Azərbaycanca
Беларускі
Dansk
Deutsch
Española
Français
Indonesia
Italiana
日本語
Қазақ
Lietuvos
Nederlands
Português
Русский
සිංහල
แบบไทย
Türkçe
Українська
中國人
United State
Afrikaans
Folding@Home — проєкт розподілених обчислень, що проводиться під егідою Стенфордського університету. Суть проєкту полягає в моделюванні процесу згортання білків з метою виявлення потенційних помилок у природній конформації. Помилки конформації спричиняють ряд клінічних синдромів, серед яких: хвороба Альцгеймера, хвороба Паркінсона, діабет типу II, хвороба скрепі, Хвороба Кройцфельда—Якоба, коров'ячий сказ, склероз і деякі типи раку. Розуміння механізмів виникнення дефектів на молекулярному рівні допоможе з'ясувати точну картину виникнення даних захворювань і дозволить розробити методи протидії їм.
 | |
 | |
| Тип | Програмне забезпечення моделювання[1] ґрід-обчислення розподілені обчислення і d |
|---|---|
| Автор | Vijay Pande |
| Розробники | Pande laboratory, Sony, Nvidia, ATI, Cauldron Development |
| Перший випуск | 1 листопада 2000 |
| Стабільний випуск | 7.3.6 (18 лютого 2013) |
| Платформа | Багатоплатформність |
| Операційна система | Microsoft Windows, Mac OS X, Linux |
| Ліцензія | пропрієтарна ліцензія[d][2] |
| Вебсайт | foldingathome.org |
| |
Загальна інформація
Подібно до інших відомих проєктів (SETI@Home, distributed.net, Find-a-Drug, World Community Grid), в Folding@Home беруть участь сотні тисяч власників персональних комп'ютерів, на яких виконуються невеличкі порції-завдання. Обчислення проводяться в фоновому режимі з мінімальним пріоритетом, тому не заважають нормальній роботі з комп'ютером. Інтернет потрібен лише для отримання завдань і відправки результатів в автоматичному режимі без участі користувача. Типові завдання мають розмір порядку 100 КБ, а результати — до 1 МБ на один білок, при тому, що на обрахування одного білка в Folding@Home йде від 2 до 10 робочих днів. Вимоги до ПК — Duron/Celeron або вище, 10-20 МБ пам'яті для роботи.
Ведеться статистика для кожного учасника. Учасники можуть об'єднуватися в команди за країнами, містами чи спільними уподобаннями.
Розподілені обчислення
Сучасні суперкомп'ютери складаються з сотень або тисяч процесорів, іноді ця кількість сягає 10000 процесорів (які окремо взяті часто повільніші від сучасних десктопних процесорів), поєднаних швидкісними з'єднаннями. Саме ці з'єднання роблять суперкомп'ютер єдиним комп'ютером, а не кластером з окремих комп'ютерів, і є чи не найдорожчими його компонентами.
Специфіка обчислювальних алгоритмів, які використовуються Folding@Home в тому, що швидкісні з'єднання між процесорами не потрібні, а потрібна максимізація швидкості кожного процесора. Тому навіть якби в розпорядженні проєкту був суперкомп'ютер з 1000 процесорів, то він би видавав результати не швидше, ніж 1000 окремих комп'ютерів з такими ж процесорами.
Але для отримання вагомих результатів в Folding@Home потрібні не тисячі процесорів, а сотні тисяч. Тому розрахунки, які проводять учасники проєкту, неможливі будь-якими іншими засобами на даному етапі розвитку обчислювальної техніки, і ще довго не будуть можливі.
Станом на 01.03.2010 активними є 438183 процесорів. Це робить кластер, який формують учасники проєкту, одним з найбільших у світі, здатним виконувати приблизно 3996 ТераФлопс.
Вимоги до комп'ютера для участі в Folding@Home
Будь-який персональний комп'ютер підходить для участі в проєкті, але якщо він випущений більш, ніж 3-4 роки тому і його процесор має частоту менше 1 ГГц, то є імовірність, що він не встигатиме повертати завдання до встановленого крайнього терміну. В такому випадку можна налаштувати клієнтську програму приймати лише завдання, які не мають визначеного кінцевого терміну.
Таким чином, підходить будь-який процесор Pentium, Athlon, Duron, Sempron, Celeron, Power PC або новіші. Клієнтські програми існують для Windows, Linux, Mac OS. Також можуть брати участь комп'ютери з FreeBSD або OpenBSD.
При роботі програма використовує типово 10-20 МБ пам'яті, в залежності від розміру білкової молекули і складності розрахунків. Є завдання, які потребують значно більше пам'яті, але їх отримують лише ті учасники, які спеціально цього захотіли.
При роботі клієнтської програми використовуються 100 % ресурсів процесора, але оскільки пріоритет даного процесу є найнижчим можливим, то на нормальній роботі з комп'ютером це не позначається, і ніякого уповільнення реакції на натиснення клавіш чи чогось подібного не спостерігається. Проте можна і зменшити навантаження на процесор до іншого відсотку (задається в конфігурації), якщо, наприклад, процесор перегрівається або працює нестабільно з таким навантаженням.
Взагалі, машини, які працюють нестабільно при повному завантаженні процесора (причинами можуть бути надмірний розгін або неякісні компоненти, передусім пам'ять) краще до проєкту не підключати, поки не будуть виправлені всі несправності і не буде доведена здатність роботи при повному навантаженні.
Ще однією обов'язковою умовою участі в проєкті є використання комп'ютерів, які належать особисто Вам, або Ви маєте згоду власника на запуск програм Folding@Home на них. Це оговорено в ліцензійній угоді на програми Folding@Home. А так ці програми є безкоштовними, більше того, компоненти, які виконують безпосередні розрахунки, базуються на відкритому коді.
Інформація про поточні проєкти
Англійська версія — http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/allprojects [ 28 серпня 2013 у Wayback Machine.] . На 22 квітня 2020 року останній номер проєкту дорівнював 16804.
Проєкт 100
Проєкт 100 аналізує згортання headpiece Віллін. The villin headpiece — це частина білка Віллін, яка сформована з трьох спіралей, які згруповані разом. Віллін — це білок, який допомагає підтримувати сітку волокон (зроблених з білка Актин), що служать, як щось подібне до скелета клітини. Зображення:
Проєкт 101
| [2][недоступне посилання з червня 2019] | 1HRW: [3] |
![[2]](http://vsp27.stanford.edu/1HRW.jpg){kind=link}
| [4][недоступне посилання з червня 2019] | 1HRX: [5] |
![[4]](http://vsp27.stanford.edu/1HRX.jpg){kind=link}
| [6][недоступне посилання з червня 2019] | 1HSO: [7] |
![[6]](http://vsp27.stanford.edu/1HS0.jpg){kind=link}
Цей проєкт створений для перевірки методів симуляцій на трьох подібних системах. Так як вони малі і тому піддатливі для розрахунків, ці штучно створені поліпептиди мають бути стабільнішими у їхній природній формі, ніж інші малі бета-«петлі».
Для подальшої інформації дивіться: Trptophan zippers: Stable, monomeric Beta-hairpins
Andrea G. Cochran, Nicholas J. Skelton, and Melissa A. Starovasnik
[Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol. 98, Issue 10, 5578-5583, May 8, 2001:http://www.pnas.org/cgi/content/full/98/10/5578 [ 4 квітня 2005 у Wayback Machine.]]
Проєкт 103
Проєкт 103 розглядає згортання Engrailed Homeodomain, великої зразкової системи для порозуміння згортання і misfolding. Докладніша інформація і малюнки будуть незабаром.
Проєкт 105
Проєкт 105 також аналізує згортання villin headpiece. The villin headpiece — це частина білка Віллін, яка сформована з трьох спіралей, які згруповані разом. Віллін — це білок, який допомагає підтримувати сітку волокон (зроблених з білка Актин), що служать, як щось подібне до скелета клітини. Зображення:
Оскільки це доволі велике WU, крайній термін для повернення завдання 6 днів.
Проєкт 106
Проєкт 106 аналізує розгортання villin headpiece (проєкт 105 працює над згортанням). The villin headpiece — це частина білка Віллін, яка сформована з трьох спіралей, які згруповані разом. Віллін — це білок, який допомагає підтримувати сітку волокон (зроблених з білка Актин), що служать, як щось подібне до скелета клітини. Зображення:
Оскільки це доволі велике WU, крайній термін для повернення завдання 6 днів.
Проєкт 107
Проєкт 107 є важливим контролем проєкту «Віллін» (див. вище проєкти 105 і 106). Тут симулюються змішані послідовності амінокислот Вілліна, тобто присутні всі амінокислоти, які є у Віллні, але вони розташовані у хибному порядку. Таким чином перевіряється, наскільки результати з реальною структурою Вілліна є результатом явного збігу, і скільки вони пов'язані з самою молекулою Вілліна, і наскільки — з послідовностями амінокислот. Контроль, подібний до цього дуже важливий в науці і є джерелом важливої інформації. Зображення:
Оскільки це доволі велике WU, крайній термін для повернення завдання 6 днів.
Проєкт 110
Почалися деякі симуляції білка Alzheimer Amyloid бета(28-42). Вважається, що саме цей білок є відповідальний за токсичність Альцгеймерів. Досліджується його згортання у співпраці з експериментальною роботою, запропонованою співробітниками. Обчислення відіграють особливо важливу роль, так уможливлюють симулювання аспектів, які не можуть бути перевірені експериментально (через різнорідність зразків). Цей проєкт був перевіркою методів. Буде проведено трохи більше випробувань, щоб переконатися, що немає жодних проблем, and then jump in with some major Folding@Home power …
Проєкт 111
Проєкти 111, 112, 113 і 114 аналізують згортання білка Стафіллокок А, білка з трьома пов'язаними спіралями. Білок А зазвичай прикріплений до бактеріальної мембрани, і є важливою мішенню для антитіл. Тут досліджується згортання білка А і декількох його варіантів. Ці білки є найбільшими молекулами, які коли-небудь симулювалися в рамках F@H, хоча експерименти свідчать, що вони згортаються надзвичайно швидко. Крайній термін для повернення результатів 9 днів. Зображення:
Проєкт 112
Проєкти 111, 112, 113 і 114 аналізують згортання білка Стафіллокок А, білка з трьома пов'язаними спіралями. Білок А зазвичай прикріплений до бактеріальної мембрани, і є важливою мішенню для антитіл. Тут досліджується згортання білка А і декількох його варіантів. Ці білки є найбільшими молекулами, які коли-небудь симулювалися в рамках F@H, хоча експерименти свідчать, що вони згортаються надзвичайно швидко. Крайній термін для повернення результатів 9 днів. Зображення:
Проєкт 113
Проєкти 111, 112, 113 і 114 аналізують згортання білка Стафіллокок А, білка з трьома пов'язаними спіралями. Білок А зазвичай прикріплений до бактеріальної мембрани, і є важливою мішенню для антитіл. Тут досліджується згортання білка А і декількох його варіантів. Ці білки є найбільшими молекулами, які коли-небудь симулювалися в рамках F@H, хоча експерименти свідчать, що вони згортаються надзвичайно швидко. Крайній термін для повернення результатів 9 днів. Зображення:
Проєкт 114
Проєкти 111, 112, 113 і 114 аналізують згортання білка Стафіллокок А, білка з трьома пов'язаними спіралями. Білок А зазвичай прикріплений до бактеріальної мембрани, і є важливою мішенню для антитіл. Тут досліджується згортання білка А і декількох його варіантів. Ці білки є найбільшими молекулами, які коли-небудь симулювалися в рамках F@H, хоча експерименти свідчать, що вони згортаються надзвичайно швидко. Крайній термін для повернення результатів 9 днів. Зображення:
Проєкти 115—126
До більших білків! Спершу деякі тести, починаючи з згорнутого стану, разом з симуляціями розгортання. Позначені pdb кодами (2SPZ, 2ABD, 1APS, 1UBQ, 1I6C, 1SHF), аналізуються різноманітні білками з відмінними архітектурами (всі альфа, альфа/бета, всі бета).
Проєкти 127—128
Ці два проєкти є першими тестами ділянки WW. Це цікавий білок, як з точки зору згортання, так і з точки зору біології, медицини і хвороб. Ви можете знайти більше інформації в хорошій, не стендфордській сторінці [15] [ 10 березня 2006 у Wayback Machine.].
Проєкти 131—136
До більших білків! Після деяких тестів, які починалися з згорнутого стану, досліджується згортання більших білків. Позначені pdb кодами (2SPZ, 2ABD, 1APS, 1UBQ, 1I6C, 1SHF), аналізуються різноманітні білками з відмінними архітектурами (всі альфа, альфа/бета, всі бета).
Проєкти 137—144
Проводиться певна робота для вивчення залежності згортання білків від різноманітності зовнішніх властивостей. Опрацьовується один і той же білок у різних проєктах з відмінностями в умовах вирішення.
Проєкти 145—157
Проводиться певна робота для вивчення залежності згортання білків від різноманітності зовнішніх властивостей. Опрацьовується один і той же білок у різних проєктах з відмінностями в умовах вирішення. WU з проєкту 146 вийшли з файлами .xyz, позначеними як проєкт 145. Це було особливо нещасливим, адже завдання з проєкту 146 були в 10 раз більшими (і приносили в 10 раз більше кредитів), ніж з 145-го.
Проєкти 160—172
Проєкти 160—172 також аналізують згортання headpiece Вілліна. The villin headpiece — це частина білка Віллін, яка сформована з трьох спіралей, які згруповані разом. Віллін — це білок, який допомагає підтримувати сітку волокон (зроблених з білка Актин), що служать, як щось подібне до скелета клітини. Зображення:
Проєкт повернувся до Вілліна, щоб випробувати нову техніку, яка випробовувалася внутрішньо для використання даних F@H для прогнозування структури. Як відрізняються різні проєкти? Вони мають однакові умови (послідовності, температуру, і т. д.), але починаються з відмінних початкових умов. Це є важливою перевіркою, як відрізняються отримані результати. Для результатів (які є важливі), ми повинні знати, наскільки вони є відновлюваними, і як вони залежать від таких речей, як початкові умови. Без подібної інформації важко зробити висновок, чи результати є анекдотичними, чи дійсно мають сенс.
Цим «ставляться всі крапки над і». Це вже не питання «чи F@H працює», зараз доводиться — так, працює, і працює в здоровій манері.
Оскільки це доволі велике WU, крайній термін для повернення завдання 6 днів.
Проєкти 180—182
Проєкти 180—182 розглядають згортання нових мутантів Engrailed Homeodomain, великої зразкової системи для порозуміння згортання і misfolding. Вважається, що вони залучені до багатьох захворювань, зокрема багатьох раків. Це більший і складніший білок, ніж попередні, і, що найважливіше, має багато експериментальних даних для порівняння. Проєкти 180 і 181 використовують відмінні техніки симуляцій, а Проєкт 182 проводиться при новій температурі, з метою порівняння з експериментальними даними.
Для детальнішої інформації перегляньте ці посилання: .
Проєкт 183
Проєкт 183 досліджує високотемпературне розгортання все-бета 1I6C. Цей білок є ізомеразою — ензимом, який допомагає іншим білкам змінювати їхню структуру. Мета досліджень — спостереження поведінки білка після того, як його піддали високій температурі (600 К).
Проєкти 184—185
Проєкти 184—185 досліджують поведінку у рівновазі згорнутих структур Engrailed Homeodomain, великої зразкової системи для порозуміння згортання і misfolding. Вважається, що вона залучена до багатьох захворювань, зокрема багатьох раків. Це більший і складніший білок, ніж попередні, і, що найважливіше, має багато експериментальних даних для порівняння. Проєкт 184 проводиться при кімнатній температурі, а Проєкт 185 — при трохи збільшеній, для обох доступні експериментальні дані.
Для детальнішої інформації перегляньте ці чудові посилання: .
Проєкти 186—190
Проєкти 186—190 and 211—213 досліджують згортання і поведінку у стані рівноваги синтезованого міні-білка 1FSV. Цей білок за структурою подібний до BBA5 (білок, про який є багато інформації), і який служить як важливий контроль праці.
Проєкти 186-190_211_213
Проєкти 186—190, 211 і 213 досліджують згортання і поведінку у стані рівноваги синтезованого міні-білка 1FSV. Цей білок за структурою подібний до BBA5 (білок, про який є багато інформації), і який служить як важливий контроль праці.
Проєкт 191
Проєкт 191 досліджує поведінку малого, 7-и амінокислотного пептиду у явному розчиннику. Він використовується для перевірки нових методологій при залученні явної присутності води, і щоб спробувати щось дізнатися про поведінку основних частин структури білка. Це завдання таке велике тому, що тут стимулюється не тільки білок, але і сотні молекул води навколо нього. Так що, навіть якщо білок сам по собі малий, загальна кількість атомів у симуляції велика.
Проєкт 192
Проєкт 192 досліджує поведінку малого, 7-и амінокислотного пептиду у явному розчиннику. Він використовується для перевірки нових методологій при залученні явної присутності води, і щоб спробувати щось дізнатися про поведінку основних частин структури білка. Це завдання таке велике тому, що тут стимулюється не тільки білок, але і сотні молекул води навколо нього. Так що, навіть якщо білок сам по собі малий, загальна кількість атомів у симуляції велика.
Проєкт 200
Як і Проєкт 105, Проєкт 200 також аналізує згортання Віллін headpiece. Проєкт повернувся до Вілліна, щоб випробувати деякі нові техніки на вже відомих величинах. Якщо нові методи будуть ефективніші для Вілліна, вони будуть випробувані на інших білках. Аналіз розпочанеться з відомих величин, щоб знати, чи ці методи кращі. The villin headpiece — це частина білка Віллін, яка сформована з трьох спіралей, які згруповані разом. Віллін — це білок, який допомагає підтримувати сітку волокон (зроблених з білка Актин), що служать, як щось подібне до скелета клітини. Оскільки це доволі велике WU, крайній термін для повернення завдання 6 днів. Зображення:
Проєкти 201—210
Як і Проєкт 105, Проєкт 200 також аналізує згортання Віллін headpiece. Проєкт повернувся до Вілліна, щоб зробити деякі дуже важливі перевірки — переконатися, що те, що ми гадаємо, що відбувається, є дійсно те, що відбувається насправді. Хоча перевірки не виглядають надто захоплюючими, вони є критичною частиною науки. The villin headpiece — це частина білка Віллін, яка сформована з трьох спіралей, які згруповані разом. Віллін — це білок, який допомагає підтримувати сітку волокон (зроблених з білка Актин), що служать, як щось подібне до скелета клітини. Зображення:
Проєкти 212_214-216_230-231_233-234_243-246_1605
Ці проєкти аналізують «розгортання» Віллін headpiece. Розгортання тривимірної структури Вілліна виникає при додаванні хімічно утвореної сечовини до води, у якій знаходиться Віллін. Ніхто точно не знає, як сечовина розгортає білки, і цією симуляцією ставиться це запитання. Розуміння розгортання білків може допомогти краще розуміти базові питання, такі як стабільність білків і надає розуміння хвороб, пов'язаних з розгорнутими або misfolded білками. The villin headpiece — це частина білка Віллін, яка сформована з трьох спіралей, які згруповані разом. Віллін — це білок, який допомагає підтримувати сітку волокон (зроблених з білка Актин), що служать, як щось подібне до скелета клітини. Зображення:
Проєкти 217-220_235-238_247-249_1600
Проєкти 217 — 220 аналізують «розгортання» ділянки C2 білка Кіназа C. Розгортання виникає при додаванні хімічно утвореної сечовини до води, у якій знаходиться C2. Ніхто точно не знає, як сечовина розгортає білки, і цією симуляцією ставиться це запитання. Розуміння розгортання білків може допомогти краще розуміти базові питання, такі як стабільність білків і надає розуміння хвороб, пов'язаних з розгорнутими або misfolded білками. Ділянка C2 знайдена у багатьох білках і вона часто залучена у чутливості до кальцію і закріпленні мембран.
Проєкти 221_223_224_227_239-242_1601-1604
Проєкти 221, 223, 224 і 227 аналізують «розгортання» ділянки N-закінчення рибосомального білка L9 (NTL9). Розгортання виникає при додаванні хімічно утвореної сечовини до води, у якій знаходиться білок. Ніхто точно не знає, як сечовина розгортає білки, і цією симуляцією ставиться це запитання. Розуміння розгортання білків може допомогти краще розуміти базові питання, такі як стабільність білків і надає розуміння хвороб, пов'язаних з розгорнутими або misfolded білками. Зображення:
Проєкти 250—269
Проєкт 250—269 є першим з серії нових проєктів, які стосуються серій 340—387, перелічених нижче, і застосовує нову методологію дослідження згортання малих РНК. Зображення:
Для конкретнішої інформації зверніться: Insights into nucleic acid conformational dynamics from massively parallel stochastic simulations [26] [ 8 січня 2007 у Wayback Machine.]
Eric J. Sorin, Young Min Rhee, Brad J. Nakatani, & Vijay S. Pande
Biophysical Journal (2003), 85, In Press.
Проєкт 270
Це бета проєкт для перевірки роботи клієнтів і серверів. Тут «згортається» малий, штучно синтезований білок (що само по собі є цікавим). Зображення:
Проєкт 271
Ще один бета проєкт для перевірки роботи клієнтів і серверів. Це також малий, штучно синтезований білок. Зображення:
Проєкти 273—293
Ці проєкти будуть вивчати транспорт малої молекули через клітинні мембрани. Будуть побудовані профілі вільної енергії при проходженні води і для кожної з двадцяти природних амінокислот, надаючи гармонічний потенціал для проштовхування їх в/через подвійний шар ліпідів. Зображення:
Проєкти 295—299
Ці WU є безпосередніми дослідженнями білків, які присутні при хворобі Гантінгтона (HD). Проводиться у співпраці з експериментаторами, щоб краще зрозуміти, як ці білки спричиняють HD і, зрештою, вивчити, як перешкодити скупченню білка, що цьому сприяє. Зображення:
Проєкти 301—319
«Петля» GNRA — це мала вторинна частина РНК, яка містить те, що дехто називає «незвичайно стабільною» чотирьохкільцевою ділянкою, яка сполучає два ланцюга, які формують спіральну «петлю». Раніше характеризувалася короткочасова динаміка і термічне розгортання «петлі» і з того часу здійснюються численні пов'язані дослідження in silico: розгортання при біологічно відповідній температурі, безпосереднє згортання, оцінка термодинамічної рівноваги цієї «петлі» РНК via replica exchange stochastic dynamics, і розрахунки імовірності згортання для малого ансамблю структур (Pfold), що дозволяє досліджувати перехідний стан процесу згортання. Зображення:
Ці серії проєктів завершені, і є відправною точкою для нових серій 340—385, які будуть використовувати витонченіші алгоритми, щоб збільшити отриману точність і дослідити роль молекул і іонів води у процесах згортання і розгортання.
Для конкретнішої інформації зверніться:
1) RNA Simulations: Probing Hairpin Unfolding and the Dynamics of a GNRA Tetraloop [32] [ 8 січня 2007 у Wayback Machine.]
Eric J. Sorin, Mark A. Engelhardt, Daniel Herschlag, & Vijay S. Pande
Journal of Molecular Biology (2002), 317(4).
2) Insights into nucleic acid conformational dynamics from massively parallel stochastic simulations [33] [ 8 січня 2007 у Wayback Machine.]
Eric J. Sorin, Young Min Rhee, Brad J. Nakatani, & Vijay S. Pande
Biophysical Journal (2003), In Press.
3) Protein Data Bank entry for GCAA tetraloop hairpin 1ZIH [34]
Проєкти 320—339
Пептид Fs є добре вивченою спіраллю поліаланіну з трьома вставленими стабілізуючими залишками Аргініну. Проєкти 320—339 уможливлять характеризацію динаміки рівноважного згортання і розгортання цієї простої вторинної структури, так само як і вплив води на ці процеси, та природу процесів стабілізації залишків ARG (Аргініну). Ці серії проєктів завершені. Зображення:
Проєкти 340—349
Серії 340—387 є продовженням перших серій РНК-проєктів (301—319), з використанням витонченіших алгоритмів для збільшення отриманої точності. Ці проєкти, які використовують нове ядро F@H Gromacs, дозволяють дослідити роль молекул і іонів води у процесах згортання і розгортання, так само як і ефект полярності води, використовуючи три (TIP) моделі зростаючої складності. Ці серії проєктів завершені. Приклад:
Для конкретнішої інформації:
- Insights into nucleic acid conformational dynamics from massively parallel stochastic simulations [37] [ 8 січня 2007 у Wayback Machine.]
- Eric J. Sorin, Young Min Rhee, Brad J. Nakatani, & Vijay S. Pande Biophysical Journal (2003), 85, In Press.
Проєкти 350—359
Пептид Fs є добре вивченою спіраллю поліаланіну з трьома вставленими стабілізуючими залишками аргініну. Проєкти 350—353 уможливлять характеризацію динаміки рівноважного згортання і розгортання цієї простої вторинної структури, так само як і вплив води на ці процеси, та природу процесів стабілізації залишків ARG (аргініну). Проєкти 354—359 фокусуються на чистому аналозі поліаланіну Fs пептиду. Ці серії проєктів завершені. Приклад:
Проєкти 360—387
Серії 340—387 є продовженням перших серій РНК-проєктів (301—319), з використанням витонченіших алгоритмів для збільшення отриманої точності. Ці проєкти, які використовують нове ядро F@H Gromacs, дозволяють дослідити роль молекул і іонів води у процесах згортання і розгортання, так само як і ефект полярності води, використовуючи три (TIP) моделі зростаючої складності. Ці серії проєктів завершені. Приклад:
Для конкретнішої інформації:
- Insights into nucleic acid conformational dynamics from massively parallel stochastic simulations [40] [ 8 січня 2007 у Wayback Machine.]
- Eric J. Sorin, Young Min Rhee, Brad J. Nakatani, & Vijay S. Pande Biophysical Journal (2003), 85, In Press.
Проєкти 388—396
РНК, так як і білки, може згортатися у точні тривимірні структури з метою функціонування, цей процес за аналогією називається «Згортанням РНК». Почалися дослідження самоорганізації більших різновидів РНК, симулюючи повний процес згортання транспортної РНК (т-РНК), життєво важливого «гравця» у внутрішньоклітинній організації білків. Для досягнення мети, використовуються атомістична модель і зміщуючі потенціали. Ці серії проєктів завершені. Зображення: дріжджова т-РНКphe (pdb code: 6tna[41] [ 12 січня 2008 у Wayback Machine.]),
Проєкти 400—499
Ці захоплюючі нові проєкти є намаганням зрозуміти, як добре працюють поточні моделі білків. Будуть симулюватися бокові ланцюги амінокислот (молекул, з яких утворені білки), оточених водою, щоб виміряти властивості цих моделей амінокислот. Розуміння, як поводяться поточні моделі амінокислот, може допомогти у розробці нових і кращих моделей для симуляції білків.
Ці проєкти потребують трохи більше пам'яті (тому що симулюються багато молекул води) і (як мінімум, часу, за який будуть опрацьовані нові результати) тривають менше часу. Крайній термін для цих завдань коротший — 18 годин. Цей час буде збільшений, якщо виявиться, що багато завдань будуть втрачатися. Зображення:
Див. також
Примітки
- http://folding.stanford.edu/home/faq/faq-simulation/
- http://vspx27.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=osstats[недоступне посилання з червня 2019]
Посилання
- Офіційний сайт [Архівовано 21 вересня 2012 у WebCite]
- Сайт команди Ukraine [ 14 березня 2022 у Wayback Machine.]
- Офіційний форум Folding@home [ 28 березня 2022 у Wayback Machine.]
Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет
Folding Home proyekt rozpodilenih obchislen sho provoditsya pid egidoyu Stenfordskogo universitetu Sut proyektu polyagaye v modelyuvanni procesu zgortannya bilkiv z metoyu viyavlennya potencijnih pomilok u prirodnij konformaciyi Pomilki konformaciyi sprichinyayut ryad klinichnih sindromiv sered yakih hvoroba Alcgejmera hvoroba Parkinsona diabet tipu II hvoroba skrepi Hvoroba Krojcfelda Yakoba korov yachij skaz skleroz i deyaki tipi raku Rozuminnya mehanizmiv viniknennya defektiv na molekulyarnomu rivni dopomozhe z yasuvati tochnu kartinu viniknennya danih zahvoryuvan i dozvolit rozrobiti metodi protidiyi yim Folding homeTip Programne zabezpechennya modelyuvannya 1 grid obchislennya rozpodileni obchislennya i dAvtor Vijay PandeRozrobniki Pande laboratory Sony Nvidia ATI Cauldron DevelopmentPershij vipusk 1 listopada 2000Stabilnij vipusk 7 3 6 18 lyutogo 2013 11 rokiv tomu 2013 02 18 Platforma BagatoplatformnistOperacijna sistema Microsoft Windows Mac OS X LinuxLicenziya propriyetarna licenziya d 2 Vebsajt foldingathome org Mediafajli u VikishovishiZagalna informaciyaPodibno do inshih vidomih proyektiv SETI Home distributed net Find a Drug World Community Grid v Folding Home berut uchast sotni tisyach vlasnikiv personalnih komp yuteriv na yakih vikonuyutsya nevelichki porciyi zavdannya Obchislennya provodyatsya v fonovomu rezhimi z minimalnim prioritetom tomu ne zavazhayut normalnij roboti z komp yuterom Internet potriben lishe dlya otrimannya zavdan i vidpravki rezultativ v avtomatichnomu rezhimi bez uchasti koristuvacha Tipovi zavdannya mayut rozmir poryadku 100 KB a rezultati do 1 MB na odin bilok pri tomu sho na obrahuvannya odnogo bilka v Folding Home jde vid 2 do 10 robochih dniv Vimogi do PK Duron Celeron abo vishe 10 20 MB pam yati dlya roboti Vedetsya statistika dlya kozhnogo uchasnika Uchasniki mozhut ob yednuvatisya v komandi za krayinami mistami chi spilnimi upodobannyami Rozpodileni obchislennyaSuchasni superkomp yuteri skladayutsya z soten abo tisyach procesoriv inodi cya kilkist syagaye 10000 procesoriv yaki okremo vzyati chasto povilnishi vid suchasnih desktopnih procesoriv poyednanih shvidkisnimi z yednannyami Same ci z yednannya roblyat superkomp yuter yedinim komp yuterom a ne klasterom z okremih komp yuteriv i ye chi ne najdorozhchimi jogo komponentami Specifika obchislyuvalnih algoritmiv yaki vikoristovuyutsya Folding Home v tomu sho shvidkisni z yednannya mizh procesorami ne potribni a potribna maksimizaciya shvidkosti kozhnogo procesora Tomu navit yakbi v rozporyadzhenni proyektu buv superkomp yuter z 1000 procesoriv to vin bi vidavav rezultati ne shvidshe nizh 1000 okremih komp yuteriv z takimi zh procesorami Ale dlya otrimannya vagomih rezultativ v Folding Home potribni ne tisyachi procesoriv a sotni tisyach Tomu rozrahunki yaki provodyat uchasniki proyektu nemozhlivi bud yakimi inshimi zasobami na danomu etapi rozvitku obchislyuvalnoyi tehniki i she dovgo ne budut mozhlivi Stanom na 01 03 2010 aktivnimi ye 438183 procesoriv Ce robit klaster yakij formuyut uchasniki proyektu odnim z najbilshih u sviti zdatnim vikonuvati priblizno 3996 TeraFlops Vimogi do komp yutera dlya uchasti v Folding HomeBud yakij personalnij komp yuter pidhodit dlya uchasti v proyekti ale yaksho vin vipushenij bilsh nizh 3 4 roki tomu i jogo procesor maye chastotu menshe 1 GGc to ye imovirnist sho vin ne vstigatime povertati zavdannya do vstanovlenogo krajnogo terminu V takomu vipadku mozhna nalashtuvati kliyentsku programu prijmati lishe zavdannya yaki ne mayut viznachenogo kincevogo terminu Takim chinom pidhodit bud yakij procesor Pentium Athlon Duron Sempron Celeron Power PC abo novishi Kliyentski programi isnuyut dlya Windows Linux Mac OS Takozh mozhut brati uchast komp yuteri z FreeBSD abo OpenBSD Pri roboti programa vikoristovuye tipovo 10 20 MB pam yati v zalezhnosti vid rozmiru bilkovoyi molekuli i skladnosti rozrahunkiv Ye zavdannya yaki potrebuyut znachno bilshe pam yati ale yih otrimuyut lishe ti uchasniki yaki specialno cogo zahotili Pri roboti kliyentskoyi programi vikoristovuyutsya 100 resursiv procesora ale oskilki prioritet danogo procesu ye najnizhchim mozhlivim to na normalnij roboti z komp yuterom ce ne poznachayetsya i niyakogo upovilnennya reakciyi na natisnennya klavish chi chogos podibnogo ne sposterigayetsya Prote mozhna i zmenshiti navantazhennya na procesor do inshogo vidsotku zadayetsya v konfiguraciyi yaksho napriklad procesor peregrivayetsya abo pracyuye nestabilno z takim navantazhennyam Vzagali mashini yaki pracyuyut nestabilno pri povnomu zavantazhenni procesora prichinami mozhut buti nadmirnij rozgin abo neyakisni komponenti peredusim pam yat krashe do proyektu ne pidklyuchati poki ne budut vipravleni vsi nespravnosti i ne bude dovedena zdatnist roboti pri povnomu navantazhenni She odniyeyu obov yazkovoyu umovoyu uchasti v proyekti ye vikoristannya komp yuteriv yaki nalezhat osobisto Vam abo Vi mayete zgodu vlasnika na zapusk program Folding Home na nih Ce ogovoreno v licenzijnij ugodi na programi Folding Home A tak ci programi ye bezkoshtovnimi bilshe togo komponenti yaki vikonuyut bezposeredni rozrahunki bazuyutsya na vidkritomu kodi Informaciya pro potochni proyektiAnglijska versiya http fah web stanford edu cgi bin allprojects 28 serpnya 2013 u Wayback Machine Na 22 kvitnya 2020 roku ostannij nomer proyektu dorivnyuvav 16804 Proyekt 100 Proyekt 100 analizuye zgortannya headpiece Villin The villin headpiece ce chastina bilka Villin yaka sformovana z troh spiralej yaki zgrupovani razom Villin ce bilok yakij dopomagaye pidtrimuvati sitku volokon zroblenih z bilka Aktin sho sluzhat yak shos podibne do skeleta klitini Zobrazhennya Proyekt 101 2 nedostupne posilannya z chervnya 2019 1HRW 3 4 nedostupne posilannya z chervnya 2019 1HRX 5 6 nedostupne posilannya z chervnya 2019 1HSO 7 Cej proyekt stvorenij dlya perevirki metodiv simulyacij na troh podibnih sistemah Tak yak voni mali i tomu piddatlivi dlya rozrahunkiv ci shtuchno stvoreni polipeptidi mayut buti stabilnishimi u yihnij prirodnij formi nizh inshi mali beta petli Dlya podalshoyi informaciyi divitsya Trptophan zippers Stable monomeric Beta hairpins Andrea G Cochran Nicholas J Skelton and Melissa A Starovasnik Proc Natl Acad Sci USA Vol 98 Issue 10 5578 5583 May 8 2001 http www pnas org cgi content full 98 10 5578 4 kvitnya 2005 u Wayback Machine Proyekt 103 Proyekt 103 rozglyadaye zgortannya Engrailed Homeodomain velikoyi zrazkovoyi sistemi dlya porozuminnya zgortannya i misfolding Dokladnisha informaciya i malyunki budut nezabarom Proyekt 105 Proyekt 105 takozh analizuye zgortannya villin headpiece The villin headpiece ce chastina bilka Villin yaka sformovana z troh spiralej yaki zgrupovani razom Villin ce bilok yakij dopomagaye pidtrimuvati sitku volokon zroblenih z bilka Aktin sho sluzhat yak shos podibne do skeleta klitini Zobrazhennya Oskilki ce dovoli velike WU krajnij termin dlya povernennya zavdannya 6 dniv Proyekt 106 Proyekt 106 analizuye rozgortannya villin headpiece proyekt 105 pracyuye nad zgortannyam The villin headpiece ce chastina bilka Villin yaka sformovana z troh spiralej yaki zgrupovani razom Villin ce bilok yakij dopomagaye pidtrimuvati sitku volokon zroblenih z bilka Aktin sho sluzhat yak shos podibne do skeleta klitini Zobrazhennya Oskilki ce dovoli velike WU krajnij termin dlya povernennya zavdannya 6 dniv Proyekt 107 Proyekt 107 ye vazhlivim kontrolem proyektu Villin div vishe proyekti 105 i 106 Tut simulyuyutsya zmishani poslidovnosti aminokislot Villina tobto prisutni vsi aminokisloti yaki ye u Villni ale voni roztashovani u hibnomu poryadku Takim chinom pereviryayetsya naskilki rezultati z realnoyu strukturoyu Villina ye rezultatom yavnogo zbigu i skilki voni pov yazani z samoyu molekuloyu Villina i naskilki z poslidovnostyami aminokislot Kontrol podibnij do cogo duzhe vazhlivij v nauci i ye dzherelom vazhlivoyi informaciyi Zobrazhennya Oskilki ce dovoli velike WU krajnij termin dlya povernennya zavdannya 6 dniv Proyekt 110 Pochalisya deyaki simulyaciyi bilka Alzheimer Amyloid beta 28 42 Vvazhayetsya sho same cej bilok ye vidpovidalnij za toksichnist Alcgejmeriv Doslidzhuyetsya jogo zgortannya u spivpraci z eksperimentalnoyu robotoyu zaproponovanoyu spivrobitnikami Obchislennya vidigrayut osoblivo vazhlivu rol tak umozhlivlyuyut simulyuvannya aspektiv yaki ne mozhut buti perevireni eksperimentalno cherez riznoridnist zrazkiv Cej proyekt buv perevirkoyu metodiv Bude provedeno trohi bilshe viprobuvan shob perekonatisya sho nemaye zhodnih problem and then jump in with some major Folding Home power Proyekt 111 Proyekti 111 112 113 i 114 analizuyut zgortannya bilka Stafillokok A bilka z troma pov yazanimi spiralyami Bilok A zazvichaj prikriplenij do bakterialnoyi membrani i ye vazhlivoyu mishennyu dlya antitil Tut doslidzhuyetsya zgortannya bilka A i dekilkoh jogo variantiv Ci bilki ye najbilshimi molekulami yaki koli nebud simulyuvalisya v ramkah F H hocha eksperimenti svidchat sho voni zgortayutsya nadzvichajno shvidko Krajnij termin dlya povernennya rezultativ 9 dniv Zobrazhennya Proyekt 112 Proyekti 111 112 113 i 114 analizuyut zgortannya bilka Stafillokok A bilka z troma pov yazanimi spiralyami Bilok A zazvichaj prikriplenij do bakterialnoyi membrani i ye vazhlivoyu mishennyu dlya antitil Tut doslidzhuyetsya zgortannya bilka A i dekilkoh jogo variantiv Ci bilki ye najbilshimi molekulami yaki koli nebud simulyuvalisya v ramkah F H hocha eksperimenti svidchat sho voni zgortayutsya nadzvichajno shvidko Krajnij termin dlya povernennya rezultativ 9 dniv Zobrazhennya Proyekt 113 Proyekti 111 112 113 i 114 analizuyut zgortannya bilka Stafillokok A bilka z troma pov yazanimi spiralyami Bilok A zazvichaj prikriplenij do bakterialnoyi membrani i ye vazhlivoyu mishennyu dlya antitil Tut doslidzhuyetsya zgortannya bilka A i dekilkoh jogo variantiv Ci bilki ye najbilshimi molekulami yaki koli nebud simulyuvalisya v ramkah F H hocha eksperimenti svidchat sho voni zgortayutsya nadzvichajno shvidko Krajnij termin dlya povernennya rezultativ 9 dniv Zobrazhennya Proyekt 114 Proyekti 111 112 113 i 114 analizuyut zgortannya bilka Stafillokok A bilka z troma pov yazanimi spiralyami Bilok A zazvichaj prikriplenij do bakterialnoyi membrani i ye vazhlivoyu mishennyu dlya antitil Tut doslidzhuyetsya zgortannya bilka A i dekilkoh jogo variantiv Ci bilki ye najbilshimi molekulami yaki koli nebud simulyuvalisya v ramkah F H hocha eksperimenti svidchat sho voni zgortayutsya nadzvichajno shvidko Krajnij termin dlya povernennya rezultativ 9 dniv Zobrazhennya Proyekti 115 126 Do bilshih bilkiv Spershu deyaki testi pochinayuchi z zgornutogo stanu razom z simulyaciyami rozgortannya Poznacheni pdb kodami 2SPZ 2ABD 1APS 1UBQ 1I6C 1SHF analizuyutsya riznomanitni bilkami z vidminnimi arhitekturami vsi alfa alfa beta vsi beta Proyekti 127 128 Ci dva proyekti ye pershimi testami dilyanki WW Ce cikavij bilok yak z tochki zoru zgortannya tak i z tochki zoru biologiyi medicini i hvorob Vi mozhete znajti bilshe informaciyi v horoshij ne stendfordskij storinci 15 10 bereznya 2006 u Wayback Machine Proyekti 131 136 Do bilshih bilkiv Pislya deyakih testiv yaki pochinalisya z zgornutogo stanu doslidzhuyetsya zgortannya bilshih bilkiv Poznacheni pdb kodami 2SPZ 2ABD 1APS 1UBQ 1I6C 1SHF analizuyutsya riznomanitni bilkami z vidminnimi arhitekturami vsi alfa alfa beta vsi beta Proyekti 137 144 Provoditsya pevna robota dlya vivchennya zalezhnosti zgortannya bilkiv vid riznomanitnosti zovnishnih vlastivostej Opracovuyetsya odin i toj zhe bilok u riznih proyektah z vidminnostyami v umovah virishennya Proyekti 145 157 Provoditsya pevna robota dlya vivchennya zalezhnosti zgortannya bilkiv vid riznomanitnosti zovnishnih vlastivostej Opracovuyetsya odin i toj zhe bilok u riznih proyektah z vidminnostyami v umovah virishennya WU z proyektu 146 vijshli z fajlami xyz poznachenimi yak proyekt 145 Ce bulo osoblivo neshaslivim adzhe zavdannya z proyektu 146 buli v 10 raz bilshimi i prinosili v 10 raz bilshe kreditiv nizh z 145 go Proyekti 160 172 Proyekti 160 172 takozh analizuyut zgortannya headpiece Villina The villin headpiece ce chastina bilka Villin yaka sformovana z troh spiralej yaki zgrupovani razom Villin ce bilok yakij dopomagaye pidtrimuvati sitku volokon zroblenih z bilka Aktin sho sluzhat yak shos podibne do skeleta klitini Zobrazhennya Proyekt povernuvsya do Villina shob viprobuvati novu tehniku yaka viprobovuvalasya vnutrishno dlya vikoristannya danih F H dlya prognozuvannya strukturi Yak vidriznyayutsya rizni proyekti Voni mayut odnakovi umovi poslidovnosti temperaturu i t d ale pochinayutsya z vidminnih pochatkovih umov Ce ye vazhlivoyu perevirkoyu yak vidriznyayutsya otrimani rezultati Dlya rezultativ yaki ye vazhlivi mi povinni znati naskilki voni ye vidnovlyuvanimi i yak voni zalezhat vid takih rechej yak pochatkovi umovi Bez podibnoyi informaciyi vazhko zrobiti visnovok chi rezultati ye anekdotichnimi chi dijsno mayut sens Cim stavlyatsya vsi krapki nad i Ce vzhe ne pitannya chi F H pracyuye zaraz dovoditsya tak pracyuye i pracyuye v zdorovij maneri Oskilki ce dovoli velike WU krajnij termin dlya povernennya zavdannya 6 dniv Proyekti 180 182 Proyekti 180 182 rozglyadayut zgortannya novih mutantiv Engrailed Homeodomain velikoyi zrazkovoyi sistemi dlya porozuminnya zgortannya i misfolding Vvazhayetsya sho voni zalucheni do bagatoh zahvoryuvan zokrema bagatoh rakiv Ce bilshij i skladnishij bilok nizh poperedni i sho najvazhlivishe maye bagato eksperimentalnih danih dlya porivnyannya Proyekti 180 i 181 vikoristovuyut vidminni tehniki simulyacij a Proyekt 182 provoditsya pri novij temperaturi z metoyu porivnyannya z eksperimentalnimi danimi Dlya detalnishoyi informaciyi pereglyante ci posilannya Proyekt 183 Proyekt 183 doslidzhuye visokotemperaturne rozgortannya vse beta 1I6C Cej bilok ye izomerazoyu enzimom yakij dopomagaye inshim bilkam zminyuvati yihnyu strukturu Meta doslidzhen sposterezhennya povedinki bilka pislya togo yak jogo piddali visokij temperaturi 600 K Proyekti 184 185 Proyekti 184 185 doslidzhuyut povedinku u rivnovazi zgornutih struktur Engrailed Homeodomain velikoyi zrazkovoyi sistemi dlya porozuminnya zgortannya i misfolding Vvazhayetsya sho vona zaluchena do bagatoh zahvoryuvan zokrema bagatoh rakiv Ce bilshij i skladnishij bilok nizh poperedni i sho najvazhlivishe maye bagato eksperimentalnih danih dlya porivnyannya Proyekt 184 provoditsya pri kimnatnij temperaturi a Proyekt 185 pri trohi zbilshenij dlya oboh dostupni eksperimentalni dani Dlya detalnishoyi informaciyi pereglyante ci chudovi posilannya Proyekti 186 190 Proyekti 186 190 and 211 213 doslidzhuyut zgortannya i povedinku u stani rivnovagi sintezovanogo mini bilka 1FSV Cej bilok za strukturoyu podibnij do BBA5 bilok pro yakij ye bagato informaciyi i yakij sluzhit yak vazhlivij kontrol praci Proyekti 186 190 211 213 Proyekti 186 190 211 i 213 doslidzhuyut zgortannya i povedinku u stani rivnovagi sintezovanogo mini bilka 1FSV Cej bilok za strukturoyu podibnij do BBA5 bilok pro yakij ye bagato informaciyi i yakij sluzhit yak vazhlivij kontrol praci Proyekt 191 Proyekt 191 doslidzhuye povedinku malogo 7 i aminokislotnogo peptidu u yavnomu rozchinniku Vin vikoristovuyetsya dlya perevirki novih metodologij pri zaluchenni yavnoyi prisutnosti vodi i shob sprobuvati shos diznatisya pro povedinku osnovnih chastin strukturi bilka Ce zavdannya take velike tomu sho tut stimulyuyetsya ne tilki bilok ale i sotni molekul vodi navkolo nogo Tak sho navit yaksho bilok sam po sobi malij zagalna kilkist atomiv u simulyaciyi velika Proyekt 192 Proyekt 192 doslidzhuye povedinku malogo 7 i aminokislotnogo peptidu u yavnomu rozchinniku Vin vikoristovuyetsya dlya perevirki novih metodologij pri zaluchenni yavnoyi prisutnosti vodi i shob sprobuvati shos diznatisya pro povedinku osnovnih chastin strukturi bilka Ce zavdannya take velike tomu sho tut stimulyuyetsya ne tilki bilok ale i sotni molekul vodi navkolo nogo Tak sho navit yaksho bilok sam po sobi malij zagalna kilkist atomiv u simulyaciyi velika Proyekt 200 Yak i Proyekt 105 Proyekt 200 takozh analizuye zgortannya Villin headpiece Proyekt povernuvsya do Villina shob viprobuvati deyaki novi tehniki na vzhe vidomih velichinah Yaksho novi metodi budut efektivnishi dlya Villina voni budut viprobuvani na inshih bilkah Analiz rozpochanetsya z vidomih velichin shob znati chi ci metodi krashi The villin headpiece ce chastina bilka Villin yaka sformovana z troh spiralej yaki zgrupovani razom Villin ce bilok yakij dopomagaye pidtrimuvati sitku volokon zroblenih z bilka Aktin sho sluzhat yak shos podibne do skeleta klitini Oskilki ce dovoli velike WU krajnij termin dlya povernennya zavdannya 6 dniv Zobrazhennya Proyekti 201 210 Yak i Proyekt 105 Proyekt 200 takozh analizuye zgortannya Villin headpiece Proyekt povernuvsya do Villina shob zrobiti deyaki duzhe vazhlivi perevirki perekonatisya sho te sho mi gadayemo sho vidbuvayetsya ye dijsno te sho vidbuvayetsya naspravdi Hocha perevirki ne viglyadayut nadto zahoplyuyuchimi voni ye kritichnoyu chastinoyu nauki The villin headpiece ce chastina bilka Villin yaka sformovana z troh spiralej yaki zgrupovani razom Villin ce bilok yakij dopomagaye pidtrimuvati sitku volokon zroblenih z bilka Aktin sho sluzhat yak shos podibne do skeleta klitini Zobrazhennya Proyekti 212 214 216 230 231 233 234 243 246 1605 Ci proyekti analizuyut rozgortannya Villin headpiece Rozgortannya trivimirnoyi strukturi Villina vinikaye pri dodavanni himichno utvorenoyi sechovini do vodi u yakij znahoditsya Villin Nihto tochno ne znaye yak sechovina rozgortaye bilki i ciyeyu simulyaciyeyu stavitsya ce zapitannya Rozuminnya rozgortannya bilkiv mozhe dopomogti krashe rozumiti bazovi pitannya taki yak stabilnist bilkiv i nadaye rozuminnya hvorob pov yazanih z rozgornutimi abo misfolded bilkami The villin headpiece ce chastina bilka Villin yaka sformovana z troh spiralej yaki zgrupovani razom Villin ce bilok yakij dopomagaye pidtrimuvati sitku volokon zroblenih z bilka Aktin sho sluzhat yak shos podibne do skeleta klitini Zobrazhennya Proyekti 217 220 235 238 247 249 1600 Proyekti 217 220 analizuyut rozgortannya dilyanki C2 bilka Kinaza C Rozgortannya vinikaye pri dodavanni himichno utvorenoyi sechovini do vodi u yakij znahoditsya C2 Nihto tochno ne znaye yak sechovina rozgortaye bilki i ciyeyu simulyaciyeyu stavitsya ce zapitannya Rozuminnya rozgortannya bilkiv mozhe dopomogti krashe rozumiti bazovi pitannya taki yak stabilnist bilkiv i nadaye rozuminnya hvorob pov yazanih z rozgornutimi abo misfolded bilkami Dilyanka C2 znajdena u bagatoh bilkah i vona chasto zaluchena u chutlivosti do kalciyu i zakriplenni membran Proyekti 221 223 224 227 239 242 1601 1604 Proyekti 221 223 224 i 227 analizuyut rozgortannya dilyanki N zakinchennya ribosomalnogo bilka L9 NTL9 Rozgortannya vinikaye pri dodavanni himichno utvorenoyi sechovini do vodi u yakij znahoditsya bilok Nihto tochno ne znaye yak sechovina rozgortaye bilki i ciyeyu simulyaciyeyu stavitsya ce zapitannya Rozuminnya rozgortannya bilkiv mozhe dopomogti krashe rozumiti bazovi pitannya taki yak stabilnist bilkiv i nadaye rozuminnya hvorob pov yazanih z rozgornutimi abo misfolded bilkami Zobrazhennya Proyekti 250 269 Proyekt 250 269 ye pershim z seriyi novih proyektiv yaki stosuyutsya serij 340 387 perelichenih nizhche i zastosovuye novu metodologiyu doslidzhennya zgortannya malih RNK Zobrazhennya Dlya konkretnishoyi informaciyi zvernitsya Insights into nucleic acid conformational dynamics from massively parallel stochastic simulations 26 8 sichnya 2007 u Wayback Machine Eric J Sorin Young Min Rhee Brad J Nakatani amp Vijay S Pande Biophysical Journal 2003 85 In Press Proyekt 270 Ce beta proyekt dlya perevirki roboti kliyentiv i serveriv Tut zgortayetsya malij shtuchno sintezovanij bilok sho samo po sobi ye cikavim Zobrazhennya Proyekt 271 She odin beta proyekt dlya perevirki roboti kliyentiv i serveriv Ce takozh malij shtuchno sintezovanij bilok Zobrazhennya Proyekti 273 293 Ci proyekti budut vivchati transport maloyi molekuli cherez klitinni membrani Budut pobudovani profili vilnoyi energiyi pri prohodzhenni vodi i dlya kozhnoyi z dvadcyati prirodnih aminokislot nadayuchi garmonichnij potencial dlya proshtovhuvannya yih v cherez podvijnij shar lipidiv Zobrazhennya Proyekti 295 299 Ci WU ye bezposerednimi doslidzhennyami bilkiv yaki prisutni pri hvorobi Gantingtona HD Provoditsya u spivpraci z eksperimentatorami shob krashe zrozumiti yak ci bilki sprichinyayut HD i zreshtoyu vivchiti yak pereshkoditi skupchennyu bilka sho comu spriyaye Zobrazhennya Proyekti 301 319 Petlya GNRA ce mala vtorinna chastina RNK yaka mistit te sho dehto nazivaye nezvichajno stabilnoyu chotirohkilcevoyu dilyankoyu yaka spoluchaye dva lancyuga yaki formuyut spiralnu petlyu Ranishe harakterizuvalasya korotkochasova dinamika i termichne rozgortannya petli i z togo chasu zdijsnyuyutsya chislenni pov yazani doslidzhennya in silico rozgortannya pri biologichno vidpovidnij temperaturi bezposerednye zgortannya ocinka termodinamichnoyi rivnovagi ciyeyi petli RNK via replica exchange stochastic dynamics i rozrahunki imovirnosti zgortannya dlya malogo ansamblyu struktur Pfold sho dozvolyaye doslidzhuvati perehidnij stan procesu zgortannya Zobrazhennya Ci seriyi proyektiv zaversheni i ye vidpravnoyu tochkoyu dlya novih serij 340 385 yaki budut vikoristovuvati vitonchenishi algoritmi shob zbilshiti otrimanu tochnist i dosliditi rol molekul i ioniv vodi u procesah zgortannya i rozgortannya Dlya konkretnishoyi informaciyi zvernitsya 1 RNA Simulations Probing Hairpin Unfolding and the Dynamics of a GNRA Tetraloop 32 8 sichnya 2007 u Wayback Machine Eric J Sorin Mark A Engelhardt Daniel Herschlag amp Vijay S Pande Journal of Molecular Biology 2002 317 4 2 Insights into nucleic acid conformational dynamics from massively parallel stochastic simulations 33 8 sichnya 2007 u Wayback Machine Eric J Sorin Young Min Rhee Brad J Nakatani amp Vijay S Pande Biophysical Journal 2003 In Press 3 Protein Data Bank entry for GCAA tetraloop hairpin 1ZIH 34 Proyekti 320 339 Peptid Fs ye dobre vivchenoyu spirallyu polialaninu z troma vstavlenimi stabilizuyuchimi zalishkami Argininu Proyekti 320 339 umozhlivlyat harakterizaciyu dinamiki rivnovazhnogo zgortannya i rozgortannya ciyeyi prostoyi vtorinnoyi strukturi tak samo yak i vpliv vodi na ci procesi ta prirodu procesiv stabilizaciyi zalishkiv ARG Argininu Ci seriyi proyektiv zaversheni Zobrazhennya Proyekti 340 349 Seriyi 340 387 ye prodovzhennyam pershih serij RNK proyektiv 301 319 z vikoristannyam vitonchenishih algoritmiv dlya zbilshennya otrimanoyi tochnosti Ci proyekti yaki vikoristovuyut nove yadro F H Gromacs dozvolyayut dosliditi rol molekul i ioniv vodi u procesah zgortannya i rozgortannya tak samo yak i efekt polyarnosti vodi vikoristovuyuchi tri TIP modeli zrostayuchoyi skladnosti Ci seriyi proyektiv zaversheni Priklad Dlya konkretnishoyi informaciyi Insights into nucleic acid conformational dynamics from massively parallel stochastic simulations 37 8 sichnya 2007 u Wayback Machine Eric J Sorin Young Min Rhee Brad J Nakatani amp Vijay S Pande Biophysical Journal 2003 85 In Press Proyekti 350 359 Peptid Fs ye dobre vivchenoyu spirallyu polialaninu z troma vstavlenimi stabilizuyuchimi zalishkami argininu Proyekti 350 353 umozhlivlyat harakterizaciyu dinamiki rivnovazhnogo zgortannya i rozgortannya ciyeyi prostoyi vtorinnoyi strukturi tak samo yak i vpliv vodi na ci procesi ta prirodu procesiv stabilizaciyi zalishkiv ARG argininu Proyekti 354 359 fokusuyutsya na chistomu analozi polialaninu Fs peptidu Ci seriyi proyektiv zaversheni Priklad Proyekti 360 387 Seriyi 340 387 ye prodovzhennyam pershih serij RNK proyektiv 301 319 z vikoristannyam vitonchenishih algoritmiv dlya zbilshennya otrimanoyi tochnosti Ci proyekti yaki vikoristovuyut nove yadro F H Gromacs dozvolyayut dosliditi rol molekul i ioniv vodi u procesah zgortannya i rozgortannya tak samo yak i efekt polyarnosti vodi vikoristovuyuchi tri TIP modeli zrostayuchoyi skladnosti Ci seriyi proyektiv zaversheni Priklad Dlya konkretnishoyi informaciyi Insights into nucleic acid conformational dynamics from massively parallel stochastic simulations 40 8 sichnya 2007 u Wayback Machine Eric J Sorin Young Min Rhee Brad J Nakatani amp Vijay S Pande Biophysical Journal 2003 85 In Press Proyekti 388 396 RNK tak yak i bilki mozhe zgortatisya u tochni trivimirni strukturi z metoyu funkcionuvannya cej proces za analogiyeyu nazivayetsya Zgortannyam RNK Pochalisya doslidzhennya samoorganizaciyi bilshih riznovidiv RNK simulyuyuchi povnij proces zgortannya transportnoyi RNK t RNK zhittyevo vazhlivogo gravcya u vnutrishnoklitinnij organizaciyi bilkiv Dlya dosyagnennya meti vikoristovuyutsya atomistichna model i zmishuyuchi potenciali Ci seriyi proyektiv zaversheni Zobrazhennya drizhdzhova t RNKphe pdb code 6tna 41 12 sichnya 2008 u Wayback Machine Proyekti 400 499 Ci zahoplyuyuchi novi proyekti ye namagannyam zrozumiti yak dobre pracyuyut potochni modeli bilkiv Budut simulyuvatisya bokovi lancyugi aminokislot molekul z yakih utvoreni bilki otochenih vodoyu shob vimiryati vlastivosti cih modelej aminokislot Rozuminnya yak povodyatsya potochni modeli aminokislot mozhe dopomogti u rozrobci novih i krashih modelej dlya simulyaciyi bilkiv Ci proyekti potrebuyut trohi bilshe pam yati tomu sho simulyuyutsya bagato molekul vodi i yak minimum chasu za yakij budut opracovani novi rezultati trivayut menshe chasu Krajnij termin dlya cih zavdan korotshij 18 godin Cej chas bude zbilshenij yaksho viyavitsya sho bagato zavdan budut vtrachatisya Zobrazhennya Div takozhWorld Community GridPrimitkihttp folding stanford edu home faq faq simulation http vspx27 stanford edu cgi bin main py qtype osstats nedostupne posilannya z chervnya 2019 PosilannyaOficijnij sajt Arhivovano 21 veresnya 2012 u WebCite Sajt komandi Ukraine 14 bereznya 2022 u Wayback Machine Oficijnij forum Folding home 28 bereznya 2022 u Wayback Machine