IA Weinberg DE Xie KT Nower JP Wolfe KH Fink GR Bartel DP 2009 RNAi in Budding Yeast Science 326 5952 544 50 doi 10 1126 science 1176945 PMID 19745116 Nakayashiki H Kadotani N Mayama S 2006 Evolution and diversification of RNA silencing proteins in fungi J Mol Evol 63 1 127 35 doi 10 1007 s00239 005 0257 2 PMID 16786437 Morita T Mochizuki Y Aiba H 2006 Translational repression is sufficient for gene silencing by bacterial small noncoding RNAs in the absence of mRNA destruction Proc Natl Acad Sci USA 103 13 4858 63 doi 10 1073 pnas 0509638103 PMC 1458760 PMID 16549791 Makarova K Grishin N Shabalina S Wolf Y Koonin E 2006 A putative RNA interference based immune system in prokaryotes computational analysis of the predicted enzymatic machinery functional analogies with eukaryotic RNAi and hypothetical mechanisms of action Biol Direct 1 7 doi 10 1186 1745 6150 1 7 PMC 1462988 PMID 16545108 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Stram Y Kuzntzova L 2006 Inhibition of viruses by RNA interference Virus Genes 32 3 299 306 doi 10 1007 s11262 005 6914 0 PMID 16732482 Blevins T Rajeswaran R Shivaprasad P Beknazariants D Si Ammour A Park H Vazquez F Robertson D Meins F Hohn T Pooggin M 2006 Four plant Dicers mediate viral small RNA biogenesis and DNA virus induced silencing Nucleic Acids Res 34 21 6233 46 doi 10 1093 nar gkl886 PMC 1669714 PMID 17090584 Palauqui J Elmayan T Pollien J Vaucheret H 1997 Systemic acquired silencing transgene specific post transcriptional silencing is transmitted by grafting from silenced stocks to non silenced scions EMBO J 16 15 4738 45 doi 10 1093 emboj 16 15 4738 PMC 1170100 PMID 9303318 Lucy A Guo H Li W Ding S 2000 Suppression of post transcriptional gene silencing by a plant viral protein localized in the nucleus EMBO J 19 7 1672 80 doi 10 1093 emboj 19 7 1672 PMC 310235 PMID 10747034 Merai Z Kerenyi Z Kertesz S Magna M Lakatos L Silhavy D 2006 Double stranded RNA binding may be a general plant RNA viral strategy to suppress RNA silencing J Virol 80 12 5747 56 doi 10 1128 JVI 01963 05 PMC 1472586 PMID 16731914 Katiyar Agarwal S Morgan R Dahlbeck D Borsani O Villegas A Zhu J Staskawicz B Jin H 2006 A pathogen inducible endogenous siRNA in plant immunity Proc Natl Acad Sci USA 103 47 18002 7 doi 10 1073 pnas 0608258103 PMC 1693862 PMID 17071740 Fritz J Girardin S Philpott D 2006 Innate immune defense through RNA interference Sci STKE 2006 339 pe27 doi 10 1126 stke 3392006pe27 PMID 16772641 Zambon R Vakharia V Wu L 2006 RNAi is an antiviral immune response against a dsRNA virus in Drosophila melanogaster Cell Microbiol 8 5 880 9 doi 10 1111 j 1462 5822 2006 00688 x PMID 16611236 Wang X Aliyari R Li W Li H Kim K Carthew R Atkinson P Ding S 2006 RNA interference directs innate immunity against viruses in adult Drosophila Science 312 5772 452 4 doi 10 1126 science 1125694 PMC 1509097 PMID 16556799 Lu R Maduro M Li F Li H Broitman Maduro G Li W Ding S 2005 Animal virus replication and RNAi mediated antiviral silencing in Caenorhabditis elegans Nature 436 7053 1040 3 doi 10 1038 nature03870 PMC 1388260 PMID 16107851 Wilkins C Dishongh R Moore S Whitt M Chow M Machaca K 2005 RNA interference is an antiviral defence mechanism in Caenorhabditis elegans Nature 436 7053 1044 7 doi 10 1038 nature03957 PMID 16107852 Berkhout B Haasnoot J 2006 The interplay between virus infection and the cellular RNA interference machinery FEBS Lett 580 12 2896 902 doi 10 1016 j febslet 2006 02 070 PMID 16563388 Schutz S Sarnow P 2006 Interaction of viruses with the mammalian RNA interference pathway Virology 344 1 151 7 doi 10 1016 j virol 2005 09 034 PMID 16364746 Cullen B 2006 Is RNA interference involved in intrinsic antiviral immunity in mammals Nat Immunol 7 6 563 7 doi 10 1038 ni1352 PMID 16715068 Li H Ding S 2005 Antiviral silencing in animals FEBS Lett 579 26 5965 73 doi 10 1016 j febslet 2005 08 034 PMC 1350842 PMID 16154568 Carrington J Ambros V 2003 Role of microRNAs in plant and animal development Science 301 5631 336 8 doi 10 1126 science 1085242 PMID 12869753 Lee R Feinbaum R Ambros V 1993 The C elegans heterochronic gene lin 4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin 14 Cell 75 5 843 54 doi 10 1016 0092 8674 93 90529 Y PMID 8252621 Palatnik J Allen E Wu X Schommer C Schwab R Carrington J Weigel D 2003 Control of leaf morphogenesis by microRNAs Nature 425 6955 257 63 doi 10 1038 nature01958 PMID 12931144 Zhang B Pan X Cobb G Anderson T 2006 Plant microRNA a small regulatory molecule with big impact Dev Biol 289 1 3 16 doi 10 1016 j ydbio 2005 10 036 PMID 16325172 Jones Rhoades M Bartel D Bartel B 2006 MicroRNAS and their regulatory roles in plants Annu Rev Plant Biol 57 19 53 doi 10 1146 annurev arplant 57 032905 105218 PMID 16669754 Zhang B Pan X Cobb G Anderson T 2007 microRNAs as oncogenes and tumor suppressors Dev Biol 302 1 1 12 doi 10 1016 j ydbio 2006 08 028 PMID 16989803 Check E 2007 RNA interference hitting the on switch Nature 448 7156 855 858 doi 10 1038 448855a PMID 17713502 Li LC Okino ST Zhao H ta in 2006 Small dsRNAs induce transcriptional activation in human cells Proc Natl Acad Sci U S A 103 46 17337 42 doi 10 1073 pnas 0607015103 PMC 1859931 PMID 17085592 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Yavne vikoristannya ta in u author dovidka Cerutti H Casas Mollano J 2006 On the origin and functions of RNA mediated silencing from protists to man Curr Genet 50 2 81 99 doi 10 1007 s00294 006 0078 x PMC 2583075 PMID 16691418 Buchon N Vaury C 2006 RNAi a defensive RNA silencing against viruses and transposable elements Heredity 96 2 195 202 doi 10 1038 sj hdy 6800789 PMID 16369574 Obbard D Jiggins F Halligan D Little T 2006 Natural selection drives extremely rapid evolution in antiviral RNAi genes Curr Biol 16 6 580 5 doi 10 1016 j cub 2006 01 065 PMID 16546082 Voorhoeve PM Agami R 2003 Knockdown stands up Trends Biotechnol 21 1 2 4 doi 10 1016 S0167 7799 02 00002 1 PMID 12480342 Qiu S Adema C Lane T 2005 A computational study of off target effects of RNA interference Nucleic Acids Res 33 6 1834 47 doi 10 1093 nar gki324 PMC 1072799 PMID 15800213 Naito Y Yamada T Matsumiya T Ui Tei K Saigo K Morishita S 2005 dsCheck highly sensitive off target search software for double stranded RNA mediated RNA interference Nucleic Acids Res 33 Web Server issue W589 91 doi 10 1093 nar gki419 PMC 1160180 PMID 15980542 Henschel A Buchholz F Habermann B 2004 DEQOR a web based tool for the design and quality control of siRNAs Nucleic Acids Res 32 Web Server issue W113 20 doi 10 1093 nar gkh408 PMC 441546 PMID 15215362 Naito Y Yamada T Ui Tei K Morishita S Saigo K 2004 siDirect highly effective target specific siRNA design software for mammalian RNA interference Nucleic Acids Res 32 Web Server issue W124 9 doi 10 1093 nar gkh442 PMC 441580 PMID 15215364 Naito Y Ui Tei K Nishikawa T Takebe Y Saigo K 2006 siVirus web based antiviral siRNA design software for highly divergent viral sequences Nucleic Acids Res 34 Web Server issue W448 50 doi 10 1093 nar gkl214 PMC 1538817 PMID 16845046 Reynolds A Anderson E Vermeulen A Fedorov Y Robinson K Leake D Karpilow J Marshall W Khvorova A 2006 Induction of the interferon response by siRNA is cell type and duplex length dependent RNA 12 6 988 93 doi 10 1261 rna 2340906 PMC 1464853 PMID 16611941 Stein P Zeng F Pan H Schultz R 2005 Absence of non specific effects of RNA interference triggered by long double stranded RNA in mouse oocytes Dev Biol 286 2 464 71 doi 10 1016 j ydbio 2005 08 015 PMID 16154556 Brummelkamp T Bernards R Agami R 2002 A system for stable expression of short interfering RNAs in mammalian cells Science 296 5567 550 3 doi 10 1126 science 1068999 PMID 11910072 Tiscornia G Tergaonkar V Galimi F Verma I 2004 CRE recombinase inducible RNA interference mediated by lentiviral vectors Proc Natl Acad Sci USA 101 19 7347 51 doi 10 1073 pnas 0402107101 PMC 409921 PMID 15123829 Ventura A Meissner A Dillon C McManus M Sharp P Van Parijs L Jaenisch R Jacks T 2004 Cre lox regulated conditional RNA interference from transgenes Proc Natl Acad Sci USA 101 28 10380 5 doi 10 1073 pnas 0403954101 PMC 478580 PMID 15240889 Brock T Browse J Watts J 2006 PLoS Genet 2 7 e108 doi 10 1371 journal pgen 0020108 PMC 1500810 PMID 16839188 Arhiv originalu za 22 lyutogo 2008 Procitovano 28 kvitnya 2019 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Kamath R Ahringer J 2003 Genome wide RNAi screening in Caenorhabditis elegans Methods 30 4 313 21 doi 10 1016 S1046 2023 03 00050 1 PMID 12828945 Boutros M Kiger A Armknecht S Kerr K Hild M Koch B Haas S Paro R Perrimon N 2004 Genome wide RNAi analysis of growth and viability in Drosophila cells Science 303 5659 832 5 doi 10 1126 science 1091266 PMID 14764878 Fortunato A Fraser A 2005 Uncover genetic interactions in Caenorhabditis elegans by RNA interference Biosci Rep 25 5 6 299 307 doi 10 1007 s10540 005 2892 7 PMID 16307378 Cullen L Arndt G 2005 Genome wide screening for gene function using RNAi in mammalian cells Immunol Cell Biol 83 3 217 23 doi 10 1111 j 1440 1711 2005 01332 x PMID 15877598 Huesken D Lange J Mickanin C Weiler J Asselbergs F Warner J Meloon B Engel S Rosenberg A Cohen D Labow M Reinhardt M Natt F Hall J 2005 Design of a genome wide siRNA library using an artificial neural network Nat Biotechnol 23 8 995 1001 doi 10 1038 nbt1118 PMID 16025102 Janitz M Vanhecke D Lehrach H 2006 High throughput RNA interference in functional genomics Handb Exp Pharmacol 173 173 97 104 doi 10 1007 3 540 27262 3 5 PMID 16594612 Vanhecke D Janitz M 2005 Functional genomics using high throughput RNA interference Drug Discov Today 10 3 205 12 doi 10 1016 S1359 6446 04 03352 5 PMID 15708535 Geldhof P Murray L Couthier A Gilleard J McLauchlan G Knox D Britton C 2006 Testing the efficacy of RNA interference in Haemonchus contortus Int J Parasitol 36 7 801 10 doi 10 1016 j ijpara 2005 12 004 PMID 16469321 Geldhof P Visser A Clark D Saunders G Britton C Gilleard J Berriman M Knox D 2007 RNA interference in parasitic helminths current situation potential pitfalls and future prospects Parasitology 134 Pt 5 1 11 doi 10 1017 S0031182006002071 PMID 17201997 Travella S Klimm T Keller B 2006 RNA interference based gene silencing as an efficient tool for functional genomics in hexaploid bread wheat Plant Physiol 142 1 6 20 doi 10 1104 pp 106 084517 PMC 1557595 PMID 16861570 McGinnis K Chandler V Cone K Kaeppler H Kaeppler S Kerschen A Pikaard C Richards E Sidorenko L Smith T Springer N Wulan T 2005 Transgene induced RNA interference as a tool for plant functional genomics Methods Enzymol 392 1 24 doi 10 1016 S0076 6879 04 92001 0 PMID 15644172 Paddison P Caudy A Hannon G 2002 Stable suppression of gene expression by RNAi in mammalian cells Proc Natl Acad Sci USA 99 3 1443 8 doi 10 1073 pnas 032652399 PMC 122210 PMID 11818553 Sah D 2006 Therapeutic potential of RNA interference for neurological disorders Life Sci 79 19 1773 80 doi 10 1016 j lfs 2006 06 011 PMID 16815477 Zender L Hutker S Liedtke C Tillmann H Zender S Mundt B Waltemathe M Gosling T Flemming P Malek N Trautwein C Manns M Kuhnel F Kubicka S 2003 Caspase 8 small interfering RNA prevents acute liver failure in mice Proc Natl Acad Sci USA 100 13 7797 802 doi 10 1073 pnas 1330920100 PMC 164667 PMID 12810955 Jiang M Milner J 2002 Selective silencing of viral gene expression in HPV positive human cervical carcinoma cells treated with siRNA a primer of RNA interference Oncogene 21 39 6041 8 doi 10 1038 sj onc 1205878 PMID 12203116 Crowe S 2003 Suppression of chemokine receptor expression by RNA interference allows for inhibition of HIV 1 replication by Martinez et al AIDS 17 Suppl 4 S103 5 PMID 15080188 Kusov Y Kanda T Palmenberg A Sgro J Gauss Muller V 2006 Silencing of hepatitis A virus infection by small interfering RNAs J Virol 80 11 5599 610 doi 10 1128 JVI 01773 05 PMC 1472172 PMID 16699041 Jia F Zhang Y Liu C 2006 A retrovirus based system to stably silence hepatitis B virus genes by RNA interference Biotechnol Lett 28 20 1679 85 doi 10 1007 s10529 006 9138 z PMID 16900331 Li Y Kong L Cheng B Li K 2005 Construction of influenza virus siRNA expression vectors and their inhibitory effects on multiplication of influenza virus Avian Dis 49 4 562 73 doi 10 1637 7365 041205R2 1 PMID 16405000 Hu L Wang Z Hu C Liu X Yao L Li W Qi Y 2005 Inhibition of Measles virus multiplication in cell culture by RNA interference Acta Virol 49 4 227 34 PMID 16402679 Raoul C Barker S Aebischer P 2006 Viral based modelling and correction of neurodegenerative diseases by RNA interference Gene Ther 13 6 487 95 doi 10 1038 sj gt 3302690 PMID 16319945 Putral L Gu W McMillan N 2006 RNA interference for the treatment of cancer Drug News Perspect 19 6 317 24 doi 10 1358 dnp 2006 19 6 985937 PMID 16971967 Izquierdo M 2005 Short interfering RNAs as a tool for cancer gene therapy Cancer Gene Ther 12 3 217 27 doi 10 1038 sj cgt 7700791 PMID 15550938 Li C Parker A Menocal E Xiang S Borodyansky L Fruehauf J 2006 Delivery of RNA interference Cell Cycle 5 18 2103 9 doi 10 4161 cc 5 18 3192 PMID 16940756 Takeshita F Ochiya T 2006 Therapeutic potential of RNA interference against cancer Cancer Sci 97 8 689 96 doi 10 1111 j 1349 7006 2006 00234 x PMID 16863503 Berkhout B ter Brake O 2010 RNAi Gene Therapy to Control HIV 1 Infection RNA Interference and Viruses Current Innovations and Future Trends Caister Academic Press ISBN 978 1 904455 56 1 Tong A Zhang Y Nemunaitis J 2005 Small interfering RNA for experimental cancer therapy Curr Opin Mol Ther 7 2 114 24 PMID 15844618 Grimm D Streetz K Jopling C Storm T Pandey K Davis C Marion P Salazar F Kay M 2006 Fatality in mice due to oversaturation of cellular microRNA short hairpin RNA pathways Nature 441 7092 537 41 doi 10 1038 nature04791 PMID 16724069 Ledford Heidi 2018 G ene silencing technology gets first drug approval after 20 year wait Nature doi 10 1038 d41586 018 05867 7 ISSN 0028 0836 angl Sunilkumar G Campbell L Puckhaber L Stipanovic R Rathore K 2006 Engineering cottonseed for use in human nutrition by tissue specific reduction of toxic gossypol Proc Natl Acad Sci USA 103 48 18054 9 doi 10 1073 pnas 0605389103 PMC 1838705 PMID 17110445 Siritunga D Sayre R 2003 Generation of cyanogen free transgenic cassava Planta 217 3 367 73 doi 10 1007 s00425 003 1005 8 PMID 14520563 Le L Lorenz Y Scheurer S Fotisch K Enrique E Bartra J Biemelt S Vieths S Sonnewald U 2006 Design of tomato fruits with reduced allergenicity by dsRNAi mediated inhibition of ns LTP Lyc e 3 expression Plant Biotechnol J 4 2 231 42 doi 10 1111 j 1467 7652 2005 00175 x PMID 17177799 Gavilano L Coleman N Burnley L Bowman M Kalengamaliro N Hayes A Bush L Siminszky B 2006 Genetic engineering of Nicotiana tabacum for reduced nornicotine content J Agric Food Chem 54 24 9071 8 doi 10 1021 jf0610458 PMID 17117792 Allen R Millgate A Chitty J Thisleton J Miller J Fist A Gerlach W Larkin P 2004 RNAi mediated replacement of morphine with the nonnarcotic alkaloid reticuline in opium poppy Nat Biotechnol 22 12 1559 66 doi 10 1038 nbt1033 PMID 15543134 Zadeh A Foster G 2004 Transgenic resistance to tobacco ringspot virus Acta Virol 48 3 145 52 PMID 15595207 Niggeweg R Michael A Martin C 2004 Engineering plants with increased levels of the antioxidant chlorogenic acid Nat Biotechnol 22 6 746 54 doi 10 1038 nbt966 PMID 15107863 Sanders R Hiatt W 2005 Tomato transgene structure and silencing Nat Biotechnol 23 3 287 9 doi 10 1038 nbt0305 287b PMID 15765076 Chiang C Wang J Jan F Yeh S Gonsalves D 2001 Comparative reactions of recombinant papaya ringspot viruses with chimeric coat protein CP genes and wild type viruses on CP transgenic papaya J Gen Virol 82 Pt 11 2827 36 PMID 11602796 PosilannyaOglyad procesu RNK interferenciyi vid The Naked Scientists angl Animaciya procesu RNK interferenciyi iz zhurnalu Nature angl NOVA scienceNOW pro RNK interferenciyu 5 hvilinne populyarne video pro vidkrittya RNK interferenciyi angl Silencing Genomes Opis eksperimentiv po RNK interferenciyi na C elegans dlya navchannya Vid centru vivchennya DNK Cold Spring Harbor Laboratory angl 2 American Worm People Win Nobel for RNA Work stattya pro Nobelivskih laureativ sho vidkrili RNK interferenciyu u New York Times angl Molecular Therapy web focus The development of RNAi as a therapeutic strategy zbirka bezkoshtovnih statej pro vikoristannya RNK interferenciyi u terapiyi angl