Azərbaycanca AzərbaycancaБеларускі БеларускіDansk DanskDeutsch DeutschEspañola EspañolaFrançais FrançaisIndonesia IndonesiaItaliana Italiana日本語 日本語Қазақ ҚазақLietuvos LietuvosNederlands NederlandsPortuguês PortuguêsРусский Русскийසිංහල සිංහලแบบไทย แบบไทยTürkçe TürkçeУкраїнська Українська中國人 中國人United State United StateAfrikaans Afrikaans
Підтримка
www.wikidata.uk-ua.nina.az

Ця стаття не містить посилань на джерела Ви можете допомогти поліпшити цю статтю додавши посилання на надійні авторитетн

Екзонуклеаза

Екзонуклеаза
Ця стаття не містить . Ви можете допомогти поліпшити цю статтю, додавши посилання на . Матеріал без джерел може бути піддано сумніву та вилучено. (липень 2014)

Екзонуклеази — нуклеази, які розщеплюють полінуклеотидні ланцюжки по одній субодиниці з кінця полінуклеотидного ланцюжка. Ці ферменти гідролізують фосфодіефірні зв'язки або з 3'-, або з 5'-кінця молекули. Відомі як у вигляді окремих ферментів, так і у вигляді частин великих білкових комплексів.

image
Рис.1 3' - 5' екзонуклеаза, асоційована з ДНК-полімеразою І

ДНК-полімераза I містить 5'-екзонуклеазу, що відщеплює РНК-праймер безпосередньо вгорі від точки синтезу ДНК в 3' → 5' напрямку. Це дозволяє полімеразі синтезувати нуклеотиди ДНК замість РНК, які відщеплює екзонуклеаза. Іншим прикладом є один з головних механізмів деградації РНК серед архей та еукаріотів, що використовує великий білковий екзосомний комплекс, що значною мірою складається з 3' → 5' .



Відмінності між ендонуклеазами та екзонуклеазами

Характеристика Ендонуклеази Екзонуклеази
Механізм дії Розділяє нуклеотидну послідовність на 2 або більше фрагментів Поодиноке відщеплення нуклеотидів з кінця нуклеотидної послідовності, поодиноко
Місце дії З середини полінуклеотидної послідовності З кінця полінуклеотидної послідонвості
3' або 5'-ОН - групи Не потрібні Необхідні
Лаг - фаза Проходять лаг - фазу перед своєю активністю Відсутня
Специфічність Сиквенс-специфічні Неспецифічні
Результат Відщеплює олігонуклеотиди Відщеплює нуклеотиди
Значення Відіграють важливу роль у відновленні ДНК, блокування проникнення патогенів Відновлення, стабілізація та перевірка ДНК (як і в ендонуклеаз), але не блокують проникнення патогенів
image
Рис.2 Принцип дії ендо- та екзонуклеаз

Типи екзонуклеаз у E.coli

image
Рис.3 Екзонуклеазна активність RecBCD (екзонуклеаза V) у E.Coli

У 1971 р. Ізраїль Роберт Леман, американський біохімік литовського походження, дослідив екзонуклеазу типу І на прикладі E.coli. В той же час повідомлялося про проведення різноманітних досліджень в області вивчення екзонуклеаз ІІ, ІІІ, IV, V, VI, VII та VIII. Кожен з типів нуклеаз виконує певні функції та вимагає своїх особливостей для роботи .

  • Екзонуклеаза I розщеплює одноланцюгову ДНК у напрямку 3' → 5', вивільняючи дезоксирибонуклеозид 5'-монофосфати один за одним. Вона не розщеплює ланцюги ДНК, які не містять кінцевих 3'-OH - груп, оскільки вони блокуються фосфорильними або ацетильними групами .
  • Екзонуклеаза ІІ асоційована із ДНК-полімеразою І, яка містить 5'-екзонуклеазу, яка від’єднує РНК-праймер, що міститься безпосередньо перед місцем синтезу ДНК у порядку 5' → 3' кінця.
  • Екзонуклеаза III володіє 4-ма каталітични активностями:

- 3'-5' екзодезоксирибонуклеазна активність, яка є специфічною для дволанцюгової ДНК;

- активність РНК-ази;

- активність 3' фосфатази;

- активність ендонуклеази AP (пізніше було встановлено, що її назвали ендонуклеазою II) .

  • Екзонуклеаза IV приєднує молекулу води, тому вона може розірвати зв'язок олігонуклеотиду з нуклеозид 5' монофосфатом. Для функціонування за більш високих температур, ніж екзонуклеаза I, цьому типу ферментів необхідна наявність іонів Mg 2+ .
  • Екзонуклеаза V — це 3'-5' гідролізуючий фермент, який каталізує лінійну дволанцюгову ДНК і одноланцюгову ДНК, для чого йому необхідна присутність Ca2+ . Цей фермент виконує важливу роль у процесі гомологічної рекомбінації. Екзонуклеаза VIII — являє собою 5'-3'-димерний білок, якому не потрібен АТФ або будь-які розриви у послідовності, однак він потребує вільної 5'-ОН-групи для виконання своєї функції.

Людські екзонуклеази

3'-5' ендонуклеаза людського типу має важливе значення для належного процесингу пре-мРНК гістону, в якій U7 snRNP керує єдиним процесом розщеплення. Після видалення наступного продукту розщеплення (DCP) Xrn1 продовжує подальше розщеплення продукту, поки він повністю не розпадеться . Це дає можливість повторно використовувати нуклеотиди. Xrn1 пов'язаний з активністю котранскрипційного розщеплення (CoTC), який діє як попередник для розвитку вільного 5' - незахищеного кінця, тому екзонуклеаза може видаляти та розкладати продукт розщеплення, що йде далі (DCP). Внаслідок цього ініціюється припинення транскрипції, оскільки людському організму немає сенсу накопичувати в своєму тілі ланцюги ДНК або РНК .

Екзонуклеази дріжджів

CCR4-Not є загальним комплексом регуляції транскрипції в дріжджах, які брунькуються, та який, як з’ясовано, пов’язаний з метаболізмом мРНК, ініціацією транскрипції та деградацією мРНК. Досліджено, що CCR4 містить РНК і володіє екзонуклеазною активністю до одноланцюгової ДНК у 3'-5' напрямі . Іншим компонентом, пов’язаним з CCR4-Not, є білок CAF1, який містить 3'-5' або 5'-3' екзонуклеазні домени в миші та вільноживучої нематоди. Цей білок не було виявлено в дріжджах, що свідчить про те, що він, скоріше за все, має аномальний екзонуклеазний домен, подібний до того, який спостерігається у багатоклітинних тварин .

Дріжджі містять екзонуклеази Rat1 і Xrn1. Rat1 працює так само, як екзонуклеаза людського типу (Xrn2), а функція Xrn1 у цитоплазмі здійснюєтья в напрямку від 5' до 3' кінця для деградації РНК (рРНК до 5,8s і 25s) за відсутності Rat1 .

Коронавірусні екзонуклеази

У бета-штаммів коронавірусів, до яких також належить і SARS-CoV-2, присутня екзонуклеаза nsp14-ExoN. Вона є складовою вірусного геному, яка відповідає за рекомбінацію та бере участь у появі нового штаму .


Див. також

image Це незавершена стаття з молекулярної біології.
Ви можете проєкту, виправивши або дописавши її.

Джерела

  1. N, Supriya (15 січня 2019). Difference Between Endonuclease and Exonuclease (with Comparison Chart). Biology Reader (амер.). Процитовано 5 листопада 2022.
  2. Boyer, Paul D.; Krebs, Edwin G.; Sigman, D. S.; Tamanoi, Fuyuhiko; Dalbey, Ross E.; Hackney, David D.; Clarke, Steven G.; Koehler, Carla M.; Menon, Anant Kumar (1970-). The enzymes. New York: Academic Press. ISBN . OCLC 134449.
  3. Lehman, I. R.; Nussbaum, A. L. (1 серпня 1964). The Deoxyribonucleases of Escherichia coli: V. ON THE SPECIFICITY OF EXONUCLEASE I (PHOSPHODIESTERASE). Journal of Biological Chemistry (English) . Т. 239, № 8. с. 2628—2636. doi:10.1016/S0021-9258(18)93898-6. ISSN 0021-9258. PMID 14235546. Процитовано 5 листопада 2022.
  4. Internet Archive (1967). Nucleic acids. New York : Academic Press. ISBN .
  5. Mishra, Nawin C. (1995). Molecular biology of nucleases. Boca Raton: CRC Press. ISBN . OCLC 31436640.
  6. Julin, Douglas A. (2000). Vaughan, Pat (ред.). Detection and Quantitation of RecBCD Enzyme (Exonuclease V) Activity. DNA Repair Protocols: Prokaryotic Systems (англ.). Totowa, NJ: Humana Press. с. 91—105. doi:10.1385/1-59259-068-3:91. ISBN .
  7. Yang, Xiao-cui; Sullivan, Kelly D.; Marzluff, William F.; Dominski, Zbigniew (2009-1). Studies of the 5′ Exonuclease and Endonuclease Activities of CPSF-73 in Histone Pre-mRNA Processing. Molecular and Cellular Biology. Т. 29, № 1. с. 31—42. doi:10.1128/MCB.00776-08. ISSN 0270-7306. PMC 2612496. PMID 18955505. Процитовано 5 листопада 2022.
  8. SEO Issues and Website Marketing Blog. SEO Issues and Website Marketing Blog (англ.). 8 листопада 2015. Процитовано 5 листопада 2022.
  9. Chen, Junji; Chiang, Yueh-Chin; Denis, Clyde L. (15 березня 2002). CCR4, a 3′–5′ poly(A) RNA and ssDNA exonuclease, is the catalytic component of the cytoplasmic deadenylase. The EMBO Journal. Т. 21, № 6. с. 1414—1426. doi:10.1093/emboj/21.6.1414. ISSN 0261-4189. PMID 11889047. Процитовано 5 листопада 2022.
  10. archive.ph. archive.ph. Архів оригіналу за 18 липня 2012. Процитовано 5 листопада 2022.
  11. Henry, Y; Wood, H; Morrissey, J P; Petfalski, E; Kearsey, S; Tollervey, D (15 травня 1994). The 5' end of yeast 5.8S rRNA is generated by exonucleases from an upstream cleavage site. The EMBO Journal. Т. 13, № 10. с. 2452—2463. ISSN 0261-4189. PMID 7515008. Процитовано 5 листопада 2022.
  12. Geerlings, T. H.; Vos, J. C.; Raué, H. A. (1 грудня 2000). The final step in the formation of 25S rRNA in Saccharomyces cerevisiae is performed by 5'-->3' exonucleases. RNA (англ.). Т. 6, № 12. с. 1698—1703. ISSN 1355-8382. PMID 11142370. Процитовано 5 листопада 2022.
  13. Gribble, Jennifer; Stevens, Laura J.; Agostini, Maria L.; Anderson-Daniels, Jordan; Chappell, James D.; Lu, Xiaotao; Pruijssers, Andrea J.; Routh, Andrew L.; Denison, Mark R. (19 січня 2021). The coronavirus proofreading exoribonuclease mediates extensive viral recombination. PLoS Pathogens. Т. 17, № 1. с. e1009226. doi:10.1371/journal.ppat.1009226. ISSN 1553-7366. PMC 7846108. PMID 33465137. Процитовано 5 листопада 2022.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()

Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет

Cya stattya ne mistit posilan na dzherela Vi mozhete dopomogti polipshiti cyu stattyu dodavshi posilannya na nadijni avtoritetni dzherela Material bez dzherel mozhe buti piddano sumnivu ta vilucheno lipen 2014 Ekzonukleazi nukleazi yaki rozsheplyuyut polinukleotidni lancyuzhki po odnij subodinici z kincya polinukleotidnogo lancyuzhka Ci fermenti gidrolizuyut fosfodiefirni zv yazki abo z 3 abo z 5 kincya molekuli Vidomi yak u viglyadi okremih fermentiv tak i u viglyadi chastin velikih bilkovih kompleksiv Ris 1 3 5 ekzonukleaza asocijovana z DNK polimerazoyu I DNK polimeraza I mistit 5 ekzonukleazu sho vidsheplyuye RNK prajmer bezposeredno vgori vid tochki sintezu DNK v 3 5 napryamku Ce dozvolyaye polimerazi sintezuvati nukleotidi DNK zamist RNK yaki vidsheplyuye ekzonukleaza Inshim prikladom ye odin z golovnih mehanizmiv degradaciyi RNK sered arhej ta eukariotiv sho vikoristovuye velikij bilkovij ekzosomnij kompleks sho znachnoyu miroyu skladayetsya z 3 5 Vidminnosti mizh endonukleazami ta ekzonukleazamiHarakteristika Endonukleazi Ekzonukleazi Mehanizm diyi Rozdilyaye nukleotidnu poslidovnist na 2 abo bilshe fragmentiv Poodinoke vidsheplennya nukleotidiv z kincya nukleotidnoyi poslidovnosti poodinoko Misce diyi Z seredini polinukleotidnoyi poslidovnosti Z kincya polinukleotidnoyi poslidonvosti 3 abo 5 ON grupi Ne potribni Neobhidni Lag faza Prohodyat lag fazu pered svoyeyu aktivnistyu Vidsutnya Specifichnist Sikvens specifichni Nespecifichni Rezultat Vidsheplyuye oligonukleotidi Vidsheplyuye nukleotidi Znachennya Vidigrayut vazhlivu rol u vidnovlenni DNK blokuvannya proniknennya patogeniv Vidnovlennya stabilizaciya ta perevirka DNK yak i v endonukleaz ale ne blokuyut proniknennya patogeniv Ris 2 Princip diyi endo ta ekzonukleazTipi ekzonukleaz u E coliRis 3 Ekzonukleazna aktivnist RecBCD ekzonukleaza V u E Coli U 1971 r Izrayil Robert Leman amerikanskij biohimik litovskogo pohodzhennya doslidiv ekzonukleazu tipu I na prikladi E coli V toj zhe chas povidomlyalosya pro provedennya riznomanitnih doslidzhen v oblasti vivchennya ekzonukleaz II III IV V VI VII ta VIII Kozhen z tipiv nukleaz vikonuye pevni funkciyi ta vimagaye svoyih osoblivostej dlya roboti Ekzonukleaza I rozsheplyuye odnolancyugovu DNK u napryamku 3 5 vivilnyayuchi dezoksiribonukleozid 5 monofosfati odin za odnim Vona ne rozsheplyuye lancyugi DNK yaki ne mistyat kincevih 3 OH grup oskilki voni blokuyutsya fosforilnimi abo acetilnimi grupami Ekzonukleaza II asocijovana iz DNK polimerazoyu I yaka mistit 5 ekzonukleazu yaka vid yednuye RNK prajmer sho mistitsya bezposeredno pered miscem sintezu DNK u poryadku 5 3 kincya Ekzonukleaza III volodiye 4 ma katalitichni aktivnostyami 3 5 ekzodezoksiribonukleazna aktivnist yaka ye specifichnoyu dlya dvolancyugovoyi DNK aktivnist RNK azi aktivnist 3 fosfatazi aktivnist endonukleazi AP piznishe bulo vstanovleno sho yiyi nazvali endonukleazoyu II Ekzonukleaza IV priyednuye molekulu vodi tomu vona mozhe rozirvati zv yazok oligonukleotidu z nukleozid 5 monofosfatom Dlya funkcionuvannya za bilsh visokih temperatur nizh ekzonukleaza I comu tipu fermentiv neobhidna nayavnist ioniv Mg 2 Ekzonukleaza V ce 3 5 gidrolizuyuchij ferment yakij katalizuye linijnu dvolancyugovu DNK i odnolancyugovu DNK dlya chogo jomu neobhidna prisutnist Ca2 Cej ferment vikonuye vazhlivu rol u procesi gomologichnoyi rekombinaciyi Ekzonukleaza VIII yavlyaye soboyu 5 3 dimernij bilok yakomu ne potriben ATF abo bud yaki rozrivi u poslidovnosti odnak vin potrebuye vilnoyi 5 ON grupi dlya vikonannya svoyeyi funkciyi Lyudski ekzonukleazi3 5 endonukleaza lyudskogo tipu maye vazhlive znachennya dlya nalezhnogo procesingu pre mRNK gistonu v yakij U7 snRNP keruye yedinim procesom rozsheplennya Pislya vidalennya nastupnogo produktu rozsheplennya DCP Xrn1 prodovzhuye podalshe rozsheplennya produktu poki vin povnistyu ne rozpadetsya Ce daye mozhlivist povtorno vikoristovuvati nukleotidi Xrn1 pov yazanij z aktivnistyu kotranskripcijnogo rozsheplennya CoTC yakij diye yak poperednik dlya rozvitku vilnogo 5 nezahishenogo kincya tomu ekzonukleaza mozhe vidalyati ta rozkladati produkt rozsheplennya sho jde dali DCP Vnaslidok cogo iniciyuyetsya pripinennya transkripciyi oskilki lyudskomu organizmu nemaye sensu nakopichuvati v svoyemu tili lancyugi DNK abo RNK Ekzonukleazi drizhdzhivCCR4 Not ye zagalnim kompleksom regulyaciyi transkripciyi v drizhdzhah yaki brunkuyutsya ta yakij yak z yasovano pov yazanij z metabolizmom mRNK iniciaciyeyu transkripciyi ta degradaciyeyu mRNK Doslidzheno sho CCR4 mistit RNK i volodiye ekzonukleaznoyu aktivnistyu do odnolancyugovoyi DNK u 3 5 napryami Inshim komponentom pov yazanim z CCR4 Not ye bilok CAF1 yakij mistit 3 5 abo 5 3 ekzonukleazni domeni v mishi ta vilnozhivuchoyi nematodi Cej bilok ne bulo viyavleno v drizhdzhah sho svidchit pro te sho vin skorishe za vse maye anomalnij ekzonukleaznij domen podibnij do togo yakij sposterigayetsya u bagatoklitinnih tvarin Drizhdzhi mistyat ekzonukleazi Rat1 i Xrn1 Rat1 pracyuye tak samo yak ekzonukleaza lyudskogo tipu Xrn2 a funkciya Xrn1 u citoplazmi zdijsnyuyetya v napryamku vid 5 do 3 kincya dlya degradaciyi RNK rRNK do 5 8s i 25s za vidsutnosti Rat1 Koronavirusni ekzonukleaziU beta shtammiv koronavirusiv do yakih takozh nalezhit i SARS CoV 2 prisutnya ekzonukleaza nsp14 ExoN Vona ye skladovoyu virusnogo genomu yaka vidpovidaye za rekombinaciyu ta bere uchast u poyavi novogo shtamu Div takozhNukleazi Restriktazi Endonukleazi Ce nezavershena stattya z molekulyarnoyi biologiyi Vi mozhete dopomogti proyektu vipravivshi abo dopisavshi yiyi DzherelaN Supriya 15 sichnya 2019 Difference Between Endonuclease and Exonuclease with Comparison Chart Biology Reader amer Procitovano 5 listopada 2022 Boyer Paul D Krebs Edwin G Sigman D S Tamanoi Fuyuhiko Dalbey Ross E Hackney David D Clarke Steven G Koehler Carla M Menon Anant Kumar 1970 The enzymes New York Academic Press ISBN 0 12 122701 4 OCLC 134449 Lehman I R Nussbaum A L 1 serpnya 1964 The Deoxyribonucleases of Escherichia coli V ON THE SPECIFICITY OF EXONUCLEASE I PHOSPHODIESTERASE Journal of Biological Chemistry English T 239 8 s 2628 2636 doi 10 1016 S0021 9258 18 93898 6 ISSN 0021 9258 PMID 14235546 Procitovano 5 listopada 2022 Internet Archive 1967 Nucleic acids New York Academic Press ISBN 978 0 12 181854 8 Mishra Nawin C 1995 Molecular biology of nucleases Boca Raton CRC Press ISBN 0 8493 7658 0 OCLC 31436640 Julin Douglas A 2000 Vaughan Pat red Detection and Quantitation of RecBCD Enzyme Exonuclease V Activity DNA Repair Protocols Prokaryotic Systems angl Totowa NJ Humana Press s 91 105 doi 10 1385 1 59259 068 3 91 ISBN 978 1 59259 068 1 Yang Xiao cui Sullivan Kelly D Marzluff William F Dominski Zbigniew 2009 1 Studies of the 5 Exonuclease and Endonuclease Activities of CPSF 73 in Histone Pre mRNA Processing Molecular and Cellular Biology T 29 1 s 31 42 doi 10 1128 MCB 00776 08 ISSN 0270 7306 PMC 2612496 PMID 18955505 Procitovano 5 listopada 2022 SEO Issues and Website Marketing Blog SEO Issues and Website Marketing Blog angl 8 listopada 2015 Procitovano 5 listopada 2022 Chen Junji Chiang Yueh Chin Denis Clyde L 15 bereznya 2002 CCR4 a 3 5 poly A RNA and ssDNA exonuclease is the catalytic component of the cytoplasmic deadenylase The EMBO Journal T 21 6 s 1414 1426 doi 10 1093 emboj 21 6 1414 ISSN 0261 4189 PMID 11889047 Procitovano 5 listopada 2022 archive ph archive ph Arhiv originalu za 18 lipnya 2012 Procitovano 5 listopada 2022 Henry Y Wood H Morrissey J P Petfalski E Kearsey S Tollervey D 15 travnya 1994 The 5 end of yeast 5 8S rRNA is generated by exonucleases from an upstream cleavage site The EMBO Journal T 13 10 s 2452 2463 ISSN 0261 4189 PMID 7515008 Procitovano 5 listopada 2022 Geerlings T H Vos J C Raue H A 1 grudnya 2000 The final step in the formation of 25S rRNA in Saccharomyces cerevisiae is performed by 5 gt 3 exonucleases RNA angl T 6 12 s 1698 1703 ISSN 1355 8382 PMID 11142370 Procitovano 5 listopada 2022 Gribble Jennifer Stevens Laura J Agostini Maria L Anderson Daniels Jordan Chappell James D Lu Xiaotao Pruijssers Andrea J Routh Andrew L Denison Mark R 19 sichnya 2021 The coronavirus proofreading exoribonuclease mediates extensive viral recombination PLoS Pathogens T 17 1 s e1009226 doi 10 1371 journal ppat 1009226 ISSN 1553 7366 PMC 7846108 PMID 33465137 Procitovano 5 listopada 2022 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite news title Shablon Cite news cite news a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya

Дата публікації:
Топ