Епсилон-варіант, також відомий як CAL.20C і відноситься до двох ліній PANGO B.1.427 і B.1.429, є одним із варіантів SARS-CoV-2, вірусу, що викликає COVID-19. Вперше його виявили в Каліфорнії, США, у липні 2020 року.
Епсилон-варіант SARS-CoV-2 | |
Офіційна назва | англ. Epsilon[1][1] |
---|---|
Названо на честь | епсилон |
Дата відкриття (винаходу) | березень 2020[1] |
Місце відкриття | Каліфорнія і США[1] |
Частково збігається з | d |
Епсилон-варіант SARS-CoV-2 у Вікісховищі |
Станом на липень 2021 року ВООЗ більше не розглядає епсилон як варіант, який цікавить.
Мутації
Варіант має п'ять визначальних мутацій (I4205V і D1183Y в гені ORF1ab і S13I, W152C, L452R в S-гені білка шипа ), з яких L452R (раніше також виявлений в інших неспоріднених лініях) викликав особливе занепокоєння. B.1.429, можливо, є більш переданим, ніж попередні варіанти, що циркулюють локально, але для підтвердження цього необхідне подальше дослідження.Центри з контролю та профілактики захворювань (CDC) перерахували B.1.429 і пов’язаний з ним B.1.427 як « варіанти, що викликають занепокоєння », і цитує препринт, в якому говориться, що вони демонструють збільшення на ~20% передачі вірусу, що вони мають « Значний вплив на нейтралізацію деяких, але не всіх" терапевтичних засобів, які отримали дозвіл на екстрене використання (EUA) від Управління з контролю за продуктами і медикаментами (FDA) для лікування або профілактики COVID-19, і що вони помірно зменшують нейтралізацію плазмою, зібраною люди, які раніше були інфіковані вірусом або отримали вакцину проти вірусу. У травні 2021 року Всесвітня організація охорони здоров’я (ВООЗ) дала варіанту нову назву «варіант Епсилон».
- Амінокислотні мутації варіанту SARS-CoV-2 Epsilon нанесені на карту геному SARS-CoV-2 з акцентом на спайку.
Історія
Епсилон-варіант (CAL.20C) вперше спостерігали в липні 2020 року дослідники з Медичного центру Cedars-Sinai, Каліфорнія, в одному зі 1230-ти зразків вірусу, зібраних в окрузі Лос-Анджелес з початку епідемії COVID-19. Варіант не виявляли знову до вересня, коли він знову з’явився серед зразків у Каліфорнії, але цифри залишалися дуже низькими до листопада. У листопаді 2020 року епсилон-варіант становив 36 відсотків зразків, зібраних у медичному центрі Cedars-Sinai, а до січня 2021 року епсилон-варіант становив 50 відсотків зразків. У спільному прес-релізі Каліфорнійського університету в Сан-Франциско, Департаменту охорони здоров’я Каліфорнії та Департаменту охорони здоров’я округу Санта-Клара було оголошено, що цей варіант також був виявлений в кількох округах Північної Каліфорнії. З листопада по грудень 2020 року частота цього варіанта в секвенованих випадках з Північної Каліфорнії зросла з 3% до 25%. У препринті CAL.20C описується як належить до клади Nextstrain 20C і вносить приблизно 36% зразків, тоді як новий варіант із клади 20G становить близько 24% зразків у дослідженні, зосередженому на Південній Каліфорнії. Однак зауважте, що в США загаалом 20G клад переважає, станом на січень 2021 року. Після збільшення кількості епсилон-варіант у Каліфорнії цей варіант був виявлений з різною частотою в більшості штатів США. Невеликі цифри були виявлені в інших країнах Північної Америки, а також в Європі, Азії та Австралії. За даними GISAID, станом на липень 2021 року епсилон-варіант був виявлений у 45 країнах. Після початкового збільшення його частота швидко впала з лютого 2021 року, оскільки його випереджав більш переданий варіант альфа. У квітні епсилон-варіант залишався відносно частим у частинах північної Каліфорнії, але він практично зник з півдня штату і ніколи не міг закріпитися в інших місцях; лише 3,2% усіх випадків у Сполучених Штатах були епсилон, тоді як на той час більше двох третин були альфа.
Country | Confirmed cases (GISAID) as of 1 July 2021 | Last Reported Case | |
---|---|---|---|
USA | 50,723 | 23 June 2021 | |
474 | 08 June 2021 | ||
Canada | 326 | 07 May 2021 | |
103 | 26 April 2021 | ||
57 | 24 April 2021 | ||
37 | 22 March 2021 | ||
36 | 07 May 2021 | ||
30 | 07 June 2021 | ||
28 | 12 May 2021 | ||
21 | 10 May 2021 | ||
Japan | 20 | 16 April 2021 | |
Australia | 20 | 12 April 2021 | |
12 | 05 May 2021 | ||
10 | 08 June 2021 | ||
10 | 25 February 2021 | ||
8 | 27 March 2021 | ||
8 | 31 January 2021 | ||
7 | |||
France | 7 | 01 March 2021 | |
7 | 28 April 2021 | ||
5 | 10 March 2021 | ||
Spain | 5 | 03 June 2021 | |
4 | 28 December 2020 | ||
4 | 27 March 2021 | ||
4 | 01 March 2021 | ||
3 | 05 February 2021 | ||
3 | 30 January 2021 | ||
Norway | 3 | 12 April 2021 | |
2 | 20 January 2021 | ||
2 | 06 February 2021 | ||
2 | 11 February 2021 | ||
2 | 24 February 2021 | ||
2 | 28 January 2021 | ||
2 | 11 February 2021 | ||
2 | 22 March 2021 | ||
2 | 08 January 2021 | ||
Anguilla | 1 | 19 March 2021 | |
1 | 24 April 2021 | ||
Barbados | 1 | 12 April 2021 | |
1 | 18 January 2021 | ||
British Virgin Islands | 1 | 07 January 2021 | |
Curacao | 1 | 19 March 2021 | |
1 | 02 March 2021 | ||
1 | 26 January 2021 | ||
1 | 16 January 2021 | ||
1 | 16 February 2021 | ||
1 | |||
World (46 countries) | Total: 51,966 | Total as of 1 July 2021 |
Див. також
Посилання
- https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/
- (Пресреліз). Cedars Sinai Medical Center. 19 січня 2021. Архів оригіналу за 13 червня 2021. Процитовано 5 лютого 2022.
- . who.int (англ.). World Health Organization. Архів оригіналу за 6 червня 2021. Процитовано 5 лютого 2022.
- Spike Variants: Epsilon, aka B.1.427/B.1.429, and CAL.20C/S:452R [ 30 червня 2021 у Wayback Machine.] covdb.stanford.edu, accessed 3 July 2021
- . The New York Times. 19 січня 2021. Архів оригіналу за 9 червня 2021. Процитовано 5 лютого 2022.
- . CDC.gov. Centers for Disease Control and Prevention. 24 березня 2021. Архів оригіналу за 16 червня 2021. Процитовано 4 квітня 2021.
- Shen X, Tang H, Pajon R, Smith G, Glenn GM, Shi W, Korber B, Montefiori DC (April 2021). Neutralization of SARS-CoV-2 Variants B.1.429 and B.1.351. The New England Journal of Medicine. 384 (24): 2352—2354. doi:10.1056/NEJMc2103740. PMC 8063884. PMID 33826819.
{{}}
: Недійсний|displayauthors=6
() - Helen Branswell The name game for coronavirus variants just got a little easier [ 17 червня 2021 у Wayback Machine.] 31 May 2021 www.statnews.com, accessed 28 June 2021
- . Rambaut Group, University of Edinburgh. PANGO Lineages. 15 лютого 2021. Архів оригіналу за 28 квітня 2021. Процитовано 16 лютого 2021.
- . . outbreak.info. 15 лютого 2021. Архів оригіналу за 9 червня 2021. Процитовано 16 лютого 2021.
- . California Department of Public Health. Архів оригіналу за 16 червня 2021. Процитовано 30 січня 2021.
- . USA Today (амер.). Архів оригіналу за 4 березня 2021. Процитовано 30 січня 2021.
- . Healthcare Purchasing News. Архів оригіналу за 12 вересня 2021. Процитовано 12 вересня 2021.
According to GISAID, 45 countries, from US to South Korea, from India to Japan have reported Epsilon variant cases.
- Zimmer, Carl; Mandavilli, Apoorva (14 травня 2021). . New York Times. Архів оригіналу за 16 травня 2021. Процитовано 17 травня 2021.
- . www.gisaid.org. Архів оригіналу за 23 червня 2021. Процитовано 2 липня 2021.
Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет
Epsilon variant takozh vidomij yak CAL 20C i vidnositsya do dvoh linij PANGO B 1 427 i B 1 429 ye odnim iz variantiv SARS CoV 2 virusu sho viklikaye COVID 19 Vpershe jogo viyavili v Kaliforniyi SShA u lipni 2020 roku Epsilon variant SARS CoV 2Oficijna nazvaangl Epsilon 1 1 Nazvano na chestepsilonData vidkrittya vinahodu berezen 2020 1 Misce vidkrittyaKaliforniya i SShA 1 Chastkovo zbigayetsya zd Epsilon variant SARS CoV 2 u Vikishovishi Stanom na lipen 2021 roku VOOZ bilshe ne rozglyadaye epsilon yak variant yakij cikavit MutaciyiVariant maye p yat viznachalnih mutacij I4205V i D1183Y v geni ORF1ab i S13I W152C L452R v S geni bilka shipa z yakih L452R ranishe takozh viyavlenij v inshih nesporidnenih liniyah viklikav osoblive zanepokoyennya B 1 429 mozhlivo ye bilsh peredanim nizh poperedni varianti sho cirkulyuyut lokalno ale dlya pidtverdzhennya cogo neobhidne podalshe doslidzhennya Centri z kontrolyu ta profilaktiki zahvoryuvan CDC pererahuvali B 1 429 i pov yazanij z nim B 1 427 yak varianti sho viklikayut zanepokoyennya i cituye preprint v yakomu govoritsya sho voni demonstruyut zbilshennya na 20 peredachi virusu sho voni mayut Znachnij vpliv na nejtralizaciyu deyakih ale ne vsih terapevtichnih zasobiv yaki otrimali dozvil na ekstrene vikoristannya EUA vid Upravlinnya z kontrolyu za produktami i medikamentami FDA dlya likuvannya abo profilaktiki COVID 19 i sho voni pomirno zmenshuyut nejtralizaciyu plazmoyu zibranoyu lyudi yaki ranishe buli infikovani virusom abo otrimali vakcinu proti virusu U travni 2021 roku Vsesvitnya organizaciya ohoroni zdorov ya VOOZ dala variantu novu nazvu variant Epsilon Aminokislotni mutaciyi variantu SARS CoV 2 Epsilon naneseni na kartu genomu SARS CoV 2 z akcentom na spajku IstoriyaEpsilon variant CAL 20C vpershe sposterigali v lipni 2020 roku doslidniki z Medichnogo centru Cedars Sinai Kaliforniya v odnomu zi 1230 ti zrazkiv virusu zibranih v okruzi Los Andzheles z pochatku epidemiyi COVID 19 Variant ne viyavlyali znovu do veresnya koli vin znovu z yavivsya sered zrazkiv u Kaliforniyi ale cifri zalishalisya duzhe nizkimi do listopada U listopadi 2020 roku epsilon variant stanoviv 36 vidsotkiv zrazkiv zibranih u medichnomu centri Cedars Sinai a do sichnya 2021 roku epsilon variant stanoviv 50 vidsotkiv zrazkiv U spilnomu pres relizi Kalifornijskogo universitetu v San Francisko Departamentu ohoroni zdorov ya Kaliforniyi ta Departamentu ohoroni zdorov ya okrugu Santa Klara bulo ogolosheno sho cej variant takozh buv viyavlenij v kilkoh okrugah Pivnichnoyi Kaliforniyi Z listopada po gruden 2020 roku chastota cogo varianta v sekvenovanih vipadkah z Pivnichnoyi Kaliforniyi zrosla z 3 do 25 U preprinti CAL 20C opisuyetsya yak nalezhit do kladi Nextstrain 20C i vnosit priblizno 36 zrazkiv todi yak novij variant iz kladi 20G stanovit blizko 24 zrazkiv u doslidzhenni zoseredzhenomu na Pivdennij Kaliforniyi Odnak zauvazhte sho v SShA zagaalom 20G klad perevazhaye stanom na sichen 2021 roku Pislya zbilshennya kilkosti epsilon variant u Kaliforniyi cej variant buv viyavlenij z riznoyu chastotoyu v bilshosti shtativ SShA Neveliki cifri buli viyavleni v inshih krayinah Pivnichnoyi Ameriki a takozh v Yevropi Aziyi ta Avstraliyi Za danimi GISAID stanom na lipen 2021 roku epsilon variant buv viyavlenij u 45 krayinah Pislya pochatkovogo zbilshennya jogo chastota shvidko vpala z lyutogo 2021 roku oskilki jogo viperedzhav bilsh peredanij variant alfa U kvitni epsilon variant zalishavsya vidnosno chastim u chastinah pivnichnoyi Kaliforniyi ale vin praktichno znik z pivdnya shtatu i nikoli ne mig zakripitisya v inshih miscyah lishe 3 2 usih vipadkiv u Spoluchenih Shtatah buli epsilon todi yak na toj chas bilshe dvoh tretin buli alfa Cases by country Country Confirmed cases GISAID as of 1 July 2021 Last Reported Case USA 50 723 23 June 2021474 08 June 2021 Canada 326 07 May 2021103 26 April 202157 24 April 202137 22 March 202136 07 May 202130 07 June 202128 12 May 202121 10 May 2021 Japan 20 16 April 2021 Australia 20 12 April 202112 05 May 202110 08 June 202110 25 February 20218 27 March 20218 31 January 20217 France 7 01 March 20217 28 April 20215 10 March 2021 Spain 5 03 June 20214 28 December 20204 27 March 20214 01 March 20213 05 February 20213 30 January 2021 Norway 3 12 April 20212 20 January 20212 06 February 20212 11 February 20212 24 February 20212 28 January 20212 11 February 20212 22 March 20212 08 January 2021 Anguilla 1 19 March 20211 24 April 2021 Barbados 1 12 April 20211 18 January 2021 British Virgin Islands 1 07 January 2021 Curacao 1 19 March 20211 02 March 20211 26 January 20211 16 January 20211 16 February 20211 World 46 countries Total 51 966 Total as of 1 July 2021Div takozhShtami SARS CoV 2 Cluster 5 Alfa Beta Gamma Delta Zeta Teta Eta Jota Kappa Lyambda M yu OmikronPosilannyahttps www who int en activities tracking SARS CoV 2 variants Presreliz Cedars Sinai Medical Center 19 sichnya 2021 Arhiv originalu za 13 chervnya 2021 Procitovano 5 lyutogo 2022 who int angl World Health Organization Arhiv originalu za 6 chervnya 2021 Procitovano 5 lyutogo 2022 Spike Variants Epsilon aka B 1 427 B 1 429 and CAL 20C S 452R 30 chervnya 2021 u Wayback Machine covdb stanford edu accessed 3 July 2021 The New York Times 19 sichnya 2021 Arhiv originalu za 9 chervnya 2021 Procitovano 5 lyutogo 2022 CDC gov Centers for Disease Control and Prevention 24 bereznya 2021 Arhiv originalu za 16 chervnya 2021 Procitovano 4 kvitnya 2021 Shen X Tang H Pajon R Smith G Glenn GM Shi W Korber B Montefiori DC April 2021 Neutralization of SARS CoV 2 Variants B 1 429 and B 1 351 The New England Journal of Medicine 384 24 2352 2354 doi 10 1056 NEJMc2103740 PMC 8063884 PMID 33826819 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Nedijsnij displayauthors 6 dovidka Helen Branswell The name game for coronavirus variants just got a little easier 17 chervnya 2021 u Wayback Machine 31 May 2021 www statnews com accessed 28 June 2021 Rambaut Group University of Edinburgh PANGO Lineages 15 lyutogo 2021 Arhiv originalu za 28 kvitnya 2021 Procitovano 16 lyutogo 2021 outbreak info 15 lyutogo 2021 Arhiv originalu za 9 chervnya 2021 Procitovano 16 lyutogo 2021 California Department of Public Health Arhiv originalu za 16 chervnya 2021 Procitovano 30 sichnya 2021 USA Today amer Arhiv originalu za 4 bereznya 2021 Procitovano 30 sichnya 2021 Healthcare Purchasing News Arhiv originalu za 12 veresnya 2021 Procitovano 12 veresnya 2021 According to GISAID 45 countries from US to South Korea from India to Japan have reported Epsilon variant cases Zimmer Carl Mandavilli Apoorva 14 travnya 2021 New York Times Arhiv originalu za 16 travnya 2021 Procitovano 17 travnya 2021 www gisaid org Arhiv originalu za 23 chervnya 2021 Procitovano 2 lipnya 2021