«Онтологія гена» (англ. Gene Ontology, или GO) — біоінформатичний проєкт, присвячений створенню уніфікованої термінології для анотації генів і генних продуктів всіх біологічних видів.
Метою проєкту є підтримання і поповнення певного списку (атрибутів) генів та їх продуктів, створення онотацій генів і продуктів, розробка інструментів для роботи з базою даних проєкту, а також для аналізу нових експериментальних даних, зокрема, [en]. Варто відзначити, що в проєкті GO було створено мову розмітки для класифікації даних (інформації про гени та їх продукти, тобто РНК і білки, а також їхні функції), яка дозволяє швидко знаходити систематизовану інформації про продукти генів.
«Онтологія гена» є частиною більш масштабного проєкту з класифікації — [en].
Історія і поточний стан
Онтологія в інформатиці використовується для формалізації певних галузей знань за допомогою системи даних про об'єкти реального світу та зв'язок між ними (т. з. база знань). В біології та суміжних дисциплінах виникла проблема відсутності універсального стандарту термінології. Терміни, які мають подібні поняття, але використовуються для різних біологічних видів, різних галузей досліджень або навіть всередині різних груп учених, можуть мати принципово різне значення, що ускладнює обмін даними. В зв'язку з цим, завданням проєкту «Генна онтологія» стало створення онтології термінів, відображаючих властивості генів та їх продуктів і застосованим до будь-якого організму.
«Онтологія гена» була створена в 1998 році консорціумом учених, які вивчали геноми трьох модельних організмів: Drosophila melanogaster (плодова мушка), Mus musculus (миша) і Saccharomyces cerevisiae (пекарні дріжджі). Згодом багато баз даних для інших модельних організмів приєдналися до Консорціуму GO, тим самим сприяючи не тільки розширенню бази анотацій, але й створенню сервісів для перегляду і застосування даних.
Консорціум GO (GOC) — це безліч біологічних баз даних і дослідницьких груп, які активно беруть участь в проєкті «Онтологія гена». До нього відносяться декілька баз даних для різних модельних організмів, загальні білкові бази даних, групи розробників програмного забезпечення і редактори «Онтології гена».
Станом на вересень 2011 року проєкт містив понад 33 тис. термінів і близько 12 млн анотацій генних продуктів, застосованих до більш ніж 360 тис. живих організмів. По закінченню 2016 року кількість термінів перевищувало 44 тис екземплярів, в той час як кількість організмів, анотованих в даній базі, перевищило позначку в 460 тис особин
Протягом декількох останніх років Консорціум GO впровадив ряд змін онтології для збільшення кількості, якості та специфічності анотацій GO. До 2013 року году кількість анотацій перевищила 96 млн. Якість анотацій було покращено за допомогою автоматизованої перевірки якості. Також покращилася анотація даних, наявних в базі GO; були додані нові терміни. . В 2007 році був створений новий сервіс InterMine, метою якого є інтеграція геномних даних із великої кількості розрізнених джерел і полегшення обчислювальних задач, таких як пошук конкретних геномних областей і здійснення статистичних тестів. В останні роки ведеться розробка сервісу LEGO (Linked Expressions using the Gene Ontology), який дозволить досліджувати взаємодію різних анотацій в базі GO, об'єднуючи їх в більш загальні моделі генів та їх функцій.
Структура і терміни
Потрібно розуміти , що «Онтологія гена» описує комплексні біологічні феномени, а не конкретні біологічні об'єкти. Її база даних включає три незалежних словника:
- Молекулярні функції (англ. molecular function) — класифікація за специфічною функцією продуктів гена (білка або РНК) на молекулярному рівні, наприклад, зв'язування вуглеводів чи АТФазна активність.
- Біологічені процеси (англ. biological process) — класифікація за комплексними процесами, зазвичай необхідних для життєдіяльності організмів і які відбуваються завдяки здійсненню послідовності молекулярних реакцій, наприклад, мітоз чи біосинтез пуринів.
- Клітинні компоненти (англ. cellular component) — класифікація за частинами клітини чи позаклітинного простору, де відбувається фунціонування продуктів гену, наприклад, ядро або рибосома.
Кожний термін в «Онтології гена» має ряд атрибутів: унікальний цифровий ідентифікатор, назву, словник, до якого термін належить, і визначення. Терміни можуть мати синоніми, які поділяються на точно відповідні значенню терміна, більш широкі, більш вузькі і ті, які мають деяке відношення до терміна. Також можуть міститися такі атрибути, як посилання на джерела, на інші бази даних і коментарі із значення та використання терміна.
Онтологія побудована за принципом спрямованого ациклічного графу: кожний термін зв'язаний з одним або декількома іншими термінами через різного типу (відношення). Виділяють наступні типи відношень:
- «A is a B» — A є приватним випадком B,
- «A part of B» — A є частиною B,
- «B has part A» — B включає A,
- «A regulates B» — А регулює В,
- «A positively regulates B» — А позитивно регулює В,
- «A negatively regulates B» — А негативно регулює В,
- «A occurs in B» — А зустрічається при В.
Приклад одного із термінів проєкту GO:
id: GO:0043417 name: negative regulation of skeletal muscle tissue regeneration namespace: biological_process def: "Any process that stops, prevents, or reduces the frequency, rate or extent of skeletal muscle regeneration." [GOC:jl] synonym: "down regulation of skeletal muscle regeneration" EXACT [] synonym: "down-regulation of skeletal muscle regeneration" EXACT [] synonym: "downregulation of skeletal muscle regeneration" EXACT [] synonym: "inhibition of skeletal muscle regeneration" NARROW [] is_a: GO:0043416 ! regulation of skeletal muscle tissue regeneration is_a: GO:0048640 ! negative regulation of developmental growth relationship: negatively_regulates GO:0043403 ! skeletal muscle tissue regeneration
В базу даних «Онтологія гена» постійно вносяться зміни і доповнення як кураторами проєкту GO, так і іншими дослідниками. Запропоновані правки користувачів проходять провірку редакторами проєкту і застосовуються лише у випадку схвалення цих змін.
Файл, який містить всю базу даних, можна отримати в різних форматах на офіційному сайті «Онтології гена»; терміни також доступні онлайн за допомогою браузера «Генної онтології» AmiGO. Крім того, з його допомогою можливо отримати масив даних генних продуктів, які відносяться до того або іншого терміна. Також на сайті можна скачати карти відповідності термінів GO іншим системам класифікації.
Анотації
Анотування геномів націлено на отримання інформації про властивості гених продуктів. В анотаціях GO для цього використовуються терміни «Генної онтології». Члени Консорціуму GO викладають свої анотації на сайті «Геної онтології», де анотації доступні для прямого завантаження, або для перегляду в браузері AmiGO.
В анотації гена містяться наступні дані: назва та ідентифікатор генного продукту; відповідний термін GO; тип даних, на яких заснована анотація (англ. evidence code); посилання на джерело; а також автор і дата створення анотації. Для типу даних, вказуючих на достовірність анотації (evidence code), існує особлива онтологія, яка належить до проєкту ОВО. Вона включає різні методи анотування: як виконані власноруч, так і автоматичні. Наприклад:
- IDA (Inferred from Direct Assay) — експериментальні дані.
- TAS (Traceable Author Statement) — дані з наукової публікації.
- IMP (Inferred from Mutant Phenotype) — дані отримані на основі мутантного фенотипу.
- IGI (Inferred from Genetic Interaction) — на основі .
- IPI (Inferred from Physical Interaction) — на основі фізичної взаємодії.
- RCA (Inferred from Reviewed Computational Analysis) — на основі достовірного вираховуючого аналізу.
- ISS (Inferred from Sequence Similarity) — на основі подібності послідовностей.
- IGC (Inferred from Genomic Context) — на основі геномного контексту.
- IEP (Inferred from Expression Pattern) — на основі характеру експресії.
- NAS (Non-traceable Author Statement) — на основі неопублікованих даних.
- IEA (Inferred from Electronic Annotation) — на основі автоматичного вилучення з інших баз анотацій.
- IC (Inferred by Curator) — дані приписані куратором.
- ND (No biological Data available) — достовірні дані відсутні.
Станом на вересень 2012 року більше 99 % всіх анотацій «Генної онтології» були отримані автоматичним шляхом. Поскільки такі анотації не перевіряються вручну, то Консорціум GO розглядає їх як менш достовірні, і лише частина із них доступна в браузері AmiGO. Повну базу анотацій можна завантажити на сайті «Генної онтології».
AmiGO
AmiGO — це вебдодаток (сервіс GO), який дозволяє користувачам робити запит, находити і візуалізувать терміни GO та анотації генних продуктів. Крім того, додаток містить інструмент (наявний в AmiGO 1, був видалений в AmiGO 2), сервіси, що дозволяють аналізувать великі масиви даних та інтерфейс для пошуку безпосередньо в базі даних GO. AmiGO можна використовувати онлайн на сайті «Генної онтології» для доступу до даних, наданих Консорціумом GO, або можна загрузити і установити для локального використання до будь-якої бази даних, побудованої за принципом GO. AmiGO 2 є відкритим і вільним ПЗ.
Дослідження даних
Візуалізація
Візуалізація надає можливість користувачу будувати граф, характеризуючий генну онтологію для конкретного GO терміна. Існує два формати введення даних :
- Стандартний формат — список id GO термінів (наприклад, GO:1234567), розділених пробілом.
- Розширений формат — опис вузлів в графі в форматі JSON (JavaScript Object Notation). Незалежно від приписаного формату може змінюватися зміст вузла (додавання додаткових анотацій, зміна кольорів, тощо)
Приклад JSON введення:
{"GO:0002244":{"title": "foo", "body": "bar", "fill": "#ccccff", "font": "#0000ff", "border":"red"}, "GO:0005575":{"title":"alone", "body":""}, "GO:0033060":{}}
Кодування співвідношень за допомогою кольору:
Відношення | Колір |
---|---|
is_a | blue |
part_of | lightblue |
develops_from | brown |
regulates | black |
negatively_regulates | red |
positively_regulates | green |
Візуалізація терміна полягає в побудові графа з верху, від вихідного GO терміна, до корінної вершини, яка представлена назвою одного із трьох головних словників: біологічні процеси, молекулярні функції і клітинні компоненти.
Огляд даних
Крім можливості створення графів, які відображають генну онтологію GO терміна, в AmiGO також реалізовано декілька інструментів, які дають користувачам уявлення про дані проєкту GO. Серед них:
- Базова статистика — інформація про дані GO у вигляді різних гістограм (наприклад, розподіл анотацій та їх характеру (експериментальні/не експериментальні) відносно різних видів живих організмів). Реалізовано за допомогою сервіса Plotly.
- Розгорнутий браузер (drill-down browser) — дозволяє досліджувати онтології та анотації, просуваючись ієрархією, починаючи від високого рівня. В даному інструменті можна використовувати різні фільтри.
- Пошукові шаблони — інтерфейс, який складається з боксів для введення даних і виконання для них типових запитів до бази GO.
GOOSE
GOOSE— середовище запитів SQL, реалізоване в онлайн режимі і доступне користувачам сервісу AmiGO, для створення наборів даних. Даний сервіс використовує синтаксис SQL для складання різних запитів в базу GO. Також для зниження навантаження на систему доступні дзеркала EBI (Велика Британія, Кембридж), Berkeley BOP та Berkeley BOP (lite) (обидва знаходяться в городі Берклі, штат Каліфорнія).
Крім безпосереднього написання запитів власноруч можливе використання шаблонів для часткового полегшення цєї задачі. Типовий запит в базу даних показаний нижче (пошук максимальної глибини дерева для кліткової компоненти):
SELECT distance as max from graph_path, term WHERE graph_path.term2_id =term.id and term.term_type = 'cellular_component' ORDER BY distance desc limit 1;
База даних в GO має складну структуру і складається із багатьох таблиць. Основні бази даних :
- termdb — база даних з інформацією про GO терміни та відношення між ними.
- assocdb — база даних з GO лексикою та анотаціями між GO термінами і генними продуктами. Дана БД знаходиться в залежності віт termdb.
- seqdb — база даних, яка містить GO терміни, генні продукти і послідовності, які анотовані з цими генними продуктами. Знаходиться в залежності від termdb і assocdb. Крім того, реалізована БД seqbdlite, в якій відсутні IEA анотації.
Можливі наступні формати експорту даних в результаті запиту:
- .rdf — xml
- .obo — xml
- .owl — OWL
- .tables
- .sql
Аналіз даних
PANTHER
PANTHER (англ. Protein Analysis THrough Evolutionary Relationships) — це велика база даних генів/білкових родин і функціонально подібних на них підродин, які можуть бути використані для класифікації функціонального спектру генних продуктів. PANTHER — це частина проєкту GO, головною ціллю якої є класифікація білків та їх генів.
В PANTHER база даних редагується не тільки персоналом проєкту, але також і за рахунок класифікаційних алгоритмів. Протеїни класифікуються в відповідності з їх приналежності до родин (підродин), молекулярної функції або біологічного процесу.
Головне використання PANTHER полягає у з'ясуванні функцій непояснених генів будь-якого організму, заснованому на їх еволюційних взаємовідносинах з генами, про функції яких є інформація в БД. Використовуючи генні функції, онтологію і статистико-аналітичні методи, PANTHER дозволяє біологам аналізувати великі дані, цілі геноми, отримані за допомогою секвенірування або дослідження експресії генів.
Основні інструменти, доступні на вебсайті PANTHER:
- Аналіз списку генів:
- Функціональний аналіз генів і їх класифікація — включає інформацію про родини і підродини генів, їх молекулярну функцію, біологічні процеси, в які вони залучені, про клітинні компоненти, де їх можна знайти. Ці дані можуть бути представлені як у вигляді списку, так і у вигляді кругової діаграми.
- Статистичні тести (Overrepresentation test і enrichment test) призначені для знаходження загальних біологічних функцій генів, поданих на вхід користувачем.
- Дослідження онтології даних, анотацій між термінами і родинами, підродинами PANTHER.
- Пошук білкових послідовностей в бібліотеках PANTHER
- Аналіз однонуклеотидних поліморфізмів (cSNP) — оцінка ймовірності несинонімічної однонуклеотидної мутації до зміни функціональної діяльності гена.
GO Slimmer
GO Slimmer — інструмент, який дозволяє співставляють детальні анотації набору генів з одним або декількома батьківськими термінами більш високого рівня (GO slim термінами). GO slim термін — це урізана версія GO онтології, яка містить підмножину термінів всього GO без детального опису специфічних низькорівневих термінів.
Використання GO Slimmer дозволяє представляти анотації GO генома, аналізувати результати мікромасивів експресій або колекцій комплементарних ДНК, коли необхідна найповніша класифікація функцій генних продуктів.
Результат роботи цього алгоритму представлений трьома колонками:
- GO Slim термін
- Кількість знайдених генних продуктів в запиті, відповідних заданому slim терміну.
- Розташування терміну в трьох основних частинах GO онтології: біологічний процес (P), клітинний компонент (C) і молекулярна функція (F).
AmiGO версія даного інструменту написана на Perl скрипті map2slim. Куратори проєкту відмічають, що в даний час GO slimmer сервіс загружений, і вхідні дані значних розмірів можуть негативно позначитися на його роботі. Час роботи сервісу для обробки вхідних послідовностей обмежено.
BLAST
BLAST (англ. Basic Local Alignment Search Tool) — родина комп'ютерних програм, які служать для пошуку гомологів білків або нуклеїнових кислот, для яких відома послідовність, за допомогою вирівнювання. Використовуючи BLAST, дослідник може порівняти свою послідовність яка у нього є з послідовностями із бази даних і знайти найбільш подібні з даною, які будуть допустимими гомологами.
Реалізація даного інструмента в AmiGO 1 представлена у вигляді пакета WU-BLAST, розробленого Вашингтонським університетом в Сент-Луїсі (Washington University in St. Louis).
В AmiGO 2 даний інструмент (GO BLAST) був видалений, однак можна скористатися пошуком в AmiGO . Інструмент дозволяє фільтрувати результати пошуку за генним продуктом, базою даних, таксономічною приналежністю, словником GO, OBO анотаціями.
Term Matrix
Term Matrix (матриця термінів) — інструмент AmiGO для вивчення інформації про подібність генної продукції термінів. Результатом його роботи є матриця, елементами якої є кількість генних продуктів, анотованих для конкретної пари GO термінів. Для використання функції необхідно ввести список ідентифікаторів GO, щоб побачити спільні анотації - кількість загальних генних продуктів, анотованих за парами термінів. Є можливіть задавати конкретні види або таксони. Підсвічування теплової карти може бути здійснена у вигляді градації від чорного до білого, або використовуючи стандартну палітру карти.
OBO-Edit
OBO-Edit — це редактор онтологій у відкритому доступі, розроблений і підтриманий Консорціумом GO. Він реалізований на мові Java і використовує підхід, оснований на роботі з графами, для візуалізації і редагування онтологій. OBO-Edit має зручний інтерфейс пошуку і фільтрації, що дозволяє візуалізувати і розділяти підмножини термінів GO. Інтерфейс можна налаштовувати у відповідності до потреб користувача. Також OBO-Edit дозволяє автоматично створювати нові зв'язки на основі існуючих відношень та їх властивостей. Не дивлячись на те, що OBO-Edit був розроблений для біомедичних онтологій, його можна використовувати для перегляду і редагування будь-якої онтології.
PAINT
PAINT (англ. Phylogenetic Annotation and INference Tool) — Java-додаток, який є частиною проєкту анотації геномів (Reference Genome Annotation Project), що базується на принципі «транзитивної анотації». Поняття транзитивної анотації полягає в присвоєнні експериментально установленої функції одного гена другому, у вигляді подібності їх нуклеотидних послідовностей.
За допомогою PAINT користувач може досліджувати експериментальні анотації для генів із окремої родини і використовувати дану інформацію для складання нових анотацій для членів родини генів, які ще не були достатньо вивчені. Інструменти PAINT дозволяють будувати модель, яка пояснювала би наслідування або втрату тієї чи іншої функціональності гена в межах окремих гілок філогенетичних дерев. Нові анотації, отримані за допомогою даної моделі, позначаються як анотації на основі біологічного родича (IBA — Inferred from Biological Ancestry).
Цей додаток безкоштовно доступний для завантаження на Github.
Примітки
- du Plessis L, Skunca N, Dessimoz C (November 2011). The what, where, how and why of gene ontology — a primer for bioinformaticians. Brief Bioinform. 12 (6): 723—35. doi:10.1093/bib/bbr002. PMC 3220872. PMID 21330331.
- The Gene Ontology Consortium (January 2012). The Gene Ontology: enhancements for 2011. Nucleic Acids Res. 40 (Database issue): D559—64. doi:10.1093/nar/gkr1028. PMC 3245151. PMID 22102568.
- The Gene Ontology Consortium (January 2017). Expansion of the Gene Ontology knowledgebase and resources. Nucleic Acids Res. 45 (D1): D331—D338. doi:10.1093/nar/gkw1108.
- The Gene Ontology Consortium (January 2013). Gene Ontology annotations and resources. Nucleic Acids Res. 41 (Database issue): D530—5. doi:10.1093/nar/gks1050. PMC 3531070. PMID 23161678.
- Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W, Goldberg LJ, Eilbeck K, Ireland A, Mungall CJ, Leontis N, Rocca-Serra P, Ruttenberg A, Sansone SA, Scheuermann RH, Shah N, Whetzel PL, Lewis S (November 2007). The OBO Foundry: coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration. Nat. Biotechnol. 25 (11): 1251—5. doi:10.1038/nbt1346. PMC 2814061. PMID 17989687.
- Ashburner M, Ball CA, Blake JA, Botstein D, Butler H, Cherry JM, Davis AP, Dolinski K, Dwight SS, Eppig JT, Harris MA, Hill DP, Issel-Tarver L, Kasarskis A, Lewis S, Matese JC, Richardson JE, Ringwald M, Rubin GM, Sherlock G (May 2000). Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium. Nat. Genet. 25 (1): 25—9. doi:10.1038/75556. PMC 3037419. PMID 10802651.
- . Архів оригіналу за 2 липня 2014. Процитовано 11 листопада 2018.
- Richard N. Smith, Jelena Aleksic, Daniela Butano, Adrian Carr, Sergio Contrino. InterMine: a flexible data warehouse system for the integration and analysis of heterogeneous biological data : ( )[англ.] // Bioinformatics. — 2012-12-01. — Vol. 28, no. 23. — С. 3163–3165. — ISSN 1367-4803. — DOI:10.1093/bioinformatics/bts577.
- Carbon S, Ireland A, Mungall CJ, Shu S, Marshall B, Lewis S; AmiGO Hub; Web Presence Working Group (January 2008). AmiGO: Online access to ontology and annotation data. Bioinformatics. 25 (2): 288—289. doi:10.1093/bioinformatics/btn615. PMC 2639003. PMID 19033274.
- The GO Consortium. . Архів оригіналу (OBO 1.2 flat file) за 6 жовтня 2015. Процитовано 11 листопада 2018.
- The GO Consortium. . Архів оригіналу за 25 червня 2014. Процитовано 11 листопада 2018.
- The GO Consortium. Search annotations.
- . Архів оригіналу за 26 листопада 2009.
- Руководство по работе с AmiGO.
- The GO Consortium. Manual Visualization.
- The GO Consortium. Manual GOOSE.
- Huaiyu Mi, Xiaosong Huang, Anushya Muruganujan, Haiming Tang, Caitlin Mills, Diane Kang, and Paul D. Thomas (28 листопада 2016). PANTHER version 11: expanded annotation data from Gene Ontology and Reactome pathways, and data analysis tool enhancements. Nucleic Acids Research. 45 (Database): D183—D189. doi:10.1093/nar/gkw1138. PMC 5210595.
{{}}
: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом () - The GO Consortium. Manual PANTHER (PDF).
- The GO Consortium. Manual GO Slimmer.
- The GO Consortium. Manual GO BLAST.
- Gene Ontology Consortium. AmiGO 2: Matrix (англ.). amigo2.berkeleybop.org. Процитовано 4 квітня 2018.
{{}}
: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url () - Day-Richter J, Harris MA, Haendel M, Gene Ontology OBO-Edit Working Group, Lewis S (August 2007). OBO-Edit – an ontology editor for biologists. Bioinformatics. 23 (16): 2198—2200. doi:10.1093/bioinformatics/btm112. PMID 17545183.
- The GO Consortium. Manual PAINT.
Посилання
- The Gene Ontology — офіційний сайт проєкту.(англ.)
- AmiGO — браузер «Онтології гена».(англ.)
- PAINT — безкоштовний додаток на Github.(англ.)
- Term Matrix — інструмент AmiGO.(англ.)
- — інструмент AmiGO.(англ.)
- — інструмент AmiGO.(англ.)
- map2slim — скрипт GO slimmer.(англ.)
- — схема бази даних GO.(англ.)
- Plotly — сервіс інфорграфіки.(англ.)
- Visualization — інструмент AmiGO.(англ.)
- — повна база даних анотацій.(англ.)
Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет
U Vikipediyi ye statti pro inshi znachennya cogo termina Ontologiya Ontologiya gena angl Gene Ontology ili GO bioinformatichnij proyekt prisvyachenij stvorennyu unifikovanoyi terminologiyi dlya anotaciyi geniv i gennih produktiv vsih biologichnih vidiv Metoyu proyektu ye pidtrimannya i popovnennya pevnogo spisku atributiv geniv ta yih produktiv stvorennya onotacij geniv i produktiv rozrobka instrumentiv dlya roboti z bazoyu danih proyektu a takozh dlya analizu novih eksperimentalnih danih zokrema en Varto vidznachiti sho v proyekti GO bulo stvoreno movu rozmitki dlya klasifikaciyi danih informaciyi pro geni ta yih produkti tobto RNK i bilki a takozh yihni funkciyi yaka dozvolyaye shvidko znahoditi sistematizovanu informaciyi pro produkti geniv Ontologiya gena ye chastinoyu bilsh masshtabnogo proyektu z klasifikaciyi en Istoriya i potochnij stanOntologiya v informatici vikoristovuyetsya dlya formalizaciyi pevnih galuzej znan za dopomogoyu sistemi danih pro ob yekti realnogo svitu ta zv yazok mizh nimi t z baza znan V biologiyi ta sumizhnih disciplinah vinikla problema vidsutnosti universalnogo standartu terminologiyi Termini yaki mayut podibni ponyattya ale vikoristovuyutsya dlya riznih biologichnih vidiv riznih galuzej doslidzhen abo navit vseredini riznih grup uchenih mozhut mati principovo rizne znachennya sho uskladnyuye obmin danimi V zv yazku z cim zavdannyam proyektu Genna ontologiya stalo stvorennya ontologiyi terminiv vidobrazhayuchih vlastivosti geniv ta yih produktiv i zastosovanim do bud yakogo organizmu Ontologiya gena bula stvorena v 1998 roci konsorciumom uchenih yaki vivchali genomi troh modelnih organizmiv Drosophila melanogaster plodova mushka Mus musculus misha i Saccharomyces cerevisiae pekarni drizhdzhi Zgodom bagato baz danih dlya inshih modelnih organizmiv priyednalisya do Konsorciumu GO tim samim spriyayuchi ne tilki rozshirennyu bazi anotacij ale j stvorennyu servisiv dlya pereglyadu i zastosuvannya danih Konsorcium GO GOC ce bezlich biologichnih baz danih i doslidnickih grup yaki aktivno berut uchast v proyekti Ontologiya gena Do nogo vidnosyatsya dekilka baz danih dlya riznih modelnih organizmiv zagalni bilkovi bazi danih grupi rozrobnikiv programnogo zabezpechennya i redaktori Ontologiyi gena Stanom na veresen 2011 roku proyekt mistiv ponad 33 tis terminiv i blizko 12 mln anotacij gennih produktiv zastosovanih do bilsh nizh 360 tis zhivih organizmiv Po zakinchennyu 2016 roku kilkist terminiv perevishuvalo 44 tis ekzemplyariv v toj chas yak kilkist organizmiv anotovanih v danij bazi perevishilo poznachku v 460 tis osobin Protyagom dekilkoh ostannih rokiv Konsorcium GO vprovadiv ryad zmin ontologiyi dlya zbilshennya kilkosti yakosti ta specifichnosti anotacij GO Do 2013 roku godu kilkist anotacij perevishila 96 mln Yakist anotacij bulo pokrasheno za dopomogoyu avtomatizovanoyi perevirki yakosti Takozh pokrashilasya anotaciya danih nayavnih v bazi GO buli dodani novi termini V 2007 roci buv stvorenij novij servis InterMine metoyu yakogo ye integraciya genomnih danih iz velikoyi kilkosti rozriznenih dzherel i polegshennya obchislyuvalnih zadach takih yak poshuk konkretnih genomnih oblastej i zdijsnennya statistichnih testiv V ostanni roki vedetsya rozrobka servisu LEGO Linked Expressions using the Gene Ontology yakij dozvolit doslidzhuvati vzayemodiyu riznih anotacij v bazi GO ob yednuyuchi yih v bilsh zagalni modeli geniv ta yih funkcij Struktura i terminiPotribno rozumiti sho Ontologiya gena opisuye kompleksni biologichni fenomeni a ne konkretni biologichni ob yekti Yiyi baza danih vklyuchaye tri nezalezhnih slovnika Molekulyarni funkciyi angl molecular function klasifikaciya za specifichnoyu funkciyeyu produktiv gena bilka abo RNK na molekulyarnomu rivni napriklad zv yazuvannya vuglevodiv chi ATFazna aktivnist Biologicheni procesi angl biological process klasifikaciya za kompleksnimi procesami zazvichaj neobhidnih dlya zhittyediyalnosti organizmiv i yaki vidbuvayutsya zavdyaki zdijsnennyu poslidovnosti molekulyarnih reakcij napriklad mitoz chi biosintez puriniv Klitinni komponenti angl cellular component klasifikaciya za chastinami klitini chi pozaklitinnogo prostoru de vidbuvayetsya funcionuvannya produktiv genu napriklad yadro abo ribosoma Kozhnij termin v Ontologiyi gena maye ryad atributiv unikalnij cifrovij identifikator nazvu slovnik do yakogo termin nalezhit i viznachennya Termini mozhut mati sinonimi yaki podilyayutsya na tochno vidpovidni znachennyu termina bilsh shiroki bilsh vuzki i ti yaki mayut deyake vidnoshennya do termina Takozh mozhut mistitisya taki atributi yak posilannya na dzherela na inshi bazi danih i komentari iz znachennya ta vikoristannya termina Ontologiya pobudovana za principom spryamovanogo aciklichnogo grafu kozhnij termin zv yazanij z odnim abo dekilkoma inshimi terminami cherez riznogo tipu vidnoshennya Vidilyayut nastupni tipi vidnoshen A is a B A ye privatnim vipadkom B A part of B A ye chastinoyu B B has part A B vklyuchaye A A regulates B A regulyuye V A positively regulates B A pozitivno regulyuye V A negatively regulates B A negativno regulyuye V A occurs in B A zustrichayetsya pri V Priklad odnogo iz terminiv proyektu GO id GO 0043417 name negative regulation of skeletal muscle tissue regeneration namespace biological process def Any process that stops prevents or reduces the frequency rate or extent of skeletal muscle regeneration GOC jl synonym down regulation of skeletal muscle regeneration EXACT synonym down regulation of skeletal muscle regeneration EXACT synonym downregulation of skeletal muscle regeneration EXACT synonym inhibition of skeletal muscle regeneration NARROW is a GO 0043416 regulation of skeletal muscle tissue regeneration is a GO 0048640 negative regulation of developmental growth relationship negatively regulates GO 0043403 skeletal muscle tissue regeneration V bazu danih Ontologiya gena postijno vnosyatsya zmini i dopovnennya yak kuratorami proyektu GO tak i inshimi doslidnikami Zaproponovani pravki koristuvachiv prohodyat provirku redaktorami proyektu i zastosovuyutsya lishe u vipadku shvalennya cih zmin Fajl yakij mistit vsyu bazu danih mozhna otrimati v riznih formatah na oficijnomu sajti Ontologiyi gena termini takozh dostupni onlajn za dopomogoyu brauzera Gennoyi ontologiyi AmiGO Krim togo z jogo dopomogoyu mozhlivo otrimati masiv danih gennih produktiv yaki vidnosyatsya do togo abo inshogo termina Takozh na sajti mozhna skachati karti vidpovidnosti terminiv GO inshim sistemam klasifikaciyi AnotaciyiAnotuvannya genomiv nacileno na otrimannya informaciyi pro vlastivosti genih produktiv V anotaciyah GO dlya cogo vikoristovuyutsya termini Gennoyi ontologiyi Chleni Konsorciumu GO vikladayut svoyi anotaciyi na sajti Genoyi ontologiyi de anotaciyi dostupni dlya pryamogo zavantazhennya abo dlya pereglyadu v brauzeri AmiGO V anotaciyi gena mistyatsya nastupni dani nazva ta identifikator gennogo produktu vidpovidnij termin GO tip danih na yakih zasnovana anotaciya angl evidence code posilannya na dzherelo a takozh avtor i data stvorennya anotaciyi Dlya tipu danih vkazuyuchih na dostovirnist anotaciyi evidence code isnuye osobliva ontologiya yaka nalezhit do proyektu OVO Vona vklyuchaye rizni metodi anotuvannya yak vikonani vlasnoruch tak i avtomatichni Napriklad IDA Inferred from Direct Assay eksperimentalni dani TAS Traceable Author Statement dani z naukovoyi publikaciyi IMP Inferred from Mutant Phenotype dani otrimani na osnovi mutantnogo fenotipu IGI Inferred from Genetic Interaction na osnovi IPI Inferred from Physical Interaction na osnovi fizichnoyi vzayemodiyi RCA Inferred from Reviewed Computational Analysis na osnovi dostovirnogo virahovuyuchogo analizu ISS Inferred from Sequence Similarity na osnovi podibnosti poslidovnostej IGC Inferred from Genomic Context na osnovi genomnogo kontekstu IEP Inferred from Expression Pattern na osnovi harakteru ekspresiyi NAS Non traceable Author Statement na osnovi neopublikovanih danih IEA Inferred from Electronic Annotation na osnovi avtomatichnogo viluchennya z inshih baz anotacij IC Inferred by Curator dani pripisani kuratorom ND No biological Data available dostovirni dani vidsutni Stanom na veresen 2012 roku bilshe 99 vsih anotacij Gennoyi ontologiyi buli otrimani avtomatichnim shlyahom Poskilki taki anotaciyi ne pereviryayutsya vruchnu to Konsorcium GO rozglyadaye yih yak mensh dostovirni i lishe chastina iz nih dostupna v brauzeri AmiGO Povnu bazu anotacij mozhna zavantazhiti na sajti Gennoyi ontologiyi AmiGOAmiGO ce vebdodatok servis GO yakij dozvolyaye koristuvacham robiti zapit nahoditi i vizualizuvat termini GO ta anotaciyi gennih produktiv Krim togo dodatok mistit instrument nayavnij v AmiGO 1 buv vidalenij v AmiGO 2 servisi sho dozvolyayut analizuvat veliki masivi danih ta interfejs dlya poshuku bezposeredno v bazi danih GO AmiGO mozhna vikoristovuvati onlajn na sajti Gennoyi ontologiyi dlya dostupu do danih nadanih Konsorciumom GO abo mozhna zagruziti i ustanoviti dlya lokalnogo vikoristannya do bud yakoyi bazi danih pobudovanoyi za principom GO AmiGO 2 ye vidkritim i vilnim PZ Doslidzhennya danih Vizualizaciya Vizualizaciya nadaye mozhlivist koristuvachu buduvati graf harakterizuyuchij gennu ontologiyu dlya konkretnogo GO termina Isnuye dva formati vvedennya danih Standartnij format spisok id GO terminiv napriklad GO 1234567 rozdilenih probilom Rozshirenij format opis vuzliv v grafi v formati JSON JavaScript Object Notation Nezalezhno vid pripisanogo formatu mozhe zminyuvatisya zmist vuzla dodavannya dodatkovih anotacij zmina koloriv tosho Priklad JSON vvedennya GO 0002244 title foo body bar fill ccccff font 0000ff border red GO 0005575 title alone body GO 0033060 Vizualizaciya GO termina Koduvannya spivvidnoshen za dopomogoyu koloru Vidnoshennya Kolir is a blue part of lightblue develops from brown regulates black negatively regulates red positively regulates green Vizualizaciya termina polyagaye v pobudovi grafa z verhu vid vihidnogo GO termina do korinnoyi vershini yaka predstavlena nazvoyu odnogo iz troh golovnih slovnikiv biologichni procesi molekulyarni funkciyi i klitinni komponenti Oglyad danih Krim mozhlivosti stvorennya grafiv yaki vidobrazhayut gennu ontologiyu GO termina v AmiGO takozh realizovano dekilka instrumentiv yaki dayut koristuvacham uyavlennya pro dani proyektu GO Sered nih Bazova statistika informaciya pro dani GO u viglyadi riznih gistogram napriklad rozpodil anotacij ta yih harakteru eksperimentalni ne eksperimentalni vidnosno riznih vidiv zhivih organizmiv Realizovano za dopomogoyu servisa Plotly Rozgornutij brauzer drill down browser dozvolyaye doslidzhuvati ontologiyi ta anotaciyi prosuvayuchis iyerarhiyeyu pochinayuchi vid visokogo rivnya V danomu instrumenti mozhna vikoristovuvati rizni filtri Poshukovi shabloni interfejs yakij skladayetsya z boksiv dlya vvedennya danih i vikonannya dlya nih tipovih zapitiv do bazi GO GOOSE GOOSE seredovishe zapitiv SQL realizovane v onlajn rezhimi i dostupne koristuvacham servisu AmiGO dlya stvorennya naboriv danih Danij servis vikoristovuye sintaksis SQL dlya skladannya riznih zapitiv v bazu GO Takozh dlya znizhennya navantazhennya na sistemu dostupni dzerkala EBI Velika Britaniya Kembridzh Berkeley BOP ta Berkeley BOP lite obidva znahodyatsya v gorodi Berkli shtat Kaliforniya Krim bezposerednogo napisannya zapitiv vlasnoruch mozhlive vikoristannya shabloniv dlya chastkovogo polegshennya cyeyi zadachi Tipovij zapit v bazu danih pokazanij nizhche poshuk maksimalnoyi glibini dereva dlya klitkovoyi komponenti SELECT distance as max from graph path term WHERE graph path term2 id term id and term term type cellular component ORDER BY distance desc limit 1 Baza danih v GO maye skladnu strukturu i skladayetsya iz bagatoh tablic Osnovni bazi danih termdb baza danih z informaciyeyu pro GO termini ta vidnoshennya mizh nimi assocdb baza danih z GO leksikoyu ta anotaciyami mizh GO terminami i gennimi produktami Dana BD znahoditsya v zalezhnosti vit termdb seqdb baza danih yaka mistit GO termini genni produkti i poslidovnosti yaki anotovani z cimi gennimi produktami Znahoditsya v zalezhnosti vid termdb i assocdb Krim togo realizovana BD seqbdlite v yakij vidsutni IEA anotaciyi Mozhlivi nastupni formati eksportu danih v rezultati zapitu rdf xml obo xml owl OWL tables sql Analiz danih PANTHER PANTHER angl Protein Analysis THrough Evolutionary Relationships ce velika baza danih geniv bilkovih rodin i funkcionalno podibnih na nih pidrodin yaki mozhut buti vikoristani dlya klasifikaciyi funkcionalnogo spektru gennih produktiv PANTHER ce chastina proyektu GO golovnoyu cillyu yakoyi ye klasifikaciya bilkiv ta yih geniv V PANTHER baza danih redaguyetsya ne tilki personalom proyektu ale takozh i za rahunok klasifikacijnih algoritmiv Proteyini klasifikuyutsya v vidpovidnosti z yih prinalezhnosti do rodin pidrodin molekulyarnoyi funkciyi abo biologichnogo procesu Golovne vikoristannya PANTHER polyagaye u z yasuvanni funkcij nepoyasnenih geniv bud yakogo organizmu zasnovanomu na yih evolyucijnih vzayemovidnosinah z genami pro funkciyi yakih ye informaciya v BD Vikoristovuyuchi genni funkciyi ontologiyu i statistiko analitichni metodi PANTHER dozvolyaye biologam analizuvati veliki dani cili genomi otrimani za dopomogoyu sekveniruvannya abo doslidzhennya ekspresiyi geniv Osnovni instrumenti dostupni na vebsajti PANTHER Analiz spisku geniv Funkcionalnij analiz geniv i yih klasifikaciya vklyuchaye informaciyu pro rodini i pidrodini geniv yih molekulyarnu funkciyu biologichni procesi v yaki voni zalucheni pro klitinni komponenti de yih mozhna znajti Ci dani mozhut buti predstavleni yak u viglyadi spisku tak i u viglyadi krugovoyi diagrami Statistichni testi Overrepresentation test i enrichment test priznacheni dlya znahodzhennya zagalnih biologichnih funkcij geniv podanih na vhid koristuvachem Doslidzhennya ontologiyi danih anotacij mizh terminami i rodinami pidrodinami PANTHER Poshuk bilkovih poslidovnostej v bibliotekah PANTHER Analiz odnonukleotidnih polimorfizmiv cSNP ocinka jmovirnosti nesinonimichnoyi odnonukleotidnoyi mutaciyi do zmini funkcionalnoyi diyalnosti gena GO Slimmer GO Slimmer instrument yakij dozvolyaye spivstavlyayut detalni anotaciyi naboru geniv z odnim abo dekilkoma batkivskimi terminami bilsh visokogo rivnya GO slim terminami GO slim termin ce urizana versiya GO ontologiyi yaka mistit pidmnozhinu terminiv vsogo GO bez detalnogo opisu specifichnih nizkorivnevih terminiv Vikoristannya GO Slimmer dozvolyaye predstavlyati anotaciyi GO genoma analizuvati rezultati mikromasiviv ekspresij abo kolekcij komplementarnih DNK koli neobhidna najpovnisha klasifikaciya funkcij gennih produktiv Rezultat roboti cogo algoritmu predstavlenij troma kolonkami GO Slim termin Kilkist znajdenih gennih produktiv v zapiti vidpovidnih zadanomu slim terminu Roztashuvannya terminu v troh osnovnih chastinah GO ontologiyi biologichnij proces P klitinnij komponent C i molekulyarna funkciya F AmiGO versiya danogo instrumentu napisana na Perl skripti map2slim Kuratori proyektu vidmichayut sho v danij chas GO slimmer servis zagruzhenij i vhidni dani znachnih rozmiriv mozhut negativno poznachitisya na jogo roboti Chas roboti servisu dlya obrobki vhidnih poslidovnostej obmezheno BLAST BLAST angl Basic Local Alignment Search Tool rodina komp yuternih program yaki sluzhat dlya poshuku gomologiv bilkiv abo nukleyinovih kislot dlya yakih vidoma poslidovnist za dopomogoyu virivnyuvannya Vikoristovuyuchi BLAST doslidnik mozhe porivnyati svoyu poslidovnist yaka u nogo ye z poslidovnostyami iz bazi danih i znajti najbilsh podibni z danoyu yaki budut dopustimimi gomologami Realizaciya danogo instrumenta v AmiGO 1 predstavlena u viglyadi paketa WU BLAST rozroblenogo Vashingtonskim universitetom v Sent Luyisi Washington University in St Louis V AmiGO 2 danij instrument GO BLAST buv vidalenij odnak mozhna skoristatisya poshukom v AmiGO Instrument dozvolyaye filtruvati rezultati poshuku za gennim produktom bazoyu danih taksonomichnoyu prinalezhnistyu slovnikom GO OBO anotaciyami Term Matrix Term Matrix matricya terminiv instrument AmiGO dlya vivchennya informaciyi pro podibnist gennoyi produkciyi terminiv Rezultatom jogo roboti ye matricya elementami yakoyi ye kilkist gennih produktiv anotovanih dlya konkretnoyi pari GO terminiv Dlya vikoristannya funkciyi neobhidno vvesti spisok identifikatoriv GO shob pobachiti spilni anotaciyi kilkist zagalnih gennih produktiv anotovanih za parami terminiv Ye mozhlivit zadavati konkretni vidi abo taksoni Pidsvichuvannya teplovoyi karti mozhe buti zdijsnena u viglyadi gradaciyi vid chornogo do bilogo abo vikoristovuyuchi standartnu palitru karti OBO EditOBO Edit ce redaktor ontologij u vidkritomu dostupi rozroblenij i pidtrimanij Konsorciumom GO Vin realizovanij na movi Java i vikoristovuye pidhid osnovanij na roboti z grafami dlya vizualizaciyi i redaguvannya ontologij OBO Edit maye zruchnij interfejs poshuku i filtraciyi sho dozvolyaye vizualizuvati i rozdilyati pidmnozhini terminiv GO Interfejs mozhna nalashtovuvati u vidpovidnosti do potreb koristuvacha Takozh OBO Edit dozvolyaye avtomatichno stvoryuvati novi zv yazki na osnovi isnuyuchih vidnoshen ta yih vlastivostej Ne divlyachis na te sho OBO Edit buv rozroblenij dlya biomedichnih ontologij jogo mozhna vikoristovuvati dlya pereglyadu i redaguvannya bud yakoyi ontologiyi PAINTPAINT angl Phylogenetic Annotation and INference Tool Java dodatok yakij ye chastinoyu proyektu anotaciyi genomiv Reference Genome Annotation Project sho bazuyetsya na principi tranzitivnoyi anotaciyi Ponyattya tranzitivnoyi anotaciyi polyagaye v prisvoyenni eksperimentalno ustanovlenoyi funkciyi odnogo gena drugomu u viglyadi podibnosti yih nukleotidnih poslidovnostej Za dopomogoyu PAINT koristuvach mozhe doslidzhuvati eksperimentalni anotaciyi dlya geniv iz okremoyi rodini i vikoristovuvati danu informaciyu dlya skladannya novih anotacij dlya chleniv rodini geniv yaki she ne buli dostatno vivcheni Instrumenti PAINT dozvolyayut buduvati model yaka poyasnyuvala bi nasliduvannya abo vtratu tiyeyi chi inshoyi funkcionalnosti gena v mezhah okremih gilok filogenetichnih derev Novi anotaciyi otrimani za dopomogoyu danoyi modeli poznachayutsya yak anotaciyi na osnovi biologichnogo rodicha IBA Inferred from Biological Ancestry Cej dodatok bezkoshtovno dostupnij dlya zavantazhennya na Github Primitkidu Plessis L Skunca N Dessimoz C November 2011 The what where how and why of gene ontology a primer for bioinformaticians Brief Bioinform 12 6 723 35 doi 10 1093 bib bbr002 PMC 3220872 PMID 21330331 The Gene Ontology Consortium January 2012 The Gene Ontology enhancements for 2011 Nucleic Acids Res 40 Database issue D559 64 doi 10 1093 nar gkr1028 PMC 3245151 PMID 22102568 The Gene Ontology Consortium January 2017 Expansion of the Gene Ontology knowledgebase and resources Nucleic Acids Res 45 D1 D331 D338 doi 10 1093 nar gkw1108 The Gene Ontology Consortium January 2013 Gene Ontology annotations and resources Nucleic Acids Res 41 Database issue D530 5 doi 10 1093 nar gks1050 PMC 3531070 PMID 23161678 Smith B Ashburner M Rosse C Bard J Bug W Ceusters W Goldberg LJ Eilbeck K Ireland A Mungall CJ Leontis N Rocca Serra P Ruttenberg A Sansone SA Scheuermann RH Shah N Whetzel PL Lewis S November 2007 The OBO Foundry coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration Nat Biotechnol 25 11 1251 5 doi 10 1038 nbt1346 PMC 2814061 PMID 17989687 Ashburner M Ball CA Blake JA Botstein D Butler H Cherry JM Davis AP Dolinski K Dwight SS Eppig JT Harris MA Hill DP Issel Tarver L Kasarskis A Lewis S Matese JC Richardson JE Ringwald M Rubin GM Sherlock G May 2000 Gene ontology tool for the unification of biology The Gene Ontology Consortium Nat Genet 25 1 25 9 doi 10 1038 75556 PMC 3037419 PMID 10802651 Arhiv originalu za 2 lipnya 2014 Procitovano 11 listopada 2018 Richard N Smith Jelena Aleksic Daniela Butano Adrian Carr Sergio Contrino InterMine a flexible data warehouse system for the integration and analysis of heterogeneous biological data angl Bioinformatics 2012 12 01 Vol 28 no 23 S 3163 3165 ISSN 1367 4803 DOI 10 1093 bioinformatics bts577 Carbon S Ireland A Mungall CJ Shu S Marshall B Lewis S AmiGO Hub Web Presence Working Group January 2008 AmiGO Online access to ontology and annotation data Bioinformatics 25 2 288 289 doi 10 1093 bioinformatics btn615 PMC 2639003 PMID 19033274 The GO Consortium Arhiv originalu OBO 1 2 flat file za 6 zhovtnya 2015 Procitovano 11 listopada 2018 The GO Consortium Arhiv originalu za 25 chervnya 2014 Procitovano 11 listopada 2018 The GO Consortium Search annotations Arhiv originalu za 26 listopada 2009 Rukovodstvo po rabote s AmiGO The GO Consortium Manual Visualization The GO Consortium Manual GOOSE Huaiyu Mi Xiaosong Huang Anushya Muruganujan Haiming Tang Caitlin Mills Diane Kang and Paul D Thomas 28 listopada 2016 PANTHER version 11 expanded annotation data from Gene Ontology and Reactome pathways and data analysis tool enhancements Nucleic Acids Research 45 Database D183 D189 doi 10 1093 nar gkw1138 PMC 5210595 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki z PMC z inshim formatom posilannya The GO Consortium Manual PANTHER PDF The GO Consortium Manual GO Slimmer The GO Consortium Manual GO BLAST Gene Ontology Consortium AmiGO 2 Matrix angl amigo2 berkeleybop org Procitovano 4 kvitnya 2018 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite web title Shablon Cite web cite web a Obslugovuvannya CS1 Storinki z parametrom url status ale bez parametra archive url posilannya Day Richter J Harris MA Haendel M Gene Ontology OBO Edit Working Group Lewis S August 2007 OBO Edit an ontology editor for biologists Bioinformatics 23 16 2198 2200 doi 10 1093 bioinformatics btm112 PMID 17545183 The GO Consortium Manual PAINT PosilannyaThe Gene Ontology oficijnij sajt proyektu angl AmiGO brauzer Ontologiyi gena angl PAINT bezkoshtovnij dodatok na Github angl Term Matrix instrument AmiGO angl instrument AmiGO angl instrument AmiGO angl map2slim skript GO slimmer angl shema bazi danih GO angl Plotly servis inforgrafiki angl Visualization instrument AmiGO angl povna baza danih anotacij angl