Azərbaycanca AzərbaycancaБеларускі БеларускіDansk DanskDeutsch DeutschEspañola EspañolaFrançais FrançaisIndonesia IndonesiaItaliana Italiana日本語 日本語Қазақ ҚазақLietuvos LietuvosNederlands NederlandsPortuguês PortuguêsРусский Русскийසිංහල සිංහලแบบไทย แบบไทยTürkçe TürkçeУкраїнська Українська中國人 中國人United State United StateAfrikaans Afrikaans
Підтримка
www.wikidata.uk-ua.nina.az

Ця стаття є сирим перекладом з іншої мови Можливо вона створена за допомогою машинного перекладу або перекладачем який н

ДНК-зв'язуючі білки

ДНК-зв'язуючі білки
Ця стаття є сирим з іншої мови. Можливо, вона створена за допомогою машинного перекладу або перекладачем, який недостатньо володіє обома мовами. Будь ласка, допоможіть поліпшити переклад. (квітень 2016)

ДНК-зв’язуючі білки - це Білки, які утворені з , а отже мають специфічну чи загальну спорідненість до одно- або двониткових ДНК. ДНК-зв’язуючі білки, які є сайт-специфічними, в основному взаємодіють із великою борозенкою B-ДНКа, тому що вона експонує більше функціональних груп, які ідентифікуютьпару основ. Однак відомі і до ДНК-зв’язуючі ліганди, такі як Нетропсин, Дістаміцин, , Пентамідин, ДАФІ(4.6-диамідо-2-фенол-індол) та інші.

image
Cro протеїновий комплекс з ДНК
image
Взаємодія ДНК (оранжевим кольором) з Гістониами (намальовано синім). Дані білки приєднюються до фосфатних груп ДНК за рахунок наявності основних амінокислот.
image
Лямбда інгібуючий спіраль-петля-спіраль транскрипційний фактор приєднаний до його ДНК мішені
image
Ендонуклеази рестрикції (зелена) в комплексі з її субстратом ДНК

Приклади

ДНК-зв’язуючі Білки включають Фактори транскрипції які є генними модуляторами процесу транскрипції, різні Полімерази, Нуклеази які розрізають молекули ДНК, та Гістони які беруть участь в компресії хромосом і транскрипції в клітинному ядрі. ДНК-зв’язуючі протеїни можуть містити такі домени, як цинковий палець, «спіраль-петля-спіраль», «лейцинова застібка» (одні з багатьох), що сприяють зв’язуванні молекули до нуклеотиду.

Не специфічні ДНК-білкові взаємодії

Структурні білки, що зв’язують ДНК є добре вивченими прикладами неспецифічної ДНК-білкової взаємодії. В самій хромосомі ДНК зберігається в комплексі зі структурними білками. Ці білки впорядковують ДНК в компактну структуру під назвою Хроматин. В еукаріотів в цих структурах ДНК зв’язується з комплексом невеликих основних білківГістони, коли ж у прокаріотів залучається значна кількість протеїнів. Гістони створюють диско-подібний комплекс під Нуклеосома, який містить два повні витки дво-ланцюгової ДНК, намотаної на її поверхні. Ці не-специфічні взаємодії формуються за рахунок основних груп в гістонах, створюючи іонні зв’язки з кислотними вуглеводно-фосфатними залишками хребта ДНК, і є, таким чином, значною мірою, незалежні від послідовності основ ДНК. Хімічні модифікація цих амінокислотних залишків включає Метилювання, Фосфорилювання та Ацетилювання. Ці хімічні модифікації змінюють міцність взаємодії між гістонами і ДНК, роблячи ДНК більш чи менш доступною для факторів транскрипції і змінюючи рівень транскрипції. Інші не-специфічні ДНК-зв’язуючі протеїни в хроматині містять включають високо-мобільні ггрупи білків, які приєднюються, щоб натягнути чи деформувати ДНК. Ці протеїни є важливими в згинанні масивів нуклеосом і впорядкування їх в більші структури, щоб утворити хромосоми.

ДНК-зв’язуючі білки, що специфічно зв’язують до одно-ланцюгових молекул

Серед ДНК-зв’язуючих білків є окрема група молекул, які специфічно зв’язують одно-ниткові молекули ДНК. В людей, (RPA eng.) є найбільш вивчений член цієї родини білків. Він використовується в процесі де розділяється подвійна спіраль, включаючи ДНК реплікацію, рекомбінацію і ДНК репарацію. Швидше за все дані білки стабілізують одно-ниткові ДНК і захищають їх від утворення шпильок чи деградації нуклеазами.

Зв’язування до специфічних ДНК послідовностей

На противагу, інші білки задіяні в зв’язуванні специфічних послідовностей. Найбільш інтенисивно вивчаються різні Фактори транскрипції, які є білками, що регулюють. Кожен транскрипційний фактор зв’язкується до однієї специфічної множини ДНК послідовностей і активує чи інгібує транскрипцію генів, які містять дані послідовності біля своїх промоуторів. Фактори транскрипції роблять це двома шляхами. По-перше, вони можуть приєднюватися до РНА-полімерази відповідальної за транскрипцію або прямо, або через інший медіаторний білок, це змінює локацію полімерази, і вона наближається до промотора, і дозволяє їй розпочати процес тракнскрипції. Або ж, фактор транскрипції може зв’язувати Ферменти, що модифікують гістони біля промоторної ділянки; і це змінить рівень доступності ДНК матриці для полімерази.

Так як ці ДНК-цілі можуть опинитися будь-де в людському геномі, зміна в активностьі одного типу фактора транксрипці може вплинути на тисячі генів. Як наслідок, ці білки є часто мішенею для , процесу що контролює відповідь на зміну зовнішнього середовища чи диференціювання клітині їх розвиток. Специфічність цих факторів транскрипції взаємодії з ДНК походить від того, білки створють декілька контактів з гранями основ ДНК, що й дозволяє ім «прочитати»ДНК послідовність. Більшість цих взаємодій відбувають у великій борозенці, де основи є більше доступні. Математичний опис білок-ДНК зв’язування враховує спеціфічність послідовності, конкурентність та кооперацію в процесі зв’язування білків різних типів, і зазвичай здійснюється з допомогою біофізичного.

Посилання

  1. Created from PDB 1LMB [ 6 січня 2008 у Wayback Machine.]
  2. Created from PDB 1RVA [ 6 січня 2008 у Wayback Machine.]
  3. Travers, A. A. (1993). DNA-protein interactions. London: Springer. ISBN .
  4. Pabo CO, Sauer RT (1984). Protein-DNA recognition. Annu. Rev. Biochem. 53 (1): 293—321. doi:10.1146/annurev.bi.53.070184.001453. PMID 6236744.
  5. Dickerson R.E. (1983). The DNA helix and how it is read. Sci Am. 249 (6): 94—111. doi:10.1038/scientificamerican1283-94.
  6. Zimmer C, Wähnert U (1986). Nonintercalating DNA-binding ligands: specificity of the interaction and their use as tools in biophysical, biochemical and biological investigations of the genetic material. Prog. Biophys. Mol. Biol. 47 (1): 31—112. doi:10.1016/0079-6107(86)90005-2. PMID 2422697.
  7. Dervan PB (April 1986). Design of sequence-specific DNA-binding molecules. Science. 232 (4749): 464—71. doi:10.1126/science.2421408. PMID 2421408.
  8. Sandman K, Pereira S, Reeve J (1998). Diversity of prokaryotic chromosomal proteins and the origin of the nucleosome. Cell Mol Life Sci. 54 (12): 1350—64. doi:10.1007/s000180050259. PMID 9893710.
  9. Dame RT (2005). The role of nucleoid-associated proteins in the organization and compaction of bacterial chromatin. Mol. Microbiol. 56 (4): 858—70. doi:10.1111/j.1365-2958.2005.04598.x. PMID 15853876.
  10. Luger K, Mäder A, Richmond R, Sargent D, Richmond T (1997). Crystal structure of the nucleosome core particle at 2.8 A resolution. Nature. 389 (6648): 251—60. doi:10.1038/38444. PMID 9305837.
  11. Jenuwein T, Allis C (2001). Translating the histone code. Science. 293 (5532): 1074—80. doi:10.1126/science.1063127. PMID 11498575.
  12. Ito T (2003). Nucleosome assembly and remodelling. Curr Top Microbiol Immunol. 274: 1—22. doi:10.1007/978-3-642-55747-7_1. PMID 12596902.
  13. Thomas J (2001). HMG1 and 2: architectural DNA-binding proteins. Biochem Soc Trans. 29 (Pt 4): 395—401. doi:10.1042/BST0290395. PMID 11497996.
  14. Grosschedl R, Giese K, Pagel J (1994). HMG domain proteins: architectural elements in the assembly of nucleoprotein structures. Trends Genet. 10 (3): 94—100. doi:10.1016/0168-9525(94)90232-1. PMID 8178371.
  15. Iftode C, Daniely Y, Borowiec J (1999). Replication protein A (RPA): the eukaryotic SSB. Crit Rev Biochem Mol Biol. 34 (3): 141—80. doi:10.1080/10409239991209255. PMID 10473346.
  16. Myers L, Kornberg R (2000). Mediator of transcriptional regulation. Annu Rev Biochem. 69 (1): 729—49. doi:10.1146/annurev.biochem.69.1.729. PMID 10966474.
  17. Spiegelman B, Heinrich R (2004). Biological control throughs regulated transcriptional coactivators. Cell. 119 (2): 157—67. doi:10.1016/j.cell.2004.09.037. PMID 15479634.
  18. Li Z, Van Calcar S, Qu C, Cavenee W, Zhang M, Ren B (2003). A global transcriptional regulatory role for c-Myc in Burkitt's lymphoma cells. Proc Natl Acad Sci USA. 100 (14): 8164—9. doi:10.1073/pnas.1332764100. PMC 166200. PMID 12808131.
  19. Pabo C, Sauer R (1984). Protein-DNA recognition. Annu Rev Biochem. 53 (1): 293—321. doi:10.1146/annurev.bi.53.070184.001453. PMID 6236744.
  20. Teif V.B., Rippe K. (2010). Statistical-mechanical lattice models for protein-DNA binding in chromatin. Journal of Physics: Condensed Matter. arXiv:1004.5514.

Зовнішні посилання

  • Abalone [ 7 березня 2010 у Wayback Machine.] tool for modeling DNA-ligand interactions.
  • DBD database of predicted transcription factors [ 4 грудня 2008 у Wayback Machine.] Uses a curated set of DNA-binding domains to predict transcription factors in all completely sequenced genomes
  • MeSH DNA-Binding+Proteins


image Це незавершена стаття з молекулярної біології.
Ви можете проєкту, виправивши або дописавши її.

Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет

Cya stattya ye sirim perekladom z inshoyi movi Mozhlivo vona stvorena za dopomogoyu mashinnogo perekladu abo perekladachem yakij nedostatno volodiye oboma movami Bud laska dopomozhit polipshiti pereklad kviten 2016 DNK zv yazuyuchi bilki ce Bilki yaki utvoreni z a otzhe mayut specifichnu chi zagalnu sporidnenist do odno abo dvonitkovih DNK DNK zv yazuyuchi bilki yaki ye sajt specifichnimi v osnovnomu vzayemodiyut iz velikoyu borozenkoyu B DNKa tomu sho vona eksponuye bilshe funkcionalnih grup yaki identifikuyutparu osnov Odnak vidomi i do DNK zv yazuyuchi ligandi taki yak Netropsin Distamicin Pentamidin DAFI 4 6 diamido 2 fenol indol ta inshi Cro proteyinovij kompleks z DNK Vzayemodiya DNK oranzhevim kolorom z Gistoniami namalovano sinim Dani bilki priyednyuyutsya do fosfatnih grup DNK za rahunok nayavnosti osnovnih aminokislot Lyambda ingibuyuchij spiral petlya spiral transkripcijnij faktor priyednanij do jogo DNK misheni Endonukleazi restrikciyi zelena v kompleksi z yiyi substratom DNKPrikladiDNK zv yazuyuchi Bilki vklyuchayut Faktori transkripciyi yaki ye gennimi modulyatorami procesu transkripciyi rizni Polimerazi Nukleazi yaki rozrizayut molekuli DNK ta Gistoni yaki berut uchast v kompresiyi hromosom i transkripciyi v klitinnomu yadri DNK zv yazuyuchi proteyini mozhut mistiti taki domeni yak cinkovij palec spiral petlya spiral lejcinova zastibka odni z bagatoh sho spriyayut zv yazuvanni molekuli do nukleotidu Ne specifichni DNK bilkovi vzayemodiyiStrukturni bilki sho zv yazuyut DNK ye dobre vivchenimi prikladami nespecifichnoyi DNK bilkovoyi vzayemodiyi V samij hromosomi DNK zberigayetsya v kompleksi zi strukturnimi bilkami Ci bilki vporyadkovuyut DNK v kompaktnu strukturu pid nazvoyu Hromatin V eukariotiv v cih strukturah DNK zv yazuyetsya z kompleksom nevelikih osnovnih bilkivGistoni koli zh u prokariotiv zaluchayetsya znachna kilkist proteyiniv Gistoni stvoryuyut disko podibnij kompleks pid Nukleosoma yakij mistit dva povni vitki dvo lancyugovoyi DNK namotanoyi na yiyi poverhni Ci ne specifichni vzayemodiyi formuyutsya za rahunok osnovnih grup v gistonah stvoryuyuchi ionni zv yazki z kislotnimi vuglevodno fosfatnimi zalishkami hrebta DNK i ye takim chinom znachnoyu miroyu nezalezhni vid poslidovnosti osnov DNK Himichni modifikaciya cih aminokislotnih zalishkiv vklyuchaye Metilyuvannya Fosforilyuvannya ta Acetilyuvannya Ci himichni modifikaciyi zminyuyut micnist vzayemodiyi mizh gistonami i DNK roblyachi DNK bilsh chi mensh dostupnoyu dlya faktoriv transkripciyi i zminyuyuchi riven transkripciyi Inshi ne specifichni DNK zv yazuyuchi proteyini v hromatini mistyat vklyuchayut visoko mobilni ggrupi bilkiv yaki priyednyuyutsya shob natyagnuti chi deformuvati DNK Ci proteyini ye vazhlivimi v zginanni masiviv nukleosom i vporyadkuvannya yih v bilshi strukturi shob utvoriti hromosomi DNK zv yazuyuchi bilki sho specifichno zv yazuyut do odno lancyugovih molekulSered DNK zv yazuyuchih bilkiv ye okrema grupa molekul yaki specifichno zv yazuyut odno nitkovi molekuli DNK V lyudej RPA eng ye najbilsh vivchenij chlen ciyeyi rodini bilkiv Vin vikoristovuyetsya v procesi de rozdilyayetsya podvijna spiral vklyuchayuchi DNK replikaciyu rekombinaciyu i DNK reparaciyu Shvidshe za vse dani bilki stabilizuyut odno nitkovi DNK i zahishayut yih vid utvorennya shpilok chi degradaciyi nukleazami Zv yazuvannya do specifichnih DNK poslidovnostejNa protivagu inshi bilki zadiyani v zv yazuvanni specifichnih poslidovnostej Najbilsh intenisivno vivchayutsya rizni Faktori transkripciyi yaki ye bilkami sho regulyuyut Kozhen transkripcijnij faktor zv yazkuyetsya do odniyeyi specifichnoyi mnozhini DNK poslidovnostej i aktivuye chi ingibuye transkripciyu geniv yaki mistyat dani poslidovnosti bilya svoyih promoutoriv Faktori transkripciyi roblyat ce dvoma shlyahami Po pershe voni mozhut priyednyuvatisya do RNA polimerazi vidpovidalnoyi za transkripciyu abo pryamo abo cherez inshij mediatornij bilok ce zminyuye lokaciyu polimerazi i vona nablizhayetsya do promotora i dozvolyaye yij rozpochati proces traknskripciyi Abo zh faktor transkripciyi mozhe zv yazuvati Fermenti sho modifikuyut gistoni bilya promotornoyi dilyanki i ce zminit riven dostupnosti DNK matrici dlya polimerazi Tak yak ci DNK cili mozhut opinitisya bud de v lyudskomu genomi zmina v aktivnosti odnogo tipu faktora tranksripci mozhe vplinuti na tisyachi geniv Yak naslidok ci bilki ye chasto misheneyu dlya procesu sho kontrolyuye vidpovid na zminu zovnishnogo seredovisha chi diferenciyuvannya klitini yih rozvitok Specifichnist cih faktoriv transkripciyi vzayemodiyi z DNK pohodit vid togo bilki stvoryut dekilka kontaktiv z granyami osnov DNK sho j dozvolyaye im prochitati DNK poslidovnist Bilshist cih vzayemodij vidbuvayut u velikij borozenci de osnovi ye bilshe dostupni Matematichnij opis bilok DNK zv yazuvannya vrahovuye specifichnist poslidovnosti konkurentnist ta kooperaciyu v procesi zv yazuvannya bilkiv riznih tipiv i zazvichaj zdijsnyuyetsya z dopomogoyu biofizichnogo PosilannyaCreated from PDB 1LMB 6 sichnya 2008 u Wayback Machine Created from PDB 1RVA 6 sichnya 2008 u Wayback Machine Travers A A 1993 DNA protein interactions London Springer ISBN 978 0 412 25990 6 Pabo CO Sauer RT 1984 Protein DNA recognition Annu Rev Biochem 53 1 293 321 doi 10 1146 annurev bi 53 070184 001453 PMID 6236744 Dickerson R E 1983 The DNA helix and how it is read Sci Am 249 6 94 111 doi 10 1038 scientificamerican1283 94 Zimmer C Wahnert U 1986 Nonintercalating DNA binding ligands specificity of the interaction and their use as tools in biophysical biochemical and biological investigations of the genetic material Prog Biophys Mol Biol 47 1 31 112 doi 10 1016 0079 6107 86 90005 2 PMID 2422697 Dervan PB April 1986 Design of sequence specific DNA binding molecules Science 232 4749 464 71 doi 10 1126 science 2421408 PMID 2421408 Sandman K Pereira S Reeve J 1998 Diversity of prokaryotic chromosomal proteins and the origin of the nucleosome Cell Mol Life Sci 54 12 1350 64 doi 10 1007 s000180050259 PMID 9893710 Dame RT 2005 The role of nucleoid associated proteins in the organization and compaction of bacterial chromatin Mol Microbiol 56 4 858 70 doi 10 1111 j 1365 2958 2005 04598 x PMID 15853876 Luger K Mader A Richmond R Sargent D Richmond T 1997 Crystal structure of the nucleosome core particle at 2 8 A resolution Nature 389 6648 251 60 doi 10 1038 38444 PMID 9305837 Jenuwein T Allis C 2001 Translating the histone code Science 293 5532 1074 80 doi 10 1126 science 1063127 PMID 11498575 Ito T 2003 Nucleosome assembly and remodelling Curr Top Microbiol Immunol 274 1 22 doi 10 1007 978 3 642 55747 7 1 PMID 12596902 Thomas J 2001 HMG1 and 2 architectural DNA binding proteins Biochem Soc Trans 29 Pt 4 395 401 doi 10 1042 BST0290395 PMID 11497996 Grosschedl R Giese K Pagel J 1994 HMG domain proteins architectural elements in the assembly of nucleoprotein structures Trends Genet 10 3 94 100 doi 10 1016 0168 9525 94 90232 1 PMID 8178371 Iftode C Daniely Y Borowiec J 1999 Replication protein A RPA the eukaryotic SSB Crit Rev Biochem Mol Biol 34 3 141 80 doi 10 1080 10409239991209255 PMID 10473346 Myers L Kornberg R 2000 Mediator of transcriptional regulation Annu Rev Biochem 69 1 729 49 doi 10 1146 annurev biochem 69 1 729 PMID 10966474 Spiegelman B Heinrich R 2004 Biological control throughs regulated transcriptional coactivators Cell 119 2 157 67 doi 10 1016 j cell 2004 09 037 PMID 15479634 Li Z Van Calcar S Qu C Cavenee W Zhang M Ren B 2003 A global transcriptional regulatory role for c Myc in Burkitt s lymphoma cells Proc Natl Acad Sci USA 100 14 8164 9 doi 10 1073 pnas 1332764100 PMC 166200 PMID 12808131 Pabo C Sauer R 1984 Protein DNA recognition Annu Rev Biochem 53 1 293 321 doi 10 1146 annurev bi 53 070184 001453 PMID 6236744 Teif V B Rippe K 2010 Statistical mechanical lattice models for protein DNA binding in chromatin Journal of Physics Condensed Matter arXiv 1004 5514 Zovnishni posilannyaAbalone 7 bereznya 2010 u Wayback Machine tool for modeling DNA ligand interactions DBD database of predicted transcription factors 4 grudnya 2008 u Wayback Machine Uses a curated set of DNA binding domains to predict transcription factors in all completely sequenced genomes MeSH DNA Binding Proteins Ce nezavershena stattya z molekulyarnoyi biologiyi Vi mozhete dopomogti proyektu vipravivshi abo dopisavshi yiyi

Дата публікації:
Топ