Структурний мотив (біологія)

У Вікіпедії є статті про інші значення цього терміна: Структурний мотив.

Структурний мотив — тривимірний структурний елемент неразгалужених полімерних біологічних макромолекул, таких як білки або РНК, що повторюється з незначними змінами у великому числі різних молекул. Головний метод виявлення істотних структурних мотивів — .

Структурний мотив зазвичай класифікується до третинної або «надвторинної» структури, і знаходиться на проміжному рівні між елементами вторинної структури та повною структурою молекули. У випадку білків, структурний мотив зазвичай менше домену, тобто частини білка, здатної до неалежної стабілізації структури, домен може складатися з одного або кількох структурних мотивів, або не мати їх зовсім.

Зазвичай (але не завжди) структурний мотив є комбінацією кількох елементів вторинної структури, що часто відображається у назвах структурних мотивів, наприклад спіраль-поворот-спіраль. Деякі мотиви, особливо в білках, складаються лише з невеликого числа амінокислот, функціональних груп або функціональних атомів, і не залежать від вторинної структури. Ці мотиви часто безпосередньо залучаються до функціональної активності білка. Наприклад , складена з серину, гістидину і аспаргінової кислоти, спостерігається в структурах незв'язаних білків трипсин і .

Оскільки взаємовідношення між первинною і третинною структурами досить складні, два біополімери можуть мати той же структурний мотив мотив при відсутності схожості первинної структури. Іншими словами, структурний мотив не потрібно зв'язувати з . Також, існування мотиву послідовності не обов'язково вказує на збереження певної структури.

Бета-шпилька: Надзвичайно поширений. Дві антипаралельні бета-ланцюги, з'єднані щільним поворотом декількох амінокислот між ними.

Грецький ключ: Чотири бета-нитки, три з'єднані шпильками, четверта складена зверху.

Омега-петля: Петля, в якій залишки, що складають початок і кінець циклу, дуже близькі між собою.

Спіраль-петля-спіраль: Складається з альфа-спіралей, пов'язаних петлевим розтягненням амінокислот. Цей мотив вбачається в факторах транскрипції.

Цинковий палець: Дві бета-нитки з альфа-спіраллю закінчуються, щоб зв’язати іон цинку. Важливий в білках, що зв'язують ДНК.

Спіраль-поворот-спіраль: Два спіралі α, з'єднані коротким ланцюгом амінокислот і виявлені у багатьох білках, які регулюють експресію генів.

Гніздо: Надзвичайно поширений. Три послідовних амінокислотних залишку утворюють аніон-зв'язуючу увігнутість.

Ніша: Надзвичайно поширений. Три чи чотири послідовні залишки амінокислот утворюють особливість зв'язування катіонів.