Девід Бейкер

Девід Бейкер (нар. 6 жовтня 1962 року, Сіетл, штат Вашингтон, США) — американський біохімік та комп'ютерний біолог, який започаткував методи конструювання білків і передбачення їх тривимірної структури. Дослідник Медичного інституту Говарда Г'юза та ад'юнкт-професор наук про геном, біоінженерії, хімічної інженерії, комп'ютерних наук і фізики в Університеті Вашингтона. Лауреат Нобелівської премії з хімії 2024 року за роботу з обчислювального дизайну білка спільно з Демісом Гассабісом та Джоном Джампером.

Девід Бейкер
англ. David Baker
Народився	6 жовтня 1962(1962-10-06) (62 роки) Сіетл, Вашингтон, США
Країна	США
Діяльність	біоінформатик, біохімік, викладач університету, науково-педагогічний працівник, computational biologist, biochemistry teacher
Alma mater	Університет Каліфорнії (Берклі) (1989) Каліфорнійський університет у Сан-Франциско
Галузь	обчислювальна біологія, Молекулярна енергетика^[d] і ^d
Заклад	Вашингтонський університет^[1] ^d^[2]
Науковий керівник	Ренді Шекман
Аспіранти, докторанти	^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d^[3] ^d ^d
Членство	Національна академія наук США Американська академія мистецтв і наук
У шлюбі з	^d
Нагороди	^d (2001) Член Американської академії мистецтв і наук ^d (2004) ^d (1994)
Особ. сторінка	sites.uw.edu/biochemistry/faculty/david-baker/
Девід Бейкер у Вікісховищі

Програми штучного інтелекту, які розробив Бейкер значною мірою розв'язали проблему передбачення структури білка. Бейкер є членом Національної академії наук Сполучених Штатів і директором Вашингтонського університету. Він є співзасновником понад десяти біотехнологічних компаній і був включений до списку 100 найвпливовіших людей у галузі охорони здоров'я журналу Time у 2024 році.

Життєпис

Бейкер народився в Сіетлі, штат Вашингтон, 6 жовтня 1962 року. Він здобув ступінь бакалавра в Гарвардському університеті в 1984 році та ступінь доктора біохімії в Каліфорнійському університеті в Берклі в 1989 році в лабораторії Ренді Шекмана, де він працював переважно над транспортуванням білка. У 1993 році він закінчив докторантуру з біофізики в Каліфорнійському університеті в Сан-Франциско.

Бейкер приєднався до факультету біохімії Медичної школи Університету Вашингтона в якості викладача в 1993 році. У 2000 році він став дослідником Медичного інституту Говарда Хьюза. Бейкер був обраний членом Американської академії мистецтв і наук у 2009 році. Він одружений на Ханнеле Руохола-Бейкер, ще одному біохіміку з UW. У них двоє дітей.

Дослідження

Незважаючи на те, що Бейкер відомий перш за все розробкою обчислювальних методів для прогнозування та проєктування структур і функцій білків, Бейкер підтримує активну групу експериментальної біохімії. Автор понад 600 наукових праць.

Група Бейкера розробила алгоритм Розетти для прогнозування структури білка з перших причин, який було розширено в інструмент для проєктування білка, проєкт розподілених обчислень під назвою Rosetta@Home і комп'ютерну гру Foldit. Бейкер працював директором Rosetta Commons, консорціуму лабораторій і дослідників, які розробляють програмне забезпечення для прогнозування та проєктування біомолекулярної структури. Група Бейкера регулярно бере участь у змаганнях з прогнозування структури CASP, спеціалізуючись на методах ab initio, включаючи як ручні, так і автоматизовані варіанти протоколу Rosetta.

Група Бейкера також активно працює в галузі білкового дизайну ; вони відомі тим, що розробили Top7, перший штучний білок із новою складкою.

Бейкер був співзасновником кількох біотехнологічних компаній, зокрема Prospect Genomics, яку придбала дочірня компанія Eli Lilly у 2001 році, Icosavax, яку придбала AstraZeneca у 2023 році, Sana Biotechnology, Lyell Immunotherapeutics і Xaira Therapeutics.

Нагороди

За свою роботу зі згортання білків Бейкер здобув численні нагороди, включно з премією Овертона (2002), міжнародною премією Саклера з біофізики (2008), премією Вайлі (2022) та BBVA Foundation Нагорода Frontiers of Knowledge Award у категорії «Біологія та біомедицина» (2022)

За свою роботу з білкового дизайну Бейкер отримав премію Ньюкомба Клівленда (2004), Премія Фейнмана з нанотехнологій (2004), та Премія за прорив у науках про життя (2021).

У 2024 році Бейкер став лауреатом Нобелівської премії з хімії «за обчислювальний дизайн білків».

Публічні виступи

У квітні 2019 року Бейкер виступив із доповіддю TED під назвою «5 проблем, які ми можемо розв'язати, розробляючи нові білки» на TED2019 у Ванкувері, Канада.

Примітки

1. https://sites.uw.edu/biochemistry/faculty/david-baker/
2. Montenegro A. ORCID Public Data File 2023 — 2023. — doi:10.23640/07243.24204912.V1
   d:Track:Q123508386
3. WorldCat — 1971.
   d:Track:Q846596
4. Howes, Laura. Protein wrangler, serial entrepreneur, and community builder. Chemical & Engineering News. 97 (30).
5. The Nobel Prize in Chemistry 2024. Nobel Media AB. Архів оригіналу за 9 жовтня 2024. Процитовано 9 October 2024.
6. Press release: The Nobel Prize in Chemistry 2024. NobelPrize.org (амер.). Архів оригіналу за 9 жовтня 2024. Процитовано 9 жовтня 2024.
7. Protein structures for all. Science (англ.). American Association for the Advancement of Science. 16 December 2021. Архів оригіналу за 16 грудня 2022. Процитовано 30 September 2024.
8. How AI Revolutionized Protein Science, but Didn’t End It. Quanta Magazine (англ.). Simons Foundation. 26 June 2024. Архів оригіналу за 9 жовтня 2024. Процитовано 30 September 2024.
9. UW to Establish Institute for Protein Design (амер.). University of Washington. Архів оригіналу за 15 січня 2019. Процитовано 14 січня 2019.
10. Henshall, Will (2 May 2024). David Baker. Time (англ.). Time Magazine. Архів оригіналу за 9 жовтня 2024. Процитовано 30 September 2024.
11. David Baker, PhD. hhmi.org (англ.). Howard Hughes Medical Institute. Процитовано 30 September 2024.
12. Book of Members, 1780-2010: Chapter B (PDF). American Academy of Arts and Sciences. Архів (PDF) оригіналу за 8 липня 2018. Процитовано 5 травня 2011.
13. Castillo, Oscar; Melin, Patricia; Kacprzyk, Janusz, ред. (2018). Fuzzy Logic Augmentation of Neural and Optimization Algorithms: Theoretical Aspects and Real Applications. Springer. с. 455. ISBN . Архів оригіналу за 9 жовтня 2024. Процитовано 2 серпня 2018.
14. Bonneau, Richard; Ruczinski, Ingo; Tsai, Jerry; Baker, David (August 2002). Contact order and ab initio protein structure prediction. Protein Science. 11 (8): 1937—1944. doi:10.1110/ps.3790102. PMC 2373674. PMID 12142448.
15. Hand, E. (2010). Citizen science: People power. Nature. 466 (7307): 685—687. doi:10.1038/466685a. PMID 20686547.
16. Cooper, S.; Khatib, F.; Treuille, A.; Barbero, J.; Lee, J.; Beenen, M.; Leaver-Fay, A.; Baker, D.; Popović, Z. (2010). Predicting protein structures with a multiplayer online game. Nature. 466 (7307): 756—760. Bibcode:2010Natur.466..756C. doi:10.1038/nature09304. PMC 2956414. PMID 20686574.
17. Marshall, Jessica (22 січня 2012). Victory for crowdsourced biomolecule design. Nature Publishing Group. Архів оригіналу за 4 лютого 2024. Процитовано 30 вересня 2024.
18. Dimaio, F.; Terwilliger, T. C.; ; Wlodawer, A.; Oberdorfer, G.; Wagner, U.; Valkov, E.; Alon, A.; Fass, D. (2011). Improved molecular replacement by density- and energy-guided protein structure optimization. Nature. 473 (7348): 540—3. Bibcode:2011Natur.473..540D. doi:10.1038/nature09964. PMC 3365536. PMID 21532589.
19. Qian, B.; Raman, S.; Das, R.; Bradley, P.; McCoy, A. J.; ; (2007). High-resolution structure prediction and the crystallographic phase problem. Nature. 450 (7167): 259—64. Bibcode:2007Natur.450..259Q. doi:10.1038/nature06249. PMC 2504711. PMID 17934447.
20. Zimmer, Carl (26 грудня 2017). Scientists Are Designing Artisanal Proteins for Your Body. The New York Times. Архів оригіналу за 2 серпня 2018. Процитовано 2 серпня 2018.
21. Kuhlman, Brian; Dantas, Gautam; Ireton, Gregory C.; Varani, Gabriele; Stoddard, Barry L.; Baker, David (21 листопада 2003). Design of a Novel Globular Protein Fold with Atomic-Level Accuracy. Science. 302 (5649): 1364—1368. Bibcode:2003Sci...302.1364K. doi:10.1126/science.1089427. PMID 14631033.
22. Hamilton, David (2001). Structural GenomiX to Acquire Research Firm Prospect Genomics. Архів оригіналу за 9 жовтня 2024. Процитовано 15 вересня 2024.
23. Soper, Taylor (12 грудня 2023). AstraZeneca will pay up to $1.1B to acquire Icosavax, a Univ. of Washington biotech spinout. GeekWire. Архів оригіналу за 15 липня 2024. Процитовано 1 жовтня 2024.
24. 2002 Overton Prize Winner - David Baker. iscb.org. International Society for Computational Biology. Процитовано 30 September 2024.
25. Leila Gray (24 листопада 2008). University of Washington biochemist David Baker to receive 2008 Sackler International Prize in Biophysics for discoveries in protein folding. University of Washington. Процитовано 29 квітня 2013.
26. The Wiley Prize in Biomedical Sciences. wiley.com. Архів оригіналу за 14 березня 2023. Процитовано 30 September 2024.
27. BBVA Foundation Frontiers of Knowledge Award 2022. Архів оригіналу за 21 вересня 2021. Процитовано 25 січня 2023.
28. Newcomb Cleveland Prize Recipients. aaas.org. Архів оригіналу за 11 грудня 2023. Процитовано 30 September 2024.
29. Winners of the 2004 Feynman Prizes in Nanotechnology. foresight.org. Архів оригіналу за 9 жовтня 2024. Процитовано 30 September 2024.
30. Breakthrough Prize – Winners Of The 2021 Breakthrough Prizes In Life Sciences, Fundamental Physics And Mathematics Announced. breakthroughprize.org. Архів оригіналу за 26 січня 2021. Процитовано 13 грудня 2021.
31. Стали відомі лауреати Нобелівської премії-2024 з хімії. РБК-Украина (укр.). Процитовано 11 жовтня 2024.
32. 5 challenges we could solve by designing new proteins. 17 червня 2019. Архів оригіналу за 9 лютого 2020. Процитовано 26 лютого 2020.