Тета-варіант, також відомий як лінія P.3, є одним із варіантів SARS-CoV-2, вірусу, що викликає COVI-19. Варіант був вперше ідентифікований на Філіппінах 18 лютого 2021 року, коли на Центральних Вісайських островах було виявлено дві мутації, що викликають занепокоєня. Він був виявлений в Японії 12 березня 2021 року, коли мандрівник з Філіппін прибув до міжнародного аеропорту Наріта во Токіо.
Тета-варіант SARS-CoV-2 | |
Офіційна назва | англ. Theta (31 травня 2021)[1] |
---|---|
Названо на честь | тета |
Дата відкриття (винаходу) | січень 2021[1] |
Місце відкриття | Філіппіни[1] |
Тета-варіант SARS-CoV-2 у Вікісховищі |
Він відрізняється від тих, які вперше були виявлені у Сполученому Королівстві, Південній Африці та Бразилії, і, як вважають, представляє подібну загрозу. Варіант більш стійкий до нейтралізуючих антитіл, у тому числі отриманих внаслідок вакцинації, як, наприклад, південноафриканський та бразильський варіанти.
Відповідно до спрощеної схеми найменування, запропонованої Всесвітньою організацією охорони здоров’я, P.3 позначено як Тета-варіант, і вважається варіантом, що викликає інтерес (VOI), але ще не варіантом, що викликає занепокоєння.
Станом на липень 2021 року Тета більше не розглядається ВООЗ як варіант, який цікавить.
Класифікація
Іменування
17 березня 2021 року Служба охорони здоров’я Англії (PHE) назвала Lineage P.3 VUI-21MAR-02.
1 червня 2021 року Всесвітня організація охорони здоров’я (ВООЗ) назвала лінію P.3 тета-варіантом.
Мутації
- Амінокислотні мутації тета-варіанта SARS-CoV-2, нанесені на карту геному SARS-CoV-2 з акцентом на спайку.
Загалом у всіх зразках (позначених red нижче) спостерігали 14 замін амінокислот, включаючи сім мутацій білка. Серед мутацій спайкового білка чотири раніше були пов’язані з лініями, що викликають занепокоєння (тобто, E484K, N501Y, D614G та P681H), тоді як три додаткові заміни спостерігалися у напрямку С-кінцевої області білка (тобто E1092K, H1101Y та V1176F). У всіх зразках також була виявлена одна амінокислотна заміна на N-кінці ORF8 (тобто K2Q). Три інші мутації були помічені в 32 з 33 зразків (позначених green ), включаючи делецію трьох амінокислот у позиціях білка спайка з 141 по 143. Нарешті, у всіх випадках також було виявлено п’ять синонімічних мутацій (позначених gray ).
Ген | Амінокислота |
---|---|
ORF1ab | F924F |
D1554G | |
S2433S | |
L3201P | |
D3681E | |
N3928N | |
L3930F | |
P4715L | |
A5692V | |
С | LGV141_143del |
E484K | |
N501Y | |
G593G | |
D614G | |
P681H | |
S875S | |
E1092K | |
H1101Y | |
V1176F | |
ORF8 | K2Q |
Н | R203K |
G204R |
Ген | Амінокислота |
---|---|
ORF1a | D1554G |
S2625F | |
D2980N | |
L3201P | |
D3681E | |
L3930F | |
ORF1b | P314L |
L1203F | |
A1291V | |
С | LGV141_143del |
E484K | |
N501Y | |
G593G | |
D614G | |
P681H | |
S875S | |
E1092K | |
H1101Y | |
V1176F | |
ORF8 | K2Q |
Н | R203K |
G204R |
Історія
18 лютого 2021 року Департамент охорони здоров’я Філіппін підтвердив виявлення двох мутацій COVID-19 у Центральних Вісайських островах після того, як зразки пацієнтів були відправлені для секвенування геному. Пізніше мутації були названі E484K і N501Y, які були виявлені в 37 з 50 зразків, причому обидві мутації зустрічалися одночасно в 29 з них. Офіційних назв варіантів не було, а повна послідовність ще не була визначена.
12 березня 2021 року Японія виявила цей варіант у мандрівника з Філіппін.
13 березня 2021 року Департамент охорони здоров’я підтвердив, що мутації становлять новий варіант, який був позначений як лінія P.3. Того ж дня він також підтвердив свій перший випадок лінії P.1 в країні. Хоча лінії P.1 і P.3 походять від однієї лінії B.1.1.28, у департаменті сказали, що вплив лінії P.3 на ефективність вакцини та її передачу ще не встановлено.
17 березня 2021 року Велика Британія підтвердила свої перші два випадки, коли Public Health England (PHE) назвала це VUI-21MAR-02.
30 квітня 2021 року Малайзія виявила 8 випадків походження P.3 у Сараваку.
Статистика
Країна | ЯНГОЛІН | outbreak.info | Регенерон | Інші джерела |
---|---|---|---|---|
</img> | 455 | 513 | 516 | 461 |
США | 17 | 20 | 17 | |
Німеччина | 11 | 11 | 11 | |
</img> | 10 | 10 | 10 | 13 |
Сполучене Королівство | 9 | 9 | 9 | 10 |
Японія | 7 | 8 | 8 | |
Нідерланди | 7 | 7 | 7 | 4 |
Канада | 5 | 5 | 5 | |
Австралія | 3 | 3 | 4 | |
Бельгія | 3 | 3 | 3 | |
Китай | 3 | 14 | 14 | |
Гуам | 3 | – | 3 | |
</img> | 3 | 3 | 3 | |
Норвегія | 3 | 3 | 3 | |
</img> | 3 | 3 | 3 | |
</img> | 2 | 2 | 2 | |
</img> | 2 | 2 | 2 | |
Швеція | 2 | 2 | 2 | |
</img> | 1 | 1 | 1 | |
Фінляндія | 1 | 1 | 1 | |
Всього | 550 | 620 | 624 | 488 |
Див. також
Примітки
- https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/
- News, Japan Times (12 березня 2021). . Архів оригіналу за 4 травня 2021. Процитовано 2 травня 2021.
- Tracking SARS-CoV-2 variants. who.int (англ.). World Health Organization.
- Tracking SARS-CoV-2 variants. who.int (англ.). World Health Organization.
{{}}
: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url () - Variants: distribution of cases data. . .
- Tracking SARS-CoV-2 variants (англ.). 1 червня 2021. Процитовано 1 червня 2021.
- Center, Philippine Genome. PGC SARS-CoV-2 Bulletin No. 7: Detection and characterization of a new SARS-CoV-2 lineage P.3, with spike protein mutations E484K, N501Y, P681H and LGV 141–143 deletion, from samples sequenced through the intensified UP-PGC, UP-NIH and DOH biosurveillance program. Philippine Genome Center.
- P.3 Lineage Report. outbreak.info.
- News, CNN Philippines (18 лютого 2021). . Архів оригіналу за 26 листопада 2021. Процитовано 2 травня 2021.
- News, Kyodo (12 березня 2021). New coronavirus variant found in traveler from Philippines: Japan. Процитовано 2 травня 2021.
- News, ABS-CBN (13 березня 2021). DOH confirms new COVID-19 variant first detected in PH, first case of Brazil variant. Процитовано 2 травня 2021.
- News, Rappler (17 березня 2021). England reports 2 cases of new COVID-19 variant found in Philippines. Процитовано 2 травня 2021.
- Covid-19: Sarawak detects variant reported in the Philippines (англ.). 30 квітня 2021. Процитовано 30 квітня 2021.
- . cov-lineages.org. Архів оригіналу за 5 травня 2021. Процитовано 5 лютого 2022.
- Regeneron COVID-19 Dashboard. covid19dashboard.regeneron.com. Процитовано 27 серпня 2021.
- Lopez, Virgil (29 вересня 2021). DOH detects additional 339 Delta variant cases. GMA News. Процитовано 1 жовтня 2021.
- Pei Pei, Goh (8 липня 2021). Delta variant detected in Sarawak (англ.). Процитовано 13 липня 2021.
He said for the Theta variant, six cases had been detected in Kuching and seven in Kota Samarahan
- Variants: distribution of case data, 13 August 2021 (англ.). 13 серпня 2021. Процитовано 13 серпня 2021.
- Variants in the Netherlands. rivm.nl. Процитовано 16 липня 2021.
Посилання
- Лінії PANGO: звіт про новий варіант - Звіт про глобальне поширення лінії B.1.1.7
- База даних секвенування GISAID – Відстеження варіантів COVID-19
Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет
Teta variant takozh vidomij yak liniya P 3 ye odnim iz variantiv SARS CoV 2 virusu sho viklikaye COVI 19 Variant buv vpershe identifikovanij na Filippinah 18 lyutogo 2021 roku koli na Centralnih Visajskih ostrovah bulo viyavleno dvi mutaciyi sho viklikayut zanepokoyenya Vin buv viyavlenij v Yaponiyi 12 bereznya 2021 roku koli mandrivnik z Filippin pribuv do mizhnarodnogo aeroportu Narita vo Tokio Teta variant SARS CoV 2Oficijna nazvaangl Theta 31 travnya 2021 1 Nazvano na chesttetaData vidkrittya vinahodu sichen 2021 1 Misce vidkrittyaFilippini 1 Teta variant SARS CoV 2 u Vikishovishi Vin vidriznyayetsya vid tih yaki vpershe buli viyavleni u Spoluchenomu Korolivstvi Pivdennij Africi ta Braziliyi i yak vvazhayut predstavlyaye podibnu zagrozu Variant bilsh stijkij do nejtralizuyuchih antitil u tomu chisli otrimanih vnaslidok vakcinaciyi yak napriklad pivdennoafrikanskij ta brazilskij varianti Vidpovidno do sproshenoyi shemi najmenuvannya zaproponovanoyi Vsesvitnoyu organizaciyeyu ohoroni zdorov ya P 3 poznacheno yak Teta variant i vvazhayetsya variantom sho viklikaye interes VOI ale she ne variantom sho viklikaye zanepokoyennya Stanom na lipen 2021 roku Teta bilshe ne rozglyadayetsya VOOZ yak variant yakij cikavit KlasifikaciyaImenuvannya 17 bereznya 2021 roku Sluzhba ohoroni zdorov ya Angliyi PHE nazvala Lineage P 3 VUI 21MAR 02 1 chervnya 2021 roku Vsesvitnya organizaciya ohoroni zdorov ya VOOZ nazvala liniyu P 3 teta variantom Mutaciyi Aminokislotni mutaciyi teta varianta SARS CoV 2 naneseni na kartu genomu SARS CoV 2 z akcentom na spajku Zagalom u vsih zrazkah poznachenih red nizhche sposterigali 14 zamin aminokislot vklyuchayuchi sim mutacij bilka Sered mutacij spajkovogo bilka chotiri ranishe buli pov yazani z liniyami sho viklikayut zanepokoyennya tobto E484K N501Y D614G ta P681H todi yak tri dodatkovi zamini sposterigalisya u napryamku S kincevoyi oblasti bilka tobto E1092K H1101Y ta V1176F U vsih zrazkah takozh bula viyavlena odna aminokislotna zamina na N kinci ORF8 tobto K2Q Tri inshi mutaciyi buli pomicheni v 32 z 33 zrazkiv poznachenih green vklyuchayuchi deleciyu troh aminokislot u poziciyah bilka spajka z 141 po 143 Nareshti u vsih vipadkah takozh bulo viyavleno p yat sinonimichnih mutacij poznachenih gray Profil mutaciyi Theta Variant Gen AminokislotaORF1ab F924FD1554GS2433SL3201PD3681EN3928NL3930FP4715LA5692VS LGV141 143delE484KN501YG593GD614GP681HS875SE1092KH1101YV1176FORF8 K2QN R203KG204RHarakterni mutaciyi Theta Variant Gen AminokislotaORF1a D1554GS2625FD2980NL3201PD3681EL3930FORF1b P314LL1203FA1291VS LGV141 143delE484KN501YG593GD614GP681HS875SE1092KH1101YV1176FORF8 K2QN R203KG204RIstoriya18 lyutogo 2021 roku Departament ohoroni zdorov ya Filippin pidtverdiv viyavlennya dvoh mutacij COVID 19 u Centralnih Visajskih ostrovah pislya togo yak zrazki paciyentiv buli vidpravleni dlya sekvenuvannya genomu Piznishe mutaciyi buli nazvani E484K i N501Y yaki buli viyavleni v 37 z 50 zrazkiv prichomu obidvi mutaciyi zustrichalisya odnochasno v 29 z nih Oficijnih nazv variantiv ne bulo a povna poslidovnist she ne bula viznachena 12 bereznya 2021 roku Yaponiya viyavila cej variant u mandrivnika z Filippin 13 bereznya 2021 roku Departament ohoroni zdorov ya pidtverdiv sho mutaciyi stanovlyat novij variant yakij buv poznachenij yak liniya P 3 Togo zh dnya vin takozh pidtverdiv svij pershij vipadok liniyi P 1 v krayini Hocha liniyi P 1 i P 3 pohodyat vid odniyeyi liniyi B 1 1 28 u departamenti skazali sho vpliv liniyi P 3 na efektivnist vakcini ta yiyi peredachu she ne vstanovleno 17 bereznya 2021 roku Velika Britaniya pidtverdila svoyi pershi dva vipadki koli Public Health England PHE nazvala ce VUI 21MAR 02 30 kvitnya 2021 roku Malajziya viyavila 8 vipadkiv pohodzhennya P 3 u Saravaku StatistikaPidtverdzheni vipadki za krayinami stanom na 24 sichnya 2022 r Krayina YaNGOLIN outbreak info Regeneron Inshi dzherela lt img gt 455 513 516 461 SShA 17 20 17Nimechchina 11 11 11 lt img gt 10 10 10 13Spoluchene Korolivstvo 9 9 9 10 Yaponiya 7 8 8Niderlandi 7 7 7 4 Kanada 5 5 5 Avstraliya 3 3 4 Belgiya 3 3 3 Kitaj 3 14 14 Guam 3 3 lt img gt 3 3 3Norvegiya 3 3 3 lt img gt 3 3 3 lt img gt 2 2 2 lt img gt 2 2 2 Shveciya 2 2 2 lt img gt 1 1 1 Finlyandiya 1 1 1 Vsogo 550 620 624 488Div takozhKoronavirusna hvoroba 2019 na Filippinah Shtami SARS CoV 2 Cluster 5 Alfa Beta Gamma Delta Epsilon Zeta Eta Jota Kappa Lyambda M yu OmikronPrimitkihttps www who int en activities tracking SARS CoV 2 variants News Japan Times 12 bereznya 2021 Arhiv originalu za 4 travnya 2021 Procitovano 2 travnya 2021 Tracking SARS CoV 2 variants who int angl World Health Organization Tracking SARS CoV 2 variants who int angl World Health Organization a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite web title Shablon Cite web cite web a Obslugovuvannya CS1 Storinki z parametrom url status ale bez parametra archive url posilannya Variants distribution of cases data Tracking SARS CoV 2 variants angl 1 chervnya 2021 Procitovano 1 chervnya 2021 Center Philippine Genome PGC SARS CoV 2 Bulletin No 7 Detection and characterization of a new SARS CoV 2 lineage P 3 with spike protein mutations E484K N501Y P681H and LGV 141 143 deletion from samples sequenced through the intensified UP PGC UP NIH and DOH biosurveillance program Philippine Genome Center P 3 Lineage Report outbreak info News CNN Philippines 18 lyutogo 2021 Arhiv originalu za 26 listopada 2021 Procitovano 2 travnya 2021 News Kyodo 12 bereznya 2021 New coronavirus variant found in traveler from Philippines Japan Procitovano 2 travnya 2021 News ABS CBN 13 bereznya 2021 DOH confirms new COVID 19 variant first detected in PH first case of Brazil variant Procitovano 2 travnya 2021 News Rappler 17 bereznya 2021 England reports 2 cases of new COVID 19 variant found in Philippines Procitovano 2 travnya 2021 Covid 19 Sarawak detects variant reported in the Philippines angl 30 kvitnya 2021 Procitovano 30 kvitnya 2021 cov lineages org Arhiv originalu za 5 travnya 2021 Procitovano 5 lyutogo 2022 Regeneron COVID 19 Dashboard covid19dashboard regeneron com Procitovano 27 serpnya 2021 Lopez Virgil 29 veresnya 2021 DOH detects additional 339 Delta variant cases GMA News Procitovano 1 zhovtnya 2021 Pei Pei Goh 8 lipnya 2021 Delta variant detected in Sarawak angl Procitovano 13 lipnya 2021 He said for the Theta variant six cases had been detected in Kuching and seven in Kota Samarahan Variants distribution of case data 13 August 2021 angl 13 serpnya 2021 Procitovano 13 serpnya 2021 Variants in the Netherlands rivm nl Procitovano 16 lipnya 2021 PosilannyaLiniyi PANGO zvit pro novij variant Zvit pro globalne poshirennya liniyi B 1 1 7 Baza danih sekvenuvannya GISAID Vidstezhennya variantiv COVID 19