Епігеном

Епігеном — це мережа хімічних модифікацій і структурних змін, які регулюють експресію генів, не змінюючи базову послідовність ДНК. Епігеном охоплює різні механізми, включаючи метилювання ДНК, модифікації гістонів, некодуючі РНК і ремоделювання хроматину, що керують функціональною активністю геному.

Епігеном являє собою динамічний прошарок молекулярних інструкцій, які модулюють активність генів, диктуючи, коли і в яких клітинах певні гени експресуються або "мовчать".

Епігенетичні модифікації, такі як метилювання ДНК, посттрансляційні модифікації гістонів і регуляторні некодуючі РНК, складають основу епігенетичної регуляції. Ці модифікації глибоко впливають на структуру хроматину та експресію генів, вносячи значний внесок у процеси ембріонального розвитку, клітинної диференціації, відповідь на сигнали навколишнього середовища, чи розвитку хвороб.

Епігенетика — наука, що досліджує певні модифікації епігенома, як-от метилювання ДНК чи модифікацію гістонів. А епігеноміка — розділ епігенетики та оміксних аналізів, що передбачає комплексний аналіз і вивчення повного набору епігенетичних модифікацій (тобто, епігенома) у всьому геномі організму.

Історія

Розвиток епігенетики

Дослідження метилювання ДНК

Про метилювання ДНК вперше було повідомлено в 1940-х і 50-х роках ^[en] у ДНК Escherichia coli.

Піонерські дослідження ^[en] та П’ю (1975) заклали основу для розуміння моделей метилювання ДНК та їх ролі в регуляції активності генів. Дослідження Берда (2002) і ^[en] та Берда (2003), що з’ясовували вплив метилювання ДНК на мовчання генів, продемонстрували його значення в контролі транскрипції.

Відкриття модифікації гістонів

Ацетилювання гістонів було відкрито в 1960-х роках Вінсентом Алфрі та його колегами як форму модифікації гістонів, яка може регулювати транскрипцію.

Фундаментальне дослідження ^[en] та ін. у 2007 році окреслило вплив модифікацій гістонів на структуру хроматину та регуляцію генів, підкресливши динамічну взаємодію між модифікаціями гістонів і транскрипційною активністю.

Дослідження некодуючих РНК

Дослідження Лі та ін. (1993) і Фаєра та ін. (1998) розкрили ключову роль некодуючих РНК в епігенетичній регуляції, розширюючи розуміння їхньої участі в модуляції експресії генів.

Дослідження епігенома

Проект епігенома людини (HEP)

Започаткований у 2003 році ^[en] (Human Epigenome Project) мав на меті скласти карту та зрозуміти епігенетичний ландшафт геному людини, за аналогією Проєкту геному людини. Ініціативи HEP, у тому числі проект «Дорожня карта епігеномики», створили комплексні епігенетичні карти для різних типів клітин і тканин.

Розвиток епігеномних технологій

Розвиток високопродуктивних методів секвенування в кінці 2000-х, зробив революцію в епігеномних дослідженнях. Ці технології уможливили повногеномний аналіз метилювання ДНК і модифікацій гістонів, значно просунувши сферу епігеноміки. (див. Епігеноміка)

Молекулярні основи епігенома

Метилювання ДНК

Епігенетичні механізми: метилювання ДНК

Метилювання ДНК передбачає додавання метильної групи до молекули ДНК, як правило, до залишків цитозину в динуклеотидах CpG, що каталізується ферментами ДНК-метилтрансферазами. Ця модифікація відіграє ключову роль у регуляції експресії генів і структури хроматину. Метильована ДНК часто корелює з мовчанням генів, впливаючи на транскрипційну активність і геномну стабільність.

Модифікації гістонів

Модифікації гістонів охоплюють різноманітний набір хімічних змін, включаючи ацетилювання, метилювання, фосфорилювання та убіквітування, що відбуваються на білках гістонів. Ці модифікації динамічно регулюють структуру хроматину та експресію генів, змінюючи доступність ДНК для механізму транскрипції. Гістонові модифікації діють узгоджено, щоб створити епігенетичний код, диктуючи стан хроматину та активність генів.

Некодуючі РНК

Некодуючі РНК (нкРНК), включаючи мікроРНК і довгі некодуючі РНК, відіграють вирішальну роль в епігенетичній регуляції. МікроРНК, зазвичай, довжиною 21-23 нуклеотиди, модулюють експресію генів посттранскрипційно, націлюючись на деградацію мРНК або репресію трансляції. Довгі некодуючі РНК, довжина яких перевищує 200 нуклеотидів, регулюють експресію генів на транскрипційному та епігенетичному рівнях, взаємодіючи з комплексами, що модифікують хроматин, і направляючи їх до специфічних геномних локусів.

Структура хроматину та епігенетичний контроль

Структура хроматину — динамічна збірка ДНК і білків-гістонів — є центральним гравцем епігенетичної регуляції. Організація хроматину в еухроматин (доступний і транскрипційно активний) або гетерохроматин (конденсований і транскрипційно репресований) глибоко впливає на експресію генів. Епігенетичні модифікації — метилювання ДНК, модифікації гістонів та некодуючі РНК — визначають стани хроматину, впливаючи на доступність ДНК і таким чином регулюючи транскрипцію генів.

Епігенетичні механізми та регуляція

Всі клітини організму містять однакову молекулу ДНК. Їх відрізняють модифікації епігенома.

Епігенетичний контроль під час ембріогенезу

Тіло людини містить, за деякими оцінками, 400 основних ^[en] у 60 підтипах тканин — але кожен тип клітин має однакову геномну послідовність ДНК — їх відрізняють саме зміни в епігеномі.

Ембріогенез включає чітко організовану послідовність епігенетичних подій, що керують встановленням клітинних ліній і розвитком тканин. Епігенетичні модифікації, зокрема метилювання ДНК і модифікації гістонів, динамічно регулюють моделі експресії генів, що призводить до диференціювання клітин і спеціалізації тканин. (Основна стаття — (Епігенетичне перепрограмування))

Тканиноспецифічні епігенетичні ознаки

Виразні тканиноспецифічні епігенетичні ознаки сприяють клітинній ідентичності та функції, уможливлюючи спеціалізовані ролі різних ^[en] в організмі. Патерни метилювання ДНК і модифікації гістонів змінюються в різних тканинах, регулюючи профілі та функції тканиноспецифічної експресії генів. Нещодавні дослідження надали комплексні карти тканиноспецифічних епігенетичних ландшафтів, підкреслюючи значення цих сигнатур у клітинній диференціації та функції.

Епігенетичне успадкування

^[en] стосується передачі епігенетичних ознак від одного покоління до наступного, що впливає на фенотипові ознаки без змін у послідовності ДНК. Трансгенераційне епігенетичне успадкування передбачає передачу цих ознак за межі безпосереднього потомства, потенційно впливаючи на кілька поколінь.

Фактори навколишнього середовища та способу життя

Фактори навколишнього середовища та способу життя, такі як дієта, стрес, вплив токсинів і соціальний досвід, можуть модифікувати епігеном та експресію певних генів; і ці зміни в епігеномі можуть передаватись через епігенетичне успадкування. (див. Епігеноміка, Нутрігеноміка)

Епігенетичне перепрограмування

Лекція Нобелевського лауреата з фізіології та медицини Сін'я Яманака «Нова ера медицини з клітинами iPS — послання майбутнім вченим» (2012)

Епігенетичні модифікації відіграють вирішальну роль у епігенетичному перепрограмуванні клітин, особливо в технології індукованих плюрипотентних стовбурових клітин (iPSC), де диференційовані клітини перепрограмовуються в плюрипотентний стан. Перепрограмування передбачає скидання епігенетичного ландшафту для досягнення плюрипотентного стану, підкреслюючи важливість епігенетичних механізмів у клітинній пластичності. Визначна праця Яманаки з командою, опубліквана в 2006 році в журналі Cell, запровадила технологію iPSC шляхом перепрограмування дорослих клітин у плюрипотентні стовбурові клітини шляхом маніпулювання ключовими факторами транскрипції, підкреслюючи ключову роль епігенетичних модифікацій у клітинній ідентичності.

Методи та інструменти для вивчення епігенома

Методи секвенування наступного покоління

^[en] (NGS) революціонізувало сферу епігеноміки, забезпечивши високопродуктивний аналіз епігенетичних модифікацій всього геному. Такі методи, як ^[en], ^[en], ^[en], Methyl-seq, MeDIP-Seq та інші, полегшують дослідження патернів метилювання ДНК при роздільній здатності одного нуклеотиду, надаючи вичерпні мапи метильованих ділянок.

Крім того, ChIP-seq (імунопреципітаційне секвенування хроматину) дозволяє дослідникам ідентифікувати сайти зв’язування специфічних модифікацій гістонів або факторів транскрипції в геномі, з’ясовуючи їхню роль у структурі хроматину та регуляції генів.

Підходи біоінформатики

Складні інструменти та алгоритми біоінформатики допомагають аналізувати величезну кількість епігенетичних даних, отриманих за допомогою секвенування та інших технологій. Алгоритми вирівнювання та відображення обробляють секвенування зчитувань, тоді як алгоритми пікового виклику ідентифікують значні регіони, збагачені епігенетичними мітками. Крім того, інтегровані інструменти аналізу дозволяють інтегрувати різноманітні епігеномні набори даних, сприяючи кореляції між різними епігенетичними модифікаціями та профілями експресії генів.

Перспективі технології

Одноклітинна епігеноміка

Нещодавні досягнення в епігеноміці ^[en] виявилися багатообіцяючим інструментом, що дозволяє досліджувати епігенетичні профілі з роздільною здатністю однієї клітини. Ця технологія пропонує зрозуміти клітинну гетерогенність і динаміку епігенетичних станів у складних тканинах або гетерогенних клітинних популяціях.

Мультиоміка

Інтеграція даних різних оміксних технологій, що включають геноміку, епігеноміку, транскриптоміку, протеоміку, та ін., завдяки підходам мультиоміки, формує цілісне розуміння клітинних функцій та їхніх регуляторних мереж.

Редагування епігенома

У цій галузі також вивчається потенціал інструментів ^[en], таких як епігенетичне редагування на основі CRISPR, що дозволяє цілеспрямовано модифікувати специфічні епігенетичні позначки в бажаних геномних локусах, надаючи можливості для терапевтичних втручань.

Див. також

• Епігеноміка
• Біоінформатика
• Мультиоміка

Додаткова література

Книги

• Серія книг Books in Epigenomics and Epigenetics (Frontiers in Genetics, 2012-2023+, відкритий доступ)
• Guan Weihua, ред. (2022). Epigenome-Wide Association Studies: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology (англ.) 2432. New York, NY: Springer US, Springer Nature. ISBN .
• Jeltsch Albert; Rots Marianne G., ред. (2018). Epigenome Editing: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology (англ.) 1767. New York, NY: Springer New York, Springer Nature. ISBN .
• Rosenfeld Cheryl S. (2016). The epigenome and developmental origins of health and disease. Amsterdam: Academic Press, Elsevier. ISBN .

Журнали

• Epigenetics (Landes Bioscience, )
• Epigenomics (Future Medicine)
• Clinical Epigenetics (BioMed Central)
• Epigenetics and Chromatin (BioMed Central)
• Environmental Epigenetics (Oxford University Press)
• Epigenomes (MDPI)

Статті

• Campagna Maria Pia; Xavier Alexandre; Lechner-Scott Jeannette та ін. (2021-12). Epigenome-wide association studies: current knowledge, strategies and recommendations. Clinical Epigenetics (англ.) 13 (1). doi:10.1186/s13148-021-01200-8.
• Kundaje Anshul; Meuleman Wouter; Ernst Jason та ін. (2015-02). Integrative analysis of 111 reference human epigenomes. Nature (англ.) 518 (7539). с. 317–330. doi:10.1038/nature14248.

Посилання

• Human Epigenome Project

Примітки

1. Hotchkiss, R. D. (1948-08). The quantitative separation of purines, pyrimidines, and nucleosides by paper chromatography. The Journal of Biological Chemistry. Т. 175, № 1. с. 315—332. ISSN 0021-9258. PMID 18873306. Процитовано 20 червня 2023.
2. Stricker, Stefan H.; Götz, Magdalena (2018). DNA-Methylation: Master or Slave of Neural Fate Decisions?. Frontiers in Neuroscience. Т. 12. doi:10.3389/fnins.2018.00005. ISSN 1662-453X. PMC 5799221. PMID 29449798. Процитовано 10 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
3. Holliday, R.; Pugh, J. E. (24 січня 1975). DNA Modification Mechanisms and Gene Activity During Development: Developmental clocks may depend on the enzymic modification of specific bases in repeated DNA sequences. Science (англ.). Т. 187, № 4173. с. 226—232. doi:10.1126/science.187.4173.226. ISSN 0036-8075. Процитовано 9 грудня 2023.
4. Bird, Adrian (1 січня 2002). DNA methylation patterns and epigenetic memory. Genes & Development (англ.). Т. 16, № 1. с. 6—21. doi:10.1101/gad.947102. ISSN 0890-9369. Процитовано 9 грудня 2023.
5. Jaenisch, Rudolf; Bird, Adrian (2003-03). Epigenetic regulation of gene expression: how the genome integrates intrinsic and environmental signals. Nature Genetics (англ.). Т. 33, № 3. с. 245—254. doi:10.1038/ng1089. ISSN 1546-1718. Процитовано 9 грудня 2023.
6. Allfrey, V. G.; Faulkner, R.; Mirsky, A. E. (1964-05). ACETYLATION AND METHYLATION OF HISTONES AND THEIR POSSIBLE ROLE IN THE REGULATION OF RNA SYNTHESIS. Proceedings of the National Academy of Sciences (англ.). Т. 51, № 5. с. 786—794. doi:10.1073/pnas.51.5.786. ISSN 0027-8424. PMC 300163. PMID 14172992. Процитовано 20 червня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
7. Mukhopadhyay, Rajendrani (2012-01). Vincent Allfrey's Work on Histone Acetylation. Journal of Biological Chemistry. Т. 287, № 3. с. 2270—2271. doi:10.1074/jbc.o112.000248. ISSN 0021-9258. PMC 3265906. Процитовано 10 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
8. Allis, C. David; Berger, Shelley L.; Cote, Jacques; Dent, Sharon; Jenuwien, Thomas; Kouzarides, Tony; Pillus, Lorraine; Reinberg, Danny; Shi, Yang (2007-11). New Nomenclature for Chromatin-Modifying Enzymes. Cell (англ.). Т. 131, № 4. с. 633—636. doi:10.1016/j.cell.2007.10.039. Процитовано 9 грудня 2023.
9. Lee, Rosalind C.; Feinbaum, Rhonda L.; Ambros, Victor (1993-12). The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14. Cell. Т. 75, № 5. с. 843—854. doi:10.1016/0092-8674(93)90529-y. ISSN 0092-8674. Процитовано 9 грудня 2023.
10. Fire, Andrew; Xu, SiQun; Montgomery, Mary K.; Kostas, Steven A.; Driver, Samuel E.; Mello, Craig C. (1998-02). Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans. Nature (англ.). Т. 391, № 6669. с. 806—811. doi:10.1038/35888. ISSN 1476-4687. Процитовано 9 грудня 2023.
11. Bradbury, Jane (22 груд. 2003 р.). Human Epigenome Project—Up and Running. PLOS Biology (англ.). Т. 1, № 3. с. e82. doi:10.1371/journal.pbio.0000082. ISSN 1545-7885. PMC 300691. PMID 14691553. Процитовано 20 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
12. Meissner, Alexander; Mikkelsen, Tarjei S.; Gu, Hongcang; Wernig, Marius; Hanna, Jacob; Sivachenko, Andrey; Zhang, Xiaolan; Bernstein, Bradley E.; Nusbaum, Chad (2008-08). Genome-scale DNA methylation maps of pluripotent and differentiated cells. Nature (англ.). Т. 454, № 7205. с. 766—770. doi:10.1038/nature07107. ISSN 1476-4687. Процитовано 9 грудня 2023.
13. Lister, Ryan; Pelizzola, Mattia; Dowen, Robert H.; Hawkins, R. David; Hon, Gary; Tonti-Filippini, Julian; Nery, Joseph R.; Lee, Leonard; Ye, Zhen (2009-11). Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic differences. Nature (англ.). Т. 462, № 7271. с. 315—322. doi:10.1038/nature08514. ISSN 1476-4687. PMC 2857523. PMID 19829295. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
14. Edwards, John R.; Yarychkivska, Olya; Boulard, Mathieu; Bestor, Timothy H. (2017-12). DNA methylation and DNA methyltransferases. Epigenetics & Chromatin (англ.). Т. 10, № 1. doi:10.1186/s13072-017-0130-8. ISSN 1756-8935. PMC 5422929. PMID 28503201. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
15. Jones, Peter A. (2012-07). Functions of DNA methylation: islands, start sites, gene bodies and beyond. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 13, № 7. с. 484—492. doi:10.1038/nrg3230. ISSN 1471-0064. Процитовано 9 грудня 2023.
16. Moore, Lisa D.; Le, Thuc; Fan, Guoping (2013-01). DNA Methylation and Its Basic Function. Neuropsychopharmacology (англ.). Т. 38, № 1. с. 23—38. doi:10.1038/npp.2012.112. ISSN 1740-634X. Процитовано 9 грудня 2023.
17. Kouzarides, Tony (2007-02). Chromatin Modifications and Their Function. Cell. Т. 128, № 4. с. 693—705. doi:10.1016/j.cell.2007.02.005. ISSN 0092-8674. Процитовано 9 грудня 2023.
18. Wei, Jian-Wei; Huang, Kai; Yang, Chao; Kang, Chun-Sheng (2017-01). Non-coding RNAs as regulators in epigenetics. Oncology Reports (англ.). Т. 37, № 1. с. 3—9. doi:10.3892/or.2016.5236. ISSN 1021-335X. Процитовано 9 грудня 2023.
19. O'Brien, Jacob; Hayder, Heyam; Zayed, Yara; Peng, Chun (2018). Overview of MicroRNA Biogenesis, Mechanisms of Actions, and Circulation. Frontiers in Endocrinology. Т. 9. doi:10.3389/fendo.2018.00402. ISSN 1664-2392. PMC 6085463. PMID 30123182. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
20. Rinn, John L.; Chang, Howard Y. (7 липня 2012). Genome Regulation by Long Noncoding RNAs. Annual Review of Biochemistry (англ.). Т. 81, № 1. с. 145—166. doi:10.1146/annurev-biochem-051410-092902. ISSN 0066-4154. PMC 3858397. PMID 22663078. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
21. Handy, Diane E.; Castro, Rita; Loscalzo, Joseph (17 травня 2011). Epigenetic Modifications: Basic Mechanisms and Role in Cardiovascular Disease. Circulation (англ.). Т. 123, № 19. с. 2145—2156. doi:10.1161/CIRCULATIONAHA.110.956839. ISSN 0009-7322. PMC 3107542. PMID 21576679. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
22. Hatton, Ian A.; Galbraith, Eric D.; Merleau, Nono S. C.; Miettinen, Teemu P.; Smith, Benjamin McDonald; Shander, Jeffery A. (26 вересня 2023). The human cell count and size distribution. Proceedings of the National Academy of Sciences (англ.). Т. 120, № 39. doi:10.1073/pnas.2303077120. ISSN 0027-8424. PMC 10523466. PMID 37722043. Процитовано 9 жовтня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
23. Messerschmidt, Daniel M.; Knowles, Barbara B.; Solter, Davor (15 квітня 2014). DNA methylation dynamics during epigenetic reprogramming in the germline and preimplantation embryos. Genes & Development (англ.). Т. 28, № 8. с. 812—828. doi:10.1101/gad.234294.113. ISSN 0890-9369. PMC 4003274. PMID 24736841. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
24. Vastenhouw, Nadine L; Schier, Alexander F (1 червня 2012). Bivalent histone modifications in early embryogenesis. Current Opinion in Cell Biology. Т. 24, № 3. с. 374—386. doi:10.1016/j.ceb.2012.03.009. ISSN 0955-0674. PMC 3372573. PMID 22513113. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
25. Kundaje, Anshul; Meuleman, Wouter; Ernst, Jason; Bilenky, Misha; Yen, Angela; Heravi-Moussavi, Alireza; Kheradpour, Pouya; Zhang, Zhizhuo; Wang, Jianrong (2015-02). Integrative analysis of 111 reference human epigenomes. Nature (англ.). Т. 518, № 7539. с. 317—330. doi:10.1038/nature14248. ISSN 1476-4687. Процитовано 9 грудня 2023.
26. Wang, Jilu; Shi, Aiai; Lyu, Jie (31 грудня 2023). A comprehensive atlas of epigenetic regulators reveals tissue-specific epigenetic regulation patterns. Epigenetics (англ.). Т. 18, № 1. doi:10.1080/15592294.2022.2139067. ISSN 1559-2294. PMC 9980636. PMID 36305095. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
27. Jablonka, Eva; Raz, Gal (2009-06). Transgenerational Epigenetic Inheritance: Prevalence, Mechanisms, and Implications for the Study of Heredity and Evolution. The Quarterly Review of Biology (англ.). Т. 84, № 2. с. 131—176. doi:10.1086/598822. ISSN 0033-5770. Процитовано 9 грудня 2023.
28. Szyf, Moshe (2015-02). Nongenetic inheritance and transgenerational epigenetics. Trends in Molecular Medicine. Т. 21, № 2. с. 134—144. doi:10.1016/j.molmed.2014.12.004. ISSN 1471-4914. Процитовано 9 грудня 2023.
29. Bošković, Ana; Rando, Oliver J. (23 листопада 2018). Transgenerational Epigenetic Inheritance. Annual Review of Genetics (англ.). Т. 52, № 1. с. 21—41. doi:10.1146/annurev-genet-120417-031404. ISSN 0066-4197. Процитовано 9 грудня 2023.
30. Fitz-James, Maximilian H.; Cavalli, Giacomo (2022-06). Molecular mechanisms of transgenerational epigenetic inheritance. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 23, № 6. с. 325—341. doi:10.1038/s41576-021-00438-5. ISSN 1471-0064. Процитовано 9 грудня 2023.
31. Fetahu, Irfete S.; Höbaus, Julia; Kállay, Enikő (2014). Vitamin D and the epigenome. Frontiers in Physiology. Т. 5. doi:10.3389/fphys.2014.00164. ISSN 1664-042X. PMC 4010791. PMID 24808866. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
32. Tiffon, Céline (2018-11). The Impact of Nutrition and Environmental Epigenetics on Human Health and Disease. International Journal of Molecular Sciences (англ.). Т. 19, № 11. с. 3425. doi:10.3390/ijms19113425. ISSN 1422-0067. PMC 6275017. PMID 30388784. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
33. Breton, Carrie V.; Landon, Remy; Kahn, Linda G.; Enlow, Michelle Bosquet; Peterson, Alicia K.; Bastain, Theresa; Braun, Joseph; Comstock, Sarah S.; Duarte, Cristiane S. (22 червня 2021). Exploring the evidence for epigenetic regulation of environmental influences on child health across generations. Communications Biology (англ.). Т. 4, № 1. с. 1—15. doi:10.1038/s42003-021-02316-6. ISSN 2399-3642. Процитовано 9 грудня 2023.
34. Alegría-Torres, Jorge Alejandro; Baccarelli, Andrea; Bollati, Valentina (2011-06). Epigenetics and lifestyle. Epigenomics. Т. 3, № 3. с. 267—277. doi:10.2217/epi.11.22. ISSN 1750-1911. PMC 3752894. PMID 22122337. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
35. Duncan, Glen E.; Avery, Ally; Thorson, Jennifer L. M.; Nilsson, Eric E.; Beck, Daniel; Skinner, Michael K. (23 листопада 2022). Epigenome-wide association study of physical activity and physiological parameters in discordant monozygotic twins. Scientific Reports (англ.). Т. 12, № 1. с. 20166. doi:10.1038/s41598-022-24642-3. ISSN 2045-2322. Процитовано 9 грудня 2023.
36. Zhang, Yi; Kutateladze, Tatiana G. (28 серпня 2018). Diet and the epigenome. Nature Communications (англ.). Т. 9, № 1. с. 3375. doi:10.1038/s41467-018-05778-1. ISSN 2041-1723. Процитовано 9 грудня 2023.
37. Jiang, Shui; Postovit, Lynne; Cattaneo, Annamaria; Binder, Elisabeth B.; Aitchison, Katherine J. (2019). Epigenetic Modifications in Stress Response Genes Associated With Childhood Trauma. Frontiers in Psychiatry. Т. 10. doi:10.3389/fpsyt.2019.00808. ISSN 1664-0640. PMC 6857662. PMID 31780969. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
38. Yuan, Minlan; Yang, Biao; Rothschild, Gerson; Mann, J. John; Sanford, Larry D.; Tang, Xiangdong; Huang, Canhua; Wang, Chuang; Zhang, Wei (30 серпня 2023). Epigenetic regulation in major depression and other stress-related disorders: molecular mechanisms, clinical relevance and therapeutic potential. Signal Transduction and Targeted Therapy (англ.). Т. 8, № 1. с. 1—30. doi:10.1038/s41392-023-01519-z. ISSN 2059-3635. Процитовано 9 грудня 2023.
39. del Blanco, Beatriz; Barco, Angel (1 серпня 2018). Impact of environmental conditions and chemicals on the neuronal epigenome. Current Opinion in Chemical Biology. Т. 45. с. 157—165. doi:10.1016/j.cbpa.2018.06.003. ISSN 1367-5931. Процитовано 9 грудня 2023.
40. Champagne, Frances A. (2010-05). Epigenetic influence of social experiences across the lifespan. Developmental Psychobiology (англ.). Т. 52, № 4. с. 299—311. doi:10.1002/dev.20436. ISSN 0012-1630. Процитовано 9 грудня 2023.
41. Laubach, Zachary M.; Greenberg, Julia R.; Turner, Julie W.; Montgomery, Tracy M.; Pioon, Malit O.; Sawdy, Maggie A.; Smale, Laura; Cavalcante, Raymond G.; Padmanabhan, Karthik R. (20 липня 2021). Early-life social experience affects offspring DNA methylation and later life stress phenotype. Nature Communications (англ.). Т. 12, № 1. с. 4398. doi:10.1038/s41467-021-24583-x. ISSN 2041-1723. Процитовано 9 грудня 2023.
42. The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2012. NobelPrize.org (амер.). Процитовано 9 грудня 2023.
43. Takahashi, Kazutoshi; Yamanaka, Shinya (2006-08). Induction of Pluripotent Stem Cells from Mouse Embryonic and Adult Fibroblast Cultures by Defined Factors. Cell. Т. 126, № 4. с. 663—676. doi:10.1016/j.cell.2006.07.024. ISSN 0092-8674. Процитовано 9 грудня 2023.
44. Hirst, M.; Marra, M. A. (1 грудня 2010). Next generation sequencing based approaches to epigenomics. Briefings in Functional Genomics (англ.). Т. 9, № 5-6. с. 455—465. doi:10.1093/bfgp/elq035. ISSN 2041-2649. PMC 3080743. PMID 21266347. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
45. Arora, Itika; Tollefsbol, Trygve O. (1 березня 2021). Computational methods and next-generation sequencing approaches to analyze epigenetics data: Profiling of methods and applications. Methods. Т. 187. с. 92—103. doi:10.1016/j.ymeth.2020.09.008. ISSN 1046-2023. PMC 7914156. PMID 32941995. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
46. Searle, Bethany; Müller, Markus; Carell, Thomas; Kellett, Andrew (27 березня 2023). Third‐Generation Sequencing of Epigenetic DNA. Angewandte Chemie International Edition (англ.). Т. 62, № 14. doi:10.1002/anie.202215704. ISSN 1433-7851. Процитовано 9 грудня 2023.
47. Chen, Xiufei; Xu, Haiqi; Shu, Xiao; Song, Chun-Xiao (1 вересня 2023). Mapping epigenetic modifications by sequencing technologies. Cell Death & Differentiation (англ.). с. 1—10. doi:10.1038/s41418-023-01213-1. ISSN 1476-5403. Процитовано 9 грудня 2023.
48. Füllgrabe, Jens; Gosal, Walraj S.; Creed, Páidí; Liu, Sidong; Lumby, Casper K.; Morley, David J.; Ost, Tobias W. B.; Vilella, Albert J.; Yu, Shirong (2023-10). Simultaneous sequencing of genetic and epigenetic bases in DNA. Nature Biotechnology (англ.). Т. 41, № 10. с. 1457—1464. doi:10.1038/s41587-022-01652-0. ISSN 1546-1696. Процитовано 9 грудня 2023.
49. Marinov, Georgi K (1 березня 2018). A decade of ChIP-seq. Briefings in Functional Genomics (англ.). Т. 17, № 2. с. 77—79. doi:10.1093/bfgp/ely012. ISSN 2041-2649. Процитовано 9 грудня 2023.
50. Nakato, Ryuichiro; Sakata, Toyonori (1 березня 2021). Methods for ChIP-seq analysis: A practical workflow and advanced applications. Methods. Т. 187. с. 44—53. doi:10.1016/j.ymeth.2020.03.005. ISSN 1046-2023. Процитовано 9 грудня 2023.
51. Strino, Francesco; Lappe, Michael (6 червня 2016). Identifying peaks in *-seq data using shape information. BMC Bioinformatics. Т. 17, № 5. с. S206. doi:10.1186/s12859-016-1042-5. ISSN 1471-2105. PMC 4905608. PMID 27295177. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
52. Arora, Itika; Tollefsbol, Trygve O. (1 березня 2021). Computational methods and next-generation sequencing approaches to analyze epigenetics data: Profiling of methods and applications. Methods. Т. 187. с. 92—103. doi:10.1016/j.ymeth.2020.09.008. ISSN 1046-2023. PMC 7914156. PMID 32941995. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
53. Schwartzman, Omer; Tanay, Amos (2015-12). Single-cell epigenomics: techniques and emerging applications. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 16, № 12. с. 716—726. doi:10.1038/nrg3980. ISSN 1471-0064. Процитовано 9 грудня 2023.
54. Clark, Stephen J.; Lee, Heather J.; Smallwood, Sébastien A.; Kelsey, Gavin; Reik, Wolf (2016-12). Single-cell epigenomics: powerful new methods for understanding gene regulation and cell identity. Genome Biology (англ.). Т. 17, № 1. doi:10.1186/s13059-016-0944-x. ISSN 1474-760X. PMC 4834828. PMID 27091476. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
55. Kelsey, Gavin; Stegle, Oliver; Reik, Wolf (6 жовтня 2017). Single-cell epigenomics: Recording the past and predicting the future. Science (англ.). Т. 358, № 6359. с. 69—75. doi:10.1126/science.aan6826. ISSN 0036-8075. Процитовано 9 грудня 2023.
56. Ziffra, Ryan S.; Kim, Chang N.; Ross, Jayden M.; Wilfert, Amy; Turner, Tychele N.; Haeussler, Maximilian; Casella, Alex M.; Przytycki, Pawel F.; Keough, Kathleen C. (2021-10). Single-cell epigenomics reveals mechanisms of human cortical development. Nature (англ.). Т. 598, № 7879. с. 205—213. doi:10.1038/s41586-021-03209-8. ISSN 1476-4687. Процитовано 9 грудня 2023.
57. Hu, Yuhua; Shen, Feng; Yang, Xi; Han, Tingting; Long, Zhuowen; Wen, Jiale; Huang, Junxing; Shen, Jiangfeng; Guo, Qing (11 жовтня 2023). Single-cell sequencing technology applied to epigenetics for the study of tumor heterogeneity. Clinical Epigenetics (англ.). Т. 15, № 1. doi:10.1186/s13148-023-01574-x. ISSN 1868-7083. PMC 10568863. PMID 37821906. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
58. Zhong, Suijuan; Wang, Mengdi; Huang, Luwei; Chen, Youqiao; Ge, Yuxin; Zhang, Jiyao; Shi, Yingchao; Dong, Hao; Zhou, Xin (22 листопада 2023). Single-cell epigenomics and spatiotemporal transcriptomics reveal human cerebellar development. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 7613. doi:10.1038/s41467-023-43568-6. ISSN 2041-1723. Процитовано 9 грудня 2023.
59. Nativio, Raffaella; Lan, Yemin; Donahue, Greg; Sidoli, Simone; Berson, Amit; Srinivasan, Ananth R.; Shcherbakova, Oksana; Amlie-Wolf, Alexandre; Nie, Ji (2020-10). An integrated multi-omics approach identifies epigenetic alterations associated with Alzheimer’s disease. Nature Genetics (англ.). Т. 52, № 10. с. 1024—1035. doi:10.1038/s41588-020-0696-0. ISSN 1546-1718. Процитовано 9 грудня 2023.
60. Babu, Mohan; Snyder, Michael (2023-06). Multi-Omics Profiling for Health. Molecular & Cellular Proteomics. Т. 22, № 6. с. 100561. doi:10.1016/j.mcpro.2023.100561. ISSN 1535-9476. PMC 10220275. PMID 37119971. Процитовано 14 червня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
61. Hasin, Yehudit; Seldin, Marcus; Lusis, Aldons (5 травня 2017). Multi-omics approaches to disease. Genome Biology. Т. 18, № 1. с. 83. doi:10.1186/s13059-017-1215-1. ISSN 1474-760X. PMC 5418815. PMID 28476144. Процитовано 11 червня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
62. Kang Ning (2023). Methodologies of Multi-Omics Data Integration and Data Mining: Techniques and Applications (eng) . Springer. ISBN .
63. Hilton, Isaac B.; D'Ippolito, Anthony M.; Vockley, Christopher M.; Thakore, Pratiksha I.; Crawford, Gregory E.; Reddy, Timothy E.; Gersbach, Charles A. (2015-05). Epigenome editing by a CRISPR-Cas9-based acetyltransferase activates genes from promoters and enhancers. Nature Biotechnology (англ.). Т. 33, № 5. с. 510—517. doi:10.1038/nbt.3199. ISSN 1546-1696. Процитовано 9 грудня 2023.
64. Nakamura, Muneaki; Gao, Yuchen; Dominguez, Antonia A.; Qi, Lei S. (2021-01). CRISPR technologies for precise epigenome editing. Nature Cell Biology (англ.). Т. 23, № 1. с. 11—22. doi:10.1038/s41556-020-00620-7. ISSN 1476-4679. Процитовано 9 грудня 2023.
65. Goell, Jacob H.; Hilton, Isaac B. (2021-07). CRISPR/Cas-Based Epigenome Editing: Advances, Applications, and Clinical Utility. Trends in Biotechnology. Т. 39, № 7. с. 678—691. doi:10.1016/j.tibtech.2020.10.012. ISSN 0167-7799. Процитовано 9 грудня 2023.
66. Fadul, Shaima M; Arshad, Aleeza; Mehmood, Rashid (2023-11). CRISPR-based epigenome editing: mechanisms and applications. Epigenomics. Т. 15, № 21. с. 1137—1155. doi:10.2217/epi-2023-0281. ISSN 1750-1911. Процитовано 9 грудня 2023.
67. Holtzman, Liad; Gersbach, Charles A. (31 серпня 2018). Editing the Epigenome: Reshaping the Genomic Landscape. Annual Review of Genomics and Human Genetics (англ.). Т. 19, № 1. с. 43—71. doi:10.1146/annurev-genom-083117-021632. ISSN 1527-8204. Процитовано 9 грудня 2023.
68. Ueda, Jun; Yamazaki, Taiga; Funakoshi, Hiroshi (2023-01). Toward the Development of Epigenome Editing-Based Therapeutics: Potentials and Challenges. International Journal of Molecular Sciences (англ.). Т. 24, № 5. с. 4778. doi:10.3390/ijms24054778. ISSN 1422-0067. PMC 10003136. PMID 36902207. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
69. Rajaram, Nivethika; Kouroukli, Alexandra G.; Bens, Susanne; Bashtrykov, Pavel; Jeltsch, Albert (21 жовтня 2023). Development of super-specific epigenome editing by targeted allele-specific DNA methylation. Epigenetics & Chromatin (англ.). Т. 16, № 1. doi:10.1186/s13072-023-00515-5. ISSN 1756-8935. PMC 10589950. PMID 37864244. Процитовано 9 грудня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()