VAPB

VAPB (англ. VAMP associated protein B and C) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 20-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 243 амінокислот, а молекулярна маса — 27 228.

VAPB
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2MDK, 3IKK
Ідентифікатори
Символи	VAPB, ALS8, VAMP-B, VAP-B, VAMP (vesicle-associated membrane protein)-associated protein B and C, VAMP associated protein B and C
Зовнішні ІД	OMIM: 605704 MGI: 1928744 HomoloGene: 36163 GeneCards: VAPB
Пов'язані генетичні захворювання
amyotrophic lateral sclerosis type 8
Онтологія гена Молекулярна функція • protein homodimerization activity • microtubule binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • beta-tubulin binding • protein heterodimerization activity • enzyme binding • cadherin binding • FFAT motif binding Клітинна компонента • integral component of membrane • комплекс Ґольджі • endoplasmic reticulum membrane • мембрана • ендоплазматичний ретикулум • endoplasmic reticulum exit site • Golgi membrane • цитоплазма Біологічний процес • COPII-coated vesicle budding • cellular calcium ion homeostasis • sphingolipid biosynthetic process • endoplasmic reticulum organization • positive regulation by host of viral genome replication • Відповідь на незгорнуті білки • endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport • response to unfolded protein • suppression of viral release by host • negative regulation by host of viral genome replication • positive regulation of viral genome replication • negative regulation by virus of viral protein levels in host cell • GO:0022415 viral process • modulation by host of viral RNA genome replication • IRE1-mediated unfolded protein response Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	9217	56491
Ensembl	ENSG00000124164	ENSMUSG00000054455
UniProt	O95292	Q9QY76 Q8BH80
RefSeq (мРНК)	NM_001195677 NM_004738	NM_019806
RefSeq (білок)	NP_001182606 NP_004729	NP_062780
Локус (UCSC)	Хр. 20: 58.39 – 58.45 Mb	Хр. 2: 173.58 – 173.63 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAKVEQVLSL		EPQHELKFRG		PFTDVVTTNL		KLGNPTDRNV		CFKVKTTAPR
RYCVRPNSGI		IDAGASINVS		VMLQPFDYDP		NEKSKHKFMV		QSMFAPTDTS
DMEAVWKEAK		PEDLMDSKLR		CVFELPAEND		KPHDVEINKI		ISTTASKTET
PIVSKSLSSS		LDDTEVKKVM		EECKRLQGEV		QRLREENKQF		KEEDGLRMRK
TVQSNSPISA		LAPTGKEEGL		STRLLALVVL		FFIVGVIIGK		IAL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як взаємодія хазяїн-вірус, відповідь на порушення конформації білку, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у мембрані, ендоплазматичному ретикулумі.

Література

• Nishimura Y., Hayashi M., Inada H., Tanaka T. (1999). Molecular cloning and characterization of mammalian homologues of vesicle-associated membrane protein-associated (VAMP-associated) proteins. Biochem. Biophys. Res. Commun. 254: 21—26. PMID 9920726 DOI:10.1006/bbrc.1998.9876
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Kanekura K., Nishimoto I., Aiso S., Matsuoka M. (2006). Characterization of amyotrophic lateral sclerosis-linked P56S mutation of vesicle-associated membrane protein-associated protein B (VAPB/ALS8). J. Biol. Chem. 281: 30223—30233. PMID 16891305 DOI:10.1074/jbc.M605049200
• Saita S., Shirane M., Natume T., Iemura S., Nakayama K.I. (2009). Promotion of neurite extension by protrudin requires its interaction with vesicle-associated membrane protein-associated protein. J. Biol. Chem. 284: 13766—13777. PMID 19289470 DOI:10.1074/jbc.M807938200
• Matsuzaki F., Shirane M., Matsumoto M., Nakayama K.I. (2011). Protrudin serves as an adaptor molecule that connects KIF5 and its cargoes in vesicular transport during process formation. Mol. Biol. Cell. 22: 4602—4620. PMID 21976701 DOI:10.1091/mbc.E11-01-0068
• Impens F., Radoshevich L., Cossart P., Ribet D. (2014). Mapping of SUMO sites and analysis of SUMOylation changes induced by external stimuli. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111: 12432—12437. PMID 25114211 DOI:10.1073/pnas.1413825111

Примітки

1. Захворювання, генетично пов'язані з VAPB переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
2. Human PubMed Reference:.
3. Mouse PubMed Reference:.
4. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:12649 (англ.) . Архів оригіналу за 21 жовтня 2018. Процитовано 12 вересня 2017. [Архівовано 2018-10-21 у Wayback Machine.]
5. UniProt, O95292 (англ.) . Архів оригіналу за 9 квітня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.

Див. також

• Хромосома 20