Azərbaycanca AzərbaycancaБеларускі БеларускіDansk DanskDeutsch DeutschEspañola EspañolaFrançais FrançaisIndonesia IndonesiaItaliana Italiana日本語 日本語Қазақ ҚазақLietuvos LietuvosNederlands NederlandsPortuguês PortuguêsРусский Русскийසිංහල සිංහලแบบไทย แบบไทยTürkçe TürkçeУкраїнська Українська中國人 中國人United State United StateAfrikaans Afrikaans
Підтримка
www.wikidata.uk-ua.nina.az

Штрихкодування ДНК англ DNA barcoding метод молекулярної ідентифікації який дозволяє за короткими генетичними маркерами

Штрихкодування ДНК

Штрихкодування ДНК

Штрихкодування ДНК (англ. DNA barcoding) — метод молекулярної ідентифікації, який дозволяє за короткими генетичними маркерами в ДНК визначати приналежність організму до певного таксону. На відміну від методів молекулярної філогенетики, ДНК-штрихкодування використовується для визначення місця даного організму в уже наявній класифікації, а не для побудови філогенетичних дерев і доповнення чинної класифікації, тому питання про використання штрихкодування ДНК для ідентифікації видової приналежності нового організму є спірним. Ділянка мітохондріального гена цитохромоксидази I з приблизно 600 пар нуклеотидів є локусом генетичного штрихкодування для тварин, який найчастіше використовується.

ДНК-штрихкодування застосовується для вирішення таких завдань, як, наприклад, ідентифікація рослини тільки за її листям (наприклад, якщо недоступні квітки або плоди), ідентифікація личинок комах (які можуть мати менше діагностичних ознак, ніж дорослі особини, і часто менш вивчені), визначення раціону харчування тварин за змістом шлунка або фекаліями та інші.

Вибір локусу

Локуси для ДНК-штрихкодування повинні:

  • бути не дуже довгими ділянками ДНК;
  • бути присутнім у більшості представників розглянутих таксонів і водночас містити невелику кількість варіацій у представників одного виду;
  • досить легко секвенуватися за допомогою сучасних технологій секвенування без використання специфічних праймерів.

Пропонуються різні локуси для різних таксонів, відбір таких локусів проводиться спеціальним комітетом. Нині офіційно використовують:

  • для тварин і багатьох інших еукаріотів — мітохондріальний ген цитохромоксидази;
  • для рослин — конкатенація генів хлоропластів rbcL і matK (але ці локуси забезпечують низьку роздільну здатність під час ідентифікації наземних рослин, тому їм намагаються знайти заміну );
  • для грибів — внутрішній транскрибувальний спейсер (англ. internal transcribed spacer, ITS).

Мітохондріальна ДНК

Послідовності мітохондріальної ДНК (мтДНК) викликають інтерес як мішені для ДНК-штрихкодування через ряд причин:

  • майже всі еукаріотичні клітини містять мітохондрії, які мають мітохондріальний геном. Винятками є деякі одноклітинні паразитичні форми, такі як , , Giardia, у яких відбулася вторинна деградація мітохондрій. Однак в клітинах цих організмів виявляються рудиментарні органели, які є залишками колись функціональних мітохондрій;
  • мітохондріальна ДНК тварин характеризується порівняно високою швидкістю накопичення мутацій, що призводить до формування відмінностей у послідовності мітохондріальних генів між популяціями та всередині популяцій за порівняно короткі (з погляду еволюційного процесу) часові відрізки, порядку тисяч поколінь.
  • мітохондрії успадковуються за материнською лінією, тому ефективний розмір популяції в такому випадку пропорційний кількості самок, які розмножуються, тоді як для ядерного геному цей показник рівний двократній кількості всіх особин в популяції, які розмножуються (оскільки кожна особина містить дві копії ядерного геному). Зменшений ефективний розмір популяції призводить до швидшого відбору ліній генів мтДНК всередині популяцій і між ними через відмінності в плодючості окремих особин (принцип ).

Комбінація швидкого накопичення мутацій і швидкого відбору призводить до того, що в межах виду послідовності мітохондріальної ДНК розрізняються відносно слабко, а між видами — відносно сильно, що і потрібно для ефективного штрихкодування. Серед локусів мтДНК для штрихкодування найчастіше використовується ділянка гену субодиниці I мітохондріальної цитохром с-оксидази (COI), довжиною в 658 пар основ (т. з. Фолмерівска ділянка).

Відмінності в послідовності мтДНК не можуть бути об'єктивною мірою приналежності організмів до одного або до різних видів в низці ситуацій, що призводять до підвищення різноманіття послідовностей в межах виду:

  • у випадку наявності актів рекомбінації (безпосередньо рекомбінація мтДНК показана для низки двостулкових молюсків, наприклад, роду Mytilus);
  • у випадку гібридизації (показано для зайців роду Lepus);
  • за наявності всередині виду декількох ліній мтДНК, що виділяються в межах однієї популяції;
  • за наявності ендосимбіонтів, які селективно вбивають особин чоловічої статі;
  • за наявності внутрішньоклітинних симбіонтів, що призводять до несумісності цитоплазми під час запліднення, що дуже характерно, наприклад, для комах (вважається, що від 15 до 75% всіх видів комах заражені бактеріями роду Wolbachia).

Вибір локусу для ДНК-штрихкодування наземних рослин

Низка дослідників вважає, що не можна застосувати локус СОІ для ідентифікації більшості видів рослин, оскільки у вищих рослин швидкість еволюції гену цитохром с-оксидази значно нижча, ніж у тварин. Було проведено кілька досліджень задля пошуку придатнішого локусу в геномі покритонасінних рослин, які є найчисленнішою групою вищих (наземних) рослин, для використання під час ДНК-штрихкодування. Як кандидати були запропоновані послідовності ядерного внутрішнього транскрибувального спейсера (ITS) пластидного спейсеру між генами trnH і psbA, а також пластидного гену matK, що кодує фермент сплайсингу інтронів в хлоропластах.

У 2009 році групою фахівців з ДНК-штрихкодування рослин було запропоновано використовувати комбінацію rbcL і matK — двох генів, що кодуються геномом хлоропластів. Для кращого розділення видів, окрім цих локусів, пропонується додатково розглядати ядерний спейсер ITS2. Станом на 2015 рік пошук придатних локусів триває, зокрема, локус хлоропластного гену ycf1 був висунутий як перспективна кандидатура для використання під час визначення рослин за допомогою ДНК-штрихкодування.

Застосування методу

Визначення птахів

Щоб знайти відповідність між межами видів, визначеними за допомогою традиційної систематики, і межами, що виявляються з використанням ДНК-штрихкодування, Пауль Геберт з колегами провели ДНК-штрихкодування 260 видів птахів (більше третини всіх видів, що гніздяться в Північній Америці). Як наслідок було виявлено, що всі послідовності гену COI були різні між видами, в межах же видів (130 видів були представлені двома і більше зразками) відмінності в послідовності COI були відсутні, або були незначні. В середньому послідовності між видами розрізнялися на 7,93%, а в межах виду на 0,43%.

У чотирьох випадках в межах виду спостерігалася незвично висока відмінність між послідовностями локусів, що дало привід припустити наявність нових видів. Цікаво, що в трьох з чотирьох випадків деякі систематики вже розбивали такий політиповий вид на два. Дані Геберта з колегами підтримують такий поділ, а також в цілому демонструють ефективність використання ДНК-штрихкодування для визначення видової приналежності птахів. Авторами, окрім того, запропонований універсальний поріг, який вони пропонують використовувати під час виділення нових видів: пропонується вважати різними видами такі групи індивідів, середня різниця між послідовностями ДНК-штрихкодованих локусів яких десятикратно перевищує середню внутрішньовидову різницю для досліджуваної групи.

Іншими прикладами використання ДНК-штрихкодування в систематиці птахів можуть бути дослідження видів з широким ареалом і високою внутрішньовидовою морфологічною мінливістю, що було зроблено на прикладі звичайної сипухи, а також реорганізація груп з незрозумілими внутрішніми зв'язками, як, наприклад, в родини Тимелієві.

Визначення риб

Fish Barcode of Life Initiative (FISH-BOL) є проєктом зі збору, стандартизації та систематизації даних ДНК-штрихкодованих зразків риб, для яких визначена перевірена таксономічна приналежність. Бувши запущена у 2005 році, станом на 2016 рік база даних містить інформацію про послідовності локусів більш ніж 11000 видів риб, що складає близько 35% всього біологічного різноманіття групи. Окрім послідовностей, у FISH-BOL містяться фотографії та географічні координати досліджених зразків, інформація про поширення видів, номенклатуру і посилання на літературу. Таким чином, FISH-BOL дублює і значно доповнює інформацію, наявну в інших джерелах, таких як, наприклад, і FishBase.

ДНК-штрихкодування всіх видів риб може бути корисно з цілої низки причин: це дозволить проводити визначення виду широкому колу осіб, виявляти раніше невідомі види, проводити визначення виду в ситуаціях, коли традиційні методи не застосовуються. Прикладом такої ситуації може бути філогенетичний аналіз груперів за допомогою ДНК-штрихкодування, який може бути застосований під час визначення виду риби, що викликала захворювання сігуатера, за харчовими залишками.

Приховані види

Одним із завдань, у вирішенні якого штрихкодування ДНК може відігравати велику роль, є визначення меж між так званими криптичними, або прихованими, видами. Здебільшого це комплекс морфологічно невідмінних видів, поділ таких комплексів на окремі таксони часто є складним.

ДНК-штрихкодування неодноразово використовувалося під час дослідження криптичних видів в природоохоронній території Гуанакасте на північному заході Коста-Рики.

Одним з перших прихованих видів, що показав ефективність ДНК-штрихкодування в його поділі, став неотропічний головчак . Це комплекс видів з неявними морфологічними відмінностями та незвично великою різноманітністю кормових рослин у їх гусениць. Аналіз результатів секвенування гену COI від 484 організмів, що морфологічно відносяться до A. fulgerator, спричинив суперечки: у 2004 році автори припустили, що A. fulgerator складається з щонайменше 10 видів; у 2006 році був проведений повторний аналіз цих же послідовностей за допомогою бутстрепу методом приєднання сусідів, аналізу агрегації популяцій і кладистичного аналізу , було отримано поділ на 3 (максимум 7) клад, а попередня робота розкритикована. Такі відмінності показали, що інтерпретація результатів, отриманих ДНК-штрихкодуванням, залежить від вибору аналітичних методів, а розмежування прихованих видів з використанням ДНК штрих-кодів може бути таким же суб'єктивним, як і інші форми таксономії.

Інші приклади видів із Гуанакасте, що показали ефективність застосування методу ДНК штрихкодування: дослідження та ідентифікації тропічних гусениць, а також розділення на таксони паразитичних мух (Tachinidae), вирощених з личинки.

Посилання

  1. PMID 12614582 (PMID 12614582)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  2. PMID 15928076 (PMID 15928076)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  3. PMID 19240801 (PMID 19240801)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  4. PMID 19695081 (PMID 19695081)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  5. PMID 18258745 (PMID 18258745)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  6. PMID 19666622 (PMID 19666622)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  7. PMID 18287050 (PMID 18287050)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  8. PMID 25672218 (PMID 25672218)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  9. PMID 22100737 (PMID 22100737)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  10. PMID 22454494 (PMID 22454494)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  11. PMID 15854906 (PMID 15854906)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  12. PMID 12192407 (PMID 12192407)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  13. PMID 15969727 (PMID 15969727)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  14. Rufus A. Johnstone, Gregory D.D. Hurst. Maternally inherited male-killing microorganisms may confound interpretation of mitochondrial DNA variability : ( )[англ.] // Biological Journal of the Linnean Society. — 1996-08-01. — Vol. 58, no. 4. — С. 453–470. — ISSN 1095-8312. — DOI:10.1111/j.1095-8312.1996.tb01446.x.
  15. PMID 17472911 (PMID 17472911)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  16. PMID 18245338 (PMID 18245338)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  17. PMID 20062805 (PMID 20062805)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  18. PMID 15455034 (PMID 15455034)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  19. PMID 24199866 (PMID 24199866)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  20. PMID 26125793 (PMID 26125793)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  21. PMID 20735564 (PMID 20735564)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  22. PMID 25093850 (PMID 25093850)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  23. PMID 15465915 (PMID 15465915)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  24. Andrew V. Z. Brower. Problems with DNA barcodes for species delimitation: ‘Ten species’ of Astraptes fulgerator reassessed (Lepidoptera: Hesperiidae) // Systematics and Biodiversity. — 2006-06-01. — Т. 4, вип. 2. — С. 127–132. — ISSN 1477-2000. — DOI:10.1017/S147720000500191X.
  25. . janzen.sas.upenn.edu. Архів оригіналу за 2 листопада 2019. Процитовано 28 квітня 2016.
  26. PMID 16505365 (PMID 16505365)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  27. PMID 17360352 (PMID 17360352)
    Бібліографічний опис з'явиться автоматично через деякий час. Ви можете підставити цитату власноруч або використовуючи бота.
  28. Jerrold I. Davis, Kevin C. Nixon. Populations, Genetic Variation, and the Delimitation of Phylogenetic Species : ( )[англ.] // Systematic Biology. — 1992-12-01. — Vol. 41, no. 4. — С. 421–435. — ISSN 1063-5157. — DOI:10.1093/sysbio/41.4.421.

Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет

Shtrihkoduvannya DNK angl DNA barcoding metod molekulyarnoyi identifikaciyi yakij dozvolyaye za korotkimi genetichnimi markerami v DNK viznachati prinalezhnist organizmu do pevnogo taksonu Na vidminu vid metodiv molekulyarnoyi filogenetiki DNK shtrihkoduvannya vikoristovuyetsya dlya viznachennya miscya danogo organizmu v uzhe nayavnij klasifikaciyi a ne dlya pobudovi filogenetichnih derev i dopovnennya chinnoyi klasifikaciyi tomu pitannya pro vikoristannya shtrihkoduvannya DNK dlya identifikaciyi vidovoyi prinalezhnosti novogo organizmu ye spirnim Dilyanka mitohondrialnogo gena citohromoksidazi I z priblizno 600 par nukleotidiv ye lokusom genetichnogo shtrihkoduvannya dlya tvarin yakij najchastishe vikoristovuyetsya DNK shtrihkoduvannya zastosovuyetsya dlya virishennya takih zavdan yak napriklad identifikaciya roslini tilki za yiyi listyam napriklad yaksho nedostupni kvitki abo plodi identifikaciya lichinok komah yaki mozhut mati menshe diagnostichnih oznak nizh dorosli osobini i chasto mensh vivcheni viznachennya racionu harchuvannya tvarin za zmistom shlunka abo fekaliyami ta inshi Vibir lokusuLokusi dlya DNK shtrihkoduvannya povinni buti ne duzhe dovgimi dilyankami DNK buti prisutnim u bilshosti predstavnikiv rozglyanutih taksoniv i vodnochas mistiti neveliku kilkist variacij u predstavnikiv odnogo vidu dosit legko sekvenuvatisya za dopomogoyu suchasnih tehnologij sekvenuvannya bez vikoristannya specifichnih prajmeriv Proponuyutsya rizni lokusi dlya riznih taksoniv vidbir takih lokusiv provoditsya specialnim komitetom Nini oficijno vikoristovuyut dlya tvarin i bagatoh inshih eukariotiv mitohondrialnij gen citohromoksidazi dlya roslin konkatenaciya geniv hloroplastiv rbcL i matK ale ci lokusi zabezpechuyut nizku rozdilnu zdatnist pid chas identifikaciyi nazemnih roslin tomu yim namagayutsya znajti zaminu dlya gribiv vnutrishnij transkribuvalnij spejser angl internal transcribed spacer ITS Mitohondrialna DNK Poslidovnosti mitohondrialnoyi DNK mtDNK viklikayut interes yak misheni dlya DNK shtrihkoduvannya cherez ryad prichin majzhe vsi eukariotichni klitini mistyat mitohondriyi yaki mayut mitohondrialnij genom Vinyatkami ye deyaki odnoklitinni parazitichni formi taki yak Giardia u yakih vidbulasya vtorinna degradaciya mitohondrij Odnak v klitinah cih organizmiv viyavlyayutsya rudimentarni organeli yaki ye zalishkami kolis funkcionalnih mitohondrij mitohondrialna DNK tvarin harakterizuyetsya porivnyano visokoyu shvidkistyu nakopichennya mutacij sho prizvodit do formuvannya vidminnostej u poslidovnosti mitohondrialnih geniv mizh populyaciyami ta vseredini populyacij za porivnyano korotki z poglyadu evolyucijnogo procesu chasovi vidrizki poryadku tisyach pokolin mitohondriyi uspadkovuyutsya za materinskoyu liniyeyu tomu efektivnij rozmir populyaciyi v takomu vipadku proporcijnij kilkosti samok yaki rozmnozhuyutsya todi yak dlya yadernogo genomu cej pokaznik rivnij dvokratnij kilkosti vsih osobin v populyaciyi yaki rozmnozhuyutsya oskilki kozhna osobina mistit dvi kopiyi yadernogo genomu Zmenshenij efektivnij rozmir populyaciyi prizvodit do shvidshogo vidboru linij geniv mtDNK vseredini populyacij i mizh nimi cherez vidminnosti v plodyuchosti okremih osobin princip Kombinaciya shvidkogo nakopichennya mutacij i shvidkogo vidboru prizvodit do togo sho v mezhah vidu poslidovnosti mitohondrialnoyi DNK rozriznyayutsya vidnosno slabko a mizh vidami vidnosno silno sho i potribno dlya efektivnogo shtrihkoduvannya Sered lokusiv mtDNK dlya shtrihkoduvannya najchastishe vikoristovuyetsya dilyanka genu subodinici I mitohondrialnoyi citohrom s oksidazi COI dovzhinoyu v 658 par osnov t z Folmerivska dilyanka Vidminnosti v poslidovnosti mtDNK ne mozhut buti ob yektivnoyu miroyu prinalezhnosti organizmiv do odnogo abo do riznih vidiv v nizci situacij sho prizvodyat do pidvishennya riznomanittya poslidovnostej v mezhah vidu u vipadku nayavnosti aktiv rekombinaciyi bezposeredno rekombinaciya mtDNK pokazana dlya nizki dvostulkovih molyuskiv napriklad rodu Mytilus u vipadku gibridizaciyi pokazano dlya zajciv rodu Lepus za nayavnosti vseredini vidu dekilkoh linij mtDNK sho vidilyayutsya v mezhah odniyeyi populyaciyi za nayavnosti endosimbiontiv yaki selektivno vbivayut osobin cholovichoyi stati za nayavnosti vnutrishnoklitinnih simbiontiv sho prizvodyat do nesumisnosti citoplazmi pid chas zaplidnennya sho duzhe harakterno napriklad dlya komah vvazhayetsya sho vid 15 do 75 vsih vidiv komah zarazheni bakteriyami rodu Wolbachia Vibir lokusu dlya DNK shtrihkoduvannya nazemnih roslin Nizka doslidnikiv vvazhaye sho ne mozhna zastosuvati lokus SOI dlya identifikaciyi bilshosti vidiv roslin oskilki u vishih roslin shvidkist evolyuciyi genu citohrom s oksidazi znachno nizhcha nizh u tvarin Bulo provedeno kilka doslidzhen zadlya poshuku pridatnishogo lokusu v genomi pokritonasinnih roslin yaki ye najchislennishoyu grupoyu vishih nazemnih roslin dlya vikoristannya pid chas DNK shtrihkoduvannya Yak kandidati buli zaproponovani poslidovnosti yadernogo vnutrishnogo transkribuvalnogo spejsera ITS plastidnogo spejseru mizh genami trnH i psbA a takozh plastidnogo genu matK sho koduye ferment splajsingu introniv v hloroplastah U 2009 roci grupoyu fahivciv z DNK shtrihkoduvannya roslin bulo zaproponovano vikoristovuvati kombinaciyu rbcL i matK dvoh geniv sho koduyutsya genomom hloroplastiv Dlya krashogo rozdilennya vidiv okrim cih lokusiv proponuyetsya dodatkovo rozglyadati yadernij spejser ITS2 Stanom na 2015 rik poshuk pridatnih lokusiv trivaye zokrema lokus hloroplastnogo genu ycf1 buv visunutij yak perspektivna kandidatura dlya vikoristannya pid chas viznachennya roslin za dopomogoyu DNK shtrihkoduvannya Zastosuvannya metoduViznachennya ptahiv Shob znajti vidpovidnist mizh mezhami vidiv viznachenimi za dopomogoyu tradicijnoyi sistematiki i mezhami sho viyavlyayutsya z vikoristannyam DNK shtrihkoduvannya Paul Gebert z kolegami proveli DNK shtrihkoduvannya 260 vidiv ptahiv bilshe tretini vsih vidiv sho gnizdyatsya v Pivnichnij Americi Yak naslidok bulo viyavleno sho vsi poslidovnosti genu COI buli rizni mizh vidami v mezhah zhe vidiv 130 vidiv buli predstavleni dvoma i bilshe zrazkami vidminnosti v poslidovnosti COI buli vidsutni abo buli neznachni V serednomu poslidovnosti mizh vidami rozriznyalisya na 7 93 a v mezhah vidu na 0 43 U chotiroh vipadkah v mezhah vidu sposterigalasya nezvichno visoka vidminnist mizh poslidovnostyami lokusiv sho dalo privid pripustiti nayavnist novih vidiv Cikavo sho v troh z chotiroh vipadkiv deyaki sistematiki vzhe rozbivali takij politipovij vid na dva Dani Geberta z kolegami pidtrimuyut takij podil a takozh v cilomu demonstruyut efektivnist vikoristannya DNK shtrihkoduvannya dlya viznachennya vidovoyi prinalezhnosti ptahiv Avtorami okrim togo zaproponovanij universalnij porig yakij voni proponuyut vikoristovuvati pid chas vidilennya novih vidiv proponuyetsya vvazhati riznimi vidami taki grupi individiv serednya riznicya mizh poslidovnostyami DNK shtrihkodovanih lokusiv yakih desyatikratno perevishuye serednyu vnutrishnovidovu riznicyu dlya doslidzhuvanoyi grupi Inshimi prikladami vikoristannya DNK shtrihkoduvannya v sistematici ptahiv mozhut buti doslidzhennya vidiv z shirokim arealom i visokoyu vnutrishnovidovoyu morfologichnoyu minlivistyu sho bulo zrobleno na prikladi zvichajnoyi sipuhi a takozh reorganizaciya grup z nezrozumilimi vnutrishnimi zv yazkami yak napriklad v rodini Timeliyevi Viznachennya rib Fish Barcode of Life Initiative FISH BOL ye proyektom zi zboru standartizaciyi ta sistematizaciyi danih DNK shtrihkodovanih zrazkiv rib dlya yakih viznachena perevirena taksonomichna prinalezhnist Buvshi zapushena u 2005 roci stanom na 2016 rik baza danih mistit informaciyu pro poslidovnosti lokusiv bilsh nizh 11000 vidiv rib sho skladaye blizko 35 vsogo biologichnogo riznomanittya grupi Okrim poslidovnostej u FISH BOL mistyatsya fotografiyi ta geografichni koordinati doslidzhenih zrazkiv informaciya pro poshirennya vidiv nomenklaturu i posilannya na literaturu Takim chinom FISH BOL dublyuye i znachno dopovnyuye informaciyu nayavnu v inshih dzherelah takih yak napriklad i FishBase DNK shtrihkoduvannya vsih vidiv rib mozhe buti korisno z ciloyi nizki prichin ce dozvolit provoditi viznachennya vidu shirokomu kolu osib viyavlyati ranishe nevidomi vidi provoditi viznachennya vidu v situaciyah koli tradicijni metodi ne zastosovuyutsya Prikladom takoyi situaciyi mozhe buti filogenetichnij analiz gruperiv za dopomogoyu DNK shtrihkoduvannya yakij mozhe buti zastosovanij pid chas viznachennya vidu ribi sho viklikala zahvoryuvannya siguatera za harchovimi zalishkami Prihovani vidi Odnim iz zavdan u virishenni yakogo shtrihkoduvannya DNK mozhe vidigravati veliku rol ye viznachennya mezh mizh tak zvanimi kriptichnimi abo prihovanimi vidami Zdebilshogo ce kompleks morfologichno nevidminnih vidiv podil takih kompleksiv na okremi taksoni chasto ye skladnim DNK shtrihkoduvannya neodnorazovo vikoristovuvalosya pid chas doslidzhennya kriptichnih vidiv v prirodoohoronnij teritoriyi Guanakaste na pivnichnomu zahodi Kosta Riki Odnim z pershih prihovanih vidiv sho pokazav efektivnist DNK shtrihkoduvannya v jogo podili stav neotropichnij golovchak Ce kompleks vidiv z neyavnimi morfologichnimi vidminnostyami ta nezvichno velikoyu riznomanitnistyu kormovih roslin u yih gusenic Analiz rezultativ sekvenuvannya genu COI vid 484 organizmiv sho morfologichno vidnosyatsya do A fulgerator sprichiniv superechki u 2004 roci avtori pripustili sho A fulgerator skladayetsya z shonajmenshe 10 vidiv u 2006 roci buv provedenij povtornij analiz cih zhe poslidovnostej za dopomogoyu butstrepu metodom priyednannya susidiv analizu agregaciyi populyacij i kladistichnogo analizu bulo otrimano podil na 3 maksimum 7 klad a poperednya robota rozkritikovana Taki vidminnosti pokazali sho interpretaciya rezultativ otrimanih DNK shtrihkoduvannyam zalezhit vid viboru analitichnih metodiv a rozmezhuvannya prihovanih vidiv z vikoristannyam DNK shtrih kodiv mozhe buti takim zhe sub yektivnim yak i inshi formi taksonomiyi Inshi prikladi vidiv iz Guanakaste sho pokazali efektivnist zastosuvannya metodu DNK shtrihkoduvannya doslidzhennya ta identifikaciyi tropichnih gusenic a takozh rozdilennya na taksoni parazitichnih muh Tachinidae viroshenih z lichinki PosilannyaPMID 12614582 PMID 12614582 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 15928076 PMID 15928076 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 19240801 PMID 19240801 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 19695081 PMID 19695081 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 18258745 PMID 18258745 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 19666622 PMID 19666622 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 18287050 PMID 18287050 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 25672218 PMID 25672218 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 22100737 PMID 22100737 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 22454494 PMID 22454494 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 15854906 PMID 15854906 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 12192407 PMID 12192407 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 15969727 PMID 15969727 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota Rufus A Johnstone Gregory D D Hurst Maternally inherited male killing microorganisms may confound interpretation of mitochondrial DNA variability angl Biological Journal of the Linnean Society 1996 08 01 Vol 58 no 4 S 453 470 ISSN 1095 8312 DOI 10 1111 j 1095 8312 1996 tb01446 x PMID 17472911 PMID 17472911 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 18245338 PMID 18245338 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 20062805 PMID 20062805 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 15455034 PMID 15455034 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 24199866 PMID 24199866 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 26125793 PMID 26125793 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 20735564 PMID 20735564 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 25093850 PMID 25093850 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 15465915 PMID 15465915 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota Andrew V Z Brower Problems with DNA barcodes for species delimitation Ten species of Astraptes fulgerator reassessed Lepidoptera Hesperiidae Systematics and Biodiversity 2006 06 01 T 4 vip 2 S 127 132 ISSN 1477 2000 DOI 10 1017 S147720000500191X janzen sas upenn edu Arhiv originalu za 2 listopada 2019 Procitovano 28 kvitnya 2016 PMID 16505365 PMID 16505365 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota PMID 17360352 PMID 17360352 Bibliografichnij opis z yavitsya avtomatichno cherez deyakij chas Vi mozhete pidstaviti citatu vlasnoruch abo vikoristovuyuchi bota Jerrold I Davis Kevin C Nixon Populations Genetic Variation and the Delimitation of Phylogenetic Species angl Systematic Biology 1992 12 01 Vol 41 no 4 S 421 435 ISSN 1063 5157 DOI 10 1093 sysbio 41 4 421

Дата публікації:
Топ