Каппа-варіант — це варіант SARS-CoV-2, вірусу, що викликає COVID-19. Це одна з трьох підліній лінії Панго B.1.617. Каппа-варіант SARS-CoV-2 також відомий як лінія B.1.617.1 і вперше був виявлений в Індії в грудні 2020 року. До кінця березня 2021 року підваріант каппа становив більше половини захворюваностей, які були зафіксовані з Індії. 1 квітня 2021 року Служба охорони здоров’я Англії назвала його варіантом, що під наглядом (VUI-21APR-01).
Каппа-варіант SARS-CoV-2 | |
Офіційна назва | англ. Kappa[1][1] |
---|---|
Названо на честь | каппа |
Дата відкриття (винаходу) | жовтень 2020[1] |
Місце відкриття | Індія[1] |
Підтримується Вікіпроєктом | d і |
Каппа-варіант SARS-CoV-2 у Вікісховищі |
Мутації
- Амінокислотні мутації варіанту Каппа SARS-CoV-2 нанесені на карту геному SARS-CoV-2 з акцентом на спайку.
Ген | Нуклеотид | Амінокислота |
---|---|---|
ORF1ab | C3457T | - |
C4957T | T1567I | |
A11201G | T3646A | |
G17523T | M5753I | |
A20396G | K6711R | |
P314L | ||
G1129C | ||
M1352I | ||
K2310R | ||
S2312A | ||
Спайк | T21895C | - |
T21895C | E154K | |
T22917G | L452R | |
G23012C | E484Q | |
D614G | ||
C23604G | P681R | |
Q1071H | ||
Н | G28881T | R203M |
D377Y | ||
М | I82S | |
ORF3a | C25469T | S26L |
ORF1a | T1567I | |
T3646A | ||
ORF7a | T27638C | V82A |
Джерело: covariants.org та PHE Technical Briefing 9 |
Каппа-варіант має три помітні зміни в амінокислотних послідовностях, усі з яких містяться в коді білка спайка вірусу.
Три помітні заміни: L452R, E484Q, P681R.
- L452R. Заміна в положенні 452, заміна лейцину на аргінін. Цей обмін забезпечує більш високу спорідненість білка-шипа до рецептора ACE2 разом із зниженням здатності імунної системи розпізнавати.
- E484Q. Заміна в позиції 484, заміна глутамінової кислоти на глутамін. Ця зміна надає варіанту сильніший потенціал зв’язування з ангіотензин-перетворювальним ферментом 2, а також кращу здатність уникати імунної системи хазяїна.
- P681R. Заміна в положенні 681, заміна проліну на аргінін.
Європейський центр з профілактики та контролю захворювань (ECDC) також перераховує четверту мутацію, що цікавить:
- D614G. Це заміна в позиції 614, заміна аспарагінової кислоти на гліцин. Інші варіанти, які мають мутацію D614G, включають варіанти бета і дельта, і мутація пов’язана з підвищеною інфекційністю.
Дві інші мутації, які можна знайти ближче до обох кінців області спайка, - це T95I і Q1071H.
Історія
Міжнародне виявлення
Варіант Каппа вперше був ідентифікований в Індії в грудні 2020 року.
Станом на 11 травня 2021 року щотижневі епідеміологічні оновлення ВООЗ повідомляли про 34 країни з виявленням субваріанта, однак до 25 травня 2021 року кількість країн зросла до 41. Станом на 19 2021 Велика Британія виявила загалом 418 підтверджених випадків захворювання SARS-CoV-2 Каппа. 6 червня 2021 року група з 60 випадків, виявлених в австралійському місті Мельбурн, була пов’язана з варіантом Каппа. За даними GISAID у липні 2021 року, Індія надала більше генетичних зразків варіанту Каппа, ніж будь-яка інша країна.
Передача спільноти
У технічному брифінгу з охорони здоров’я Англії від 22 квітня 2021 року повідомлялося, що в Англії було виявлено 119 випадків цього підваріанта з концентрацією випадків в районі Лондона та регіонах Північного Заходу та Сходу Англії. Із 119 випадків 94 мали встановлений зв’язок із подорожами, 22 випадки все ще перебувають у розслідуванні, але решта 3 випадків не мають жодного відомого зв’язку з подорожами.
2 червня The Guardian повідомила, що принаймні 1 з 10 випадків спалаху в австралійському штаті Вікторія були викликані контактом з незнайомими людьми, і що передача через громаду була пов’язана з кластерами варіанту Каппа. Проте експерт з інфекційних захворювань, професор Грег Дор, сказав, що варіант Каппа поводиться «так само, як ми бачили раніше» по відношенню до інших варіантів в Австралії.
Ефективність вакцини
Вакцини ефективні проти варіанту Каппа, хоча і в меншій мірі, ніж проти вихідного штаму.
Дослідження, проведене Оксфордським університетом у червні 2021 року, показало, що вакцина Oxford-AstraZeneca та вакцина Pfizer-BioNTech були ефективними проти варіантів Kappa та Delta, що свідчить про те, що поточні вакцини забезпечують захист від цих варіантів, хоча й з незначним зниженням нейтралізації.
Коваксин також був визнаний ефективним проти варіанту Каппа (B.1.617.1), як і для інших варіантів.
Вакцина Moderna від COVID-19 також виявилася ефективною проти варіанту Каппа, хоча й із зменшенням нейтралізації в 3,3-3,4 рази.
Статистика
Country | Confirmed cases | Collection date |
---|---|---|
4,437 | 26 May 2021 | |
545 | 31 May 2021 | |
USA | 308 | 24 June 2021 |
Canada | 372 | 12 May 2021 |
206 | 8 June 2021 | |
Australia | 128 | 15 June 2021 |
102 | 22 June 2021 | |
59 | 13 May 2021 | |
28 | 31 May 2021 | |
27 | 12 June 2021 | |
Japan | 27 | 7 May 2021 |
6 | 20 April 2021 | |
France | 16 | 20 May 2021 |
17 | 13 May 2021 | |
China | 13 | 18 April 2021 |
7 | 17 May 2021 | |
12 | 27 April 2021 | |
10 | 4 May 2021 | |
9 | 4 May 2021 | |
19 | 24 May 2021 | |
8 | 10 April 2021 | |
7 | 2 June 2021 | |
South Africa | 15 | 18 June 2021 |
11 | 23 May 2021 | |
10 | 26 April 2021 | |
Spain | 5 | 19 May 2021 |
5 | 17 April 2021 | |
5 | 20 April 2021 | |
7 | 29 April 2021 | |
4 | 4 May 2021 | |
4 | 25 April 2021 | |
4 | 2 June 2021 | |
4 | 8 April 2021 | |
4 | 1 June 2021 | |
2 | 29 April 2021 | |
2 | 10 March 2021 | |
2 | 9 May 2021 | |
2 | 3 April 2021 | |
2 | 1 August 2021 | |
1 | 23 April 2021 | |
1 | 6 April 2021 | |
1 | 19 April 2021 | |
2 | 6 April 2021 | |
1 | 26 April 2021 | |
1 | 26 March 2021 | |
1 | 2 May 2021 | |
1 | 5 May 2021 | |
1 | 22 April 2021 | |
3 | 16 April 2021 | |
1 | 6 May 2021 | |
1 | 12 March 2021 | |
2 | 10 February 2021 | |
2 | 2 January 2021 | |
1 | 14 April 2021 | |
Russia | 1 | 11 April 2021 |
1 | 14 April 2021 | |
2 | 16 May 2021 | |
Nigeria | 1 | 21 April 2021 |
1 | 8 November 2021 | |
World (58 countries) | Total: 6,476 | Total as of 13 September 2021 |
Див. також
Примітки
- https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/
- SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England - Technical briefing 9 (PDF) (Звіт) (англ.). London. . 22 квітня 2021. Процитовано 9 червня 2021.
- . covariants.org. 8 червня 2021. Архів оригіналу за 9 жовтня 2021. Процитовано 11 червня 2021.
- . covdb.stanford.edu. Stanford University Coronavirus Antiviral & Resistance Database. 1 липня 2021. Архів оригіналу за 30 червня 2021. Процитовано 3 липня 2021.
- Nuki, Paul; Newey, Sarah (16 квітня 2021). . The Telegraph (брит.). ISSN 0307-1235. Архів оригіналу за 21 червня 2021. Процитовано 7 червня 2021.
- Starr, Tyler N.; Greaney, Allison J.; Dingens, Adam S.; Bloom, Jesse D. (April 2021). Complete map of SARS-CoV-2 RBD mutations that escape the monoclonal antibody LY-CoV555 and its cocktail with LY-CoV016. Cell Reports Medicine. 2 (4): 100255. doi:10.1016/j.xcrm.2021.100255. PMC 8020059. PMID 33842902.
- Zhang, Wenjuan; Davis, Brian D.; Chen, Stephanie S.; Sincuir Martinez, Jorge M.; Plummer, Jasmine T.; Vail, Eric (6 квітня 2021). Emergence of a Novel SARS-CoV-2 Variant in Southern California. JAMA. 325 (13): 1324—1326. doi:10.1001/jama.2021.1612. PMC 7879386. PMID 33571356.
- Haseltine, William. . Forbes (англ.). Архів оригіналу за 30 квітня 2021. Процитовано 7 червня 2021.
- Harvey, WT; Carabelli, AM; Jackson, B; Gupta, RK; Thomson, EC; Harrison, EM та ін. (2021). SARS-CoV-2 variants, spike mutations and immune escape. Nat Rev Microbiol. 19 (7): 409—424. doi:10.1038/s41579-021-00573-0. PMC 8167834. PMID 34075212.
For example, recently detected viruses of lineage B.1.617.1 were anticipated to show altered antigenicity due to the presence of the substitutions L452R and E484Q, which have been described as affecting antibody recognition.
- . cdc.org. Centers for Disease Control and Prevention. 11 лютого 2020. Архів оригіналу за 16 червня 2021. Процитовано 7 червня 2021.
- . European Centre for Disease Prevention and Control. 3 червня 2021. Архів оригіналу за 16 червня 2021. Процитовано 8 червня 2021.
- Dr. Sanchari Sinha Dutta, Ph.D (15 березня 2021). . News Medical. Архів оригіналу за 17 квітня 2021. Процитовано 8 червня 2021.
- Korber, Bette; Fischer, Will M.; Gnanakaran, Sandrasegaram; Yoon, Hyejin; Theiler, James; Abfalterer, Werner та ін. (20 серпня 2020). Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus. Cell. 182 (4): 812—827. doi:10.1016/j.cell.2020.06.043. PMC 7332439. PMID 32697968.
- . cdc.gov. 4 червня 2021. Архів оригіналу за 24 червня 2021. Процитовано 8 червня 2021.
These variants share one specific mutation called D614G... ...There is evidence that variants with this mutation spread more quickly than viruses without this mutation.
- (PDF). World Health Organization. 27 квітня 2021. Архів оригіналу (PDF) за 23 червня 2021. Процитовано 6 червня 2021.
- (PDF). World Health Organization. 11 травня 2021. с. 4. Архів оригіналу (PDF) за 27 серпня 2021. Процитовано 8 червня 2021.
- (PDF). World Health Organization. 25 травня 2021. с. 10. Архів оригіналу (PDF) за 27 серпня 2021. Процитовано 8 червня 2021.
- . Business Standard. India. 27 травня 2021. Архів оригіналу за 25 жовтня 2021. Процитовано 8 червня 2021.
According to it, B.1.617.1 is found in 41 countries...
- Taylor, Josh (6 червня 2021). . The Guardian. Melbourne. Архів оригіналу за 20 грудня 2021. Процитовано 8 червня 2021.
- Baro, Dimple (11 липня 2021). . EastMojo. Архів оригіналу за 26 листопада 2021. Процитовано 5 лютого 2022.
- Davey, Melissa (2 червня 2021). . The Guardian. Victoria. Архів оригіналу за 26 листопада 2021. Процитовано 9 червня 2021.
- . Архів оригіналу за 17 грудня 2021. Процитовано 5 лютого 2022.
- . 21 квітня 2021. Архів оригіналу за 26 жовтня 2021. Процитовано 5 лютого 2022.
- . July 2021. Архів оригіналу за 28 жовтня 2021. Процитовано 5 лютого 2022.
- . www.gisaid.org. Архів оригіналу за 23 червня 2021. Процитовано 13 вересня 2021.
Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет
Kappa variant ce variant SARS CoV 2 virusu sho viklikaye COVID 19 Ce odna z troh pidlinij liniyi Pango B 1 617 Kappa variant SARS CoV 2 takozh vidomij yak liniya B 1 617 1 i vpershe buv viyavlenij v Indiyi v grudni 2020 roku Do kincya bereznya 2021 roku pidvariant kappa stanoviv bilshe polovini zahvoryuvanostej yaki buli zafiksovani z Indiyi 1 kvitnya 2021 roku Sluzhba ohoroni zdorov ya Angliyi nazvala jogo variantom sho pid naglyadom VUI 21APR 01 Kappa variant SARS CoV 2Oficijna nazvaangl Kappa 1 1 Nazvano na chestkappaData vidkrittya vinahodu zhovten 2020 1 Misce vidkrittyaIndiya 1 Pidtrimuyetsya Vikiproyektomd i Vikipediya Proyekt Indiya Kappa variant SARS CoV 2 u VikishovishiMutaciyiAminokislotni mutaciyi variantu Kappa SARS CoV 2 naneseni na kartu genomu SARS CoV 2 z akcentom na spajku Viznachennya mutacij u varianti SARS CoV 2 kappa br gt Gen Nukleotid AminokislotaORF1ab C3457T C4957T T1567IA11201G T3646AG17523T M5753IA20396G K6711RP314LG1129CM1352IK2310RS2312ASpajk T21895C T21895C E154KT22917G L452RG23012C E484QD614GC23604G P681RQ1071HN G28881T R203MD377YM I82SORF3a C25469T S26LORF1a T1567IT3646AORF7a T27638C V82ADzherelo covariants org ta PHE Technical Briefing 9 Kappa variant maye tri pomitni zmini v aminokislotnih poslidovnostyah usi z yakih mistyatsya v kodi bilka spajka virusu Tri pomitni zamini L452R E484Q P681R L452R Zamina v polozhenni 452 zamina lejcinu na arginin Cej obmin zabezpechuye bilsh visoku sporidnenist bilka shipa do receptora ACE2 razom iz znizhennyam zdatnosti imunnoyi sistemi rozpiznavati E484Q Zamina v poziciyi 484 zamina glutaminovoyi kisloti na glutamin Cya zmina nadaye variantu silnishij potencial zv yazuvannya z angiotenzin peretvoryuvalnim fermentom 2 a takozh krashu zdatnist unikati imunnoyi sistemi hazyayina P681R Zamina v polozhenni 681 zamina prolinu na arginin Yevropejskij centr z profilaktiki ta kontrolyu zahvoryuvan ECDC takozh pererahovuye chetvertu mutaciyu sho cikavit D614G Ce zamina v poziciyi 614 zamina asparaginovoyi kisloti na glicin Inshi varianti yaki mayut mutaciyu D614G vklyuchayut varianti beta i delta i mutaciya pov yazana z pidvishenoyu infekcijnistyu Dvi inshi mutaciyi yaki mozhna znajti blizhche do oboh kinciv oblasti spajka ce T95I i Q1071H IstoriyaMizhnarodne viyavlennya Variant Kappa vpershe buv identifikovanij v Indiyi v grudni 2020 roku Stanom na 11 travnya 2021 roku shotizhnevi epidemiologichni onovlennya VOOZ povidomlyali pro 34 krayini z viyavlennyam subvarianta odnak do 25 travnya 2021 roku kilkist krayin zrosla do 41 Stanom na 19 2021 Velika Britaniya viyavila zagalom 418 pidtverdzhenih vipadkiv zahvoryuvannya SARS CoV 2 Kappa 6 chervnya 2021 roku grupa z 60 vipadkiv viyavlenih v avstralijskomu misti Melburn bula pov yazana z variantom Kappa Za danimi GISAID u lipni 2021 roku Indiya nadala bilshe genetichnih zrazkiv variantu Kappa nizh bud yaka insha krayina Peredacha spilnoti U tehnichnomu brifingu z ohoroni zdorov ya Angliyi vid 22 kvitnya 2021 roku povidomlyalosya sho v Angliyi bulo viyavleno 119 vipadkiv cogo pidvarianta z koncentraciyeyu vipadkiv v rajoni Londona ta regionah Pivnichnogo Zahodu ta Shodu Angliyi Iz 119 vipadkiv 94 mali vstanovlenij zv yazok iz podorozhami 22 vipadki vse she perebuvayut u rozsliduvanni ale reshta 3 vipadkiv ne mayut zhodnogo vidomogo zv yazku z podorozhami 2 chervnya The Guardian povidomila sho prinajmni 1 z 10 vipadkiv spalahu v avstralijskomu shtati Viktoriya buli viklikani kontaktom z neznajomimi lyudmi i sho peredacha cherez gromadu bula pov yazana z klasterami variantu Kappa Prote ekspert z infekcijnih zahvoryuvan profesor Greg Dor skazav sho variant Kappa povoditsya tak samo yak mi bachili ranishe po vidnoshennyu do inshih variantiv v Avstraliyi Efektivnist vakcini Vakcini efektivni proti variantu Kappa hocha i v menshij miri nizh proti vihidnogo shtamu Doslidzhennya provedene Oksfordskim universitetom u chervni 2021 roku pokazalo sho vakcina Oxford AstraZeneca ta vakcina Pfizer BioNTech buli efektivnimi proti variantiv Kappa ta Delta sho svidchit pro te sho potochni vakcini zabezpechuyut zahist vid cih variantiv hocha j z neznachnim znizhennyam nejtralizaciyi Kovaksin takozh buv viznanij efektivnim proti variantu Kappa B 1 617 1 yak i dlya inshih variantiv Vakcina Moderna vid COVID 19 takozh viyavilasya efektivnoyu proti variantu Kappa hocha j iz zmenshennyam nejtralizaciyi v 3 3 3 4 razi StatistikaCases by country Updated as of 13 September 2021 GISAID Country Confirmed cases Collection date4 437 26 May 2021545 31 May 2021 USA 308 24 June 2021 Canada 372 12 May 2021206 8 June 2021 Australia 128 15 June 2021102 22 June 202159 13 May 202128 31 May 202127 12 June 2021 Japan 27 7 May 20216 20 April 2021 France 16 20 May 202117 13 May 2021 China 13 18 April 20217 17 May 202112 27 April 202110 4 May 20219 4 May 202119 24 May 20218 10 April 20217 2 June 2021 South Africa 15 18 June 202111 23 May 202110 26 April 2021 Spain 5 19 May 20215 17 April 20215 20 April 20217 29 April 20214 4 May 20214 25 April 20214 2 June 20214 8 April 20214 1 June 20212 29 April 20212 10 March 20212 9 May 20212 3 April 20212 1 August 20211 23 April 20211 6 April 20211 19 April 20212 6 April 20211 26 April 20211 26 March 20211 2 May 20211 5 May 20211 22 April 20213 16 April 20211 6 May 20211 12 March 20212 10 February 20212 2 January 20211 14 April 2021 Russia 1 11 April 20211 14 April 20212 16 May 2021 Nigeria 1 21 April 20211 8 November 2021 World 58 countries Total 6 476 Total as of 13 September 2021Div takozhShtami SARS CoV 2 Cluster 5 Alfa Beta Gamma Delta Epsilon Zeta Teta Eta Jota Lyambda M yu OmikronPrimitkihttps www who int en activities tracking SARS CoV 2 variants SARS CoV 2 variants of concern and variants under investigation in England Technical briefing 9 PDF Zvit angl London 22 kvitnya 2021 Procitovano 9 chervnya 2021 covariants org 8 chervnya 2021 Arhiv originalu za 9 zhovtnya 2021 Procitovano 11 chervnya 2021 covdb stanford edu Stanford University Coronavirus Antiviral amp Resistance Database 1 lipnya 2021 Arhiv originalu za 30 chervnya 2021 Procitovano 3 lipnya 2021 Nuki Paul Newey Sarah 16 kvitnya 2021 The Telegraph brit ISSN 0307 1235 Arhiv originalu za 21 chervnya 2021 Procitovano 7 chervnya 2021 Starr Tyler N Greaney Allison J Dingens Adam S Bloom Jesse D April 2021 Complete map of SARS CoV 2 RBD mutations that escape the monoclonal antibody LY CoV555 and its cocktail with LY CoV016 Cell Reports Medicine 2 4 100255 doi 10 1016 j xcrm 2021 100255 PMC 8020059 PMID 33842902 Zhang Wenjuan Davis Brian D Chen Stephanie S Sincuir Martinez Jorge M Plummer Jasmine T Vail Eric 6 kvitnya 2021 Emergence of a Novel SARS CoV 2 Variant in Southern California JAMA 325 13 1324 1326 doi 10 1001 jama 2021 1612 PMC 7879386 PMID 33571356 Haseltine William Forbes angl Arhiv originalu za 30 kvitnya 2021 Procitovano 7 chervnya 2021 Harvey WT Carabelli AM Jackson B Gupta RK Thomson EC Harrison EM ta in 2021 SARS CoV 2 variants spike mutations and immune escape Nat Rev Microbiol 19 7 409 424 doi 10 1038 s41579 021 00573 0 PMC 8167834 PMID 34075212 For example recently detected viruses of lineage B 1 617 1 were anticipated to show altered antigenicity due to the presence of the substitutions L452R and E484Q which have been described as affecting antibody recognition cdc org Centers for Disease Control and Prevention 11 lyutogo 2020 Arhiv originalu za 16 chervnya 2021 Procitovano 7 chervnya 2021 European Centre for Disease Prevention and Control 3 chervnya 2021 Arhiv originalu za 16 chervnya 2021 Procitovano 8 chervnya 2021 Dr Sanchari Sinha Dutta Ph D 15 bereznya 2021 News Medical Arhiv originalu za 17 kvitnya 2021 Procitovano 8 chervnya 2021 Korber Bette Fischer Will M Gnanakaran Sandrasegaram Yoon Hyejin Theiler James Abfalterer Werner ta in 20 serpnya 2020 Tracking Changes in SARS CoV 2 Spike Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID 19 Virus Cell 182 4 812 827 doi 10 1016 j cell 2020 06 043 PMC 7332439 PMID 32697968 cdc gov 4 chervnya 2021 Arhiv originalu za 24 chervnya 2021 Procitovano 8 chervnya 2021 These variants share one specific mutation called D614G There is evidence that variants with this mutation spread more quickly than viruses without this mutation PDF World Health Organization 27 kvitnya 2021 Arhiv originalu PDF za 23 chervnya 2021 Procitovano 6 chervnya 2021 PDF World Health Organization 11 travnya 2021 s 4 Arhiv originalu PDF za 27 serpnya 2021 Procitovano 8 chervnya 2021 PDF World Health Organization 25 travnya 2021 s 10 Arhiv originalu PDF za 27 serpnya 2021 Procitovano 8 chervnya 2021 Business Standard India 27 travnya 2021 Arhiv originalu za 25 zhovtnya 2021 Procitovano 8 chervnya 2021 According to it B 1 617 1 is found in 41 countries Taylor Josh 6 chervnya 2021 The Guardian Melbourne Arhiv originalu za 20 grudnya 2021 Procitovano 8 chervnya 2021 Baro Dimple 11 lipnya 2021 EastMojo Arhiv originalu za 26 listopada 2021 Procitovano 5 lyutogo 2022 Davey Melissa 2 chervnya 2021 The Guardian Victoria Arhiv originalu za 26 listopada 2021 Procitovano 9 chervnya 2021 Arhiv originalu za 17 grudnya 2021 Procitovano 5 lyutogo 2022 21 kvitnya 2021 Arhiv originalu za 26 zhovtnya 2021 Procitovano 5 lyutogo 2022 July 2021 Arhiv originalu za 28 zhovtnya 2021 Procitovano 5 lyutogo 2022 www gisaid org Arhiv originalu za 23 chervnya 2021 Procitovano 13 veresnya 2021