Генетичний зв'язок (асоціація) — це коли один або більше генотипів у популяції зустрічаються спільно з певною фенотипічною ознакою частіше, ніж це можна було б очікувати як випадкове явище.
Дослідження генетичної асоціації мають на меті перевірити, чи відрізняються частоти однолокусних алелів або генотипів (або, загалом, частоти багатоголокусних гаплотипів) між двома групами осіб (як правило, хворі суб'єкти та здорові контрольні). Зараз дослідження генетичного зв'язку засновані на принципі, що генотипи можна порівняти «буквально», тобто за послідовностями дійсних геномів або екзомів через повне секвенування геному або повне секвенування екзомів. До 2010 року використовували методи секвенування ДНК.
Опис
Генетичний зв'язок може існувати між фенотипами, такими як видимі характеристики (наприклад, колір квітки або її висота), між фенотипом і генетичним поліморфізмом, наприклад, однонуклеотидним поліморфізмом або між двома генетичними поліморфізмами. Асоціація між генетичними поліморфізмами зустрічається тоді, коли існує невипадковий зв'язок їх алелів внаслідок їх близькості до однієї і тієї ж хромосоми; це відомо як зчеплене успадкування .
Неврівноважене зчеплення генів (linkage disequilibrium, LD) — термін, що використовується у популяційній генетиці для невипадкової асоціації алелів у двох або більше локусах, не обов'язково на одній і тій же хромосомі. Це не те саме, що зчеплення. Це явище, завдяки якому два або більше локуси на хромосомі знижують можливість рекомбінації між собою через їх фізичну близькість. LD описує ситуацію, коли деякі комбінації алелей або генетичних маркерів зустрічаються в популяції більш або менш частіше, ніж це можна було б очікувати в результаті випадкового утворення гаплотипів з алелів на основі їх частот.
Дослідження генетичного зв'язку проводяться, щоб визначити, чи пов'язаний певний генетичний варіант із захворюванням чи іншою ознакою. Якщо зв'язок присутній, у людей, які мають таку ознаку, певний алель, генотип чи гаплотип поліморфізму чи поліморфізмів спостерігаються частіше, ніж це очікувалось би як випадковість. Відповідно, людина, яка має одну або дві копії генетичної варіанти з високим ризиком, має підвищений ризик розвитку пов'язаного з нею захворювання або іншої ознаки.
Дослідження
Дослідження випадок-контроль
Дослідження є класичним епідеміологічним інструментом. При цьому вивчають суб'єкти, які вже мають захворювання, ознаку чи інший стан («випадки»), і визначають, чи є у них якісь характеристики, які відрізняють їх від суб'єктів, які не мають захворювання або ознаки («контроль»). У генетичних дослідженнях «випадок-контроль» між вказаними групами суб'єктів порівнюють частоту алелів або генотипів. Суб'єкти групи «випадки» мають діагностоване досліджуване захворювання, чи ознаку. Суб'єкти групи «контроль», або не мають таких, або випадково обираються з популяції. Різниця в частоті алеля або генотипу досліджуваного поліморфізму між цими двома групами вказує на те, що даний генетичний маркер може підвищити ризик захворювання або ймовірність наявності ознаки, або він є неврівноважно зчепленим з поліморфізмом, який має таку дію. Гаплотипи також можуть мати зв'язок із захворюванням або ознакою. Одним з найбільш ранніх успіхів у цій галузі було виявлення одиночної базової мутації в некодуючій ділянці гена APOC3 (ген аполіпопротеїну C3), що пов'язаний з вищим ризиком гіпертригліцеридемії та атеросклерозу, для чого було використане дослідження «випадок-контроль».
Однією із проблем, що стосуються дослідження «випадок-контроль», є те, що частота генотипу та гаплотипу різняться між етнічними або географічними групами населення. Якщо «випадки» та контрольна група не збігаються за етнічним або географічним походженням, то через заплутані ефекти стратифікації населення може бути виявлений хибнопозитивний генетичний зв'язок.
Сімейні дослідження
Сімейні дослідження генетичного зв'язку призначені для уникнення можливих спотворюючих наслідків ефекту стратифікації населення. При цьому у якості «випадків» постають суб'єкти (брати і сестри), які мають досліджуване захворювання, а «контролем» виступають їх батьки або брати і сестри, які це захворювання не мають. Найчастіше застосовуються два подібних тести: тест на передачу неврівнованого зчеплення генів (TDT) та гаплоїдний відносний ризик (HRR). Обидва вимірюють зв'язок генетичних маркерів у нуклеарних сім'ях шляхом передачі генів від батьків до потомства. Якщо певна алель збільшує ризик виникнення захворювання, то очікується, що цей алель буде частіше передаватися від батьків до потомства у популяціях з даним захворюванням.
Генетичний зв'язок кількісних ознак
Кількісна ознака — це вимірювані ознаки, які є безперервними величинами, такі як висота чи вага. Кількісні ознаки часто мають «нормальний» розподіл у популяції. Разом із дослідженнями «випадок-контроль», для виявлення генетичного зв'язку кількісних ознак можуть використовувати вибірки з неспорідненої популяції або сімейні тріо (два біологічні батьки та дитина), із вимірюванням кількісної ознаки у нащадка.
Список літератури
На цю статтю не посилаються інші статті Вікіпедії. Будь ласка розставте посилання відповідно до . |
Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет
Genetichnij zv yazok asociaciya ce koli odin abo bilshe genotipiv u populyaciyi zustrichayutsya spilno z pevnoyu fenotipichnoyu oznakoyu chastishe nizh ce mozhna bulo b ochikuvati yak vipadkove yavishe Doslidzhennya genetichnoyi asociaciyi mayut na meti pereviriti chi vidriznyayutsya chastoti odnolokusnih aleliv abo genotipiv abo zagalom chastoti bagatogolokusnih gaplotipiv mizh dvoma grupami osib yak pravilo hvori sub yekti ta zdorovi kontrolni Zaraz doslidzhennya genetichnogo zv yazku zasnovani na principi sho genotipi mozhna porivnyati bukvalno tobto za poslidovnostyami dijsnih genomiv abo ekzomiv cherez povne sekvenuvannya genomu abo povne sekvenuvannya ekzomiv Do 2010 roku vikoristovuvali metodi sekvenuvannya DNK OpisGenetichnij zv yazok mozhe isnuvati mizh fenotipami takimi yak vidimi harakteristiki napriklad kolir kvitki abo yiyi visota mizh fenotipom i genetichnim polimorfizmom napriklad odnonukleotidnim polimorfizmom abo mizh dvoma genetichnimi polimorfizmami Asociaciya mizh genetichnimi polimorfizmami zustrichayetsya todi koli isnuye nevipadkovij zv yazok yih aleliv vnaslidok yih blizkosti do odniyeyi i tiyeyi zh hromosomi ce vidomo yak zcheplene uspadkuvannya Nevrivnovazhene zcheplennya geniv linkage disequilibrium LD termin sho vikoristovuyetsya u populyacijnij genetici dlya nevipadkovoyi asociaciyi aleliv u dvoh abo bilshe lokusah ne obov yazkovo na odnij i tij zhe hromosomi Ce ne te same sho zcheplennya Ce yavishe zavdyaki yakomu dva abo bilshe lokusi na hromosomi znizhuyut mozhlivist rekombinaciyi mizh soboyu cherez yih fizichnu blizkist LD opisuye situaciyu koli deyaki kombinaciyi alelej abo genetichnih markeriv zustrichayutsya v populyaciyi bilsh abo mensh chastishe nizh ce mozhna bulo b ochikuvati v rezultati vipadkovogo utvorennya gaplotipiv z aleliv na osnovi yih chastot Doslidzhennya genetichnogo zv yazku provodyatsya shob viznachiti chi pov yazanij pevnij genetichnij variant iz zahvoryuvannyam chi inshoyu oznakoyu Yaksho zv yazok prisutnij u lyudej yaki mayut taku oznaku pevnij alel genotip chi gaplotip polimorfizmu chi polimorfizmiv sposterigayutsya chastishe nizh ce ochikuvalos bi yak vipadkovist Vidpovidno lyudina yaka maye odnu abo dvi kopiyi genetichnoyi varianti z visokim rizikom maye pidvishenij rizik rozvitku pov yazanogo z neyu zahvoryuvannya abo inshoyi oznaki DoslidzhennyaDoslidzhennya vipadok kontrol Doslidzhennya vipadok kontrol ye klasichnim epidemiologichnim instrumentom Pri comu vivchayut sub yekti yaki vzhe mayut zahvoryuvannya oznaku chi inshij stan vipadki i viznachayut chi ye u nih yakis harakteristiki yaki vidriznyayut yih vid sub yektiv yaki ne mayut zahvoryuvannya abo oznaki kontrol U genetichnih doslidzhennyah vipadok kontrol mizh vkazanimi grupami sub yektiv porivnyuyut chastotu aleliv abo genotipiv Sub yekti grupi vipadki mayut diagnostovane doslidzhuvane zahvoryuvannya chi oznaku Sub yekti grupi kontrol abo ne mayut takih abo vipadkovo obirayutsya z populyaciyi Riznicya v chastoti alelya abo genotipu doslidzhuvanogo polimorfizmu mizh cimi dvoma grupami vkazuye na te sho danij genetichnij marker mozhe pidvishiti rizik zahvoryuvannya abo jmovirnist nayavnosti oznaki abo vin ye nevrivnovazhno zcheplenim z polimorfizmom yakij maye taku diyu Gaplotipi takozh mozhut mati zv yazok iz zahvoryuvannyam abo oznakoyu Odnim z najbilsh rannih uspihiv u cij galuzi bulo viyavlennya odinochnoyi bazovoyi mutaciyi v nekoduyuchij dilyanci gena APOC3 gen apolipoproteyinu C3 sho pov yazanij z vishim rizikom gipertrigliceridemiyi ta aterosklerozu dlya chogo bulo vikoristane doslidzhennya vipadok kontrol Odniyeyu iz problem sho stosuyutsya doslidzhennya vipadok kontrol ye te sho chastota genotipu ta gaplotipu riznyatsya mizh etnichnimi abo geografichnimi grupami naselennya Yaksho vipadki ta kontrolna grupa ne zbigayutsya za etnichnim abo geografichnim pohodzhennyam to cherez zaplutani efekti stratifikaciyi naselennya mozhe buti viyavlenij hibnopozitivnij genetichnij zv yazok Simejni doslidzhennya Simejni doslidzhennya genetichnogo zv yazku priznacheni dlya uniknennya mozhlivih spotvoryuyuchih naslidkiv efektu stratifikaciyi naselennya Pri comu u yakosti vipadkiv postayut sub yekti brati i sestri yaki mayut doslidzhuvane zahvoryuvannya a kontrolem vistupayut yih batki abo brati i sestri yaki ce zahvoryuvannya ne mayut Najchastishe zastosovuyutsya dva podibnih testi test na peredachu nevrivnovanogo zcheplennya geniv TDT ta gaployidnij vidnosnij rizik HRR Obidva vimiryuyut zv yazok genetichnih markeriv u nuklearnih sim yah shlyahom peredachi geniv vid batkiv do potomstva Yaksho pevna alel zbilshuye rizik viniknennya zahvoryuvannya to ochikuyetsya sho cej alel bude chastishe peredavatisya vid batkiv do potomstva u populyaciyah z danim zahvoryuvannyam Genetichnij zv yazok kilkisnih oznak Kilkisna oznaka ce vimiryuvani oznaki yaki ye bezperervnimi velichinami taki yak visota chi vaga Kilkisni oznaki chasto mayut normalnij rozpodil u populyaciyi Razom iz doslidzhennyami vipadok kontrol dlya viyavlennya genetichnogo zv yazku kilkisnih oznak mozhut vikoristovuvati vibirki z nesporidnenoyi populyaciyi abo simejni trio dva biologichni batki ta ditina iz vimiryuvannyam kilkisnoyi oznaki u nashadka Spisok literaturiRees A Shoulders CC Galton DJ Baralle FE 1983 DNA polymorphism adjacent to human apoprotein A 1 gene relation to hypertriglyceridaemia Lancet 321 8322 444 446 doi 10 1016 s0140 6736 83 91440 x PMID 6131168 Na cyu stattyu ne posilayutsya inshi statti Vikipediyi Bud laska rozstavte posilannya vidpovidno do prijnyatih rekomendacij