Праймер — короткий фрагмент нуклеїнової кислоти або пов'язана молекула, що служить початковим пунктом реплікації ДНК. Праймер потрібний через те, що жодна ДНК-полімераза (фермент, який каталізує реплікацію ДНК) не може почати синтез нової молекули ДНК з одноланцюгової матриці, оскільки їй потрібна дволанцюгова ділянка для приєднання до ДНК, а також вони здатні лише приєднувати нуклеотид до вже наявної -ОН групи на 3'-кінці іншого нуклеотиду.
Реплікація ДНК
У природній реплікації ДНК, як праймери використовуються короткі ланцюжки РНК довжиною близько 12 нуклеотидів, що синтезуються ферментом праймазою. Праймаза може приєднувати як рибонуклеотиди, так і дезоксирибонуклеотиди, але синтезує саме фрагмент РНК, оскільки рибонуклеотидів у ядрі більше. Ці молекули РНК пізніше вилучаються та замінюються на ДНК ДНК-полімеразою.
Штучні праймери
Багато лабораторних методів біохімії і молекулярної біології, що залучають використання ДНК-полімерази, наприклад секвенування ДНК і полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР), вимагають праймерів. Праймери, що використовуються в цих методах, зазвичай короткі, хімічно синтезовані молекули ДНК довжиною 20-30 основ.
Для ПЛР використовують 2 праймери, які обмежують з двох боків послідовність, що розмножується. Для підвищення специфічності реакції обирають праймери довжиною 20-30 нуклеотидів, із вмістом Г-Ц пар близько 50-60%. Г-Ц пари з'єднані між собою трьома водневими зв'язками, тому вони гарантують кращий і більш вибірковий зв'язок між праймером і матрицею. Для того, щоб послідовність праймерів була унікальна і зв'язувалась тільки з однією матрицею у суміші різних молекул ДНК (наприклад, суміш всіх ДНК людини), існують спеціальні програми, які за допомогою баз послідовностей ДНК підбирають потрібну послідовність нуклеотидів праймеру.
Для клонування послідовностей ДНК часто у послідовності праймерів уводять додаткові нуклеотиди — сайти рестрикції, по яким ріжуть ферменти рестриктази. Після примноження потрібної ділянки ДНК у ПЛР, отримані молекули змішують з ферментом, який розрізає їх, утворюючи на кінцях так звані «липкі кінці». Такі кінці дозволяють легко вставити продукт ПЛР до штучного ДНК-вектора.
Примітки
- Програма BLAST на сайті Національного центру біотехнологічної інформації США (англ)
Джерела
- А. В. Сиволоб (2008). Молекулярна біологія (PDF). К: Видавничо-поліграфічний центр «Київський університет». с. 194.
![]() | Це незавершена стаття з молекулярної біології. Ви можете проєкту, виправивши або дописавши її. |
Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет
Prajmer korotkij fragment nukleyinovoyi kisloti abo pov yazana molekula sho sluzhit pochatkovim punktom replikaciyi DNK Prajmer potribnij cherez te sho zhodna DNK polimeraza ferment yakij katalizuye replikaciyu DNK ne mozhe pochati sintez novoyi molekuli DNK z odnolancyugovoyi matrici oskilki yij potribna dvolancyugova dilyanka dlya priyednannya do DNK a takozh voni zdatni lishe priyednuvati nukleotid do vzhe nayavnoyi ON grupi na 3 kinci inshogo nukleotidu Replikaciya DNKU prirodnij replikaciyi DNK yak prajmeri vikoristovuyutsya korotki lancyuzhki RNK dovzhinoyu blizko 12 nukleotidiv sho sintezuyutsya fermentom prajmazoyu Prajmaza mozhe priyednuvati yak ribonukleotidi tak i dezoksiribonukleotidi ale sintezuye same fragment RNK oskilki ribonukleotidiv u yadri bilshe Ci molekuli RNK piznishe viluchayutsya ta zaminyuyutsya na DNK DNK polimerazoyu Shtuchni prajmeriBagato laboratornih metodiv biohimiyi i molekulyarnoyi biologiyi sho zaluchayut vikoristannya DNK polimerazi napriklad sekvenuvannya DNK i polimerazna lancyugova reakciya PLR vimagayut prajmeriv Prajmeri sho vikoristovuyutsya v cih metodah zazvichaj korotki himichno sintezovani molekuli DNK dovzhinoyu 20 30 osnov Dlya PLR vikoristovuyut 2 prajmeri yaki obmezhuyut z dvoh bokiv poslidovnist sho rozmnozhuyetsya Dlya pidvishennya specifichnosti reakciyi obirayut prajmeri dovzhinoyu 20 30 nukleotidiv iz vmistom G C par blizko 50 60 G C pari z yednani mizh soboyu troma vodnevimi zv yazkami tomu voni garantuyut krashij i bilsh vibirkovij zv yazok mizh prajmerom i matriceyu Dlya togo shob poslidovnist prajmeriv bula unikalna i zv yazuvalas tilki z odniyeyu matriceyu u sumishi riznih molekul DNK napriklad sumish vsih DNK lyudini isnuyut specialni programi yaki za dopomogoyu baz poslidovnostej DNK pidbirayut potribnu poslidovnist nukleotidiv prajmeru Dlya klonuvannya poslidovnostej DNK chasto u poslidovnosti prajmeriv uvodyat dodatkovi nukleotidi sajti restrikciyi po yakim rizhut fermenti restriktazi Pislya primnozhennya potribnoyi dilyanki DNK u PLR otrimani molekuli zmishuyut z fermentom yakij rozrizaye yih utvoryuyuchi na kincyah tak zvani lipki kinci Taki kinci dozvolyayut legko vstaviti produkt PLR do shtuchnogo DNK vektora PrimitkiPrograma BLAST na sajti Nacionalnogo centru biotehnologichnoyi informaciyi SShA angl DzherelaA V Sivolob 2008 Molekulyarna biologiya PDF K Vidavnicho poligrafichnij centr Kiyivskij universitet s 194 Ce nezavershena stattya z molekulyarnoyi biologiyi Vi mozhete dopomogti proyektu vipravivshi abo dopisavshi yiyi