Azərbaycanca AzərbaycancaБеларускі БеларускіDansk DanskDeutsch DeutschEspañola EspañolaFrançais FrançaisIndonesia IndonesiaItaliana Italiana日本語 日本語Қазақ ҚазақLietuvos LietuvosNederlands NederlandsPortuguês PortuguêsРусский Русскийසිංහල සිංහලแบบไทย แบบไทยTürkçe TürkçeУкраїнська Українська中國人 中國人United State United StateAfrikaans Afrikaans
Підтримка
www.wikidata.uk-ua.nina.az

Методи фіксації конформації хромосом часто скорочено до 3С технологій або методів на основі 3С англ Chromosome conformat

Методи фіксації конформації хромосом

Методи фіксації конформації хромосом

Методи фіксації конформації хромосом, часто скорочено до 3С-технологій або методів на основі 3С (англ. Chromosome conformation capture, 3C) — це набір методів молекулярної біології, що використовуються для аналізу просторової організації хроматину в ядрі клітини. Їх застосовують для кількісної оцінки взаємодій між геномними локусами, які розташовані поблизу в тривимірному просторі, але можуть бути розділені багатьма нуклеотидами в лінійному геномі. Такі взаємодії можуть виникати внаслідок біологічних функцій, наприклад, між промотором і енхансером або в результаті випадкового утворення петель полімеру, коли непрямий фізичний рух хроматину викликає «зіткнення» локусів. При цьому регуляторні елементи можуть розташовуватися на відстані декількох мільйонів пар основ від генів, експресію яких вони контролюють. Незважаючи на це, складна конформація ділянки ДНК між ними дозволяє їм безпосередньо взаємодіяти один з одним.

Частоти взаємодій можуть бути проаналізовані безпосередньо або конвертовані у відстані та використані для реконструкції 3D структур.

Основні відмінності методів на основі 3C — це їх можливості і область застосування. Наприклад, при використанні ПЛР для виявлення взаємодії в експерименті 3С кількісно оцінюються взаємодії двох конкретних фрагментів. Навпаки, Hi-C кількісно визначає взаємодію між усіма можливими парами фрагментів одночасно. Глибоке секвенування матеріалу, отриманого за допомогою 3C, також дозволяє скласти карти взаємодій цілого генома.

Історія

Історично мікроскопія була основним методом дослідження ядерної організації, який можна датувати ще 1590 роком.

  • У 1879 році Вальтер Флеммінг ввів термін «хроматин»;
  • У 1883 році Август Вейсман пов'язав хроматин зі спадковістю;
  • У 1884 році Альбрехт Коссель відкрив гістони;
  • У 1888 році Саттон і Бовері запропонували теорію безперервності хроматину протягом клітинного циклу;
  • У 1889 році Вільгельм фон Вальдейер ввів термін «хромосома»;
  • У 1928 році Еміль Хайц ввів термін «гетерохроматин» та «еухроматин»;
  • У 1942 році Конрад Воддінгтон постулював епігенетичні ландшафти;
  • У 1948 році Роллін Хотчкіс відкрив метилювання ДНК;
  • У 1953 році Уотсон і Крік відкрили подвійну спіральну структуру ДНК;
  • У 1961 році Мері Лайон постулювала принцип X-інактивації;
  • У 1973/1974 роках було виявлено хроматинове волокно;
  • У 1975 році П'єр Шамбон ввів термін «нуклеосома»;
  • У 1982 році були виявлені хромосомні території;
  • У 1984 році Джон Т. Ліс запровадив методику імунопреципітації хроматину;
  • У 1993 році був опублікований аналіз ядерного лігування  - метод, який міг визначити частоту циркуляції ДНК у розчині. Цей аналіз був використаний, щоб показати, що естроген індукує взаємодію між промотором гена пролактину та сусіднім енхансером;
  • У 2002 році Джоб Деккер представив нову ідею про те, що щільні матриці частот взаємодії між локусами можуть використовуватися для виведення просторової організації геномів. Ця ідея стала основою для його розробки аналізу фіксації хромосомної конформації (3С), опублікованого у 2002 році Джобом Деккером та його колегами в лабораторії Клекнера Гарвардського університету;
  • У 2003 році проект «Геном людини» був закінчений;
  • У 2006 році Маріке Сімоні винайшла 4C, а Дості в лабораторії Деккера винайшов 5С;
  • У 2007 році Б. Франклін П'ю вніс інновації у методику ChIP-seq;
  • У 2009 році Ліберман-Ейден і Джоб Деккер винайшли Hi-C, Меліса Дж. Фулвуд та Іджун Руан винайшли ChIA-PET;
  • У 2012 році група під керівництвом Рен та групи під керівництвом Едіт Херд та Джоба Деккера виявили топологічно асоційовані домени (англ. TAD — Topologically Associating Domains) у ссавців;
  • У 2013 році Такаші Нагано та Пітер Фрейзер ввели методику внутрішньоядерного лігування для Hi-C та одноклітинного Hi-C.

Експериментальні методи

Всі методи фіксації конформації хромосом починаються з аналогічного набору маніпуляцій на початковому етапі, що виконується на зразку клітин:

  1. Обробка формальдегідом, який зшиває ділянки геному, які розташовані поруч у просторі, таким чином заморожуючи взаємодії між локусами. Найчастіше використовується 1-3 % розчин формальдегіду для фіксації протягом 10-30 хвилин при кімнатній температурі. Однак, необхідна стандартизація для запобігання сшивок білків з ДНК, які можуть заважати рестрикції на наступному етапі;
  2. Фрагментація за допомогою ендонуклеаз рестрикції (рестриктаз). Розмір фрагментів рестрикції визначає роздільну здатність карти взаємодій. Для цього використовуються рестрикційні ферменти (англ. REs — restriction enzymes), які роблять надрізи на послідовності розпізнавання 6 п.н., такі як EcoR1 або HindIII, оскільки вони розрізають геном раз на 4000 п.н., даючи близько 1 мільйона фрагментів у випадку генома людини. Для більш точного відображення взаємодій також можуть бути використані 4 п.н. розпізнаваючі рестриктази;
  3. Випадкове лігування, яке проводиться при низьких концентраціях ДНК в присутності Т4 ДНК-лігази або всередині неушкоджених, пермеабілізованих ядер. В результаті «склеюються» кінці зшитих ДНК. Низькі концентрації забезпечують специфічність лігування (тільки між зшитими взаємодіючими фрагментами). Згодом взаємодіючі локуси кількісно оцінюють шляхом ампліфікації лігованих фрагментів за допомогою ПЛР;
  4. Створення парної 3С бібліотеки. Термічна обробка призводить до розриву зв'язків і утворення лінійних химерних фрагментів ДНК. В результаті буде створена бібліотека взаємодіючих фрагментів ДНК (3C бібліотека);
  5. Real-time ПЛР дозволяє оцінювати імовірність взаємодії двох конкретних ділянок геному. Проводять підбір праймерів таким чином, що кожен праймер комплементарний своєму відповідному локусу. У разі взаємодії відбувається відпал обох праймерів і ампліфікація фрагмента.

Базові методи

image
Схематичний огляд експериментальної процедури для 3С та похідних методів

3C (один проти одного)

Метод захоплення конформації хромосоми (англ. Chromosome conformation capture, 3C) необхідний для кількісного визначення взаємодії між обраної парою геномних локусів. Наприклад, 3C можна використовувати для вивчення потенційної взаємодії промотор-енхансер. Ліговані фрагменти детектують за допомогою ПЛР, використовуючи праймери до відомих послідовностей. Ось чому ця методика вимагає попередніх знань про взаємодіючі ділянки.

4С (один проти всіх)

Метод замкнутого захоплення конформації хромосоми (англ. Circularized chromosome conformation capture, 4С) охоплює взаємодії між одним обраним локусом і іншими геномними локусами. Він використовується для того, щоб знайти ділянку генома, яка взаємодіє з даною послідовністю ДНК і являє собою комбінацію стандартного методу 3С з інвертованою ПЛР.

Перші 4 етапу збігаються з етапами методу фіксації конформації хромосом. Далі послідовно проводяться фрагментація отриманої 3С бібліотеки рестриктазами; лігування для циклізації фрагментів ДНК, в результаті отримуючи бібліотеку «кільцевих» химерних ДНК (4C бібліотека). Інвертована ПЛР дозволяє ампліфікувати невідому послідовність, використовуючи відому послідовність, зшиту з нею. Аналіз 4С бібліотеки проводиться з використанням ДНК-мікрочипів.

На відміну від 3C і 5C, методи 4C не вимагають попереднього знання нуклеотидних послідовностей обох взаємодіючих хромосомних ділянок. Результати, отримані за допомогою 4С, є надзвичайно відтворюваними при більшості взаємодій, виявлених між регіонами, що є близькими один до одного. На одному мікрочипі можна проаналізувати близько мільйона взаємодій.

5C (багато проти багатьох)

5C розпізнає взаємодії між усіма фрагментами в заданому регіоні, причому розмір цього регіону зазвичай не перевищує мегабази. Він дозволяє шукати ділянки ДНК, які взаємодіють з декількома вибраними ділянками генома і являє собою комбінацію методу 3С і мультиплексной ПЛР.

Перші 4 етапу збігаються з етапами методу фіксації конформації хромосом. Далі послідовно проводяться лігування адаптерів до всіх фрагментів з використанням Taq-лігази; аналіз 5С бібліотеки проводиться з використанням ДНК-мікрочипів і секвенування. 5С корисний для вивчення складних взаємодій, проте має відносно низький покриття. Метод не підходить для вивчення комплексних взаємодій по всьому геному, оскільки для цього будуть потрібні мільйони праймерів 5C.

Hi-C (всі проти всіх)

Hi-C використовує високопродуктивне секвенування для пошуку нуклеотидної послідовності фрагментів. В даному випадку проводиться обробка рестриктазами фіксованого хроматину, біотінілювання кінців і подальше випадкове лігування. Пара послідовностей незалежно картується на геном, що дозволяє виділити фрагменти, задіяні в лігуванні. Таким чином, перевіряються всі можливі парні взаємодії між фрагментами.

Вчені намагаються встановити межі застосування методу Hi-C на прикладі дослідження, присвяченого скринінгу первинних пухлин головного мозку. До онкоскринінгу Hi-C в основному використовувався для досліджень на культурах клітин.

Спеціальні методи

До спеціальних методів можна віднести методи на основі захоплення послідовності, single-cell методи і методи на основі імунопреципітації. Наприклад, single-cell Hi-C може бути використаний для вивчення взаємодій в окремих клітинах.

Методи на основі захоплення послідовності використовують фіксацію олігонуклеотидів для збагачення бібліотек 3C і Hi-C досліджуваних локусів. До них належать: Capture-C, NG Capture-C, Capture-3C і Capture Hi-C. Ці методи дозволяють досягти більш високої роздільної здатності та чутливості, ніж методи на основі 4C.

Методи на основі імунопреципітації дозволяють виділити локуси, які взаємодіють за допомогою специфічних білків, наприклад, транскрипційних факторів або інсуляторних білків. Серед них можна виділити такі методи, як ChIP-loop і ChIA-PET. ChIP-loop комбінує 3C з ChIP-seq для детекції взаємодії між двома важливими локусами, що опосередкована досліджуваним білком. ChIA-PET поєднує Hi-C та ChIP-seq для детекції всіх взаємодій, опосередкованих досліджуваним білком. HiChIP був розроблений з метою аналогічного аналізу, як ChIA-PET з меншою кількістю вхідного матеріалу.

Біологічне значення

Методи 3C сприяли великому числу важливих біологічних відкриттів, включаючи нові дані про структурні особливості хромосом, класифікацію хроматинових петель, а також допомогли поглибити знання про механізми регуляції транскрипції (чиє порушення може призводити до цілого ряду захворювань).

Ієрархічна організація 3D-генома a — Усередині інтерфазного ядра окремі хромосоми (представлені різними кольорами) займають окремі території; b — транскрипційно активні регіони, які переважно перебувають у внутрішньому ядерному просторі, мають тенденцію до взаємодії з іншими активними регіонами, утворюючи компартмент A. Неактивні регіони, які переважно пов'язані з ядерною ламіною та ядерцем, мають тенденцію взаємодіяти з іншими неактивними областями, утворюючи компартмент B; c — Геномні домени, що виявляють сильну взаємодію та є ізольовані від сусідніх регіонів, утворюють топологічно асоційовані домени (ТАДи). У ссавців CCCTC-binding factor (CTCF) на хроматині переважно виявляються на межах ТАД; d — Всередині кожного ТАД є домені петлі, опосередковані когезином, які полегшують фолдинг хроматину.

Методи фіксації конформації хромосом продемонстрували важливість просторової близькості регуляторних елементів генів. Наприклад, в тканинах, що експресують гени глобіну, контрольна ділянка локусу β-глобіну формує петлю разом з даними генами. При цьому петля відсутня в тканинах, де цей ген не експресується. Ця технологія надалі допомогла генетичному та епігенетичному вивченню хромосом як у модельних організмів, так і у людини.

Фіксація конформації хромосом дозволила виявити крупний рівень їх організації — так звані ТАДи (топологічно асоційовані домени), що корелюють зі змінами в епігенетичних маркерах. Деякі ТАДи не виявляють транскрипційної активності, в той час як активність інших інгібується. Велика кількість ТАДів виявлено у D. melanogaster, миші і людини. Основну роль у визначенні взаємодій між ТАДами, енхансером і промоторами грають транскрипційні фактор CTCF і білковий комплекс когезин. Результати 3C експериментів говорять про важливість орієнтації («обличчям до обличчя») зв'язуючих мотивів CTCF і енхансер-промоторної петлі. Це необхідно для коректного позиціонування енхансера щодо своєї мішені.

Захворювання людини

Існує ряд хвороб, що викликаються дефектами промотор-енхансерної взаємодії. До них належить таке захворювання крові, як бета-таласемія, що виникає внаслідок делеції енхансерного елемента ЛКО. Мутація в SBE2 енхансері, яка, в свою чергу, послаблює експресію гена SHH, призводить до розвитку голопрозенцефалії. При цьому порушується формування кінцевого мозку, розділеного на півкулі. Іншим прикладом пов'язаних зі зміною експресії SHH захворювань є полідактилія другого типу PPD2 (трифаланговий великий палець). Вона виникає через мутації регуляторного елемента ZRS, що впливає на посилену продукцію SHH.

Розлад взаємодій між промотором і енхансером впливає не тільки на вади розвитку, але також може служити причиною онкологічних захворювань. Так, аденокарцинома легень може розвиватися внаслідок дуплікації енхансерного елемента гена MYC. T-клітинний гострий лімфобластний лейкоз може бути викликаний появою нового енхансера через мутації в послідовності інтрона.

Аналіз даних

Дані, що виходять в результаті різних 3C експериментів, характеризуються відмінними структурою і статистичними властивостями. Тому для обробки кожного типу експериментів існує свій програмний пакет.

Дані Hi-C часто використовуються в аналізі рівнів повногеномної організації хроматину. В результаті обробки існуючими алгоритмами виділяються ТАДи, протяжні лінійні ділянки геному, які пов'язані просторово.

Hi-C та його похідні постійно удосконалюються. Fit-Hi-C — це метод, заснований на принципі дискретного біннінга даних. Можливі його модифікації з урахуванням відстані взаємодії (уточнення початкового сплайна або spline-1) і уточненням нульовий моделі (spline-2). Результатом Fit-Hi-C є список попарних інтрахромосомних взаємодій з відповідними значеннями p-value і q-value.

3D організація генома може бути встановлена з використанням методів спектрального розкладання матриці контактів. Кожен власний вектор відповідає набору локусів з загальними структурними властивостями (ці локуси необов'язково повинні бути розташовані лінійно один за одним).

Одним з факторів похибок для технології 3C є часті неспецифічні взаємодії між локусами, що з'являються в результаті випадкової поведінки полімеру. Специфічність взаємодії між двома локусами обов'язково повинна бути підтверджена на відповідному рівні статистичної значущості.

Нормалізація карти контактів Hi-C

image
Візуалізація даних Hi-C за допомогою теплової карти і кругової діаграми.a.Hi-C взаємодії між усіма хромосомами з G401 клітин людської нирки, графік виконаний в програмі my5C. b.Теплова карта, що ілюструє структуру мишачої X-хромосоми, програма Hi-Browse. c.Візуалізація в формі теплової карти локусу 3 Mbp, виконана в Juicebox з використанням in-situ Hi-C даних, отриманих з клітинної лінії GM12878. d.Кругова діаграма X-хромосоми миші, згенерована Epigenome Browser

Існує два основних шляхи нормалізації первинних даних теплової карти контактів Hi-C. Перший — припущення стосовно рівної доступності, що означає однакові шанси для кожної позиції в хромосомі брати участь у взаємодії. ВІдповідно, істинний сигнал карти контактів Hi-C повинен являти собою врівноважену матрицю (врівноваженою матрицею вважається така, для якої суми значень по рядках і стовпцях рівні). Прикладом такого алгоритму є алгоритм Сінхорна-Кноппа, який призводить попередню карту контактів до виду врівноваженої матриці.

Інший спосіб використовує припущення про те, що з кожною хромосомною позицією пов'язана деяка зміщеність. Значення карти контактів для кожної координати буде дорівнювати істинному сигналу для даної позиції, помноженому на зміщення для двох сусідніх позицій. До алгоритмів, що використовують модель зі зміщенням, належить алгоритм ітеративной корекції. У процесі його виконання зміщеність по рядках і стовпчикам ітеративно виключається з первинної карти контактів.

Аналіз мотивів ДНК

ДНК-мотиви — це специфічні короткі послідовності ДНК, часто 8-20 нуклеотидів довжиною, які статистично завищені у наборі послідовностей із загальною біологічною функцією. В даний час регуляторні мотиви дальньої взаємодії хроматину не вивчені широко. У кількох дослідженнях було зосереджено увагу на з'ясуванні впливу мотивів ДНК у взаємодії промотор-енхансер.

Бейлі та ін. виявили, що мотив ZNF143 в промоторних областях забезпечує специфічність послідовності взаємодій промотор-енхансер. Мутація мотиву ZNF143 зменшила частоту промотор-енхансерних взаємодій, що дозволяє припустити, що ZNF143 є новим фактором циклізації хроматину.

Для аналізу мотивів геномного масштабу у 2016 році Вонг та ін. повідомили про перелік 19 491 пар мотивів ДНК для клітинної лінії K562 щодо взаємодій промотор-енхансер. Як результат, вони запропонували, що кратність зв'язування мотивів (кількість мотивів, сполучених із заданим мотивом) пов'язана з відстанню взаємодії та типом регуляторної області. У наступному році Вонг опублікував ще одну статтю, в якій повідомив про 18 879 пар мотивів у 6 людських клітинних ліній. Новим внеском цієї роботи є MotifHyades — інструмент виявлення мотивів, який можна безпосередньо застосувати до парних послідовностей.

Аналіз ракових геномів

Техніки, засновані на методах 3C, можуть пролити світло на хромосомні перебудови в ракових геномах. Більш того, вони здатні показувати зміни в просторовій близькості регуляторних елементів і їх генів-мішеней, дозволяючи поглибити розуміння структурно-функціональної організації генома в цілому.

Примітки

  1. de Wit, E.; de Laat, W. (1 січня 2012). A decade of 3C technologies: insights into nuclear organization. Genes & Development. Т. 26, № 1. с. 11—24. doi:10.1101/gad.179804.111. ISSN 0890-9369. Процитовано 13 січня 2020.
  2. Hakim, Ofir; Misteli, Tom (2012-03). . Cell (англ.). Т. 148, № 5. с. 1068—1068.e2. doi:10.1016/j.cell.2012.02.019. Архів оригіналу за 21 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  3. Ay, Ferhat; Bailey, Timothy L.; Noble, William Stafford (2014-06). . Genome Research. Т. 24, № 6. с. 999—1011. doi:10.1101/gr.160374.113. ISSN 1549-5469. PMC 4032863. PMID 24501021. Архів оригіналу за 30 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  4. Dekker, Job (2006-01). . Nature Methods (англ.). Т. 3, № 1. с. 17—21. doi:10.1038/nmeth823. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  5. Dekker, Job (2003-06). . Trends in Biochemical Sciences (англ.). Т. 28, № 6. с. 277—280. doi:10.1016/S0968-0004(03)00089-6. Архів оригіналу за 13 січня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
  6. Rao, Suhas S. P.; Huntley, Miriam H.; Durand, Neva C.; Stamenova, Elena K.; Bochkov, Ivan D.; Robinson, James T.; Sanborn, Adrian L.; Machol, Ido; Omer, Arina D. (18 грудня 2014). . Cell. Т. 159, № 7. с. 1665—1680. doi:10.1016/j.cell.2014.11.021. ISSN 1097-4172. PMC 5635824. PMID 25497547. Архів оригіналу за 7 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
  7. Varoquaux, Nelle; Ay, Ferhat; Noble, William Stafford; Vert, Jean-Philippe (15 червня 2014). . Bioinformatics (Oxford, England). Т. 30, № 12. с. i26—33. doi:10.1093/bioinformatics/btu268. ISSN 1367-4811. PMC 4229903. PMID 24931992. Архів оригіналу за 30 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
  8. Davies, James O J; Oudelaar, A Marieke; Higgs, Douglas R; Hughes, Jim R (2017-02). . Nature Methods (англ.). Т. 14, № 2. с. 125—134. doi:10.1038/nmeth.4146. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 27 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  9. Denker, Annette; de Laat, Wouter (06 15, 2016). . Genes & Development. Т. 30, № 12. с. 1357—1382. doi:10.1101/gad.281964.116. ISSN 1549-5477. PMC 4926860. PMID 27340173. Архів оригіналу за 30 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
  10. WHIPPLE, ROBERT S. (1933-02). The History of the Microscope: Compiled from Original Instruments and Documents, up to the Introduction of the Achromatic Microscope. Nature. Т. 131, № 3303. с. 219—221. doi:10.1038/131219a0. ISSN 0028-0836. Процитовано 13 січня 2020.
  11. Flemming, Walther (1871). Ueber Bindesubstanzen und Gefässwandung bei Mollusken. Rostock :: Carl Boldis Buchdr.,.
  12. Martins, L.A.-C.P. (1999-06). . Genetics and Molecular Biology. Т. 22, № 2. с. 261—272. doi:10.1590/S1415-47571999000200022. ISSN 1415-4757. Архів оригіналу за 2 грудня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
  13. Broccias, Cristiano (17 лютого 2012). Nikolas Gisborne, The event structure of perception verbs. Oxford: Oxford University Press, 2010. Pp. x + 317. English Language and Linguistics. Т. 16, № 1. с. 176—183. doi:10.1017/s1360674311000347. ISSN 1360-6743. Процитовано 13 січня 2020.
  14. Eissenberg, Joel C; Elgin, Sarah (19 квітня 2001). Heterochromatin and Euchromatin. Encyclopedia of Life Sciences. John Wiley & Sons, Ltd. ISBN . Процитовано 13 січня 2020.
  15. Deichmann, Ute (08 01, 2016). . Developmental Biology. Т. 416, № 1. с. 249—254. doi:10.1016/j.ydbio.2016.06.005. ISSN 1095-564X. PMID 27291929. Архів оригіналу за 15 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.
  16. Lu, Haoyang; Liu, Xinzhou; Deng, Yulin; Qing, Hong (5 грудня 2013). . Frontiers in Aging Neuroscience. Т. 5. с. 85. doi:10.3389/fnagi.2013.00085. ISSN 1663-4365. PMC 3851782. PMID 24367332. Архів оригіналу за 26 травня 2016. Процитовано 13 січня 2020.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
  17. "The Francis Crick Papers: The Discovery of the Double Helix, 1951-1953".
  18. Cremer, Thomas; Cremer, Marion (2010-03). . Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. Т. 2, № 3. с. a003889. doi:10.1101/cshperspect.a003889. ISSN 1943-0264. PMC 2829961. PMID 20300217. Архів оригіналу за 18 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  19. Cullen, K. E.; Kladde, M. P.; Seyfred, M. A. (9 липня 1993). . Science (New York, N.Y.). Т. 261, № 5118. с. 203—206. doi:10.1126/science.8327891. ISSN 0036-8075. PMID 8327891. Архів оригіналу за 14 грудня 2017. Процитовано 13 січня 2020.
  20. Dekker, Job; Rippe, Karsten; Dekker, Martijn; Kleckner, Nancy (15 лютого 2002). . Science (New York, N.Y.). Т. 295, № 5558. с. 1306—1311. doi:10.1126/science.1067799. ISSN 1095-9203. PMID 11847345. Архів оригіналу за 15 жовтня 2017. Процитовано 13 січня 2020.
  21. Osborne, Cameron S.; Ewels, Philip A.; Young, Alice N. C. (2011-01). . Briefings in Functional Genomics. Т. 10, № 1. с. 11—17. doi:10.1093/bfgp/elq034. ISSN 2041-2657. PMC 3080762. PMID 21258046. Архів оригіналу за 29 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
  22. Simonis, Marieke; Klous, Petra; Splinter, Erik; Moshkin, Yuri; Willemsen, Rob; de Wit, Elzo; van Steensel, Bas; de Laat, Wouter (2006-11). . Nature Genetics. Т. 38, № 11. с. 1348—1354. doi:10.1038/ng1896. ISSN 1061-4036. PMID 17033623. Архів оригіналу за 29 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
  23. Dostie, Josée; Richmond, Todd A.; Arnaout, Ramy A.; Selzer, Rebecca R.; Lee, William L.; Honan, Tracey A.; Rubio, Eric D.; Krumm, Anton; Lamb, Justin (2006-10). . Genome Research. Т. 16, № 10. с. 1299—1309. doi:10.1101/gr.5571506. ISSN 1088-9051. PMC 1581439. PMID 16954542. Архів оригіналу за 6 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
  24. Albert, Istvan; Mavrich, Travis N.; Tomsho, Lynn P.; Qi, Ji; Zanton, Sara J.; Schuster, Stephan C.; Pugh, B. Franklin (29 березня 2007). . Nature. Т. 446, № 7135. с. 572—576. doi:10.1038/nature05632. ISSN 1476-4687. PMID 17392789. Архів оригіналу за 15 липня 2016. Процитовано 13 січня 2020.
  25. Lieberman-Aiden, Erez; van Berkum, Nynke L.; Williams, Louise; Imakaev, Maxim; Ragoczy, Tobias; Telling, Agnes; Amit, Ido; Lajoie, Bryan R.; Sabo, Peter J. (9 жовтня 2009). . Science (New York, N.Y.). Т. 326, № 5950. с. 289—293. doi:10.1126/science.1181369. ISSN 1095-9203. PMC 2858594. PMID 19815776. Архів оригіналу за 4 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
  26. Fullwood, Melissa J.; Liu, Mei Hui; Pan, You Fu; Liu, Jun; Xu, Han; Mohamed, Yusoff Bin; Orlov, Yuriy L.; Velkov, Stoyan; Ho, Andrea (5 листопада 2009). . Nature. Т. 462, № 7269. с. 58—64. doi:10.1038/nature08497. ISSN 1476-4687. PMC 2774924. PMID 19890323. Архів оригіналу за 4 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  27. Dixon, Jesse R.; Selvaraj, Siddarth; Yue, Feng; Kim, Audrey; Li, Yan; Shen, Yin; Hu, Ming; Liu, Jun S.; Ren, Bing (11 квітня 2012). . Nature. Т. 485, № 7398. с. 376—380. doi:10.1038/nature11082. ISSN 1476-4687. PMC 3356448. PMID 22495300. Архів оригіналу за 26 липня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  28. Nora, Elphège P.; Lajoie, Bryan R.; Schulz, Edda G.; Giorgetti, Luca; Okamoto, Ikuhiro; Servant, Nicolas; Piolot, Tristan; van Berkum, Nynke L.; Meisig, Johannes (11 квітня 2012). . Nature. Т. 485, № 7398. с. 381—385. doi:10.1038/nature11049. ISSN 1476-4687. PMC 3555144. PMID 22495304. Архів оригіналу за 5 вересня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  29. Nagano, Takashi; Lubling, Yaniv; Stevens, Tim J.; Schoenfelder, Stefan; Yaffe, Eitan; Dean, Wendy; Laue, Ernest D.; Tanay, Amos; Fraser, Peter (3 жовтня 2013). . Nature. Т. 502, № 7469. с. 59—64. doi:10.1038/nature12593. ISSN 1476-4687. PMC 3869051. PMID 24067610. Архів оригіналу за 11 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  30. Gavrilov, Alexey; Eivazova, Elvira; Pirozhkova, Iryna; Lipinski, Marc; Razin, Sergey; Vassetzky, Yegor (2009). Collas, Philippe (ред.). Chromosome Conformation Capture (from 3C to 5C) and Its ChIP-Based Modification. Chromatin Immunoprecipitation Assays. Т. 567. Totowa, NJ: Humana Press. с. 171—188. doi:10.1007/978-1-60327-414-2_12.. ISBN . {{}}: Перевірте значення |doi= ()
  31. Naumova, Natalia; Smith, Emily M.; Zhan, Ye; Dekker, Job (2012-11). . Methods (англ.). Т. 58, № 3. с. 192—203. doi:10.1016/j.ymeth.2012.07.022. Архів оригіналу за 15 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
  32. Belton, Jon-Matthew; Dekker, Job (2015-06). Chromosome Conformation Capture (3C) in Budding Yeast. Cold Spring Harbor Protocols (англ.). Т. 2015, № 6. с. pdb.prot085175. doi:10.1101/pdb.prot085175. ISSN 1940-3402. Процитовано 13 січня 2020.
  33. Gavrilov, Alexey A.; Golov, Arkadiy K.; Razin, Sergey V. (26 березня 2013). Dean, Ann (ред.). Actual Ligation Frequencies in the Chromosome Conformation Capture Procedure. PLoS ONE (англ.). Т. 8, № 3. с. e60403. doi:10.1371/journal.pone.0060403. ISSN 1932-6203. Процитовано 13 січня 2020.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
  34. Stadhouders, Ralph; Kolovos, Petros; Brouwer, Rutger; Zuin, Jessica; van den Heuvel, Anita; Kockx, Christel; Palstra, Robert-Jan; Wendt, Kerstin S; Grosveld, Frank (2013-03). . Nature Protocols (англ.). Т. 8, № 3. с. 509—524. doi:10.1038/nprot.2013.018. ISSN 1754-2189. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  35. Zhao, Zhihu; Tavoosidana, Gholamreza; Sjölinder, Mikael; Göndör, Anita; Mariano, Piero; Wang, Sha; Kanduri, Chandrasekhar; Lezcano, Magda; Singh Sandhu, Kuljeet (2006-11). . Nature Genetics (англ.). Т. 38, № 11. с. 1341—1347. doi:10.1038/ng1891. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  36. van de Werken, Harmen J G; Landan, Gilad; Holwerda, Sjoerd J B; Hoichman, Michael; Klous, Petra; Chachik, Ran; Splinter, Erik; Valdes-Quezada, Christian; Öz, Yuva (2012-10). . Nature Methods (англ.). Т. 9, № 10. с. 969—972. doi:10.1038/nmeth.2173. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  37. Harewood, Louise; Kishore, Kamal; Eldridge, Matthew D.; Wingett, Steven; Pearson, Danita; Schoenfelder, Stefan; Collins, V. Peter; Fraser, Peter (2017-12). . Genome Biology (англ.). Т. 18, № 1. с. 125. doi:10.1186/s13059-017-1253-8. ISSN 1474-760X. Архів оригіналу за 12 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
  38. Burton, Joshua N; Adey, Andrew; Patwardhan, Rupali P; Qiu, Ruolan; Kitzman, Jacob O; Shendure, Jay (2013-12). . Nature Biotechnology (англ.). Т. 31, № 12. с. 1119—1125. doi:10.1038/nbt.2727. ISSN 1087-0156. Архів оригіналу за 24 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  39. Schmitt, Anthony D.; Hu, Ming; Ren, Bing (2016-12). . Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 17, № 12. с. 743—755. doi:10.1038/nrm.2016.104. ISSN 1471-0072. Архів оригіналу за 29 квітня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
  40. Hughes, Jim R; Roberts, Nigel; McGowan, Simon; Hay, Deborah; Giannoulatou, Eleni; Lynch, Magnus; De Gobbi, Marco; Taylor, Stephen; Gibbons, Richard (2014-02). . Nature Genetics (англ.). Т. 46, № 2. с. 205—212. doi:10.1038/ng.2871. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  41. Davies, James O J; Telenius, Jelena M; McGowan, Simon J; Roberts, Nigel A; Taylor, Stephen; Higgs, Douglas R; Hughes, Jim R (2016-01). . Nature Methods (англ.). Т. 13, № 1. с. 74—80. doi:10.1038/nmeth.3664. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  42. the GIANT Consortium (2009-01). . Nature Genetics (англ.). Т. 41, № 1. с. 25—34. doi:10.1038/ng.287. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 6 вересня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  43. Jäger, Roland; Migliorini, Gabriele; Henrion, Marc; Kandaswamy, Radhika; Speedy, Helen E.; Heindl, Andreas; Whiffin, Nicola; Carnicer, Maria J.; Broome, Laura (2015-05). . Nature Communications (англ.). Т. 6, № 1. с. 6178. doi:10.1038/ncomms7178. ISSN 2041-1723. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  44. Tiwari, V. K.; Baylin, S. B. (1 березня 2009). Combined 3C-ChIP-Cloning (6C) Assay: A Tool to Unravel Protein-Mediated Genome Architecture. Cold Spring Harbor Protocols (англ.). Т. 2009, № 3. с. pdb.prot5168—pdb.prot5168. doi:10.1101/pdb.prot5168. ISSN 1559-6095. Процитовано 13 січня 2020.
  45. Horike, Shin-ichi; Cai, Shutao; Miyano, Masaru; Cheng, Jan-Fang; Kohwi-Shigematsu, Terumi (2005-01). . Nature Genetics (англ.). Т. 37, № 1. с. 31—40. doi:10.1038/ng1491. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 6 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  46. Mumbach, Maxwell R.; Rubin, Adam J.; Flynn, Ryan A.; Dai, Chao; Khavari, Paul A.; Greenleaf, William J.; Chang, Howard Y. (2016-11). . Nature Methods. Т. 13, № 11. с. 919—922. doi:10.1038/nmeth.3999. ISSN 1548-7105. PMC 5501173. PMID 27643841. Архів оригіналу за 30 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  47. Tolhuis, Bas; Palstra, Robert-Jan; Splinter, Erik; Grosveld, Frank; de Laat, Wouter (2002-12). . Molecular Cell (англ.). Т. 10, № 6. с. 1453—1465. doi:10.1016/S1097-2765(02)00781-5. Архів оригіналу за 7 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.
  48. Cavalli, Giacomo; Misteli, Tom (2013-03). . Nature Structural & Molecular Biology (англ.). Т. 20, № 3. с. 290—299. doi:10.1038/nsmb.2474. ISSN 1545-9993. Архів оригіналу за 26 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  49. Dekker, Job; Marti-Renom, Marc A.; Mirny, Leonid A. (2013-06). . Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 14, № 6. с. 390—403. doi:10.1038/nrg3454. ISSN 1471-0056. Архів оригіналу за 3 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  50. Guo, Ya; Xu, Quan; Canzio, Daniele; Shou, Jia; Li, Jinhuan; Gorkin, David U.; Jung, Inkyung; Wu, Haiyang; Zhai, Yanan (2015-08). . Cell (англ.). Т. 162, № 4. с. 900—910. doi:10.1016/j.cell.2015.07.038. Архів оригіналу за 17 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.
  51. Krijger, Peter Hugo Lodewijk; de Laat, Wouter (2016-12). . Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 17, № 12. с. 771—782. doi:10.1038/nrm.2016.138. ISSN 1471-0072. Архів оригіналу за 29 квітня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
  52. Fritsch, E. F.; Lawn, R. M.; Maniatis, T. (14 червня 1979). . Nature. Т. 279, № 5714. с. 598—603. doi:10.1038/279598a0. ISSN 0028-0836. PMID 450109. Архів оригіналу за 21 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  53. Van der Ploeg, L. H.; Konings, A.; Oort, M.; Roos, D.; Bernini, L.; Flavell, R. A. (14 лютого 1980). . Nature. Т. 283, № 5748. с. 637—642. doi:10.1038/283637a0. ISSN 0028-0836. PMID 6153459. Архів оригіналу за 18 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  54. Jeong, Y. (15 лютого 2006). A functional screen for sonic hedgehog regulatory elements across a 1 Mb interval identifies long-range ventral forebrain enhancers. Development (англ.). Т. 133, № 4. с. 761—772. doi:10.1242/dev.02239. ISSN 0950-1991. Процитовано 13 січня 2020.
  55. Wieczorek, Dagmar; Pawlik, Barbara; Li, Yun; Akarsu, Nurten A.; Caliebe, Almuth; May, Klaus J.W.; Schweiger, Bernd; Vargas, Fernando R.; Balci, Sevim (2010-01). A specific mutation in the distant sonic hedgehog ( SHH ) cis -regulator (ZRS) causes Werner mesomelic syndrome (WMS) while complete ZRS duplications underlie Haas type polysyndactyly and preaxial polydactyly (PPD) with or without triphalangeal thumb. Human Mutation (англ.). Т. 31, № 1. с. 81—89. doi:10.1002/humu.21142. Процитовано 13 січня 2020.
  56. Zhang, Xiaoyang; Choi, Peter S; Francis, Joshua M; Imielinski, Marcin; Watanabe, Hideo; Cherniack, Andrew D; Meyerson, Matthew (2016-02). . Nature Genetics (англ.). Т. 48, № 2. с. 176—182. doi:10.1038/ng.3470. ISSN 1061-4036. PMC 4857881. PMID 26656844. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
  57. Mansour, M. R.; Abraham, B. J.; Anders, L.; Berezovskaya, A.; Gutierrez, A.; Durbin, A. D.; Etchin, J.; Lawton, L.; Sallan, S. E. (12 грудня 2014). An oncogenic super-enhancer formed through somatic mutation of a noncoding intergenic element. Science (англ.). Т. 346, № 6215. с. 1373—1377. doi:10.1126/science.1259037. ISSN 0036-8075. PMC 4720521. PMID 25394790. Процитовано 13 січня 2020.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
  58. Dixon, Jesse R.; Selvaraj, Siddarth; Yue, Feng; Kim, Audrey; Li, Yan; Shen, Yin; Hu, Ming; Liu, Jun S.; Ren, Bing (2012-05). . Nature (англ.). Т. 485, № 7398. с. 376—380. doi:10.1038/nature11082. ISSN 0028-0836. Архів оригіналу за 10 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  59. Yardımcı, Galip Gürkan; Noble, William Stafford (2017-12). . Genome Biology (англ.). Т. 18, № 1. с. 26. doi:10.1186/s13059-017-1161-y. ISSN 1474-760X. Архів оригіналу за 21 листопада 2019. Процитовано 13 січня 2020.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
  60. Imakaev, Maxim; Fudenberg, Geoffrey; McCord, Rachel Patton; Naumova, Natalia; Goloborodko, Anton; Lajoie, Bryan R; Dekker, Job; Mirny, Leonid A (2012-10). . Nature Methods (англ.). Т. 9, № 10. с. 999—1003. doi:10.1038/nmeth.2148. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 10 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  61. Lajoie, Bryan R.; Dekker, Job; Kaplan, Noam (2015-01). . Methods (англ.). Т. 72. с. 65—75. doi:10.1016/j.ymeth.2014.10.031. Архів оригіналу за 3 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  62. Zambelli, Federico; Pesole, Graziano; Pavesi, Giulio (2013-03). . Briefings in Bioinformatics. Т. 14, № 2. с. 225—237. doi:10.1093/bib/bbs016. ISSN 1477-4054. PMC 3603212. PMID 22517426. Архів оригіналу за 21 липня 2015. Процитовано 13 січня 2020.
  63. Bailey, Swneke D.; Zhang, Xiaoyang; Desai, Kinjal; Aid, Malika; Corradin, Olivia; Cowper-Sal·lari, Richard; Akhtar-Zaidi, Batool; Scacheri, Peter C.; Haibe-Kains, Benjamin (3 лютого 2015). . Nature Communications (англ.). Т. 6, № 1. с. 1—10. doi:10.1038/ncomms7186. ISSN 2041-1723. PMC 4431651. PMID 25645053. Архів оригіналу за 25 травня 2021. Процитовано 13 січня 2020.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
  64. Wong, Ka-Chun; Li, Yue; Peng, Chengbin (26 вересня 2015). Identification of coupling DNA motif pairs on long-range chromatin interactions in human K562 cells. Bioinformatics. Т. 32, № 3. с. 321—324. doi:10.1093/bioinformatics/btv555. ISSN 1367-4803. Процитовано 13 січня 2020.
  65. Wong, Ka-Chun (1 жовтня 2017). . Bioinformatics (англ.). Т. 33, № 19. с. 3028—3035. doi:10.1093/bioinformatics/btx381. ISSN 1367-4803. Архів оригіналу за 29 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
  66. Taberlay, Phillippa C.; Achinger-Kawecka, Joanna; Lun, Aaron T.L.; Buske, Fabian A.; Sabir, Kenneth; Gould, Cathryn M.; Zotenko, Elena; Bert, Saul A.; Giles, Katherine A. (2016-06). Three-dimensional disorganization of the cancer genome occurs coincident with long-range genetic and epigenetic alterations. Genome Research (англ.). Т. 26, № 6. с. 719—731. doi:10.1101/gr.201517.115. ISSN 1088-9051. Процитовано 13 січня 2020.

Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет

Metodi fiksaciyi konformaciyi hromosom chasto skorocheno do 3S tehnologij abo metodiv na osnovi 3S angl Chromosome conformation capture 3C ce nabir metodiv molekulyarnoyi biologiyi sho vikoristovuyutsya dlya analizu prostorovoyi organizaciyi hromatinu v yadri klitini Yih zastosovuyut dlya kilkisnoyi ocinki vzayemodij mizh genomnimi lokusami yaki roztashovani poblizu v trivimirnomu prostori ale mozhut buti rozdileni bagatma nukleotidami v linijnomu genomi Taki vzayemodiyi mozhut vinikati vnaslidok biologichnih funkcij napriklad mizh promotorom i enhanserom abo v rezultati vipadkovogo utvorennya petel polimeru koli nepryamij fizichnij ruh hromatinu viklikaye zitknennya lokusiv Pri comu regulyatorni elementi mozhut roztashovuvatisya na vidstani dekilkoh miljoniv par osnov vid geniv ekspresiyu yakih voni kontrolyuyut Nezvazhayuchi na ce skladna konformaciya dilyanki DNK mizh nimi dozvolyaye yim bezposeredno vzayemodiyati odin z odnim Chastoti vzayemodij mozhut buti proanalizovani bezposeredno abo konvertovani u vidstani ta vikoristani dlya rekonstrukciyi 3D struktur Osnovni vidminnosti metodiv na osnovi 3C ce yih mozhlivosti i oblast zastosuvannya Napriklad pri vikoristanni PLR dlya viyavlennya vzayemodiyi v eksperimenti 3S kilkisno ocinyuyutsya vzayemodiyi dvoh konkretnih fragmentiv Navpaki Hi C kilkisno viznachaye vzayemodiyu mizh usima mozhlivimi parami fragmentiv odnochasno Gliboke sekvenuvannya materialu otrimanogo za dopomogoyu 3C takozh dozvolyaye sklasti karti vzayemodij cilogo genoma IstoriyaIstorichno mikroskopiya bula osnovnim metodom doslidzhennya yadernoyi organizaciyi yakij mozhna datuvati she 1590 rokom U 1879 roci Valter Flemming vviv termin hromatin U 1883 roci Avgust Vejsman pov yazav hromatin zi spadkovistyu U 1884 roci Albreht Kossel vidkriv gistoni U 1888 roci Satton i Boveri zaproponuvali teoriyu bezperervnosti hromatinu protyagom klitinnogo ciklu U 1889 roci Vilgelm fon Valdejer vviv termin hromosoma U 1928 roci Emil Hajc vviv termin geterohromatin ta euhromatin U 1942 roci Konrad Voddington postulyuvav epigenetichni landshafti U 1948 roci Rollin Hotchkis vidkriv metilyuvannya DNK U 1953 roci Uotson i Krik vidkrili podvijnu spiralnu strukturu DNK U 1961 roci Meri Lajon postulyuvala princip X inaktivaciyi U 1973 1974 rokah bulo viyavleno hromatinove volokno U 1975 roci P yer Shambon vviv termin nukleosoma U 1982 roci buli viyavleni hromosomni teritoriyi U 1984 roci Dzhon T Lis zaprovadiv metodiku imunoprecipitaciyi hromatinu U 1993 roci buv opublikovanij analiz yadernogo liguvannya metod yakij mig viznachiti chastotu cirkulyaciyi DNK u rozchini Cej analiz buv vikoristanij shob pokazati sho estrogen indukuye vzayemodiyu mizh promotorom gena prolaktinu ta susidnim enhanserom U 2002 roci Dzhob Dekker predstaviv novu ideyu pro te sho shilni matrici chastot vzayemodiyi mizh lokusami mozhut vikoristovuvatisya dlya vivedennya prostorovoyi organizaciyi genomiv Cya ideya stala osnovoyu dlya jogo rozrobki analizu fiksaciyi hromosomnoyi konformaciyi 3S opublikovanogo u 2002 roci Dzhobom Dekkerom ta jogo kolegami v laboratoriyi Kleknera Garvardskogo universitetu U 2003 roci proekt Genom lyudini buv zakinchenij U 2006 roci Marike Simoni vinajshla 4C a Dosti v laboratoriyi Dekkera vinajshov 5S U 2007 roci B Franklin P yu vnis innovaciyi u metodiku ChIP seq U 2009 roci Liberman Ejden i Dzhob Dekker vinajshli Hi C Melisa Dzh Fulvud ta Idzhun Ruan vinajshli ChIA PET U 2012 roci grupa pid kerivnictvom Ren ta grupi pid kerivnictvom Edit Herd ta Dzhoba Dekkera viyavili topologichno asocijovani domeni angl TAD Topologically Associating Domains u ssavciv U 2013 roci Takashi Nagano ta Piter Frejzer vveli metodiku vnutrishnoyadernogo liguvannya dlya Hi C ta odnoklitinnogo Hi C Eksperimentalni metodiVsi metodi fiksaciyi konformaciyi hromosom pochinayutsya z analogichnogo naboru manipulyacij na pochatkovomu etapi sho vikonuyetsya na zrazku klitin Obrobka formaldegidom yakij zshivaye dilyanki genomu yaki roztashovani poruch u prostori takim chinom zamorozhuyuchi vzayemodiyi mizh lokusami Najchastishe vikoristovuyetsya 1 3 rozchin formaldegidu dlya fiksaciyi protyagom 10 30 hvilin pri kimnatnij temperaturi Odnak neobhidna standartizaciya dlya zapobigannya sshivok bilkiv z DNK yaki mozhut zavazhati restrikciyi na nastupnomu etapi Fragmentaciya za dopomogoyu endonukleaz restrikciyi restriktaz Rozmir fragmentiv restrikciyi viznachaye rozdilnu zdatnist karti vzayemodij Dlya cogo vikoristovuyutsya restrikcijni fermenti angl REs restriction enzymes yaki roblyat nadrizi na poslidovnosti rozpiznavannya 6 p n taki yak EcoR1 abo HindIII oskilki voni rozrizayut genom raz na 4000 p n dayuchi blizko 1 miljona fragmentiv u vipadku genoma lyudini Dlya bilsh tochnogo vidobrazhennya vzayemodij takozh mozhut buti vikoristani 4 p n rozpiznavayuchi restriktazi Vipadkove liguvannya yake provoditsya pri nizkih koncentraciyah DNK v prisutnosti T4 DNK ligazi abo vseredini neushkodzhenih permeabilizovanih yader V rezultati skleyuyutsya kinci zshitih DNK Nizki koncentraciyi zabezpechuyut specifichnist liguvannya tilki mizh zshitimi vzayemodiyuchimi fragmentami Zgodom vzayemodiyuchi lokusi kilkisno ocinyuyut shlyahom amplifikaciyi ligovanih fragmentiv za dopomogoyu PLR Stvorennya parnoyi 3S biblioteki Termichna obrobka prizvodit do rozrivu zv yazkiv i utvorennya linijnih himernih fragmentiv DNK V rezultati bude stvorena biblioteka vzayemodiyuchih fragmentiv DNK 3C biblioteka Real time PLR dozvolyaye ocinyuvati imovirnist vzayemodiyi dvoh konkretnih dilyanok genomu Provodyat pidbir prajmeriv takim chinom sho kozhen prajmer komplementarnij svoyemu vidpovidnomu lokusu U razi vzayemodiyi vidbuvayetsya vidpal oboh prajmeriv i amplifikaciya fragmenta Bazovi metodi Shematichnij oglyad eksperimentalnoyi proceduri dlya 3S ta pohidnih metodiv 3C odin proti odnogo Metod zahoplennya konformaciyi hromosomi angl Chromosome conformation capture 3C neobhidnij dlya kilkisnogo viznachennya vzayemodiyi mizh obranoyi paroyu genomnih lokusiv Napriklad 3C mozhna vikoristovuvati dlya vivchennya potencijnoyi vzayemodiyi promotor enhanser Ligovani fragmenti detektuyut za dopomogoyu PLR vikoristovuyuchi prajmeri do vidomih poslidovnostej Os chomu cya metodika vimagaye poperednih znan pro vzayemodiyuchi dilyanki 4S odin proti vsih Metod zamknutogo zahoplennya konformaciyi hromosomi angl Circularized chromosome conformation capture 4S ohoplyuye vzayemodiyi mizh odnim obranim lokusom i inshimi genomnimi lokusami Vin vikoristovuyetsya dlya togo shob znajti dilyanku genoma yaka vzayemodiye z danoyu poslidovnistyu DNK i yavlyaye soboyu kombinaciyu standartnogo metodu 3S z invertovanoyu PLR Pershi 4 etapu zbigayutsya z etapami metodu fiksaciyi konformaciyi hromosom Dali poslidovno provodyatsya fragmentaciya otrimanoyi 3S biblioteki restriktazami liguvannya dlya ciklizaciyi fragmentiv DNK v rezultati otrimuyuchi biblioteku kilcevih himernih DNK 4C biblioteka Invertovana PLR dozvolyaye amplifikuvati nevidomu poslidovnist vikoristovuyuchi vidomu poslidovnist zshitu z neyu Analiz 4S biblioteki provoditsya z vikoristannyam DNK mikrochipiv Na vidminu vid 3C i 5C metodi 4C ne vimagayut poperednogo znannya nukleotidnih poslidovnostej oboh vzayemodiyuchih hromosomnih dilyanok Rezultati otrimani za dopomogoyu 4S ye nadzvichajno vidtvoryuvanimi pri bilshosti vzayemodij viyavlenih mizh regionami sho ye blizkimi odin do odnogo Na odnomu mikrochipi mozhna proanalizuvati blizko miljona vzayemodij 5C bagato proti bagatoh 5C rozpiznaye vzayemodiyi mizh usima fragmentami v zadanomu regioni prichomu rozmir cogo regionu zazvichaj ne perevishuye megabazi Vin dozvolyaye shukati dilyanki DNK yaki vzayemodiyut z dekilkoma vibranimi dilyankami genoma i yavlyaye soboyu kombinaciyu metodu 3S i multipleksnoj PLR Pershi 4 etapu zbigayutsya z etapami metodu fiksaciyi konformaciyi hromosom Dali poslidovno provodyatsya liguvannya adapteriv do vsih fragmentiv z vikoristannyam Taq ligazi analiz 5S biblioteki provoditsya z vikoristannyam DNK mikrochipiv i sekvenuvannya 5S korisnij dlya vivchennya skladnih vzayemodij prote maye vidnosno nizkij pokrittya Metod ne pidhodit dlya vivchennya kompleksnih vzayemodij po vsomu genomu oskilki dlya cogo budut potribni miljoni prajmeriv 5C Hi C vsi proti vsih Hi C vikoristovuye visokoproduktivne sekvenuvannya dlya poshuku nukleotidnoyi poslidovnosti fragmentiv V danomu vipadku provoditsya obrobka restriktazami fiksovanogo hromatinu biotinilyuvannya kinciv i podalshe vipadkove liguvannya Para poslidovnostej nezalezhno kartuyetsya na genom sho dozvolyaye vidiliti fragmenti zadiyani v liguvanni Takim chinom pereviryayutsya vsi mozhlivi parni vzayemodiyi mizh fragmentami Vcheni namagayutsya vstanoviti mezhi zastosuvannya metodu Hi C na prikladi doslidzhennya prisvyachenogo skriningu pervinnih puhlin golovnogo mozku Do onkoskriningu Hi C v osnovnomu vikoristovuvavsya dlya doslidzhen na kulturah klitin Specialni metodi Do specialnih metodiv mozhna vidnesti metodi na osnovi zahoplennya poslidovnosti single cell metodi i metodi na osnovi imunoprecipitaciyi Napriklad single cell Hi C mozhe buti vikoristanij dlya vivchennya vzayemodij v okremih klitinah Metodi na osnovi zahoplennya poslidovnosti vikoristovuyut fiksaciyu oligonukleotidiv dlya zbagachennya bibliotek 3C i Hi C doslidzhuvanih lokusiv Do nih nalezhat Capture C NG Capture C Capture 3C i Capture Hi C Ci metodi dozvolyayut dosyagti bilsh visokoyi rozdilnoyi zdatnosti ta chutlivosti nizh metodi na osnovi 4C Metodi na osnovi imunoprecipitaciyi dozvolyayut vidiliti lokusi yaki vzayemodiyut za dopomogoyu specifichnih bilkiv napriklad transkripcijnih faktoriv abo insulyatornih bilkiv Sered nih mozhna vidiliti taki metodi yak ChIP loop i ChIA PET ChIP loop kombinuye 3C z ChIP seq dlya detekciyi vzayemodiyi mizh dvoma vazhlivimi lokusami sho oposeredkovana doslidzhuvanim bilkom ChIA PET poyednuye Hi C ta ChIP seq dlya detekciyi vsih vzayemodij oposeredkovanih doslidzhuvanim bilkom HiChIP buv rozroblenij z metoyu analogichnogo analizu yak ChIA PET z menshoyu kilkistyu vhidnogo materialu Biologichne znachennyaMetodi 3C spriyali velikomu chislu vazhlivih biologichnih vidkrittiv vklyuchayuchi novi dani pro strukturni osoblivosti hromosom klasifikaciyu hromatinovih petel a takozh dopomogli poglibiti znannya pro mehanizmi regulyaciyi transkripciyi chiye porushennya mozhe prizvoditi do cilogo ryadu zahvoryuvan Iyerarhichna organizaciya 3D genoma a Useredini interfaznogo yadra okremi hromosomi predstavleni riznimi kolorami zajmayut okremi teritoriyi b transkripcijno aktivni regioni yaki perevazhno perebuvayut u vnutrishnomu yadernomu prostori mayut tendenciyu do vzayemodiyi z inshimi aktivnimi regionami utvoryuyuchi kompartment A Neaktivni regioni yaki perevazhno pov yazani z yadernoyu laminoyu ta yadercem mayut tendenciyu vzayemodiyati z inshimi neaktivnimi oblastyami utvoryuyuchi kompartment B c Genomni domeni sho viyavlyayut silnu vzayemodiyu ta ye izolovani vid susidnih regioniv utvoryuyut topologichno asocijovani domeni TADi U ssavciv CCCTC binding factor CTCF na hromatini perevazhno viyavlyayutsya na mezhah TAD d Vseredini kozhnogo TAD ye domeni petli oposeredkovani kogezinom yaki polegshuyut folding hromatinu Metodi fiksaciyi konformaciyi hromosom prodemonstruvali vazhlivist prostorovoyi blizkosti regulyatornih elementiv geniv Napriklad v tkaninah sho ekspresuyut geni globinu kontrolna dilyanka lokusu b globinu formuye petlyu razom z danimi genami Pri comu petlya vidsutnya v tkaninah de cej gen ne ekspresuyetsya Cya tehnologiya nadali dopomogla genetichnomu ta epigenetichnomu vivchennyu hromosom yak u modelnih organizmiv tak i u lyudini Fiksaciya konformaciyi hromosom dozvolila viyaviti krupnij riven yih organizaciyi tak zvani TADi topologichno asocijovani domeni sho korelyuyut zi zminami v epigenetichnih markerah Deyaki TADi ne viyavlyayut transkripcijnoyi aktivnosti v toj chas yak aktivnist inshih ingibuyetsya Velika kilkist TADiv viyavleno u D melanogaster mishi i lyudini Osnovnu rol u viznachenni vzayemodij mizh TADami enhanserom i promotorami grayut transkripcijni faktor CTCF i bilkovij kompleks kogezin Rezultati 3C eksperimentiv govoryat pro vazhlivist oriyentaciyi oblichchyam do oblichchya zv yazuyuchih motiviv CTCF i enhanser promotornoyi petli Ce neobhidno dlya korektnogo pozicionuvannya enhansera shodo svoyeyi misheni Zahvoryuvannya lyudini Isnuye ryad hvorob sho viklikayutsya defektami promotor enhansernoyi vzayemodiyi Do nih nalezhit take zahvoryuvannya krovi yak beta talasemiya sho vinikaye vnaslidok deleciyi enhansernogo elementa LKO Mutaciya v SBE2 enhanseri yaka v svoyu chergu poslablyuye ekspresiyu gena SHH prizvodit do rozvitku goloprozencefaliyi Pri comu porushuyetsya formuvannya kincevogo mozku rozdilenogo na pivkuli Inshim prikladom pov yazanih zi zminoyu ekspresiyi SHH zahvoryuvan ye polidaktiliya drugogo tipu PPD2 trifalangovij velikij palec Vona vinikaye cherez mutaciyi regulyatornogo elementa ZRS sho vplivaye na posilenu produkciyu SHH Rozlad vzayemodij mizh promotorom i enhanserom vplivaye ne tilki na vadi rozvitku ale takozh mozhe sluzhiti prichinoyu onkologichnih zahvoryuvan Tak adenokarcinoma legen mozhe rozvivatisya vnaslidok duplikaciyi enhansernogo elementa gena MYC T klitinnij gostrij limfoblastnij lejkoz mozhe buti viklikanij poyavoyu novogo enhansera cherez mutaciyi v poslidovnosti introna Analiz danihDani sho vihodyat v rezultati riznih 3C eksperimentiv harakterizuyutsya vidminnimi strukturoyu i statistichnimi vlastivostyami Tomu dlya obrobki kozhnogo tipu eksperimentiv isnuye svij programnij paket Dani Hi C chasto vikoristovuyutsya v analizi rivniv povnogenomnoyi organizaciyi hromatinu V rezultati obrobki isnuyuchimi algoritmami vidilyayutsya TADi protyazhni linijni dilyanki genomu yaki pov yazani prostorovo Hi C ta jogo pohidni postijno udoskonalyuyutsya Fit Hi C ce metod zasnovanij na principi diskretnogo binninga danih Mozhlivi jogo modifikaciyi z urahuvannyam vidstani vzayemodiyi utochnennya pochatkovogo splajna abo spline 1 i utochnennyam nulovij modeli spline 2 Rezultatom Fit Hi C ye spisok poparnih intrahromosomnih vzayemodij z vidpovidnimi znachennyami p value i q value 3D organizaciya genoma mozhe buti vstanovlena z vikoristannyam metodiv spektralnogo rozkladannya matrici kontaktiv Kozhen vlasnij vektor vidpovidaye naboru lokusiv z zagalnimi strukturnimi vlastivostyami ci lokusi neobov yazkovo povinni buti roztashovani linijno odin za odnim Odnim z faktoriv pohibok dlya tehnologiyi 3C ye chasti nespecifichni vzayemodiyi mizh lokusami sho z yavlyayutsya v rezultati vipadkovoyi povedinki polimeru Specifichnist vzayemodiyi mizh dvoma lokusami obov yazkovo povinna buti pidtverdzhena na vidpovidnomu rivni statistichnoyi znachushosti Normalizaciya karti kontaktiv Hi C Vizualizaciya danih Hi C za dopomogoyu teplovoyi karti i krugovoyi diagrami a Hi C vzayemodiyi mizh usima hromosomami z G401 klitin lyudskoyi nirki grafik vikonanij v programi my5C b Teplova karta sho ilyustruye strukturu mishachoyi X hromosomi programa Hi Browse c Vizualizaciya v formi teplovoyi karti lokusu 3 Mbp vikonana v Juicebox z vikoristannyam in situ Hi C danih otrimanih z klitinnoyi liniyi GM12878 d Krugova diagrama X hromosomi mishi zgenerovana Epigenome Browser Isnuye dva osnovnih shlyahi normalizaciyi pervinnih danih teplovoyi karti kontaktiv Hi C Pershij pripushennya stosovno rivnoyi dostupnosti sho oznachaye odnakovi shansi dlya kozhnoyi poziciyi v hromosomi brati uchast u vzayemodiyi VIdpovidno istinnij signal karti kontaktiv Hi C povinen yavlyati soboyu vrivnovazhenu matricyu vrivnovazhenoyu matriceyu vvazhayetsya taka dlya yakoyi sumi znachen po ryadkah i stovpcyah rivni Prikladom takogo algoritmu ye algoritm Sinhorna Knoppa yakij prizvodit poperednyu kartu kontaktiv do vidu vrivnovazhenoyi matrici Inshij sposib vikoristovuye pripushennya pro te sho z kozhnoyu hromosomnoyu poziciyeyu pov yazana deyaka zmishenist Znachennya karti kontaktiv dlya kozhnoyi koordinati bude dorivnyuvati istinnomu signalu dlya danoyi poziciyi pomnozhenomu na zmishennya dlya dvoh susidnih pozicij Do algoritmiv sho vikoristovuyut model zi zmishennyam nalezhit algoritm iterativnoj korekciyi U procesi jogo vikonannya zmishenist po ryadkah i stovpchikam iterativno viklyuchayetsya z pervinnoyi karti kontaktiv Analiz motiviv DNK DNK motivi ce specifichni korotki poslidovnosti DNK chasto 8 20 nukleotidiv dovzhinoyu yaki statistichno zavisheni u nabori poslidovnostej iz zagalnoyu biologichnoyu funkciyeyu V danij chas regulyatorni motivi dalnoyi vzayemodiyi hromatinu ne vivcheni shiroko U kilkoh doslidzhennyah bulo zoseredzheno uvagu na z yasuvanni vplivu motiviv DNK u vzayemodiyi promotor enhanser Bejli ta in viyavili sho motiv ZNF143 v promotornih oblastyah zabezpechuye specifichnist poslidovnosti vzayemodij promotor enhanser Mutaciya motivu ZNF143 zmenshila chastotu promotor enhansernih vzayemodij sho dozvolyaye pripustiti sho ZNF143 ye novim faktorom ciklizaciyi hromatinu Dlya analizu motiviv genomnogo masshtabu u 2016 roci Vong ta in povidomili pro perelik 19 491 par motiviv DNK dlya klitinnoyi liniyi K562 shodo vzayemodij promotor enhanser Yak rezultat voni zaproponuvali sho kratnist zv yazuvannya motiviv kilkist motiviv spoluchenih iz zadanim motivom pov yazana z vidstannyu vzayemodiyi ta tipom regulyatornoyi oblasti U nastupnomu roci Vong opublikuvav she odnu stattyu v yakij povidomiv pro 18 879 par motiviv u 6 lyudskih klitinnih linij Novim vneskom ciyeyi roboti ye MotifHyades instrument viyavlennya motiviv yakij mozhna bezposeredno zastosuvati do parnih poslidovnostej Analiz rakovih genomiv Tehniki zasnovani na metodah 3C mozhut proliti svitlo na hromosomni perebudovi v rakovih genomah Bilsh togo voni zdatni pokazuvati zmini v prostorovij blizkosti regulyatornih elementiv i yih geniv mishenej dozvolyayuchi poglibiti rozuminnya strukturno funkcionalnoyi organizaciyi genoma v cilomu Primitkide Wit E de Laat W 1 sichnya 2012 A decade of 3C technologies insights into nuclear organization Genes amp Development T 26 1 s 11 24 doi 10 1101 gad 179804 111 ISSN 0890 9369 Procitovano 13 sichnya 2020 Hakim Ofir Misteli Tom 2012 03 Cell angl T 148 5 s 1068 1068 e2 doi 10 1016 j cell 2012 02 019 Arhiv originalu za 21 kvitnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Ay Ferhat Bailey Timothy L Noble William Stafford 2014 06 Genome Research T 24 6 s 999 1011 doi 10 1101 gr 160374 113 ISSN 1549 5469 PMC 4032863 PMID 24501021 Arhiv originalu za 30 kvitnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Dekker Job 2006 01 Nature Methods angl T 3 1 s 17 21 doi 10 1038 nmeth823 ISSN 1548 7091 Arhiv originalu za 2 travnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Dekker Job 2003 06 Trends in Biochemical Sciences angl T 28 6 s 277 280 doi 10 1016 S0968 0004 03 00089 6 Arhiv originalu za 13 sichnya 2020 Procitovano 13 sichnya 2020 Rao Suhas S P Huntley Miriam H Durand Neva C Stamenova Elena K Bochkov Ivan D Robinson James T Sanborn Adrian L Machol Ido Omer Arina D 18 grudnya 2014 Cell T 159 7 s 1665 1680 doi 10 1016 j cell 2014 11 021 ISSN 1097 4172 PMC 5635824 PMID 25497547 Arhiv originalu za 7 travnya 2020 Procitovano 13 sichnya 2020 Varoquaux Nelle Ay Ferhat Noble William Stafford Vert Jean Philippe 15 chervnya 2014 Bioinformatics Oxford England T 30 12 s i26 33 doi 10 1093 bioinformatics btu268 ISSN 1367 4811 PMC 4229903 PMID 24931992 Arhiv originalu za 30 zhovtnya 2018 Procitovano 13 sichnya 2020 Davies James O J Oudelaar A Marieke Higgs Douglas R Hughes Jim R 2017 02 Nature Methods angl T 14 2 s 125 134 doi 10 1038 nmeth 4146 ISSN 1548 7091 Arhiv originalu za 27 kvitnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Denker Annette de Laat Wouter 06 15 2016 Genes amp Development T 30 12 s 1357 1382 doi 10 1101 gad 281964 116 ISSN 1549 5477 PMC 4926860 PMID 27340173 Arhiv originalu za 30 zhovtnya 2018 Procitovano 13 sichnya 2020 WHIPPLE ROBERT S 1933 02 The History of the Microscope Compiled from Original Instruments and Documents up to the Introduction of the Achromatic Microscope Nature T 131 3303 s 219 221 doi 10 1038 131219a0 ISSN 0028 0836 Procitovano 13 sichnya 2020 Flemming Walther 1871 Ueber Bindesubstanzen und Gefasswandung bei Mollusken Rostock Carl Boldis Buchdr Martins L A C P 1999 06 Genetics and Molecular Biology T 22 2 s 261 272 doi 10 1590 S1415 47571999000200022 ISSN 1415 4757 Arhiv originalu za 2 grudnya 2018 Procitovano 13 sichnya 2020 Broccias Cristiano 17 lyutogo 2012 Nikolas Gisborne The event structure of perception verbs Oxford Oxford University Press 2010 Pp x 317 English Language and Linguistics T 16 1 s 176 183 doi 10 1017 s1360674311000347 ISSN 1360 6743 Procitovano 13 sichnya 2020 Eissenberg Joel C Elgin Sarah 19 kvitnya 2001 Heterochromatin and Euchromatin Encyclopedia of Life Sciences John Wiley amp Sons Ltd ISBN 0 470 01590 X Procitovano 13 sichnya 2020 Deichmann Ute 08 01 2016 Developmental Biology T 416 1 s 249 254 doi 10 1016 j ydbio 2016 06 005 ISSN 1095 564X PMID 27291929 Arhiv originalu za 15 lyutogo 2020 Procitovano 13 sichnya 2020 Lu Haoyang Liu Xinzhou Deng Yulin Qing Hong 5 grudnya 2013 Frontiers in Aging Neuroscience T 5 s 85 doi 10 3389 fnagi 2013 00085 ISSN 1663 4365 PMC 3851782 PMID 24367332 Arhiv originalu za 26 travnya 2016 Procitovano 13 sichnya 2020 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya The Francis Crick Papers The Discovery of the Double Helix 1951 1953 Cremer Thomas Cremer Marion 2010 03 Cold Spring Harbor Perspectives in Biology T 2 3 s a003889 doi 10 1101 cshperspect a003889 ISSN 1943 0264 PMC 2829961 PMID 20300217 Arhiv originalu za 18 travnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Cullen K E Kladde M P Seyfred M A 9 lipnya 1993 Science New York N Y T 261 5118 s 203 206 doi 10 1126 science 8327891 ISSN 0036 8075 PMID 8327891 Arhiv originalu za 14 grudnya 2017 Procitovano 13 sichnya 2020 Dekker Job Rippe Karsten Dekker Martijn Kleckner Nancy 15 lyutogo 2002 Science New York N Y T 295 5558 s 1306 1311 doi 10 1126 science 1067799 ISSN 1095 9203 PMID 11847345 Arhiv originalu za 15 zhovtnya 2017 Procitovano 13 sichnya 2020 Osborne Cameron S Ewels Philip A Young Alice N C 2011 01 Briefings in Functional Genomics T 10 1 s 11 17 doi 10 1093 bfgp elq034 ISSN 2041 2657 PMC 3080762 PMID 21258046 Arhiv originalu za 29 zhovtnya 2018 Procitovano 13 sichnya 2020 Simonis Marieke Klous Petra Splinter Erik Moshkin Yuri Willemsen Rob de Wit Elzo van Steensel Bas de Laat Wouter 2006 11 Nature Genetics T 38 11 s 1348 1354 doi 10 1038 ng1896 ISSN 1061 4036 PMID 17033623 Arhiv originalu za 29 zhovtnya 2018 Procitovano 13 sichnya 2020 Dostie Josee Richmond Todd A Arnaout Ramy A Selzer Rebecca R Lee William L Honan Tracey A Rubio Eric D Krumm Anton Lamb Justin 2006 10 Genome Research T 16 10 s 1299 1309 doi 10 1101 gr 5571506 ISSN 1088 9051 PMC 1581439 PMID 16954542 Arhiv originalu za 6 travnya 2020 Procitovano 13 sichnya 2020 Albert Istvan Mavrich Travis N Tomsho Lynn P Qi Ji Zanton Sara J Schuster Stephan C Pugh B Franklin 29 bereznya 2007 Nature T 446 7135 s 572 576 doi 10 1038 nature05632 ISSN 1476 4687 PMID 17392789 Arhiv originalu za 15 lipnya 2016 Procitovano 13 sichnya 2020 Lieberman Aiden Erez van Berkum Nynke L Williams Louise Imakaev Maxim Ragoczy Tobias Telling Agnes Amit Ido Lajoie Bryan R Sabo Peter J 9 zhovtnya 2009 Science New York N Y T 326 5950 s 289 293 doi 10 1126 science 1181369 ISSN 1095 9203 PMC 2858594 PMID 19815776 Arhiv originalu za 4 travnya 2020 Procitovano 13 sichnya 2020 Fullwood Melissa J Liu Mei Hui Pan You Fu Liu Jun Xu Han Mohamed Yusoff Bin Orlov Yuriy L Velkov Stoyan Ho Andrea 5 listopada 2009 Nature T 462 7269 s 58 64 doi 10 1038 nature08497 ISSN 1476 4687 PMC 2774924 PMID 19890323 Arhiv originalu za 4 kvitnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Dixon Jesse R Selvaraj Siddarth Yue Feng Kim Audrey Li Yan Shen Yin Hu Ming Liu Jun S Ren Bing 11 kvitnya 2012 Nature T 485 7398 s 376 380 doi 10 1038 nature11082 ISSN 1476 4687 PMC 3356448 PMID 22495300 Arhiv originalu za 26 lipnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Nora Elphege P Lajoie Bryan R Schulz Edda G Giorgetti Luca Okamoto Ikuhiro Servant Nicolas Piolot Tristan van Berkum Nynke L Meisig Johannes 11 kvitnya 2012 Nature T 485 7398 s 381 385 doi 10 1038 nature11049 ISSN 1476 4687 PMC 3555144 PMID 22495304 Arhiv originalu za 5 veresnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Nagano Takashi Lubling Yaniv Stevens Tim J Schoenfelder Stefan Yaffe Eitan Dean Wendy Laue Ernest D Tanay Amos Fraser Peter 3 zhovtnya 2013 Nature T 502 7469 s 59 64 doi 10 1038 nature12593 ISSN 1476 4687 PMC 3869051 PMID 24067610 Arhiv originalu za 11 grudnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Gavrilov Alexey Eivazova Elvira Pirozhkova Iryna Lipinski Marc Razin Sergey Vassetzky Yegor 2009 Collas Philippe red Chromosome Conformation Capture from 3C to 5C and Its ChIP Based Modification Chromatin Immunoprecipitation Assays T 567 Totowa NJ Humana Press s 171 188 doi 10 1007 978 1 60327 414 2 12 ISBN 978 1 60327 413 5 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite book title Shablon Cite book cite book a Perevirte znachennya doi dovidka Naumova Natalia Smith Emily M Zhan Ye Dekker Job 2012 11 Methods angl T 58 3 s 192 203 doi 10 1016 j ymeth 2012 07 022 Arhiv originalu za 15 travnya 2020 Procitovano 13 sichnya 2020 Belton Jon Matthew Dekker Job 2015 06 Chromosome Conformation Capture 3C in Budding Yeast Cold Spring Harbor Protocols angl T 2015 6 s pdb prot085175 doi 10 1101 pdb prot085175 ISSN 1940 3402 Procitovano 13 sichnya 2020 Gavrilov Alexey A Golov Arkadiy K Razin Sergey V 26 bereznya 2013 Dean Ann red Actual Ligation Frequencies in the Chromosome Conformation Capture Procedure PLoS ONE angl T 8 3 s e60403 doi 10 1371 journal pone 0060403 ISSN 1932 6203 Procitovano 13 sichnya 2020 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Stadhouders Ralph Kolovos Petros Brouwer Rutger Zuin Jessica van den Heuvel Anita Kockx Christel Palstra Robert Jan Wendt Kerstin S Grosveld Frank 2013 03 Nature Protocols angl T 8 3 s 509 524 doi 10 1038 nprot 2013 018 ISSN 1754 2189 Arhiv originalu za 2 travnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Zhao Zhihu Tavoosidana Gholamreza Sjolinder Mikael Gondor Anita Mariano Piero Wang Sha Kanduri Chandrasekhar Lezcano Magda Singh Sandhu Kuljeet 2006 11 Nature Genetics angl T 38 11 s 1341 1347 doi 10 1038 ng1891 ISSN 1061 4036 Arhiv originalu za 2 travnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 van de Werken Harmen J G Landan Gilad Holwerda Sjoerd J B Hoichman Michael Klous Petra Chachik Ran Splinter Erik Valdes Quezada Christian Oz Yuva 2012 10 Nature Methods angl T 9 10 s 969 972 doi 10 1038 nmeth 2173 ISSN 1548 7091 Arhiv originalu za 2 travnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Harewood Louise Kishore Kamal Eldridge Matthew D Wingett Steven Pearson Danita Schoenfelder Stefan Collins V Peter Fraser Peter 2017 12 Genome Biology angl T 18 1 s 125 doi 10 1186 s13059 017 1253 8 ISSN 1474 760X Arhiv originalu za 12 lyutogo 2020 Procitovano 13 sichnya 2020 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Burton Joshua N Adey Andrew Patwardhan Rupali P Qiu Ruolan Kitzman Jacob O Shendure Jay 2013 12 Nature Biotechnology angl T 31 12 s 1119 1125 doi 10 1038 nbt 2727 ISSN 1087 0156 Arhiv originalu za 24 kvitnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Schmitt Anthony D Hu Ming Ren Bing 2016 12 Nature Reviews Molecular Cell Biology angl T 17 12 s 743 755 doi 10 1038 nrm 2016 104 ISSN 1471 0072 Arhiv originalu za 29 kvitnya 2020 Procitovano 13 sichnya 2020 Hughes Jim R Roberts Nigel McGowan Simon Hay Deborah Giannoulatou Eleni Lynch Magnus De Gobbi Marco Taylor Stephen Gibbons Richard 2014 02 Nature Genetics angl T 46 2 s 205 212 doi 10 1038 ng 2871 ISSN 1061 4036 Arhiv originalu za 23 kvitnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Davies James O J Telenius Jelena M McGowan Simon J Roberts Nigel A Taylor Stephen Higgs Douglas R Hughes Jim R 2016 01 Nature Methods angl T 13 1 s 74 80 doi 10 1038 nmeth 3664 ISSN 1548 7091 Arhiv originalu za 23 kvitnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 the GIANT Consortium 2009 01 Nature Genetics angl T 41 1 s 25 34 doi 10 1038 ng 287 ISSN 1061 4036 Arhiv originalu za 6 veresnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Jager Roland Migliorini Gabriele Henrion Marc Kandaswamy Radhika Speedy Helen E Heindl Andreas Whiffin Nicola Carnicer Maria J Broome Laura 2015 05 Nature Communications angl T 6 1 s 6178 doi 10 1038 ncomms7178 ISSN 2041 1723 Arhiv originalu za 23 kvitnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Tiwari V K Baylin S B 1 bereznya 2009 Combined 3C ChIP Cloning 6C Assay A Tool to Unravel Protein Mediated Genome Architecture Cold Spring Harbor Protocols angl T 2009 3 s pdb prot5168 pdb prot5168 doi 10 1101 pdb prot5168 ISSN 1559 6095 Procitovano 13 sichnya 2020 Horike Shin ichi Cai Shutao Miyano Masaru Cheng Jan Fang Kohwi Shigematsu Terumi 2005 01 Nature Genetics angl T 37 1 s 31 40 doi 10 1038 ng1491 ISSN 1061 4036 Arhiv originalu za 6 grudnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Mumbach Maxwell R Rubin Adam J Flynn Ryan A Dai Chao Khavari Paul A Greenleaf William J Chang Howard Y 2016 11 Nature Methods T 13 11 s 919 922 doi 10 1038 nmeth 3999 ISSN 1548 7105 PMC 5501173 PMID 27643841 Arhiv originalu za 30 kvitnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Tolhuis Bas Palstra Robert Jan Splinter Erik Grosveld Frank de Laat Wouter 2002 12 Molecular Cell angl T 10 6 s 1453 1465 doi 10 1016 S1097 2765 02 00781 5 Arhiv originalu za 7 lyutogo 2020 Procitovano 13 sichnya 2020 Cavalli Giacomo Misteli Tom 2013 03 Nature Structural amp Molecular Biology angl T 20 3 s 290 299 doi 10 1038 nsmb 2474 ISSN 1545 9993 Arhiv originalu za 26 kvitnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Dekker Job Marti Renom Marc A Mirny Leonid A 2013 06 Nature Reviews Genetics angl T 14 6 s 390 403 doi 10 1038 nrg3454 ISSN 1471 0056 Arhiv originalu za 3 grudnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Guo Ya Xu Quan Canzio Daniele Shou Jia Li Jinhuan Gorkin David U Jung Inkyung Wu Haiyang Zhai Yanan 2015 08 Cell angl T 162 4 s 900 910 doi 10 1016 j cell 2015 07 038 Arhiv originalu za 17 lyutogo 2020 Procitovano 13 sichnya 2020 Krijger Peter Hugo Lodewijk de Laat Wouter 2016 12 Nature Reviews Molecular Cell Biology angl T 17 12 s 771 782 doi 10 1038 nrm 2016 138 ISSN 1471 0072 Arhiv originalu za 29 kvitnya 2020 Procitovano 13 sichnya 2020 Fritsch E F Lawn R M Maniatis T 14 chervnya 1979 Nature T 279 5714 s 598 603 doi 10 1038 279598a0 ISSN 0028 0836 PMID 450109 Arhiv originalu za 21 travnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Van der Ploeg L H Konings A Oort M Roos D Bernini L Flavell R A 14 lyutogo 1980 Nature T 283 5748 s 637 642 doi 10 1038 283637a0 ISSN 0028 0836 PMID 6153459 Arhiv originalu za 18 travnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Jeong Y 15 lyutogo 2006 A functional screen for sonic hedgehog regulatory elements across a 1 Mb interval identifies long range ventral forebrain enhancers Development angl T 133 4 s 761 772 doi 10 1242 dev 02239 ISSN 0950 1991 Procitovano 13 sichnya 2020 Wieczorek Dagmar Pawlik Barbara Li Yun Akarsu Nurten A Caliebe Almuth May Klaus J W Schweiger Bernd Vargas Fernando R Balci Sevim 2010 01 A specific mutation in the distant sonic hedgehog SHH cis regulator ZRS causes Werner mesomelic syndrome WMS while complete ZRS duplications underlie Haas type polysyndactyly and preaxial polydactyly PPD with or without triphalangeal thumb Human Mutation angl T 31 1 s 81 89 doi 10 1002 humu 21142 Procitovano 13 sichnya 2020 Zhang Xiaoyang Choi Peter S Francis Joshua M Imielinski Marcin Watanabe Hideo Cherniack Andrew D Meyerson Matthew 2016 02 Nature Genetics angl T 48 2 s 176 182 doi 10 1038 ng 3470 ISSN 1061 4036 PMC 4857881 PMID 26656844 Arhiv originalu za 23 kvitnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki z PMC z inshim formatom posilannya Mansour M R Abraham B J Anders L Berezovskaya A Gutierrez A Durbin A D Etchin J Lawton L Sallan S E 12 grudnya 2014 An oncogenic super enhancer formed through somatic mutation of a noncoding intergenic element Science angl T 346 6215 s 1373 1377 doi 10 1126 science 1259037 ISSN 0036 8075 PMC 4720521 PMID 25394790 Procitovano 13 sichnya 2020 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki z PMC z inshim formatom posilannya Dixon Jesse R Selvaraj Siddarth Yue Feng Kim Audrey Li Yan Shen Yin Hu Ming Liu Jun S Ren Bing 2012 05 Nature angl T 485 7398 s 376 380 doi 10 1038 nature11082 ISSN 0028 0836 Arhiv originalu za 10 grudnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Yardimci Galip Gurkan Noble William Stafford 2017 12 Genome Biology angl T 18 1 s 26 doi 10 1186 s13059 017 1161 y ISSN 1474 760X Arhiv originalu za 21 listopada 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Imakaev Maxim Fudenberg Geoffrey McCord Rachel Patton Naumova Natalia Goloborodko Anton Lajoie Bryan R Dekker Job Mirny Leonid A 2012 10 Nature Methods angl T 9 10 s 999 1003 doi 10 1038 nmeth 2148 ISSN 1548 7091 Arhiv originalu za 10 grudnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Lajoie Bryan R Dekker Job Kaplan Noam 2015 01 Methods angl T 72 s 65 75 doi 10 1016 j ymeth 2014 10 031 Arhiv originalu za 3 travnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Zambelli Federico Pesole Graziano Pavesi Giulio 2013 03 Briefings in Bioinformatics T 14 2 s 225 237 doi 10 1093 bib bbs016 ISSN 1477 4054 PMC 3603212 PMID 22517426 Arhiv originalu za 21 lipnya 2015 Procitovano 13 sichnya 2020 Bailey Swneke D Zhang Xiaoyang Desai Kinjal Aid Malika Corradin Olivia Cowper Sal lari Richard Akhtar Zaidi Batool Scacheri Peter C Haibe Kains Benjamin 3 lyutogo 2015 Nature Communications angl T 6 1 s 1 10 doi 10 1038 ncomms7186 ISSN 2041 1723 PMC 4431651 PMID 25645053 Arhiv originalu za 25 travnya 2021 Procitovano 13 sichnya 2020 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki z PMC z inshim formatom posilannya Wong Ka Chun Li Yue Peng Chengbin 26 veresnya 2015 Identification of coupling DNA motif pairs on long range chromatin interactions in human K562 cells Bioinformatics T 32 3 s 321 324 doi 10 1093 bioinformatics btv555 ISSN 1367 4803 Procitovano 13 sichnya 2020 Wong Ka Chun 1 zhovtnya 2017 Bioinformatics angl T 33 19 s 3028 3035 doi 10 1093 bioinformatics btx381 ISSN 1367 4803 Arhiv originalu za 29 travnya 2019 Procitovano 13 sichnya 2020 Taberlay Phillippa C Achinger Kawecka Joanna Lun Aaron T L Buske Fabian A Sabir Kenneth Gould Cathryn M Zotenko Elena Bert Saul A Giles Katherine A 2016 06 Three dimensional disorganization of the cancer genome occurs coincident with long range genetic and epigenetic alterations Genome Research angl T 26 6 s 719 731 doi 10 1101 gr 201517 115 ISSN 1088 9051 Procitovano 13 sichnya 2020

Дата публікації:
Топ