Косміди (Cosmides) — плазміди, що містять фрагмент ДНК фага лямбда включно зі . Разом із системами пакування у фагові частинки in vitro використовуються як векторні молекули для клонування генів та при побудові геномних бібліотек. Косміди вперше сконструювали Коллінс та Брюнінг 1978 року. Їхня назва походить від скорочення двох термінів: cos-ділянка (сам термін у свою чергу походить від англ. cohesive ends — липкі кінці) та плазміда.
![image](https://www.wikidata.uk-ua.nina.az/image/aHR0cHM6Ly93d3cud2lraWRhdGEudWstdWEubmluYS5hei9pbWFnZS9hSFIwY0hNNkx5OTFjR3h2WVdRdWQybHJhVzFsWkdsaExtOXlaeTkzYVd0cGNHVmthV0V2WTI5dGJXOXVjeTkwYUhWdFlpOHhMekUwTDBOdmMyMXBaQzV6ZG1jdk16QXdjSGd0UTI5emJXbGtMbk4yWnk1d2JtYz0ucG5n.png)
Косміда має розмір приблизно 5 т.п.н. і обов'язково включає такі елементи: cos-ділянку, необхідну для запаковування у віріони фага лямбда, плазміди для реплікації у клітині бактерії, сайти розпізнавання ендонуклеазами рестрикції та (наприклад ген резистентності до якогось антибіотику).
За допомогою космід можна клонувати ділянки ДНК розміром 32-47 т.п.н.. Для цього косміду та чужорідну ДНК обробляють однією і тією ж ендонуклеазою рестрикції, після чого отримані лінійні фрагменти змішують і проводять реакцію . Далі відбувається пакування ДНК у фагові голівки in vitro, вона розрізається у cos-ділянках. Цей процес супроводжується селекцією фрагментів за розміром, оскільки запаковуватись може тільки ДНК довжиною 78—105% від геному фага лямбда. Таким чином у віріони потраплять переважно рекомбінантні косміди, що містять клоновану ділянку ДНК. Продукти лігування між двома космідами будуть замалими для пакування, а між двома фрагментами чужорідної ДНК — завеликими.
Отримані фагові частинки із рекомбінантними космідами використовують для інфікування клітин кишкової палички. У цитоплазмі косміди циклізуються завдяки з'єднанню липких кінців і далі реплікуються як звичайні плазміди, не проявляючи ніяких функцій фага лямбда. Селекція трансформованих клітин проводиться за маркерним геном присутнім у векторній молекулі.
Модифікації
Оскільки косміди дають можливість клонувати відносно великі ділянки ДНК, вони є зручними векторами для створення бібліотек фрагментів геномів еукаріот отриманих шляхом часткового розщеплення ендонуклеазами рестрикції. Проте продукти такого розщеплення можуть мати різний розмір, і можливі випадки, коли відбувається лігування двох відносно невеликих фрагментів, що не знаходились поруч у геномі, і створення відповідного клона, який даватиме хибне уявлення про їх положення в хромосомах. Цю проблему можна подолати шляхом фракціонування продуктів часткового розщеплення за розміром. Проте навіть такий метод не дозволяє повністю уникнути виникненню клонів космід, що містять кілька лігованих фрагментів ДНК, тому були запропоновані інші методи, зокрема фрагментів чужорідної ДНК, щоб вони не могли об'єднуватись одне з одним. Також були створені спеціальні космідні вектори pJB8 (Burke, Ish-Horowicz, 1981) та c2XB (Bates, Swift, 1983), при використанні яких імовірність утворення хибних клонів зводиться до мінімуму.
Сучасні косміди серій pWE та sCos характеризуються наявністю кількох сайтів клонування, фланкованими фаговими промоторами та унікальними ділянками розпізнавання ендонуклеазами рестрикції NotI, SacII та SfiI, що дозволяють вирізати вставку одним фрагментом.
Джерела
- Primrose S.B., Twyman R.M., Old R.W. (2002). Principles of Gene Manipulation (вид. 6th). Wiley-Blackwell. ISBN .
- Griffiths A.J.F., Wessler S.R. та ін. (2004). (вид. 8th). W. H. Freeman. ISBN . Архів оригіналу за 26 лютого 2015. Процитовано 20 квітня 2012.
{{}}
: Явне використання «та ін.» у:|author=
()
Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет
Kosmidi Cosmides plazmidi sho mistyat fragment DNK faga lyambda vklyuchno zi Razom iz sistemami pakuvannya u fagovi chastinki in vitro vikoristovuyutsya yak vektorni molekuli dlya klonuvannya geniv ta pri pobudovi genomnih bibliotek Kosmidi vpershe skonstruyuvali Kollins ta Bryuning 1978 roku Yihnya nazva pohodit vid skorochennya dvoh terminiv cos dilyanka sam termin u svoyu chergu pohodit vid angl cohesive ends lipki kinci ta plazmida Shema klonuvannya DNK u kosmidnomu vektori Kosmida maye rozmir priblizno 5 t p n i obov yazkovo vklyuchaye taki elementi cos dilyanku neobhidnu dlya zapakovuvannya u virioni faga lyambda plazmidi dlya replikaciyi u klitini bakteriyi sajti rozpiznavannya endonukleazami restrikciyi ta napriklad gen rezistentnosti do yakogos antibiotiku Za dopomogoyu kosmid mozhna klonuvati dilyanki DNK rozmirom 32 47 t p n Dlya cogo kosmidu ta chuzhoridnu DNK obroblyayut odniyeyu i tiyeyu zh endonukleazoyu restrikciyi pislya chogo otrimani linijni fragmenti zmishuyut i provodyat reakciyu Dali vidbuvayetsya pakuvannya DNK u fagovi golivki in vitro vona rozrizayetsya u cos dilyankah Cej proces suprovodzhuyetsya selekciyeyu fragmentiv za rozmirom oskilki zapakovuvatis mozhe tilki DNK dovzhinoyu 78 105 vid genomu faga lyambda Takim chinom u virioni potraplyat perevazhno rekombinantni kosmidi sho mistyat klonovanu dilyanku DNK Produkti liguvannya mizh dvoma kosmidami budut zamalimi dlya pakuvannya a mizh dvoma fragmentami chuzhoridnoyi DNK zavelikimi Otrimani fagovi chastinki iz rekombinantnimi kosmidami vikoristovuyut dlya infikuvannya klitin kishkovoyi palichki U citoplazmi kosmidi ciklizuyutsya zavdyaki z yednannyu lipkih kinciv i dali replikuyutsya yak zvichajni plazmidi ne proyavlyayuchi niyakih funkcij faga lyambda Selekciya transformovanih klitin provoditsya za markernim genom prisutnim u vektornij molekuli ModifikaciyiOskilki kosmidi dayut mozhlivist klonuvati vidnosno veliki dilyanki DNK voni ye zruchnimi vektorami dlya stvorennya bibliotek fragmentiv genomiv eukariot otrimanih shlyahom chastkovogo rozsheplennya endonukleazami restrikciyi Prote produkti takogo rozsheplennya mozhut mati riznij rozmir i mozhlivi vipadki koli vidbuvayetsya liguvannya dvoh vidnosno nevelikih fragmentiv sho ne znahodilis poruch u genomi i stvorennya vidpovidnogo klona yakij davatime hibne uyavlennya pro yih polozhennya v hromosomah Cyu problemu mozhna podolati shlyahom frakcionuvannya produktiv chastkovogo rozsheplennya za rozmirom Prote navit takij metod ne dozvolyaye povnistyu uniknuti viniknennyu kloniv kosmid sho mistyat kilka ligovanih fragmentiv DNK tomu buli zaproponovani inshi metodi zokrema fragmentiv chuzhoridnoyi DNK shob voni ne mogli ob yednuvatis odne z odnim Takozh buli stvoreni specialni kosmidni vektori pJB8 Burke Ish Horowicz 1981 ta c2XB Bates Swift 1983 pri vikoristanni yakih imovirnist utvorennya hibnih kloniv zvoditsya do minimumu Suchasni kosmidi serij pWE ta sCos harakterizuyutsya nayavnistyu kilkoh sajtiv klonuvannya flankovanimi fagovimi promotorami ta unikalnimi dilyankami rozpiznavannya endonukleazami restrikciyi NotI SacII ta SfiI sho dozvolyayut virizati vstavku odnim fragmentom DzherelaPrimrose S B Twyman R M Old R W 2002 Principles of Gene Manipulation vid 6th Wiley Blackwell ISBN 0632059540 Griffiths A J F Wessler S R ta in 2004 vid 8th W H Freeman ISBN 978 0716749394 Arhiv originalu za 26 lyutogo 2015 Procitovano 20 kvitnya 2012 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite book title Shablon Cite book cite book a Yavne vikoristannya ta in u author dovidka