Azərbaycanca AzərbaycancaБеларускі БеларускіDansk DanskDeutsch DeutschEspañola EspañolaFrançais FrançaisIndonesia IndonesiaItaliana Italiana日本語 日本語Қазақ ҚазақLietuvos LietuvosNederlands NederlandsPortuguês PortuguêsРусский Русскийසිංහල සිංහලแบบไทย แบบไทยTürkçe TürkçeУкраїнська Українська中國人 中國人United State United StateAfrikaans Afrikaans
Підтримка
www.wikidata.uk-ua.nina.az

Секвенування ChIP ChIP імунопреципітація хроматину також відоме як ChIP seq це метод який використовується для аналізу в

ChIP-seq

ChIP-seq

Секвенування ChIP (ChIP — імунопреципітація хроматину), також відоме як ChIP-seq, — це метод, який використовується для аналізу взаємодії білка з ДНК. ChIP-seq поєднує імунопреципітацію хроматину (ChIP) із масивним паралельним секвенуванням ДНК для ідентифікації сайтів зв’язування ДНК-асоційованих білків. Його можна використовувати для точного відображення глобальних сайтів зв’язування будь-якого цікавого білка. Раніше ChIP-on-chip був найпоширенішим методом, який використовувався для вивчення цих зв’язків між білками та ДНК.

Використання

ChIP-seq в основному використовується для визначення того, як фактори транскрипції та інші асоційовані з хроматином білки впливають на механізми впливу на фенотип. Визначення того, як білки взаємодіють з ДНК для регулювання експресії генів, має важливе значення для повного розуміння багатьох біологічних процесів і хворобливих станів. Ця епігенетична інформація доповнює аналіз генотипу та експресії генів. Технологія ChIP-seq наразі розглядається в основному як альтернатива [en], який потребує гібридизаційного масиву. Це вносить деяку упередженість, оскільки масив обмежений фіксованою кількістю зондів. Вважається, що секвенування, навпаки, має меншу похибку, хоча похибка секвенування різних технологій секвенування ще не повністю вивчена.

Специфічні ділянки ДНК у прямій фізичній взаємодії з факторами транскрипції та іншими білками можна виділити за допомогою імунопреципітації хроматину. ChIP створює бібліотеку цільових ділянок ДНК, пов’язаних з цікавим білком. Масовий паралельний аналіз послідовностей використовується разом із базами даних повногеномних послідовностей для аналізу моделі взаємодії будь-якого білка з ДНК або моделі будь-яких епігенетичних модифікацій хроматину. Це можна застосувати до набору ChIP-здатних білків і модифікацій, таких як фактори транскрипції, полімерази та транскрипційні механізми, структурні білки, модифікації білків і . Як альтернатива залежності від специфічних антитіл, були розроблені різні методи для пошуку надмножини всіх збіднених нуклеосомами або порушених нуклеосомами активних регуляторних ділянок у геномі, як-от DNase-Seq і FAIRE-Seq.

Процес ChIP-секвенування

image
Процес Секвенування ChIP

Імунопреципітація хроматину (ChIP)

ChIP є потужним методом вибіркового збагачення послідовностей ДНК, зв'язаних певним білком у живих клітинах. Однак широке використання цього методу було обмежено відсутністю достатньо надійного методу ідентифікації всіх збагачених послідовностей ДНК. Протокол вологої лабораторії ChIP містить ChIP і гібридизацію. По суті, існує п’ять частин протоколу ChIP, які допомагають краще зрозуміти загальний процес ChIP. Щоб здійснити ChIP, першим кроком є перехресне зшивання за допомогою формальдегіду та великих партій ДНК, щоб отримати корисну кількість. Перехресні зв’язки створюються між білком і ДНК, а також між РНК та іншими білками. Другим кроком є процес фрагментації хроматину, який розщеплює хроматин, щоб отримати високоякісні фрагменти ДНК для аналізу ChIP. Щоб мати найкращий результат для картування генома, ці фрагменти мають бути розрізані так, щоб вони становили менше 500 пар основ кожен. Третій етап називається імунопреципітацією хроматину, скороченням чого є ChIP. Процес ChIP покращує специфічні зшиті ДНК-білкові комплекси за допомогою антитіла проти цікавого білка з подальшою інкубацією та центрифугуванням для отримання імунопреципітації. Етап імунопреципітації також дозволяє видалити сайти неспецифічного зв’язування. Четвертий етап — відновлення та очищення ДНК, що відбувається шляхом зворотного впливу на перехресний зв’язок між ДНК і білком для їх розділення та очищення ДНК за допомогою екстракції. П’ятим і останнім кроком є етап аналізу протоколу ChIP за допомогою процесу qPCR, ChIP-on-chip (гібридний масив) або секвенування ChIP. Олігонуклеотидні адаптери потім додаються до невеликих ділянок ДНК, які були зв'язані з цікавим білком, щоб уможливити [en]. За допомогою аналізу послідовності можуть бути ідентифіковані та інтерпретовані геном або його область, з якою був зв’язаний білок.

Секвенування

Після вибору розміру всі отримані фрагменти ChIP-ДНК секвенуються одночасно за допомогою секвенатора генома. Один цикл секвенування може сканувати геномні асоціації з високою роздільною здатністю, тобто ознаки можуть бути розташовані точно в хромосомах. ЧІП-чіп, навпаки, вимагає великих наборів масивів мозаїк (Tiling array) для нижчої роздільної здатності.

Контроль якості

ChIP-seq пропонує нам швидкий аналіз, однак необхідно провести контроль якості, щоб переконатися, що отримані результати надійні:

  • Ненадлишкова фракція: ділянки низької складності слід видалити, оскільки вони неінформативні та можуть заважати відображенню в еталонному геномі.
  • Фрагменти в піках: співвідношення зчитувань, які розташовані в піках, до зчитувань, які розташовані там, де немає піку.

Чутливість

Чутливість цієї технології залежить від глибини секвенування (тобто кількості відображених тегів послідовності), розміру геному та розподілу цільового фактора. Глибина секвенування прямо корелює з вартістю. Якщо велику кількість зв’язуючих речовин у великих геномах необхідно картувати з високою чутливістю, вартість буде висока, оскільки знадобиться надзвичайно велика кількість тегів послідовності. Це на відміну від чіпа ChIP, у якому вартість не корелює з чутливістю.

На відміну від методів ChIP на основі мірочипів, точність аналізу ChIP-seq не обмежується відстанню між попередньо визначеними зондами. Інтегруючи велику кількість коротких зчитувань, можна отримати високоточну локалізацію сайту зв’язування. У порівнянні з ChIP-чіпом, дані ChIP-seq можна використовувати для визначення місця зв’язування в межах кількох десятків пар основ від фактичного сайту зв’язування білка. Щільність міток у сайтах зв’язування є хорошим індикатором афінності зв’язування білка з ДНК, що полегшує кількісну оцінку та порівняння афінності зв’язування білка з різними ділянками ДНК.

Сучасні дослідження

Асоціація ДНК STAT1: ChIP-seq використовувався для вивчення мішеней STAT1 у клітинах HeLa S3, які є клонами лінії HeLa, які використовуються для аналізу клітинних популяцій. Потім продуктивність ChIP-seq порівнювали з альтернативними методами взаємодії білок-ДНК ChIP-PCR і ChIP-чіп.

Нуклеосомна архітектура промоторів: за допомогою ChIP-seq було встановлено, що дріжджові гени, мабуть, мають мінімальну вільну від нуклеосом область промотора розміром 150 bp, у якій РНК-полімераза може ініціювати транскрипцію.

Збереження фактора транскрипції: ChIP-seq використовувався для порівняння збереження транскрипційного фактора у передньому мозку та тканині серця в ембріональних мишей. Автори визначили та перевірили серцеву функціональність підсилювачів транскрипції та визначили, що підсилювачі транскрипції для серця менш консервативні, ніж для переднього мозку на тій самій стадії розвитку.

Повногеномне ChIP-seq: Секвенування ChIP було завершено на хробаку C. elegans, щоб дослідити сайти зв’язування 22 транскрипційних факторів у всьому геномі. До 20% анотованих генів-кандидатів було віднесено до факторів транскрипції. Декілька факторів транскрипції були віднесені до некодуючих ділянок РНК і можуть залежати від змін розвитку або середовища. Також були визначені функції деяких факторів транскрипції. Деякі з факторів транскрипції регулюють гени, які контролюють інші фактори транскрипції. Ці гени не регулюються іншими факторами. Більшість факторів транскрипції служать і мішенями, і регуляторами інших факторів, демонструючи мережу регуляції.

Виведення регуляторної мережі: було показано, що сигнал ChIP-seq модифікації гістону більше корелює з мотивами факторів транскрипції на промоторах порівняно з рівнем РНК. Тому автор припустив, що використання модифікації гістонів ChIP-seq забезпечить більш надійний висновок про генно-регуляторні мережі порівняно з іншими методами, заснованими на експресії.

ChIP-seq пропонує альтернативу [en]. Експериментальні дані ChIP-seq STAT1 мають високий ступінь подібності до результатів, отриманих за допомогою ChIP-чіпа для того самого типу експерименту, з більш ніж 64% піків у спільних геномних областях. Оскільки дані є зчитуванням послідовності, ChIP-seq пропонує конвеєр швидкого аналізу, якщо високоякісна послідовність геному доступна для картування зчитування, а геном не має повторюваного вмісту, який заплутує процес картування. ChIP-seq також має потенціал для виявлення мутацій у послідовностях сайтів зв’язування, які можуть безпосередньо підтримувати будь-які спостережувані зміни в зв’язуванні білка та регуляції генів.

Обчислювальний аналіз

Як і багато інших високопродуктивних підходів секвенування, ChIP-seq генерує надзвичайно великі набори даних, для яких потрібні відповідні методи обчислювального аналізу. Щоб передбачити сайти зв’язування ДНК на основі даних кількості читань ChIP-seq, були розроблені методи пікового виклику. Один зі способів — це MACS, який емпірично моделює розмір зсуву тегів ChIP-Seq і використовує його для покращення просторової роздільної здатності прогнозованих сайтів зв’язування. MACS оптимізовано для піків вищої роздільної здатності, тоді як інший популярний алгоритм, SICER, запрограмований на виклик ширших піків, що охоплюють від кілобаз до мегабаз, щоб шукати ширші домени хроматину. SICER більш корисний для міток гістонів, що охоплюють тіла генів. Більш строгий математичний метод BCP (Bayesian Change Point) можна використовувати як для гострих, так і для широких піків із вищою швидкістю обчислення, див. порівняння інструментів виклику піків ChIP-seq.

Іншою важливою обчислювальною проблемою є диференціальний піковий виклик (differential peak calling), який визначає значні відмінності в двох сигналах ChIP-seq від різних біологічних умов. Диференціальні пікові абоненти сегментують два сигнали ChIP-seq і ідентифікують диференціальні піки за допомогою прихованих марковських моделей. Прикладами двоступеневих диференціальних пікових викликів є ChIPDiff і ODIN.

Щоб зменшити кількість фальшивих сайтів від ChIP-seq, можна використовувати кілька експериментальних контролів для виявлення сайтів зв’язування з експерименту IP. Bay2Ctrls приймає байєсівську модель для інтеграції контролю введення ДНК для IP, макету IP і відповідного контролю введення ДНК для прогнозування сайтів зв’язування з IP. Цей підхід особливо ефективний для складних зразків, таких як цілі модельні організми. Крім того, аналіз показує, що для складних зразків фальшиві контролі IP значно перевершують вхідні контролі ДНК, ймовірно, через активні геноми зразків.

Див. також

Подібні методи

  • Секвенування CUT&RUN, націлене на антитіла контрольоване розщеплення мікрококовою нуклеазою замість ChIP, що дозволяє покращити співвідношення сигнал/шум під час секвенування.
  • Секвенування CUT&Tag, контрольоване розщеплення, націлене на антитіла, транспозазою Tn5 замість ChIP, що забезпечує покращене співвідношення сигнал/шум під час секвенування.
  • Sono-Seq, ідентичний ChIP-Seq, але без етапу імунопреципітації.
  • HITS-CLIP (також званий CLIP-Seq), для пошуку взаємодії з РНК, а не з ДНК.
  • PAR-CLIP, інший метод ідентифікації сайтів зв’язування клітинних РНК-зв’язуючих білків (RBP).
  • RIP-Chip, та сама мета та перші кроки, але не використовує методи перехресного зшивання та використовує мікрочип замість секвенування
  • SELEX, метод пошуку консенсусної зв’язувальної послідовності
  • Competition-ChIP для вимірювання відносної динаміки заміни в ДНК.
  • ChiRP-Seq для вимірювання РНК-зв’язаної ДНК і білків.
  • ChIP-exo використовує обробку екзонуклеазою для досягнення роздільної здатності до однієї пари основ
  • покращила версію ChIP-exo для досягнення роздільної здатності до однієї пари основ.
  • DRIP-seq використовує антитіло S9.6 для осадження триланцюгових гібридів DND:РНК, які називаються R-петлями.
  • TCP-seq, принципово аналогічний метод вимірювання динаміки трансляції мРНК.
  • Телефонні картки використовують транспозазу для позначення послідовності зв’язування фактора транскрипції.

Додаткова література

  • Nakato, Ryuichiro; Sakata, Toyonori (1 березня 2021). Methods for ChIP-seq analysis: A practical workflow and advanced applications. Methods 187. с. 44–53. doi:10.1016/j.ymeth.2020.03.005.
  • Ma, Shaoqian; Zhang, Yongyou (2020-12). Profiling chromatin regulatory landscape: insights into the development of ChIP-seq and ATAC-seq. Molecular Biomedicine (англ.) 1 (1).. doi:10.1186/s43556-020-00009-w.
  • Muhammad, Isiaka Ibrahim; Kong, Sze Ling; Akmar Abdullah, Siti Nor; Munusamy, Umaiyal (2020-01). RNA-seq and ChIP-seq as Complementary Approaches for Comprehension of Plant Transcriptional Regulatory Mechanism. International Journal of Molecular Sciences (англ.) 21 (1). doi:10.3390/ijms21010167.

Посилання

  • : Інтегративний і уніфікований аналіз ChIP-Seq регуляторних елементів із +2800 наборів даних ChIP-seq, що дає каталог із 80 мільйонів піків від 485 регуляторів транскрипції.
  • База даних ChIPBase: база даних для вивчення карт зв’язування факторів транскрипції з даних ChIP-Seq. Він надає найповніший набір даних ChIP-Seq для різних типів клітин/тканин і станів.
  • База даних GeneProf і інструмент аналізу: GeneProf — це вільнодоступне, просте у використанні середовище аналізу для даних ChIP-seq і RNA-seq, яке постачається з великою базою даних готових проаналізованих публічних експериментів, наприклад, щодо зв’язування факторів транскрипції та модифікацій гістонів.
  • Виклик диференціального піку: підручник із виклику диференціального піку за допомогою ODIN.
  • Біоінформаційний аналіз даних ChIP-seq : Всебічний аналіз даних ChIP-seq.
  • KLTepigenome: виявлення корельованої мінливості в епігеномних наборах даних за допомогою трансформації Кархунена-Лоева.
  • SignalSpider: інструмент для виявлення імовірнісних шаблонів на кількох нормалізованих профілях сигналу ChIP-Seq
  • FullSignalRanker: інструмент для регресії та прогнозування піків на кількох нормалізованих профілях сигналу ChIP-Seq

Примітки

  1. Muhammad, Isiaka Ibrahim; Kong, Sze Ling; Akmar Abdullah, Siti Nor; Munusamy, Umaiyal (25 грудня 2019). RNA-seq and ChIP-seq as Complementary Approaches for Comprehension of Plant Transcriptional Regulatory Mechanism. International Journal of Molecular Sciences. 21 (1): 167. doi:10.3390/ijms21010167. ISSN 1422-0067. PMC 6981605. PMID 31881735.
  2. Johnson, David S.; Mortazavi, Ali; Myers, Richard M.; Wold, Barbara (8 червня 2007). Genome-Wide Mapping of in Vivo Protein-DNA Interactions. Science (англ.). Т. 316, № 5830. с. 1497—1502. doi:10.1126/science.1141319. ISSN 0036-8075. Процитовано 6 вересня 2023.
  3. Whole-Genome Chromatin IP Sequencing (ChIP-Seq) (PDF). Illumina, Inc. 26 листопада 2007.
  4. Song, Lingyun; Crawford, Gregory E. (February 2010). DNase-seq: a high-resolution technique for mapping active gene regulatory elements across the genome from mammalian cells. Cold Spring Harbor Protocols. 2010 (2): pdb.prot5384. doi:10.1101/pdb.prot5384. ISSN 1559-6095. PMC 3627383. PMID 20150147.
  5. Giresi, Paul G.; Kim, Jonghwan; McDaniell, Ryan M.; Iyer, Vishwanath R.; Lieb, Jason D. (June 2007). FAIRE (Formaldehyde-Assisted Isolation of Regulatory Elements) isolates active regulatory elements from human chromatin. Genome Research. 17 (6): 877—885. doi:10.1101/gr.5533506. ISSN 1088-9051. PMC 1891346. PMID 17179217.
  6. Kumar, Vibhor; Muratani, Masafumi; Rayan, Nirmala Arul; Kraus, Petra; Lufkin, Thomas; Ng, Huck Hui; Prabhakar, Shyam (July 2013). Uniform, optimal signal processing of mapped deep-sequencing data. Nature Biotechnology (англ.). 31 (7): 615—622. doi:10.1038/nbt.2596. ISSN 1087-0156. PMID 23770639.
  7. ChIP guide: epigenetics applications | Abcam. www.abcam.com. Процитовано 27 березня 2024.
  8. Kim, Tae Hoon; Dekker, Job (1 квітня 2018). Formaldehyde Cross-Linking. Cold Spring Harbor Protocols (англ.). Т. 2018, № 4. с. pdb.prot082594. doi:10.1101/pdb.prot082594. ISSN 1940-3402. PMID 29610357. Процитовано 6 вересня 2023.
  9. Kim, Tae Hoon; Dekker, Job (1 квітня 2018). Preparation of Cross-Linked Chromatin for ChIP. Cold Spring Harbor Protocols (англ.). Т. 2018, № 4. с. pdb.prot082602. doi:10.1101/pdb.prot082602. ISSN 1940-3402. PMID 29610358. Процитовано 6 вересня 2023.
  10. Park, Peter J. (October 2009). ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology. Nature Reviews Genetics. 10 (10): 669—680. doi:10.1038/nrg2641. ISSN 1471-0064. PMC 3191340. PMID 19736561.
  11. Chen, Yiwen; Negre, Nicolas; Li, Qunhua; Mieczkowska, Joanna O.; Slattery, Matthew; Liu, Tao; Zhang, Yong; Kim, Tae-Kyung; He, Housheng Hansen (June 2012). Systematic evaluation of factors influencing ChIP-seq fidelity. Nature Methods. 9 (6): 609—614. doi:10.1038/nmeth.1985. ISSN 1548-7105. PMC 3477507. PMID 22522655.
  12. Jung, Youngsook L.; Luquette, Lovelace J.; Ho, Joshua W. K.; Ferrari, Francesco; Tolstorukov, Michael; Minoda, Aki; Issner, Robbyn; Epstein, Charles B.; Karpen, Gary H. (May 2014). Impact of sequencing depth in ChIP-seq experiments. Nucleic Acids Research. 42 (9): e74. doi:10.1093/nar/gku178. ISSN 1362-4962. PMC 4027199. PMID 24598259.
  13. Ho, Joshua W. K.; Bishop, Eric; Karchenko, Peter V.; Nègre, Nicolas; White, Kevin P.; Park, Peter J. (28 лютого 2011). ChIP-chip versus ChIP-seq: lessons for experimental design and data analysis. BMC Genomics. 12: 134. doi:10.1186/1471-2164-12-134. ISSN 1471-2164. PMC 3053263. PMID 21356108.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
  14. Jothi, Raja; Cuddapah, Suresh; Barski, Artem; Cui, Kairong; Zhao, Keji (1 вересня 2008). Genome-wide identification of in vivo protein-DNA binding sites from ChIP-Seq data. Nucleic Acids Research (англ.). Т. 36, № 16. с. 5221—5231. doi:10.1093/nar/gkn488. ISSN 1362-4962. PMC 2532738. PMID 18684996. Процитовано 6 вересня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
  15. Bernstein, Bradley E.; Kamal, Michael; Lindblad-Toh, Kerstin; Bekiranov, Stefan; Bailey, Dione K.; Huebert, Dana J.; McMahon, Scott; Karlsson, Elinor K.; Kulbokas, Edward J. (2005-01). Genomic Maps and Comparative Analysis of Histone Modifications in Human and Mouse. Cell. Т. 120, № 2. с. 169—181. doi:10.1016/j.cell.2005.01.001. ISSN 0092-8674. Процитовано 6 вересня 2023.
  16. HeLa S3 from ATCC | Biocompare.com. www.biocompare.com. Процитовано 21 березня 2020.
  17. Robertson, Gordon; Hirst, Martin; Bainbridge, Matthew; Bilenky, Misha; Zhao, Yongjun; Zeng, Thomas; Euskirchen, Ghia; Bernier, Bridget; Varhol, Richard (2007-08). Genome-wide profiles of STAT1 DNA association using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing. Nature Methods (англ.). Т. 4, № 8. с. 651—657. doi:10.1038/nmeth1068. ISSN 1548-7105. Процитовано 6 вересня 2023.
  18. Schmid, Christoph D.; Bucher, Philipp (2007-11). ChIP-Seq Data Reveal Nucleosome Architecture of Human Promoters. Cell (англ.). Т. 131, № 5. с. 831—832. doi:10.1016/j.cell.2007.11.017. Процитовано 6 вересня 2023.
  19. Blow, Matthew J.; McCulley, David J.; Li, Zirong; Zhang, Tao; Akiyama, Jennifer A.; Holt, Amy; Plajzer-Frick, Ingrid; Shoukry, Malak; Wright, Crystal (2010-09). ChIP-Seq identification of weakly conserved heart enhancers. Nature Genetics (англ.). Т. 42, № 9. с. 806—810. doi:10.1038/ng.650. ISSN 1546-1718. PMC 3138496. PMID 20729851. Процитовано 6 вересня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
  20. Niu, Wei; Lu, Zhi John; Zhong, Mei; Sarov, Mihail; Murray, John I.; Brdlik, Cathleen M.; Janette, Judith; Chen, Chao; Alves, Pedro (1 лютого 2011). Diverse transcription factor binding features revealed by genome-wide ChIP-seq in C. elegans. Genome Research (англ.). Т. 21, № 2. с. 245—254. doi:10.1101/gr.114587.110. ISSN 1088-9051. PMC 3032928. PMID 21177963. Процитовано 6 вересня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
  21. Kumar, Vibhor; Muratani, Masafumi; Rayan, Nirmala Arul; Kraus, Petra; Lufkin, Thomas; Ng, Huck Hui; Prabhakar, Shyam (2013-07). Uniform, optimal signal processing of mapped deep-sequencing data. Nature Biotechnology (англ.). Т. 31, № 7. с. 615—622. doi:10.1038/nbt.2596. ISSN 1546-1696. Процитовано 6 вересня 2023.
  22. Zhang, Yong; Liu, Tao; Meyer, Clifford A.; Eeckhoute, Jérôme; Johnson, David S.; Bernstein, Bradley E.; Nusbaum, Chad; Myers, Richard M.; Brown, Myles (17 вересня 2008). Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS). Genome Biology. Т. 9, № 9. с. R137. doi:10.1186/gb-2008-9-9-r137. ISSN 1474-760X. PMC 2592715. PMID 18798982. Процитовано 6 вересня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
  23. Xing, Haipeng; Mo, Yifan; Liao, Will; Zhang, Michael Q. (26 лип. 2012 р.). Genome-Wide Localization of Protein-DNA Binding and Histone Modification by a Bayesian Change-Point Method with ChIP-seq Data. PLOS Computational Biology (англ.). Т. 8, № 7. с. e1002613. doi:10.1371/journal.pcbi.1002613. ISSN 1553-7358. PMC 3406014. PMID 22844240. Процитовано 6 вересня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
  24. Thomas, Reuben; Thomas, Sean; Holloway, Alisha K.; Pollard, Katherine S. (11 травня 2016). Features that define the best ChIP-seq peak calling algorithms. Briefings in Bioinformatics (англ.). с. bbw035. doi:10.1093/bib/bbw035. ISSN 1467-5463. PMC 5429005. PMID 27169896. Процитовано 6 вересня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
  25. Xu, Han; Wei, Chia-Lin; Lin, Feng; Sung, Wing-Kin (15 жовтня 2008). An HMM approach to genome-wide identification of differential histone modification sites from ChIP-seq data. Bioinformatics (англ.). Т. 24, № 20. с. 2344—2349. doi:10.1093/bioinformatics/btn402. ISSN 1367-4811. Процитовано 6 вересня 2023.
  26. Allhoff, Manuel; Seré, Kristin; Chauvistré, Heike; Lin, Qiong; Zenke, Martin; Costa, Ivan G. (15 грудня 2014). Detecting differential peaks in ChIP-seq signals with ODIN. Bioinformatics (англ.). Т. 30, № 24. с. 3467—3475. doi:10.1093/bioinformatics/btu722. ISSN 1367-4811. Процитовано 6 вересня 2023.
  27. Xu, Jinrui; Kudron, Michelle M; Victorsen, Alec; Gao, Jiahao; Ammouri, Haneen N; Navarro, Fabio C P; Gevirtzman, Louis; Waterston, Robert H; White, Kevin P (21 грудня 2020). To mock or not: a comprehensive comparison of mock IP and DNA input for ChIP-seq. Nucleic Acids Research (англ.). 49 (3): gkaa1155. doi:10.1093/nar/gkaa1155. ISSN 0305-1048. PMC 7897498. PMID 33347581.
  28. Licatalosi, Donny D.; Mele, Aldo; Fak, John J.; Ule, Jernej; Kayikci, Melis; Chi, Sung Wook; Clark, Tyson A.; Schweitzer, Anthony C.; Blume, John E. (2008-11). HITS-CLIP yields genome-wide insights into brain alternative RNA processing. Nature (англ.). Т. 456, № 7221. с. 464—469. doi:10.1038/nature07488. ISSN 1476-4687. PMC 2597294. PMID 18978773. Процитовано 6 вересня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
  29. Darnell, Robert B. (2010-09). HITS‐CLIP: panoramic views of protein–RNA regulation in living cells. Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA (англ.). Т. 1, № 2. с. 266—286. doi:10.1002/wrna.31. ISSN 1757-7004. PMC 3222227. PMID 21935890. Процитовано 6 вересня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
  30. Wang, Haoyi; Mayhew, David; Chen, Xuhua; Johnston, Mark; Mitra, Robi David (1 травня 2011). Calling Cards enable multiplexed identification of the genomic targets of DNA-binding proteins. Genome Research (англ.). Т. 21, № 5. с. 748—755. doi:10.1101/gr.114850.110. ISSN 1088-9051. PMC 3083092. PMID 21471402. Процитовано 6 вересня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
  31. Chèneby, Jeanne; Gheorghe, Marius; Artufel, Marie; Mathelier, Anthony; Ballester, Benoit (4 січня 2018). ReMap 2018: an updated atlas of regulatory regions from an integrative analysis of DNA-binding ChIP-seq experiments. Nucleic Acids Research (англ.). Т. 46, № D1. с. D267—D275. doi:10.1093/nar/gkx1092. ISSN 0305-1048. PMC 5753247. PMID 29126285. Процитовано 6 вересня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
  32. Bailey, Timothy; Krajewski, Pawel; Ladunga, Istvan; Lefebvre, Celine; Li, Qunhua; Liu, Tao; Madrigal, Pedro; Taslim, Cenny; Zhang, Jie (14 лист. 2013 р.). Practical Guidelines for the Comprehensive Analysis of ChIP-seq Data. PLOS Computational Biology (англ.). Т. 9, № 11. с. e1003326. doi:10.1371/journal.pcbi.1003326. ISSN 1553-7358. PMC 3828144. PMID 24244136. Процитовано 6 вересня 2023.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()

Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет

Sekvenuvannya ChIP ChIP imunoprecipitaciya hromatinu takozh vidome yak ChIP seq ce metod yakij vikoristovuyetsya dlya analizu vzayemodiyi bilka z DNK ChIP seq poyednuye imunoprecipitaciyu hromatinu ChIP iz masivnim paralelnim sekvenuvannyam DNK dlya identifikaciyi sajtiv zv yazuvannya DNK asocijovanih bilkiv Jogo mozhna vikoristovuvati dlya tochnogo vidobrazhennya globalnih sajtiv zv yazuvannya bud yakogo cikavogo bilka Ranishe ChIP on chip buv najposhirenishim metodom yakij vikoristovuvavsya dlya vivchennya cih zv yazkiv mizh bilkami ta DNK VikoristannyaChIP seq v osnovnomu vikoristovuyetsya dlya viznachennya togo yak faktori transkripciyi ta inshi asocijovani z hromatinom bilki vplivayut na mehanizmi vplivu na fenotip Viznachennya togo yak bilki vzayemodiyut z DNK dlya regulyuvannya ekspresiyi geniv maye vazhlive znachennya dlya povnogo rozuminnya bagatoh biologichnih procesiv i hvoroblivih staniv Cya epigenetichna informaciya dopovnyuye analiz genotipu ta ekspresiyi geniv Tehnologiya ChIP seq narazi rozglyadayetsya v osnovnomu yak alternativa en yakij potrebuye gibridizacijnogo masivu Ce vnosit deyaku uperedzhenist oskilki masiv obmezhenij fiksovanoyu kilkistyu zondiv Vvazhayetsya sho sekvenuvannya navpaki maye menshu pohibku hocha pohibka sekvenuvannya riznih tehnologij sekvenuvannya she ne povnistyu vivchena Specifichni dilyanki DNK u pryamij fizichnij vzayemodiyi z faktorami transkripciyi ta inshimi bilkami mozhna vidiliti za dopomogoyu imunoprecipitaciyi hromatinu ChIP stvoryuye biblioteku cilovih dilyanok DNK pov yazanih z cikavim bilkom Masovij paralelnij analiz poslidovnostej vikoristovuyetsya razom iz bazami danih povnogenomnih poslidovnostej dlya analizu modeli vzayemodiyi bud yakogo bilka z DNK abo modeli bud yakih epigenetichnih modifikacij hromatinu Ce mozhna zastosuvati do naboru ChIP zdatnih bilkiv i modifikacij takih yak faktori transkripciyi polimerazi ta transkripcijni mehanizmi strukturni bilki modifikaciyi bilkiv i Yak alternativa zalezhnosti vid specifichnih antitil buli rozrobleni rizni metodi dlya poshuku nadmnozhini vsih zbidnenih nukleosomami abo porushenih nukleosomami aktivnih regulyatornih dilyanok u genomi yak ot DNase Seq i FAIRE Seq Proces ChIP sekvenuvannyaProces Sekvenuvannya ChIP Imunoprecipitaciya hromatinu ChIP ChIP ye potuzhnim metodom vibirkovogo zbagachennya poslidovnostej DNK zv yazanih pevnim bilkom u zhivih klitinah Odnak shiroke vikoristannya cogo metodu bulo obmezheno vidsutnistyu dostatno nadijnogo metodu identifikaciyi vsih zbagachenih poslidovnostej DNK Protokol vologoyi laboratoriyi ChIP mistit ChIP i gibridizaciyu Po suti isnuye p yat chastin protokolu ChIP yaki dopomagayut krashe zrozumiti zagalnij proces ChIP Shob zdijsniti ChIP pershim krokom ye perehresne zshivannya za dopomogoyu formaldegidu ta velikih partij DNK shob otrimati korisnu kilkist Perehresni zv yazki stvoryuyutsya mizh bilkom i DNK a takozh mizh RNK ta inshimi bilkami Drugim krokom ye proces fragmentaciyi hromatinu yakij rozsheplyuye hromatin shob otrimati visokoyakisni fragmenti DNK dlya analizu ChIP Shob mati najkrashij rezultat dlya kartuvannya genoma ci fragmenti mayut buti rozrizani tak shob voni stanovili menshe 500 par osnov kozhen Tretij etap nazivayetsya imunoprecipitaciyeyu hromatinu skorochennyam chogo ye ChIP Proces ChIP pokrashuye specifichni zshiti DNK bilkovi kompleksi za dopomogoyu antitila proti cikavogo bilka z podalshoyu inkubaciyeyu ta centrifuguvannyam dlya otrimannya imunoprecipitaciyi Etap imunoprecipitaciyi takozh dozvolyaye vidaliti sajti nespecifichnogo zv yazuvannya Chetvertij etap vidnovlennya ta ochishennya DNK sho vidbuvayetsya shlyahom zvorotnogo vplivu na perehresnij zv yazok mizh DNK i bilkom dlya yih rozdilennya ta ochishennya DNK za dopomogoyu ekstrakciyi P yatim i ostannim krokom ye etap analizu protokolu ChIP za dopomogoyu procesu qPCR ChIP on chip gibridnij masiv abo sekvenuvannya ChIP Oligonukleotidni adapteri potim dodayutsya do nevelikih dilyanok DNK yaki buli zv yazani z cikavim bilkom shob umozhliviti en Za dopomogoyu analizu poslidovnosti mozhut buti identifikovani ta interpretovani genom abo jogo oblast z yakoyu buv zv yazanij bilok Sekvenuvannya Pislya viboru rozmiru vsi otrimani fragmenti ChIP DNK sekvenuyutsya odnochasno za dopomogoyu sekvenatora genoma Odin cikl sekvenuvannya mozhe skanuvati genomni asociaciyi z visokoyu rozdilnoyu zdatnistyu tobto oznaki mozhut buti roztashovani tochno v hromosomah ChIP chip navpaki vimagaye velikih naboriv masiviv mozayik Tiling array dlya nizhchoyi rozdilnoyi zdatnosti Kontrol yakostiChIP seq proponuye nam shvidkij analiz odnak neobhidno provesti kontrol yakosti shob perekonatisya sho otrimani rezultati nadijni Nenadlishkova frakciya dilyanki nizkoyi skladnosti slid vidaliti oskilki voni neinformativni ta mozhut zavazhati vidobrazhennyu v etalonnomu genomi Fragmenti v pikah spivvidnoshennya zchituvan yaki roztashovani v pikah do zchituvan yaki roztashovani tam de nemaye piku ChutlivistChutlivist ciyeyi tehnologiyi zalezhit vid glibini sekvenuvannya tobto kilkosti vidobrazhenih tegiv poslidovnosti rozmiru genomu ta rozpodilu cilovogo faktora Glibina sekvenuvannya pryamo korelyuye z vartistyu Yaksho veliku kilkist zv yazuyuchih rechovin u velikih genomah neobhidno kartuvati z visokoyu chutlivistyu vartist bude visoka oskilki znadobitsya nadzvichajno velika kilkist tegiv poslidovnosti Ce na vidminu vid chipa ChIP u yakomu vartist ne korelyuye z chutlivistyu Na vidminu vid metodiv ChIP na osnovi mirochipiv tochnist analizu ChIP seq ne obmezhuyetsya vidstannyu mizh poperedno viznachenimi zondami Integruyuchi veliku kilkist korotkih zchituvan mozhna otrimati visokotochnu lokalizaciyu sajtu zv yazuvannya U porivnyanni z ChIP chipom dani ChIP seq mozhna vikoristovuvati dlya viznachennya miscya zv yazuvannya v mezhah kilkoh desyatkiv par osnov vid faktichnogo sajtu zv yazuvannya bilka Shilnist mitok u sajtah zv yazuvannya ye horoshim indikatorom afinnosti zv yazuvannya bilka z DNK sho polegshuye kilkisnu ocinku ta porivnyannya afinnosti zv yazuvannya bilka z riznimi dilyankami DNK Suchasni doslidzhennyaAsociaciya DNK STAT1 ChIP seq vikoristovuvavsya dlya vivchennya mishenej STAT1 u klitinah HeLa S3 yaki ye klonami liniyi HeLa yaki vikoristovuyutsya dlya analizu klitinnih populyacij Potim produktivnist ChIP seq porivnyuvali z alternativnimi metodami vzayemodiyi bilok DNK ChIP PCR i ChIP chip Nukleosomna arhitektura promotoriv za dopomogoyu ChIP seq bulo vstanovleno sho drizhdzhovi geni mabut mayut minimalnu vilnu vid nukleosom oblast promotora rozmirom 150 bp u yakij RNK polimeraza mozhe iniciyuvati transkripciyu Zberezhennya faktora transkripciyi ChIP seq vikoristovuvavsya dlya porivnyannya zberezhennya transkripcijnogo faktora u perednomu mozku ta tkanini sercya v embrionalnih mishej Avtori viznachili ta perevirili sercevu funkcionalnist pidsilyuvachiv transkripciyi ta viznachili sho pidsilyuvachi transkripciyi dlya sercya mensh konservativni nizh dlya perednogo mozku na tij samij stadiyi rozvitku Povnogenomne ChIP seq Sekvenuvannya ChIP bulo zaversheno na hrobaku C elegans shob dosliditi sajti zv yazuvannya 22 transkripcijnih faktoriv u vsomu genomi Do 20 anotovanih geniv kandidativ bulo vidneseno do faktoriv transkripciyi Dekilka faktoriv transkripciyi buli vidneseni do nekoduyuchih dilyanok RNK i mozhut zalezhati vid zmin rozvitku abo seredovisha Takozh buli viznacheni funkciyi deyakih faktoriv transkripciyi Deyaki z faktoriv transkripciyi regulyuyut geni yaki kontrolyuyut inshi faktori transkripciyi Ci geni ne regulyuyutsya inshimi faktorami Bilshist faktoriv transkripciyi sluzhat i mishenyami i regulyatorami inshih faktoriv demonstruyuchi merezhu regulyaciyi Vivedennya regulyatornoyi merezhi bulo pokazano sho signal ChIP seq modifikaciyi gistonu bilshe korelyuye z motivami faktoriv transkripciyi na promotorah porivnyano z rivnem RNK Tomu avtor pripustiv sho vikoristannya modifikaciyi gistoniv ChIP seq zabezpechit bilsh nadijnij visnovok pro genno regulyatorni merezhi porivnyano z inshimi metodami zasnovanimi na ekspresiyi ChIP seq proponuye alternativu en Eksperimentalni dani ChIP seq STAT1 mayut visokij stupin podibnosti do rezultativ otrimanih za dopomogoyu ChIP chipa dlya togo samogo tipu eksperimentu z bilsh nizh 64 pikiv u spilnih genomnih oblastyah Oskilki dani ye zchituvannyam poslidovnosti ChIP seq proponuye konveyer shvidkogo analizu yaksho visokoyakisna poslidovnist genomu dostupna dlya kartuvannya zchituvannya a genom ne maye povtoryuvanogo vmistu yakij zaplutuye proces kartuvannya ChIP seq takozh maye potencial dlya viyavlennya mutacij u poslidovnostyah sajtiv zv yazuvannya yaki mozhut bezposeredno pidtrimuvati bud yaki sposterezhuvani zmini v zv yazuvanni bilka ta regulyaciyi geniv Obchislyuvalnij analizYak i bagato inshih visokoproduktivnih pidhodiv sekvenuvannya ChIP seq generuye nadzvichajno veliki nabori danih dlya yakih potribni vidpovidni metodi obchislyuvalnogo analizu Shob peredbachiti sajti zv yazuvannya DNK na osnovi danih kilkosti chitan ChIP seq buli rozrobleni metodi pikovogo vikliku Odin zi sposobiv ce MACS yakij empirichno modelyuye rozmir zsuvu tegiv ChIP Seq i vikoristovuye jogo dlya pokrashennya prostorovoyi rozdilnoyi zdatnosti prognozovanih sajtiv zv yazuvannya MACS optimizovano dlya pikiv vishoyi rozdilnoyi zdatnosti todi yak inshij populyarnij algoritm SICER zaprogramovanij na viklik shirshih pikiv sho ohoplyuyut vid kilobaz do megabaz shob shukati shirshi domeni hromatinu SICER bilsh korisnij dlya mitok gistoniv sho ohoplyuyut tila geniv Bilsh strogij matematichnij metod BCP Bayesian Change Point mozhna vikoristovuvati yak dlya gostrih tak i dlya shirokih pikiv iz vishoyu shvidkistyu obchislennya div porivnyannya instrumentiv vikliku pikiv ChIP seq Inshoyu vazhlivoyu obchislyuvalnoyu problemoyu ye diferencialnij pikovij viklik differential peak calling yakij viznachaye znachni vidminnosti v dvoh signalah ChIP seq vid riznih biologichnih umov Diferencialni pikovi abonenti segmentuyut dva signali ChIP seq i identifikuyut diferencialni piki za dopomogoyu prihovanih markovskih modelej Prikladami dvostupenevih diferencialnih pikovih viklikiv ye ChIPDiff i ODIN Shob zmenshiti kilkist falshivih sajtiv vid ChIP seq mozhna vikoristovuvati kilka eksperimentalnih kontroliv dlya viyavlennya sajtiv zv yazuvannya z eksperimentu IP Bay2Ctrls prijmaye bajyesivsku model dlya integraciyi kontrolyu vvedennya DNK dlya IP maketu IP i vidpovidnogo kontrolyu vvedennya DNK dlya prognozuvannya sajtiv zv yazuvannya z IP Cej pidhid osoblivo efektivnij dlya skladnih zrazkiv takih yak cili modelni organizmi Krim togo analiz pokazuye sho dlya skladnih zrazkiv falshivi kontroli IP znachno perevershuyut vhidni kontroli DNK jmovirno cherez aktivni genomi zrazkiv Div takozhBioinformatika Epigenomika Imunoprecipitaciya hromatinu Podibni metodi Sekvenuvannya CUT amp amp RUN nacilene na antitila kontrolovane rozsheplennya mikrokokovoyu nukleazoyu zamist ChIP sho dozvolyaye pokrashiti spivvidnoshennya signal shum pid chas sekvenuvannya Sekvenuvannya CUT amp amp Tag kontrolovane rozsheplennya nacilene na antitila transpozazoyu Tn5 zamist ChIP sho zabezpechuye pokrashene spivvidnoshennya signal shum pid chas sekvenuvannya Sono Seq identichnij ChIP Seq ale bez etapu imunoprecipitaciyi HITS CLIP takozh zvanij CLIP Seq dlya poshuku vzayemodiyi z RNK a ne z DNK PAR CLIP inshij metod identifikaciyi sajtiv zv yazuvannya klitinnih RNK zv yazuyuchih bilkiv RBP RIP Chip ta sama meta ta pershi kroki ale ne vikoristovuye metodi perehresnogo zshivannya ta vikoristovuye mikrochip zamist sekvenuvannya SELEX metod poshuku konsensusnoyi zv yazuvalnoyi poslidovnosti Competition ChIP dlya vimiryuvannya vidnosnoyi dinamiki zamini v DNK ChiRP Seq dlya vimiryuvannya RNK zv yazanoyi DNK i bilkiv ChIP exo vikoristovuye obrobku ekzonukleazoyu dlya dosyagnennya rozdilnoyi zdatnosti do odniyeyi pari osnov pokrashila versiyu ChIP exo dlya dosyagnennya rozdilnoyi zdatnosti do odniyeyi pari osnov DRIP seq vikoristovuye antitilo S9 6 dlya osadzhennya trilancyugovih gibridiv DND RNK yaki nazivayutsya R petlyami TCP seq principovo analogichnij metod vimiryuvannya dinamiki translyaciyi mRNK Telefonni kartki vikoristovuyut transpozazu dlya poznachennya poslidovnosti zv yazuvannya faktora transkripciyi Dodatkova literaturaNakato Ryuichiro Sakata Toyonori 1 bereznya 2021 Methods for ChIP seq analysis A practical workflow and advanced applications Methods 187 s 44 53 doi 10 1016 j ymeth 2020 03 005 Ma Shaoqian Zhang Yongyou 2020 12 Profiling chromatin regulatory landscape insights into the development of ChIP seq and ATAC seq Molecular Biomedicine angl 1 1 doi 10 1186 s43556 020 00009 w Muhammad Isiaka Ibrahim Kong Sze Ling Akmar Abdullah Siti Nor Munusamy Umaiyal 2020 01 RNA seq and ChIP seq as Complementary Approaches for Comprehension of Plant Transcriptional Regulatory Mechanism International Journal of Molecular Sciences angl 21 1 doi 10 3390 ijms21010167 Posilannya Integrativnij i unifikovanij analiz ChIP Seq regulyatornih elementiv iz 2800 naboriv danih ChIP seq sho daye katalog iz 80 miljoniv pikiv vid 485 regulyatoriv transkripciyi Baza danih ChIPBase baza danih dlya vivchennya kart zv yazuvannya faktoriv transkripciyi z danih ChIP Seq Vin nadaye najpovnishij nabir danih ChIP Seq dlya riznih tipiv klitin tkanin i staniv Baza danih GeneProf i instrument analizu GeneProf ce vilnodostupne proste u vikoristanni seredovishe analizu dlya danih ChIP seq i RNA seq yake postachayetsya z velikoyu bazoyu danih gotovih proanalizovanih publichnih eksperimentiv napriklad shodo zv yazuvannya faktoriv transkripciyi ta modifikacij gistoniv Viklik diferencialnogo piku pidruchnik iz vikliku diferencialnogo piku za dopomogoyu ODIN Bioinformacijnij analiz danih ChIP seq Vsebichnij analiz danih ChIP seq KLTepigenome viyavlennya korelovanoyi minlivosti v epigenomnih naborah danih za dopomogoyu transformaciyi Karhunena Loeva SignalSpider instrument dlya viyavlennya imovirnisnih shabloniv na kilkoh normalizovanih profilyah signalu ChIP Seq FullSignalRanker instrument dlya regresiyi ta prognozuvannya pikiv na kilkoh normalizovanih profilyah signalu ChIP SeqPrimitkiMuhammad Isiaka Ibrahim Kong Sze Ling Akmar Abdullah Siti Nor Munusamy Umaiyal 25 grudnya 2019 RNA seq and ChIP seq as Complementary Approaches for Comprehension of Plant Transcriptional Regulatory Mechanism International Journal of Molecular Sciences 21 1 167 doi 10 3390 ijms21010167 ISSN 1422 0067 PMC 6981605 PMID 31881735 Johnson David S Mortazavi Ali Myers Richard M Wold Barbara 8 chervnya 2007 Genome Wide Mapping of in Vivo Protein DNA Interactions Science angl T 316 5830 s 1497 1502 doi 10 1126 science 1141319 ISSN 0036 8075 Procitovano 6 veresnya 2023 Whole Genome Chromatin IP Sequencing ChIP Seq PDF Illumina Inc 26 listopada 2007 Song Lingyun Crawford Gregory E February 2010 DNase seq a high resolution technique for mapping active gene regulatory elements across the genome from mammalian cells Cold Spring Harbor Protocols 2010 2 pdb prot5384 doi 10 1101 pdb prot5384 ISSN 1559 6095 PMC 3627383 PMID 20150147 Giresi Paul G Kim Jonghwan McDaniell Ryan M Iyer Vishwanath R Lieb Jason D June 2007 FAIRE Formaldehyde Assisted Isolation of Regulatory Elements isolates active regulatory elements from human chromatin Genome Research 17 6 877 885 doi 10 1101 gr 5533506 ISSN 1088 9051 PMC 1891346 PMID 17179217 Kumar Vibhor Muratani Masafumi Rayan Nirmala Arul Kraus Petra Lufkin Thomas Ng Huck Hui Prabhakar Shyam July 2013 Uniform optimal signal processing of mapped deep sequencing data Nature Biotechnology angl 31 7 615 622 doi 10 1038 nbt 2596 ISSN 1087 0156 PMID 23770639 ChIP guide epigenetics applications Abcam www abcam com Procitovano 27 bereznya 2024 Kim Tae Hoon Dekker Job 1 kvitnya 2018 Formaldehyde Cross Linking Cold Spring Harbor Protocols angl T 2018 4 s pdb prot082594 doi 10 1101 pdb prot082594 ISSN 1940 3402 PMID 29610357 Procitovano 6 veresnya 2023 Kim Tae Hoon Dekker Job 1 kvitnya 2018 Preparation of Cross Linked Chromatin for ChIP Cold Spring Harbor Protocols angl T 2018 4 s pdb prot082602 doi 10 1101 pdb prot082602 ISSN 1940 3402 PMID 29610358 Procitovano 6 veresnya 2023 Park Peter J October 2009 ChIP seq advantages and challenges of a maturing technology Nature Reviews Genetics 10 10 669 680 doi 10 1038 nrg2641 ISSN 1471 0064 PMC 3191340 PMID 19736561 Chen Yiwen Negre Nicolas Li Qunhua Mieczkowska Joanna O Slattery Matthew Liu Tao Zhang Yong Kim Tae Kyung He Housheng Hansen June 2012 Systematic evaluation of factors influencing ChIP seq fidelity Nature Methods 9 6 609 614 doi 10 1038 nmeth 1985 ISSN 1548 7105 PMC 3477507 PMID 22522655 Jung Youngsook L Luquette Lovelace J Ho Joshua W K Ferrari Francesco Tolstorukov Michael Minoda Aki Issner Robbyn Epstein Charles B Karpen Gary H May 2014 Impact of sequencing depth in ChIP seq experiments Nucleic Acids Research 42 9 e74 doi 10 1093 nar gku178 ISSN 1362 4962 PMC 4027199 PMID 24598259 Ho Joshua W K Bishop Eric Karchenko Peter V Negre Nicolas White Kevin P Park Peter J 28 lyutogo 2011 ChIP chip versus ChIP seq lessons for experimental design and data analysis BMC Genomics 12 134 doi 10 1186 1471 2164 12 134 ISSN 1471 2164 PMC 3053263 PMID 21356108 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Jothi Raja Cuddapah Suresh Barski Artem Cui Kairong Zhao Keji 1 veresnya 2008 Genome wide identification of in vivo protein DNA binding sites from ChIP Seq data Nucleic Acids Research angl T 36 16 s 5221 5231 doi 10 1093 nar gkn488 ISSN 1362 4962 PMC 2532738 PMID 18684996 Procitovano 6 veresnya 2023 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki z PMC z inshim formatom posilannya Bernstein Bradley E Kamal Michael Lindblad Toh Kerstin Bekiranov Stefan Bailey Dione K Huebert Dana J McMahon Scott Karlsson Elinor K Kulbokas Edward J 2005 01 Genomic Maps and Comparative Analysis of Histone Modifications in Human and Mouse Cell T 120 2 s 169 181 doi 10 1016 j cell 2005 01 001 ISSN 0092 8674 Procitovano 6 veresnya 2023 HeLa S3 from ATCC Biocompare com www biocompare com Procitovano 21 bereznya 2020 Robertson Gordon Hirst Martin Bainbridge Matthew Bilenky Misha Zhao Yongjun Zeng Thomas Euskirchen Ghia Bernier Bridget Varhol Richard 2007 08 Genome wide profiles of STAT1 DNA association using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing Nature Methods angl T 4 8 s 651 657 doi 10 1038 nmeth1068 ISSN 1548 7105 Procitovano 6 veresnya 2023 Schmid Christoph D Bucher Philipp 2007 11 ChIP Seq Data Reveal Nucleosome Architecture of Human Promoters Cell angl T 131 5 s 831 832 doi 10 1016 j cell 2007 11 017 Procitovano 6 veresnya 2023 Blow Matthew J McCulley David J Li Zirong Zhang Tao Akiyama Jennifer A Holt Amy Plajzer Frick Ingrid Shoukry Malak Wright Crystal 2010 09 ChIP Seq identification of weakly conserved heart enhancers Nature Genetics angl T 42 9 s 806 810 doi 10 1038 ng 650 ISSN 1546 1718 PMC 3138496 PMID 20729851 Procitovano 6 veresnya 2023 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki z PMC z inshim formatom posilannya Niu Wei Lu Zhi John Zhong Mei Sarov Mihail Murray John I Brdlik Cathleen M Janette Judith Chen Chao Alves Pedro 1 lyutogo 2011 Diverse transcription factor binding features revealed by genome wide ChIP seq in C elegans Genome Research angl T 21 2 s 245 254 doi 10 1101 gr 114587 110 ISSN 1088 9051 PMC 3032928 PMID 21177963 Procitovano 6 veresnya 2023 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki z PMC z inshim formatom posilannya Kumar Vibhor Muratani Masafumi Rayan Nirmala Arul Kraus Petra Lufkin Thomas Ng Huck Hui Prabhakar Shyam 2013 07 Uniform optimal signal processing of mapped deep sequencing data Nature Biotechnology angl T 31 7 s 615 622 doi 10 1038 nbt 2596 ISSN 1546 1696 Procitovano 6 veresnya 2023 Zhang Yong Liu Tao Meyer Clifford A Eeckhoute Jerome Johnson David S Bernstein Bradley E Nusbaum Chad Myers Richard M Brown Myles 17 veresnya 2008 Model based Analysis of ChIP Seq MACS Genome Biology T 9 9 s R137 doi 10 1186 gb 2008 9 9 r137 ISSN 1474 760X PMC 2592715 PMID 18798982 Procitovano 6 veresnya 2023 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki z PMC z inshim formatom posilannya Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Xing Haipeng Mo Yifan Liao Will Zhang Michael Q 26 lip 2012 r Genome Wide Localization of Protein DNA Binding and Histone Modification by a Bayesian Change Point Method with ChIP seq Data PLOS Computational Biology angl T 8 7 s e1002613 doi 10 1371 journal pcbi 1002613 ISSN 1553 7358 PMC 3406014 PMID 22844240 Procitovano 6 veresnya 2023 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki z PMC z inshim formatom posilannya Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Thomas Reuben Thomas Sean Holloway Alisha K Pollard Katherine S 11 travnya 2016 Features that define the best ChIP seq peak calling algorithms Briefings in Bioinformatics angl s bbw035 doi 10 1093 bib bbw035 ISSN 1467 5463 PMC 5429005 PMID 27169896 Procitovano 6 veresnya 2023 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki z PMC z inshim formatom posilannya Xu Han Wei Chia Lin Lin Feng Sung Wing Kin 15 zhovtnya 2008 An HMM approach to genome wide identification of differential histone modification sites from ChIP seq data Bioinformatics angl T 24 20 s 2344 2349 doi 10 1093 bioinformatics btn402 ISSN 1367 4811 Procitovano 6 veresnya 2023 Allhoff Manuel Sere Kristin Chauvistre Heike Lin Qiong Zenke Martin Costa Ivan G 15 grudnya 2014 Detecting differential peaks in ChIP seq signals with ODIN Bioinformatics angl T 30 24 s 3467 3475 doi 10 1093 bioinformatics btu722 ISSN 1367 4811 Procitovano 6 veresnya 2023 Xu Jinrui Kudron Michelle M Victorsen Alec Gao Jiahao Ammouri Haneen N Navarro Fabio C P Gevirtzman Louis Waterston Robert H White Kevin P 21 grudnya 2020 To mock or not a comprehensive comparison of mock IP and DNA input for ChIP seq Nucleic Acids Research angl 49 3 gkaa1155 doi 10 1093 nar gkaa1155 ISSN 0305 1048 PMC 7897498 PMID 33347581 Licatalosi Donny D Mele Aldo Fak John J Ule Jernej Kayikci Melis Chi Sung Wook Clark Tyson A Schweitzer Anthony C Blume John E 2008 11 HITS CLIP yields genome wide insights into brain alternative RNA processing Nature angl T 456 7221 s 464 469 doi 10 1038 nature07488 ISSN 1476 4687 PMC 2597294 PMID 18978773 Procitovano 6 veresnya 2023 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki z PMC z inshim formatom posilannya Darnell Robert B 2010 09 HITS CLIP panoramic views of protein RNA regulation in living cells Wiley Interdisciplinary Reviews RNA angl T 1 2 s 266 286 doi 10 1002 wrna 31 ISSN 1757 7004 PMC 3222227 PMID 21935890 Procitovano 6 veresnya 2023 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki z PMC z inshim formatom posilannya Wang Haoyi Mayhew David Chen Xuhua Johnston Mark Mitra Robi David 1 travnya 2011 Calling Cards enable multiplexed identification of the genomic targets of DNA binding proteins Genome Research angl T 21 5 s 748 755 doi 10 1101 gr 114850 110 ISSN 1088 9051 PMC 3083092 PMID 21471402 Procitovano 6 veresnya 2023 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki z PMC z inshim formatom posilannya Cheneby Jeanne Gheorghe Marius Artufel Marie Mathelier Anthony Ballester Benoit 4 sichnya 2018 ReMap 2018 an updated atlas of regulatory regions from an integrative analysis of DNA binding ChIP seq experiments Nucleic Acids Research angl T 46 D1 s D267 D275 doi 10 1093 nar gkx1092 ISSN 0305 1048 PMC 5753247 PMID 29126285 Procitovano 6 veresnya 2023 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki z PMC z inshim formatom posilannya Bailey Timothy Krajewski Pawel Ladunga Istvan Lefebvre Celine Li Qunhua Liu Tao Madrigal Pedro Taslim Cenny Zhang Jie 14 list 2013 r Practical Guidelines for the Comprehensive Analysis of ChIP seq Data PLOS Computational Biology angl T 9 11 s e1003326 doi 10 1371 journal pcbi 1003326 ISSN 1553 7358 PMC 3828144 PMID 24244136 Procitovano 6 veresnya 2023 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki z PMC z inshim formatom posilannya Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya

Дата публікації:
Топ