Azərbaycanca AzərbaycancaБеларускі БеларускіDansk DanskDeutsch DeutschEspañola EspañolaFrançais FrançaisIndonesia IndonesiaItaliana Italiana日本語 日本語Қазақ ҚазақLietuvos LietuvosNederlands NederlandsPortuguês PortuguêsРусский Русскийසිංහල සිංහලแบบไทย แบบไทยTürkçe TürkçeУкраїнська Українська中國人 中國人United State United StateAfrikaans Afrikaans
Підтримка
www.wikidata.uk-ua.nina.az

GENCODE проект геномних досліджень що є складовою частиною проекту Енциклопедія елементів ДНК ENCODE Схема анотації локу

GENCODE

GENCODE

GENCODE — проект геномних досліджень, що є складовою частиною проекту «Енциклопедія елементів ДНК» (ENCODE).

image
Схема анотації локусів

Задачі

GENCODE був створений в рамках пілотної фази проекту ENCODE з метою визначити і впорядкувати все білок-кодуючі гени з бібліотеки ENCODE. Зараз проект націлений на створення енциклопедії генів і їх варіантів з повним описом їх структурних характеристик в геномах людини і миші за допомогою методів обчислювального аналізу, ручної анотації та експериментальної перевірки.

Кінцева мета проекту — створення бази анотацій, що включає всі білок-кодуючі локуси з альтернативними транскриптами, некодуючих локусів з виявленими та псевдогенів.

Історія

У вересні 2003 року Національний інститут досліджень генома людини (NHGRI) відкрив публічний дослідний консорціум ENCODE для реалізації проекту по визначенню всіх функціональних елементів людського генома. Цей проект є продовженням проекту «Геном людини» (англ. The Human Genome Project), запущеного в 1990 році Національною організацією охорони здоров'я США (NIH). Метою проекту була розшифровка послідовності ДНК людини. У 2003 році були опубліковані результати і наукове співтовариство висловило зацікавленість в дослідженні функціональних елементів геному людини для кращого розуміння механізмів розвитку деяких захворювань. Для цього був запущений проект ENCODE у три фази: пілотна (початкова) фаза, розробка методології та продуктивна фаза. В ході пілотної фази планувалося досліджувати близько 30 Mb генома людини, а отримані результати врахувати при аналізі решти людського генома. Для картування на цей фрагмент генома відомих білок-кодуючих генів був створений проект GENCODE.

У квітні 2005 року була випущена перша версія GENCODE з анотацією 44 локусів людського генома. У ній було описано 416 відомих геномних локусів, 26 нових білок-кодуючих локусів, 82 транскрибованих і 170 псевдогенів локусів. У другому релізі (14 жовтня 2005 року) була оновлена ​​і підтверджена інформація про анотовані раніше локуси, в основному, завдяки експериментальним даними RACE і RT-PCR.

У червні 2007 року пілотна фаза ENCODE була завершена. Проект був визнаний вдалим і інститут Сенгера (англ. Welcome Trust Sanger Institute) отримав грант від NHGRI для масштабування проекту GENCODE.

У 2012 році був випущений найбільший реліз GENCODE 7 (на основі даних на момент грудня 2011 року), в якому була скомбінована автоматична анотація Ensembl і ручна анотація. З 2013 року GENCODE був удостоєний другого гранту на продовження роботи по анотації генома людини, а також на анотацію мишачого геному для порівняльних досліджень геномів миші і людини.

У квітні 2018 року було випущено версію GENCODE 28 (містить дані, оброблені до листопада 2017 року).

Примітки

  1. . Архів оригіналу за 28 березня 2021. Процитовано 29 червня 2018.

Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет

GENCODE proekt genomnih doslidzhen sho ye skladovoyu chastinoyu proektu Enciklopediya elementiv DNK ENCODE Shema anotaciyi lokusivZadachiGENCODE buv stvorenij v ramkah pilotnoyi fazi proektu ENCODE z metoyu viznachiti i vporyadkuvati vse bilok koduyuchi geni z biblioteki ENCODE Zaraz proekt nacilenij na stvorennya enciklopediyi geniv i yih variantiv z povnim opisom yih strukturnih harakteristik v genomah lyudini i mishi za dopomogoyu metodiv obchislyuvalnogo analizu ruchnoyi anotaciyi ta eksperimentalnoyi perevirki Kinceva meta proektu stvorennya bazi anotacij sho vklyuchaye vsi bilok koduyuchi lokusi z alternativnimi transkriptami nekoduyuchih lokusiv z viyavlenimi ta psevdogeniv IstoriyaU veresni 2003 roku Nacionalnij institut doslidzhen genoma lyudini NHGRI vidkriv publichnij doslidnij konsorcium ENCODE dlya realizaciyi proektu po viznachennyu vsih funkcionalnih elementiv lyudskogo genoma Cej proekt ye prodovzhennyam proektu Genom lyudini angl The Human Genome Project zapushenogo v 1990 roci Nacionalnoyu organizaciyeyu ohoroni zdorov ya SShA NIH Metoyu proektu bula rozshifrovka poslidovnosti DNK lyudini U 2003 roci buli opublikovani rezultati i naukove spivtovaristvo vislovilo zacikavlenist v doslidzhenni funkcionalnih elementiv genomu lyudini dlya krashogo rozuminnya mehanizmiv rozvitku deyakih zahvoryuvan Dlya cogo buv zapushenij proekt ENCODE u tri fazi pilotna pochatkova faza rozrobka metodologiyi ta produktivna faza V hodi pilotnoyi fazi planuvalosya doslidzhuvati blizko 30 Mb genoma lyudini a otrimani rezultati vrahuvati pri analizi reshti lyudskogo genoma Dlya kartuvannya na cej fragment genoma vidomih bilok koduyuchih geniv buv stvorenij proekt GENCODE U kvitni 2005 roku bula vipushena persha versiya GENCODE z anotaciyeyu 44 lokusiv lyudskogo genoma U nij bulo opisano 416 vidomih genomnih lokusiv 26 novih bilok koduyuchih lokusiv 82 transkribovanih i 170 psevdogeniv lokusiv U drugomu relizi 14 zhovtnya 2005 roku bula onovlena i pidtverdzhena informaciya pro anotovani ranishe lokusi v osnovnomu zavdyaki eksperimentalnim danimi RACE i RT PCR U chervni 2007 roku pilotna faza ENCODE bula zavershena Proekt buv viznanij vdalim i institut Sengera angl Welcome Trust Sanger Institute otrimav grant vid NHGRI dlya masshtabuvannya proektu GENCODE U 2012 roci buv vipushenij najbilshij reliz GENCODE 7 na osnovi danih na moment grudnya 2011 roku v yakomu bula skombinovana avtomatichna anotaciya Ensembl i ruchna anotaciya Z 2013 roku GENCODE buv udostoyenij drugogo grantu na prodovzhennya roboti po anotaciyi genoma lyudini a takozh na anotaciyu mishachogo genomu dlya porivnyalnih doslidzhen genomiv mishi i lyudini U kvitni 2018 roku bulo vipusheno versiyu GENCODE 28 mistit dani obrobleni do listopada 2017 roku Primitki Arhiv originalu za 28 bereznya 2021 Procitovano 29 chervnya 2018

Дата публікації:
Топ