Топологі чно асоційо вані доме ни ТАД англ topologically associating domains TAD структурні ділянки геному що перебувают

Топологі́чно-асоційо́вані доме́ни, ТАД (англ. topologically associating domains, TAD) — структурні ділянки геному що перебувають у близькій просторовій взаємодії одна до одної.

Структурна організація хроматину. A. Хромосомні території. B. Топологічно-асоційовані домени. C. Контакти в межах одного ТАД.

Топологічно-асоційовані домени було знайдено за допомогою методик Hi-C: фіксація конформації хромосоми з детальним секвенуванням. Ця методика встановила, що деякі регіони ДНК в геномі людини та миші мають багато контактів між собою в межах цих регіонів, а по краям розташовані ділянки, які не контактують одна з одною. Такі ділянки, розподілені за контактним принципом, назвали топологічно-асоційованими доменами.

Структура ТАД

Розміри топологічно асоційованих доменів коливаються від тисяч до мільйонів пар нуклеотидів ДНК, з середньою довжиною у ~900 kb. Розподілення геномної ДНК на ТАД є доволі консервативним, частково однакове в різних типах тканин, зберігається з клітиною впродовж поділів, та має певну консервативність порівнюючи мишачий та людські геноми.

Вища організація ТАД включає в себе компартменти A та B типів (не плутати з компартментами клітини)

Джерела

Gonzalez-Sandoval, Adriana; Gasser, Susan M. (August 2016). On TADs and LADs: Spatial Control Over Gene Expression. Trends in genetics: TIG. 32 (8): 485—495. doi:10.1016/j.tig.2016.05.004. ISSN 0168-9525. PMID 27312344. {{}}: Cite має пустий невідомий параметр: |1= ()
Gavrilov, A. A.; Razin, S. V.; Iarovaia, O. V. (2012). «С»-методи дослідження тривимірної організації еукаріотичного геному. Biopolymers and Cell (EN та Укр опис) . Т. 28, № 4. с. 245—251. doi:10.7124/bc.000056. ISSN 0233-7657.
Pombo, Ana; Dillon, Niall (April 2015). Three-dimensional genome architecture: players and mechanisms. Nature Reviews. Molecular Cell Biology. Т. 16, № 4. с. 245—257. doi:10.1038/nrm3965. ISSN 1471-0080. PMID 25757416. {{}}: Cite має пустий невідомий параметр: |1= ()
Dixon, Jesse R.; Gorkin, David U.; Ren, Bing (2 червня 2016). Chromatin Domains: The Unit of Chromosome Organization. Molecular Cell. Т. 62, № 5. с. 668—680. doi:10.1016/j.molcel.2016.05.018. ISSN 1097-4164. PMC 5371509. PMID 27259200. {{}}: Cite має пустий невідомий параметр: |1= ()Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()
Schmitt, Anthony D.; Hu, Ming; Ren, Bing (12 2016). Genome-wide mapping and analysis of chromosome architecture. Nature Reviews. Molecular Cell Biology. Т. 17, № 12. с. 743—755. doi:10.1038/nrm.2016.104. ISSN 1471-0080. PMID 27580841. Процитовано 22 червня 2017.

[On_TADs_and_LADs-1] Gonzalez-Sandoval, Adriana; Gasser, Susan M. (August 2016). On TADs and LADs: Spatial Control Over Gene Expression. Trends in genetics: TIG. 32 (8): 485—495. doi:10.1016/j.tig.2016.05.004. ISSN 0168-9525. PMID 27312344. {{}}: Cite має пустий невідомий параметр: |1= ()

[2] Gavrilov, A. A.; Razin, S. V.; Iarovaia, O. V. (2012). «С»-методи дослідження тривимірної організації еукаріотичного геному. Biopolymers and Cell (EN та Укр опис) . Т. 28, № 4. с. 245—251. doi:10.7124/bc.000056. ISSN 0233-7657.

[Three-dimensional_genome_architecture-3] Pombo, Ana; Dillon, Niall (April 2015). Three-dimensional genome architecture: players and mechanisms. Nature Reviews. Molecular Cell Biology. Т. 16, № 4. с. 245—257. doi:10.1038/nrm3965. ISSN 1471-0080. PMID 25757416. {{}}: Cite має пустий невідомий параметр: |1= ()

[Chromatin_Domains-4] Dixon, Jesse R.; Gorkin, David U.; Ren, Bing (2 червня 2016). Chromatin Domains: The Unit of Chromosome Organization. Molecular Cell. Т. 62, № 5. с. 668—680. doi:10.1016/j.molcel.2016.05.018. ISSN 1097-4164. PMC 5371509. PMID 27259200. {{}}: Cite має пустий невідомий параметр: |1= ()Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом ()

[5] Schmitt, Anthony D.; Hu, Ming; Ren, Bing (12 2016). Genome-wide mapping and analysis of chromosome architecture. Nature Reviews. Molecular Cell Biology. Т. 17, № 12. с. 743—755. doi:10.1038/nrm.2016.104. ISSN 1471-0080. PMID 27580841. Процитовано 22 червня 2017.