Azərbaycanca AzərbaycancaБеларускі БеларускіDansk DanskDeutsch DeutschEspañola EspañolaFrançais FrançaisIndonesia IndonesiaItaliana Italiana日本語 日本語Қазақ ҚазақLietuvos LietuvosNederlands NederlandsPortuguês PortuguêsРусский Русскийසිංහල සිංහලแบบไทย แบบไทยTürkçe TürkçeУкраїнська Українська中國人 中國人United State United StateAfrikaans Afrikaans
Підтримка
www.wikidata.uk-ua.nina.az

Олігонуклеотид від грец ολιγος малий від лат nucleus ядро англ oligonucleotide невеликий короткий фрагмент РНК або ДНК о

Олігонуклеотид

Олігонуклеотид

Олігонуклеотид (від грец. ολιγος — малий, від лат. nucleus — ядро, англ. oligonucleotide) — невеликий, короткий фрагмент РНК або ДНК, отриманий шляхом розщеплення більш довгих полінуклеотидів або шляхом хімічного синтезу. Використовуються у якості праймерів чи . Олігонуклеотиди модулюють експресію генів через сполучення основ Уотсона-Кріка з цільовими нуклеїновими кислотами.

Основні характеристики

Спарені основи нуклеотидів можна як еквіваленти мономерів, утворюють класичні хімічні полімери. Нуклеотид складається з трьох елементів: азотовмісної основи, молекули сахарози з п'ятьма атомами вуглецю (два елементи утворюють нуклеозид) і однієї або декількох фосфатних груп. З іншого боку, нуклеотиди можуть складатися з неприродних чи неканонічних основ. Серед типових прикладів можна назвати ЗНК (замкнені нуклеїнові кислоти), морфолінові олігонуклеотиди та видозмінені основи або каркаси молекул.

Складні послідовності нуклеотидів утворюють важливі біомолекули РНК та ДНК. У разі РНК, що є одноланцюжковим біополімером, місце сахарози займає рибоза. До складу дволанцюгової молекули ДНК входить дезоксирибоза. Структурними елементами важливих олігонуклеотидів є короткі послідовності дезоксирибонуклеїнових та рибонуклеїнових кислот. Певні послідовності цих нуклеотидів утворюють цільові біомолекули, що використовуються для біологічних, медичних та клінічних завдань. Довжину олігонуклеотиду зазвичай позначають «-mer» (від грец. meros — частина). Наприклад, олігонуклеотид з шести нуклеотидів (nt) є гексамером, тоді як один з 25 нуклеотидів зазвичай називають «25-mer».

Синтез олігонуклеотидів

Хімічний синтез олігонуклеотидів найбільш ефективний у твердофазному варіанті, заснованому на фосфорамідітних будівельних блоках. Синтез олігонуклеотидів значною мірою автоматизований. Інші методи, такі як фосфодіефірний метод, фосфотріефірний метод або H-фосфонатний метод, становлять в основному історичний інтерес і застосовуються вкрай рідко.

реалізується на твердому носії покроковим додаванням відповідним чином активованих і захищених нуклеозидних будівельних блоків, доки не буде отримана задана послідовність. Далі всі захисні групи, необхідні у процесі елонгації ланцюга, видаляються одночасно з від'єднанням олігонуклеотида від твердої підкладки. Довжина та чистота продукту визначається якістю зв'язування та видалення захисних груп.

Функція олігонуклеотидів

Олігонуклеотиди використовуються як зонди для виявлення послідовностей, комплементарних до олігонуклеотидів. Коли потрібно виявити певну послідовність, комплементарний олігонуклеотид синтезується в лабораторії і потім зв'язується з флуоресцентним маркером. Отже, олігонуклеотиди легко зв'язуються специфічним для послідовності способом з відповідними комплементарними олігонуклеотидами, ДНК або РНК, утворюючи дуплекси або, рідше, гібриди вищого порядку. Приклади процедур, для яких використовують олігонуклеотиди включають , Саузерн-блоти, , , ПЛР та синтез штучних генів.

Хімічні модифікації олігонуклеотидів

Розвиток біотехнології та медицини викликав особливий інтерес до модифікованих олігонуклеотидів. Останні умовно поділяються на аналоги й кон'югати олігонуклеотидів. Кон'югатами вважають продукти ковалентного зв'язування олігонуклеотидів з іншими молекулами зі специфічними властивостями — флуоресцентними, афінними та спіновими мітками, ліпофільними і транспортними групами, білками й пептидами, хімічними нуклеазами тощо. Аналогами ж називають олігонуклеотиди, що містять модифіковані елементи власної структури — гетероциклічні основи, вуглеводні залишки чи фосфодиефірні зв'язки.

Модифікація олігонуклеотидів сьогодні можлива практично по будь-якому положенню. Це 5'-та 3'-кінцеві гідроксильні групи, міжнуклеотидні фосфати, рідше аміногрупи та лактамні функції гетероциклічних основ, положення С-8 пуринів і С-5 піримідинів, С-2' вуглеводного фрагмента, в окремих випадках положення С-1' і С-4' залишку дезоксирибози нуклеозидів.

Крім хімічних методів модифікації олігонуклеотидів, існують і ферментативні підходи. Вони обмежені субстратами, які може використовувати фермент, найчастіше ДНК-полімераза І E. coli та дезоксинуклеотид-трансфераза. Перший застосовують для модифікації будь-якого положення олігонуклетиду з використанням комплементарної матриці, другий — для модифікації 3'-кінця олігомеру без матриці. Субстратами є модифіковані нуклеозидтрифосфати, в які введено репортерну групу. Ферментативний синтез широко застосовують при детекції ДНК із уведенням флуоресцентних міток чи біотину за допомогою ПЛР.

Зноски

  1. Oligonucleotide - an overview | ScienceDirect Topics. www.sciencedirect.com. Процитовано 7 липня 2022.
  2. reserved, Mettler-Toledo International Inc all rights. Синтез олигонуклеотидов. www.mt.com (рос.). Процитовано 7 липня 2022.
  3. What is an Oligonucleotide?. News-Medical.net (англ.). 22 вересня 2010. Процитовано 7 липня 2022.
  4. Дубей, І.Я. (2006). Кон’югати олігонуклеотидів з інтеркаляторами: синтез та біологічна активність (PDF). https://www.bioorganica.org.ua/UBAdenovo/pubs_4_1_06/Dubey_UBA_4_1_06.pdf (українська) . І.Я. Дубей. Процитовано 08.07.2022.

Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет

Oligonukleotid vid grec oligos malij vid lat nucleus yadro angl oligonucleotide nevelikij korotkij fragment RNK abo DNK otrimanij shlyahom rozsheplennya bilsh dovgih polinukleotidiv abo shlyahom himichnogo sintezu Vikoristovuyutsya u yakosti prajmeriv chi Oligonukleotidi modulyuyut ekspresiyu geniv cherez spoluchennya osnov Uotsona Krika z cilovimi nukleyinovimi kislotami Osnovni harakteristikiSpareni osnovi nukleotidiv mozhna yak ekvivalenti monomeriv utvoryuyut klasichni himichni polimeri Nukleotid skladayetsya z troh elementiv azotovmisnoyi osnovi molekuli saharozi z p yatma atomami vuglecyu dva elementi utvoryuyut nukleozid i odniyeyi abo dekilkoh fosfatnih grup Z inshogo boku nukleotidi mozhut skladatisya z neprirodnih chi nekanonichnih osnov Sered tipovih prikladiv mozhna nazvati ZNK zamkneni nukleyinovi kisloti morfolinovi oligonukleotidi ta vidozmineni osnovi abo karkasi molekul Skladni poslidovnosti nukleotidiv utvoryuyut vazhlivi biomolekuli RNK ta DNK U razi RNK sho ye odnolancyuzhkovim biopolimerom misce saharozi zajmaye riboza Do skladu dvolancyugovoyi molekuli DNK vhodit dezoksiriboza Strukturnimi elementami vazhlivih oligonukleotidiv ye korotki poslidovnosti dezoksiribonukleyinovih ta ribonukleyinovih kislot Pevni poslidovnosti cih nukleotidiv utvoryuyut cilovi biomolekuli sho vikoristovuyutsya dlya biologichnih medichnih ta klinichnih zavdan Dovzhinu oligonukleotidu zazvichaj poznachayut mer vid grec meros chastina Napriklad oligonukleotid z shesti nukleotidiv nt ye geksamerom todi yak odin z 25 nukleotidiv zazvichaj nazivayut 25 mer Sintez oligonukleotidivHimichnij sintez oligonukleotidiv najbilsh efektivnij u tverdofaznomu varianti zasnovanomu na fosforamiditnih budivelnih blokah Sintez oligonukleotidiv znachnoyu miroyu avtomatizovanij Inshi metodi taki yak fosfodiefirnij metod fosfotriefirnij metod abo H fosfonatnij metod stanovlyat v osnovnomu istorichnij interes i zastosovuyutsya vkraj ridko realizuyetsya na tverdomu nosiyi pokrokovim dodavannyam vidpovidnim chinom aktivovanih i zahishenih nukleozidnih budivelnih blokiv doki ne bude otrimana zadana poslidovnist Dali vsi zahisni grupi neobhidni u procesi elongaciyi lancyuga vidalyayutsya odnochasno z vid yednannyam oligonukleotida vid tverdoyi pidkladki Dovzhina ta chistota produktu viznachayetsya yakistyu zv yazuvannya ta vidalennya zahisnih grup Funkciya oligonukleotidivOligonukleotidi vikoristovuyutsya yak zondi dlya viyavlennya poslidovnostej komplementarnih do oligonukleotidiv Koli potribno viyaviti pevnu poslidovnist komplementarnij oligonukleotid sintezuyetsya v laboratoriyi i potim zv yazuyetsya z fluorescentnim markerom Otzhe oligonukleotidi legko zv yazuyutsya specifichnim dlya poslidovnosti sposobom z vidpovidnimi komplementarnimi oligonukleotidami DNK abo RNK utvoryuyuchi dupleksi abo ridshe gibridi vishogo poryadku Prikladi procedur dlya yakih vikoristovuyut oligonukleotidi vklyuchayut Sauzern bloti PLR ta sintez shtuchnih geniv Himichni modifikaciyi oligonukleotidivRozvitok biotehnologiyi ta medicini viklikav osoblivij interes do modifikovanih oligonukleotidiv Ostanni umovno podilyayutsya na analogi j kon yugati oligonukleotidiv Kon yugatami vvazhayut produkti kovalentnogo zv yazuvannya oligonukleotidiv z inshimi molekulami zi specifichnimi vlastivostyami fluorescentnimi afinnimi ta spinovimi mitkami lipofilnimi i transportnimi grupami bilkami j peptidami himichnimi nukleazami tosho Analogami zh nazivayut oligonukleotidi sho mistyat modifikovani elementi vlasnoyi strukturi geterociklichni osnovi vuglevodni zalishki chi fosfodiefirni zv yazki Modifikaciya oligonukleotidiv sogodni mozhliva praktichno po bud yakomu polozhennyu Ce 5 ta 3 kincevi gidroksilni grupi mizhnukleotidni fosfati ridshe aminogrupi ta laktamni funkciyi geterociklichnih osnov polozhennya S 8 puriniv i S 5 pirimidiniv S 2 vuglevodnogo fragmenta v okremih vipadkah polozhennya S 1 i S 4 zalishku dezoksiribozi nukleozidiv Krim himichnih metodiv modifikaciyi oligonukleotidiv isnuyut i fermentativni pidhodi Voni obmezheni substratami yaki mozhe vikoristovuvati ferment najchastishe DNK polimeraza I E coli ta dezoksinukleotid transferaza Pershij zastosovuyut dlya modifikaciyi bud yakogo polozhennya oligonukletidu z vikoristannyam komplementarnoyi matrici drugij dlya modifikaciyi 3 kincya oligomeru bez matrici Substratami ye modifikovani nukleozidtrifosfati v yaki vvedeno reporternu grupu Fermentativnij sintez shiroko zastosovuyut pri detekciyi DNK iz uvedennyam fluorescentnih mitok chi biotinu za dopomogoyu PLR ZnoskiOligonucleotide an overview ScienceDirect Topics www sciencedirect com Procitovano 7 lipnya 2022 reserved Mettler Toledo International Inc all rights Sintez oligonukleotidov www mt com ros Procitovano 7 lipnya 2022 What is an Oligonucleotide News Medical net angl 22 veresnya 2010 Procitovano 7 lipnya 2022 Dubej I Ya 2006 Kon yugati oligonukleotidiv z interkalyatorami sintez ta biologichna aktivnist PDF https www bioorganica org ua UBAdenovo pubs 4 1 06 Dubey UBA 4 1 06 pdf ukrayinska I Ya Dubej Procitovano 08 07 2022

Дата публікації:
Топ