Azərbaycanca AzərbaycancaБеларускі БеларускіDansk DanskDeutsch DeutschEspañola EspañolaFrançais FrançaisIndonesia IndonesiaItaliana Italiana日本語 日本語Қазақ ҚазақLietuvos LietuvosNederlands NederlandsPortuguês PortuguêsРусский Русскийසිංහල සිංහලแบบไทย แบบไทยTürkçe TürkçeУкраїнська Українська中國人 中國人United State United StateAfrikaans Afrikaans
Підтримка
www.wikidata.uk-ua.nina.az

N6 метиладенозин m6A є найрозповсюдшенішею модифікацією мРНК та ДНК Він зустрічається в деяких вірусах і більшості еукар

N6-метиладенозин

N6-метиладенозин

N6-метиладенозин (m6A) є найрозповсюдшенішею модифікацією мРНК та ДНК.Він зустрічається в деяких вірусах, і більшості еукаріотів, включаючи ссавців, комах, рослин та дріжджів. Він також міститься в тРНК, рРНК та малій ядерній РНК (snRNA), а також кількох довгих некодуючих РНК, таких як Xist.

N6-метиладенозин
image
Інші назви m6A
Ідентифікатори
Номер CAS 1867-73-8
PubChem 102175
ChEBI 21891
SMILES CNC1=NC=NC2=C1N=CN2C3C(C(C(O3)CO)O)O[1]
InChI InChI=1S/C11H15N5O4/c1-12-9-6-10(14-3-13-9)16(4-15-6)11-8(19)7(18)5(2-17)20-11/h3-5,7-8,11,17-19H,2H2,1H3,(H,12,13,14)/t5-,7-,8-,11-/m1/s1
Номер Бельштейна 42872
Властивості
Молекулярна формула C11H15N5O4
Молярна маса 281,27 г/моль
Якщо не зазначено інше, дані наведено для речовин у стандартному стані (за 25 °C, 100 кПа)
Примітки картки

Метилювання аденозину забезпечується великим m6A метилтрансферазним комплексом, що містить METTL3 як SAM-зв'язуючу субодиницю. In vitro метилтрансферазний комплекс переважно метилює олігонуклеотиди РНК у складі консенсусних сайтів RRAHU . В новітніх дослідженнях було охарактеризовано інші ключові компоненти комплексу m6A-метилтрансферази ссавців, включаючи METTL14 , Wilms tumor 1 associated protein (WTAP) , KIAA1429 та METTL5 . З початку 2010-х років йшла дискусія стосовно динамічності та зворотності m6А-метилування в мРНК і відкриття в 2011 першої m6A-деметилази, fat mass and obesity-associated protein (FTO) підтвердив цю гіпотезу і розпалило інтерес досліджеників. Пізніше було також виявлено другу m6A-деметилазу, гомолог 5 alkB (ALKBH5).

Біологічні функції m6A реалізуються за допомогою специалізованних білків, що специфічно розпізнають метильований аденозин і зв'язують РНК у відповідних модифікованиз сайтах..Ці РНК-зв'язуючі білки відповідно називають m6A-рідерами. Сімейство білків із гомологами домену YT521-B (YTH) у своєму складі ( YTHDF1, YTHDF2, YTHDF3 і YTHDC1 ) були охарактеризовані як безпосередні m6A-рідери із специалізованим m6A-зв'язуючим сайтом. Інсуліноподібні фактори росту 2-мРНК-зв'язуючі білки 1, 2 та 3 (IGF2BP1–3) розглядаються як новий клас m6A-рідерів..IGF2BP використовують K-гомологічні домени (KH), щоб вибірково розпізнати метильлвані мРНК, та сприяти їх трансляції та стабільності.

Ці m6A-рідери, разом з m6A метилтрансферазами (райтерами) та деметилазами (ерайзерами), складають складний механізм динамічної регуляції метилування мРНК, за допомогою якого райтери та ерайщери визначають розподіл m6A-модифікацій на РНК, тоді як читачі опосередковують m6A-залежні функції.

Роль N6-метиладенозину у різних організмах

Дріжджі

У дріжджах, що брунькуються ( Sacharomyces cerevisiae ), гомолог METTL3, IME4 експресується в диплоїдних клітинах у відповідь на нестачу азоту та вуглецю і необхідний для метилювання мРНК та ініціації правильного мейозу та споруляції. мРНК IME1 та IME2, ключових регуляторів мейозу, як відомо, є мішенями для метилювання, як і транскрипти самого IME4.

Рослини

У рослин більша частина m6A-сайтів знаходиться в межах 150 нуклеотидів до початку poly(A) хвоста.

Мутації MTA, гомолоа METTL3 у Arabidopsis thaliana, призводять до призупинення розвитку ембріона на глобулярній стадії. Зниження рівня m6A-метилування у зрілих рослинах призводить до різкої змінени швидкості росту та гомеотичних відхилень в процесі розвитку квіток.

Ссавці

Мапінг m6A-метилування у РНК людини та миші виявило понад 18 000 активних m6А-сайтів у транскриптах понад 7000 людських генів з консенсусною послідовністю [G/A/U] [G> A]m6AC[U>A/C] . Локалізація окремих m6A-сайтів у багатьох мРНК дуже схожа між людиною та мишею повнотранскриптомний аналіз аиявив, що m6A-сайти пов'язані із еволюційно консервативними ділянками мРНК. m6A-сайти переважно зустрічаються у довгих внутрішніх екзонах і в великих кількостях зустрічаються в межах 3 'UTR та навколо стоп-кодонів. m6A-сайти в межах 3 'UTR також пов’язаний з наявністю сайтів зв'язування міРНК; приблизно 2/3 мРНК, які містять m6A-сайти в межах свого 3 'UTR, також мають щонайменше один сайт зв'язування міРНК. Враховуючи всі відомі дані про послідовність та розподіл m6A-сайтів, нова база даних під назвою RMBase виявила ~ 200 000 сайтів N6-метиладенозинів (m6A) у геномах людини та миші.

Точна локалізація m6A-сайтів за допомогою m6A-CLIP/IP виявила, що більшість m6A-сайтів локалізується в останньому екзоні мРНК та навколо стоп-кодонів, яких також багато в останніх екзонах транскрипту. Переважне розташування m6A-сайтів в останньому екзоні (>= 70%) дозволяє припустити потенційну роль метилування в регуляції формування 3'UTR, включаючи альтернативне поліаденілювання. Поєднання методів m6A-CLIP та фракціонування клітинних компонентів дозволило виявити, що m6A-метилування присутне вже у ранній пре-мРНК і не грає ролі в процесах сплайсингу сплайсингу, але забезпечує регуляцію експорту мРНК до цитоплазми.

m6А-метилування піддається динамічній регуляції як протягом усього розвитку, так і у відповідь на клітинні подразники. Аналіз m6A-сайтів в РНК мозку миші виявив, що рівні m6A-метилування низькі під час ембріонального розвитку і різко зростають у зрілому віці. Крім того, сайленсинг m6A-метилтрансферази суттєво впливає на експресію та процеси альтернативного сплайсингу РНК компонентів сигнального шляху p53 (також відомий як TP53 ) та апоптоз.

Фармакологічне інгібування m6A-метилювання за допомогою міРНК-опосередкованого сайленсингу m6A метилази Mettl3 призвело до подовження циркадного періоду. Навпаки, надекспрессія Mettl3 призвела до зкорочення періоду. Циркадний годинник ссавців, регульований низкою зворотніх зв'язків в регуляції транскрипції має період близько 24 годин, тому надзвичайно чутливий до збурень на етапах процесингу РНК залучених факторів, що залежить від m6A-метилування.

Список літератури

  1. N6-Methyladenosine
    d:Track:Q278487
  2. Ji, Pengfei; Wang, Xia; Xie, Nina; Li, Yujing (2018). N6-Methyladenosine in RNA and DNA: An Epitranscriptomic and Epigenetic Player Implicated in Determination of Stem Cell Fate. Stem Cells International. 2018: 3256524. doi:10.1155/2018/3256524. PMC 6199872. PMID 30405719.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
  3. Beemon K, Keith J (June 1977). Localization of N6-methyladenosine in the Rous sarcoma virus genome. Journal of Molecular Biology. 113 (1): 165—79. doi:10.1016/0022-2836(77)90047-X. PMID 196091.
  4. Aloni Y, Dhar R, Khoury G (October 1979). Methylation of nuclear simian virus 40 RNAs. Journal of Virology. 32 (1): 52—60. PMC 353526. PMID 232187.
  5. Desrosiers R, Friderici K, Rottman F (October 1974). Identification of methylated nucleosides in messenger RNA from Novikoff hepatoma cells. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 71 (10): 3971—5. Bibcode:1974PNAS...71.3971D. doi:10.1073/pnas.71.10.3971. PMC 434308. PMID 4372599.
  6. Adams JM, Cory S (May 1975). Modified nucleosides and bizarre 5'-termini in mouse myeloma mRNA. Nature. 255 (5503): 28—33. Bibcode:1975Natur.255...28A. doi:10.1038/255028a0. PMID 1128665.
  7. Wei CM, Gershowitz A, Moss B (January 1976). 5'-Terminal and internal methylated nucleotide sequences in HeLa cell mRNA. Biochemistry. 15 (2): 397—401. doi:10.1021/bi00647a024. PMID 174715.
  8. Perry RP, Kelley DE, Friderici K, Rottman F (April 1975). The methylated constituents of L cell messenger RNA: evidence for an unusual cluster at the 5' terminus. Cell. 4 (4): 387—94. doi:10.1016/0092-8674(75)90159-2. PMID 1168101.
  9. Levis R, Penman S (April 1978). 5'-terminal structures of poly(A)+ cytoplasmic messenger RNA and of poly(A)+ and poly(A)- heterogeneous nuclear RNA of cells of the dipteran Drosophila melanogaster. Journal of Molecular Biology. 120 (4): 487—515. doi:10.1016/0022-2836(78)90350-9. PMID 418182.
  10. Nichols JL (1979). In maize poly(A)-containing RNA. Plant Science Letters. 15 (4): 357—361. doi:10.1016/0304-4211(79)90141-X.
  11. Kennedy TD, Lane BG (June 1979). Wheat embryo ribonucleates. XIII. Methyl-substituted nucleoside constituents and 5'-terminal dinucleotide sequences in bulk poly(AR)-rich RNA from imbibing wheat embryos. Canadian Journal of Biochemistry. 57 (6): 927—31. doi:10.1139/o79-112. PMID 476526.
  12. Zhong S, Li H, Bodi Z, Button J, Vespa L, Herzog M, Fray RG (May 2008). MTA is an Arabidopsis messenger RNA adenosine methylase and interacts with a homolog of a sex-specific splicing factor. The Plant Cell. 20 (5): 1278—88. doi:10.1105/tpc.108.058883. PMC 2438467. PMID 18505803.
  13. Clancy MJ, Shambaugh ME, Timpte CS, Bokar JA (October 2002). Induction of sporulation in Saccharomyces cerevisiae leads to the formation of N6-methyladenosine in mRNA: a potential mechanism for the activity of the IME4 gene. Nucleic Acids Research. 30 (20): 4509—18. doi:10.1093/nar/gkf573. PMC 137137. PMID 12384598.
  14. Bodi Z, Button JD, Grierson D, Fray RG (September 2010). Yeast targets for mRNA methylation. Nucleic Acids Research. 38 (16): 5327—35. doi:10.1093/nar/gkq266. PMC 2938207. PMID 20421205.
  15. Meyer KD, Saletore Y, Zumbo P, Elemento O, Mason CE, Jaffrey SR (June 2012). Comprehensive analysis of mRNA methylation reveals enrichment in 3' UTRs and near stop codons. Cell. 149 (7): 1635—46. doi:10.1016/j.cell.2012.05.003. PMC 3383396. PMID 22608085.
  16. Dominissini D, Moshitch-Moshkovitz S, Schwartz S, Salmon-Divon M, Ungar L, Osenberg S, Cesarkas K, Jacob-Hirsch J, Amariglio N, Kupiec M, Sorek R, Rechavi G (April 2012). Topology of the human and mouse m6A RNA methylomes revealed by m6A-seq. Nature. 485 (7397): 201—6. doi:10.1038/nature11112. PMID 22575960.
  17. Bokar JA, Shambaugh ME, Polayes D, Matera AG, Rottman FM (November 1997). Purification and cDNA cloning of the AdoMet-binding subunit of the human mRNA (N6-adenosine)-methyltransferase. RNA. 3 (11): 1233—47. PMC 1369564. PMID 9409616.
  18. Harper JE, Miceli SM, Roberts RJ, Manley JL (October 1990). Sequence specificity of the human mRNA N6-adenosine methylase in vitro. Nucleic Acids Research. 18 (19): 5735—41. doi:10.1093/nar/18.19.5735. PMC 332308. PMID 2216767.
  19. Liu J, Yue Y, Han D, Wang X, Fu Y, Zhang L, Jia G, Yu M, Lu Z, Deng X, Dai Q, Chen W, He C (February 2014). A METTL3-METTL14 complex mediates mammalian nuclear RNA N6-adenosine methylation. Nature Chemical Biology. 10 (2): 93—5. doi:10.1038/nchembio.1432. PMC 3911877. PMID 24316715.
  20. Wang Y, Li Y, Toth JI, Petroski MD, Zhang Z, Zhao JC (February 2014). N6-methyladenosine modification destabilizes developmental regulators in embryonic stem cells. Nature Cell Biology. 16 (2): 191—8. doi:10.1038/ncb2902. PMC 4640932. PMID 24394384.
  21. Ping XL, Sun BF, Wang L, Xiao W, Yang X, Wang WJ, Adhikari S, Shi Y, Lv Y, Chen YS, Zhao X, Li A, Yang Y, Dahal U, Lou XM, Liu X, Huang J, Yuan WP, Zhu XF, Cheng T, Zhao YL, Wang X, Rendtlew Danielsen JM, Liu F, Yang YG (February 2014). Mammalian WTAP is a regulatory subunit of the RNA N6-methyladenosine methyltransferase. Cell Research. 24 (2): 177—89. doi:10.1038/cr.2014.3. PMC 3915904. PMID 24407421.
  22. Schwartz S, Mumbach MR, Jovanovic M, Wang T, Maciag K, Bushkin GG, Mertins P, Ter-Ovanesyan D, Habib N, Cacchiarelli D, Sanjana NE, Freinkman E, Pacold ME, Satija R, Mikkelsen TS, Hacohen N, Zhang F, Carr SA, Lander ES, Regev A (July 2014). Perturbation of m6A writers reveals two distinct classes of mRNA methylation at internal and 5' sites. Cell Reports. 8 (1): 284—96. doi:10.1016/j.celrep.2014.05.048. PMC 4142486. PMID 24981863.
  23. Lafontaine, Denis L. J.; Graille, Marc; Jaffrey, Samie R.; Bohnsack, Markus T.; Bohnsack, Katherine E.; Hackert, Philipp; Ulryck, Nathalie; Zorbas, Christiane; Hawley, Ben R. (2019). The human 18S rRNA m6A methyltransferase METTL5 is stabilized by TRMT112. Nucleic Acids Research (англ.). 47 (15): 7719—7733. doi:10.1093/nar/gkz619. PMC 6735865. PMID 31328227.
  24. He C (December 2010). Grand challenge commentary: RNA epigenetics?. Nature Chemical Biology. 6 (12): 863—5. doi:10.1038/nchembio.482. PMID 21079590.
  25. Jia G, Fu Y, Zhao X, Dai Q, Zheng G, Yang Y, Yi C, Lindahl T, Pan T, Yang YG, He C (October 2011). N6-methyladenosine in nuclear RNA is a major substrate of the obesity-associated FTO. Nature Chemical Biology. 7 (12): 885—7. doi:10.1038/nchembio.687. PMC 3218240. PMID 22002720.
  26. Zheng G, Dahl JA, Niu Y, Fedorcsak P, Huang CM, Li CJ, Vågbø CB, Shi Y, Wang WL, Song SH, Lu Z, Bosmans RP, Dai Q, Hao YJ, Yang X, Zhao WM, Tong WM, Wang XJ, Bogdan F, Furu K, Fu Y, Jia G, Zhao X, Liu J, Krokan HE, Klungland A, Yang YG, He C (January 2013). ALKBH5 is a mammalian RNA demethylase that impacts RNA metabolism and mouse fertility. Molecular Cell. 49 (1): 18—29. doi:10.1016/j.molcel.2012.10.015. PMC 3646334. PMID 23177736.
  27. Wang X, Lu Z, Gomez A, Hon GC, Yue Y, Han D, Fu Y, Parisien M, Dai Q, Jia G, Ren B, Pan T, He C (January 2014). N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability. Nature. 505 (7481): 117—20. doi:10.1038/nature12730. PMC 3877715. PMID 24284625.
  28. Wang X, Zhao BS, Roundtree IA, Lu Z, Han D, Ma H, Weng X, Chen K, Shi H, He C (June 2015). N(6)-methyladenosine Modulates Messenger RNA Translation Efficiency. Cell. 161 (6): 1388—99. doi:10.1016/j.cell.2015.05.014. PMC 4825696. PMID 26046440.
  29. Xu C, Wang X, Liu K, Roundtree IA, Tempel W, Li Y, Lu Z, He C, Min J (November 2014). Structural basis for selective binding of m6A RNA by the YTHDC1 YTH domain. Nature Chemical Biology. 10 (11): 927—9. doi:10.1038/nchembio.1654. PMID 25242552.
  30. Xiao W, Adhikari S, Dahal U, Chen YS, Hao YJ, Sun BF, Sun HY, Li A, Ping XL, Lai WY, Wang X, Ma HL, Huang CM, Yang Y, Huang N, Jiang GB, Wang HL, Zhou Q, Wang XJ, Zhao YL, Yang YG (February 2016). Nuclear m(6)A Reader YTHDC1 Regulates mRNA Splicing. Molecular Cell. 61 (4): 507—519. doi:10.1016/j.molcel.2016.01.012. PMID 26876937. {{}}: Недійсний |displayauthors=6 ()
  31. Huang H, Weng H, Sun W, Qin X, Shi H, Wu H, Zhao BS, Mesquita A, Liu C, Yuan CL, Hu YC, Hüttelmaier S, Skibbe JR, Su R, Deng X, Dong L, Sun M, Li C, Nachtergaele S, Wang Y, Hu C, Ferchen K, Greis KD, Jiang X, Wei M, Qu L, Guan JL, He C, Yang J, Chen J (March 2018). 6-methyladenosine by IGF2BP proteins enhances mRNA stability and translation. Nature Cell Biology. 20 (3): 285—295. doi:10.1038/s41556-018-0045-z. PMC 5826585. PMID 29476152. {{}}: Недійсний |displayauthors=6 ()
  32. Liu N, Dai Q, Zheng G, He C, Parisien M, Pan T (February 2015). N(6)-methyladenosine-dependent RNA structural switches regulate RNA-protein interactions. Nature. 518 (7540): 560—4. doi:10.1038/nature14234. PMC 4355918. PMID 25719671.
  33. Bodi Z, Zhong S, Mehra S, Song J, Graham N, Li H, May S, Fray RG (2012). Adenosine Methylation in Arabidopsis mRNA is Associated with the 3' End and Reduced Levels Cause Developmental Defects. Frontiers in Plant Science. 3: 48. doi:10.3389/fpls.2012.00048. PMC 3355605. PMID 22639649.{{}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
  34. Sun WJ, Li JH, Liu S, Wu J, Zhou H, Qu LH, Yang JH (January 2016). RMBase: a resource for decoding the landscape of RNA modifications from high-throughput sequencing data. Nucleic Acids Research. 44 (D1): D259—65. doi:10.1093/nar/gkv1036. PMC 4702777. PMID 26464443.
  35. Ke S, Alemu EA, Mertens C, Gantman EC, Fak JJ, Mele A, Haripal B, Zucker-Scharff I, Moore MJ, Park CY, Vågbø CB, Kusśnierczyk A, Klungland A, Darnell JE, Darnell RB (October 2015). A majority of m6A residues are in the last exons, allowing the potential for 3' UTR regulation. Genes & Development. 29 (19): 2037—53. doi:10.1101/gad.269415.115. PMC 4604345. PMID 26404942.
  36. Ke S, Pandya-Jones A, Saito Y, Fak JJ, Vågbø CB, Geula S, Hanna JH, Black DL, Darnell JE, Darnell RB (May 2017). 6A mRNA modifications are deposited in nascent pre-mRNA and are not required for splicing but do specify cytoplasmic turnover. Genes & Development. 31 (10): 990—1006. doi:10.1101/gad.301036.117. PMC 5495127. PMID 28637692.
  37. Rosa-Mercado NA, Withers JB, Steitz JA (May 2017). 6A debate: methylation of mature mRNA is not dynamic but accelerates turnover. Genes & Development. 31 (10): 957—958. doi:10.1101/gad.302695.117. PMC 5495124. PMID 28637691.
  38. Fustin JM, Doi M, Yamaguchi Y, Hida H, Nishimura S, Yoshida M, Isagawa T, Morioka MS, Kakeya H, Manabe I, Okamura H (November 2013). RNA-methylation-dependent RNA processing controls the speed of the circadian clock. Cell. 155 (4): 793—806. doi:10.1016/j.cell.2013.10.026. PMID 24209618.
  39. Hastings MH (November 2013). m(6)A mRNA methylation: a new circadian pacesetter. Cell. 155 (4): 740—1. doi:10.1016/j.cell.2013.10.028. PMID 24209613.
На цю статтю не посилаються інші статті Вікіпедії.
Будь ласка розставте посилання відповідно до .

Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет

N6 metiladenozin m6A ye najrozpovsyudshenisheyu modifikaciyeyu mRNK ta DNK Vin zustrichayetsya v deyakih virusah i bilshosti eukariotiv vklyuchayuchi ssavciv komah roslin ta drizhdzhiv Vin takozh mistitsya v tRNK rRNK ta malij yadernij RNK snRNA a takozh kilkoh dovgih nekoduyuchih RNK takih yak Xist N6 metiladenozin Inshi nazvi m6A Identifikatori Nomer CAS 1867 73 8PubChem 102175ChEBI 21891SMILES CNC1 NC NC2 C1N CN2C3C C C O3 CO O O 1 InChI InChI 1S C11H15N5O4 c1 12 9 6 10 14 3 13 9 16 4 15 6 11 8 19 7 18 5 2 17 20 11 h3 5 7 8 11 17 19H 2H2 1H3 H 12 13 14 t5 7 8 11 m1 s1Nomer Belshtejna 42872 Vlastivosti Molekulyarna formula C11H15N5O4 Molyarna masa 281 27 g mol Yaksho ne zaznacheno inshe dani navedeno dlya rechovin u standartnomu stani za 25 C 100 kPa Instrukciya z vikoristannya shablonu Primitki kartki Metilyuvannya adenozinu zabezpechuyetsya velikim m6A metiltransferaznim kompleksom sho mistit METTL3 yak SAM zv yazuyuchu subodinicyu In vitro metiltransferaznij kompleks perevazhno metilyuye oligonukleotidi RNK u skladi konsensusnih sajtiv RRAHU V novitnih doslidzhennyah bulo oharakterizovano inshi klyuchovi komponenti kompleksu m6A metiltransferazi ssavciv vklyuchayuchi METTL14 Wilms tumor 1 associated protein WTAP KIAA1429 ta METTL5 Z pochatku 2010 h rokiv jshla diskusiya stosovno dinamichnosti ta zvorotnosti m6A metiluvannya v mRNK i vidkrittya v 2011 pershoyi m6A demetilazi fat mass and obesity associated protein FTO pidtverdiv cyu gipotezu i rozpalilo interes doslidzhenikiv Piznishe bulo takozh viyavleno drugu m6A demetilazu gomolog 5 alkB ALKBH5 Biologichni funkciyi m6A realizuyutsya za dopomogoyu specializovannih bilkiv sho specifichno rozpiznayut metilovanij adenozin i zv yazuyut RNK u vidpovidnih modifikovaniz sajtah Ci RNK zv yazuyuchi bilki vidpovidno nazivayut m6A riderami Simejstvo bilkiv iz gomologami domenu YT521 B YTH u svoyemu skladi YTHDF1 YTHDF2 YTHDF3 i YTHDC1 buli oharakterizovani yak bezposeredni m6A rideri iz specializovanim m6A zv yazuyuchim sajtom Insulinopodibni faktori rostu 2 mRNK zv yazuyuchi bilki 1 2 ta 3 IGF2BP1 3 rozglyadayutsya yak novij klas m6A rideriv IGF2BP vikoristovuyut K gomologichni domeni KH shob vibirkovo rozpiznati metillvani mRNK ta spriyati yih translyaciyi ta stabilnosti Ci m6A rideri razom z m6A metiltransferazami rajterami ta demetilazami erajzerami skladayut skladnij mehanizm dinamichnoyi regulyaciyi metiluvannya mRNK za dopomogoyu yakogo rajteri ta erajsheri viznachayut rozpodil m6A modifikacij na RNK todi yak chitachi oposeredkovuyut m6A zalezhni funkciyi Rol N6 metiladenozinu u riznih organizmahDrizhdzhi U drizhdzhah sho brunkuyutsya Sacharomyces cerevisiae gomolog METTL3 IME4 ekspresuyetsya v diployidnih klitinah u vidpovid na nestachu azotu ta vuglecyu i neobhidnij dlya metilyuvannya mRNK ta iniciaciyi pravilnogo mejozu ta sporulyaciyi mRNK IME1 ta IME2 klyuchovih regulyatoriv mejozu yak vidomo ye mishenyami dlya metilyuvannya yak i transkripti samogo IME4 Roslini U roslin bilsha chastina m6A sajtiv znahoditsya v mezhah 150 nukleotidiv do pochatku poly A hvosta Mutaciyi MTA gomoloa METTL3 u Arabidopsis thaliana prizvodyat do prizupinennya rozvitku embriona na globulyarnij stadiyi Znizhennya rivnya m6A metiluvannya u zrilih roslinah prizvodit do rizkoyi zmineni shvidkosti rostu ta gomeotichnih vidhilen v procesi rozvitku kvitok Ssavci Maping m6A metiluvannya u RNK lyudini ta mishi viyavilo ponad 18 000 aktivnih m6A sajtiv u transkriptah ponad 7000 lyudskih geniv z konsensusnoyu poslidovnistyu G A U G gt A m6AC U gt A C Lokalizaciya okremih m6A sajtiv u bagatoh mRNK duzhe shozha mizh lyudinoyu ta misheyu povnotranskriptomnij analiz aiyaviv sho m6A sajti pov yazani iz evolyucijno konservativnimi dilyankami mRNK m6A sajti perevazhno zustrichayutsya u dovgih vnutrishnih ekzonah i v velikih kilkostyah zustrichayutsya v mezhah 3 UTR ta navkolo stop kodoniv m6A sajti v mezhah 3 UTR takozh pov yazanij z nayavnistyu sajtiv zv yazuvannya miRNK priblizno 2 3 mRNK yaki mistyat m6A sajti v mezhah svogo 3 UTR takozh mayut shonajmenshe odin sajt zv yazuvannya miRNK Vrahovuyuchi vsi vidomi dani pro poslidovnist ta rozpodil m6A sajtiv nova baza danih pid nazvoyu RMBase viyavila 200 000 sajtiv N6 metiladenoziniv m6A u genomah lyudini ta mishi Tochna lokalizaciya m6A sajtiv za dopomogoyu m6A CLIP IP viyavila sho bilshist m6A sajtiv lokalizuyetsya v ostannomu ekzoni mRNK ta navkolo stop kodoniv yakih takozh bagato v ostannih ekzonah transkriptu Perevazhne roztashuvannya m6A sajtiv v ostannomu ekzoni gt 70 dozvolyaye pripustiti potencijnu rol metiluvannya v regulyaciyi formuvannya 3 UTR vklyuchayuchi alternativne poliadenilyuvannya Poyednannya metodiv m6A CLIP ta frakcionuvannya klitinnih komponentiv dozvolilo viyaviti sho m6A metiluvannya prisutne vzhe u rannij pre mRNK i ne graye roli v procesah splajsingu splajsingu ale zabezpechuye regulyaciyu eksportu mRNK do citoplazmi m6A metiluvannya piddayetsya dinamichnij regulyaciyi yak protyagom usogo rozvitku tak i u vidpovid na klitinni podrazniki Analiz m6A sajtiv v RNK mozku mishi viyaviv sho rivni m6A metiluvannya nizki pid chas embrionalnogo rozvitku i rizko zrostayut u zrilomu vici Krim togo sajlensing m6A metiltransferazi suttyevo vplivaye na ekspresiyu ta procesi alternativnogo splajsingu RNK komponentiv signalnogo shlyahu p53 takozh vidomij yak TP53 ta apoptoz Farmakologichne ingibuvannya m6A metilyuvannya za dopomogoyu miRNK oposeredkovanogo sajlensingu m6A metilazi Mettl3 prizvelo do podovzhennya cirkadnogo periodu Navpaki nadekspressiya Mettl3 prizvela do zkorochennya periodu Cirkadnij godinnik ssavciv regulovanij nizkoyu zvorotnih zv yazkiv v regulyaciyi transkripciyi maye period blizko 24 godin tomu nadzvichajno chutlivij do zburen na etapah procesingu RNK zaluchenih faktoriv sho zalezhit vid m6A metiluvannya Spisok literaturiN6 Methyladenosine d Track Q278487 Ji Pengfei Wang Xia Xie Nina Li Yujing 2018 N6 Methyladenosine in RNA and DNA An Epitranscriptomic and Epigenetic Player Implicated in Determination of Stem Cell Fate Stem Cells International 2018 3256524 doi 10 1155 2018 3256524 PMC 6199872 PMID 30405719 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Beemon K Keith J June 1977 Localization of N6 methyladenosine in the Rous sarcoma virus genome Journal of Molecular Biology 113 1 165 79 doi 10 1016 0022 2836 77 90047 X PMID 196091 Aloni Y Dhar R Khoury G October 1979 Methylation of nuclear simian virus 40 RNAs Journal of Virology 32 1 52 60 PMC 353526 PMID 232187 Desrosiers R Friderici K Rottman F October 1974 Identification of methylated nucleosides in messenger RNA from Novikoff hepatoma cells Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 71 10 3971 5 Bibcode 1974PNAS 71 3971D doi 10 1073 pnas 71 10 3971 PMC 434308 PMID 4372599 Adams JM Cory S May 1975 Modified nucleosides and bizarre 5 termini in mouse myeloma mRNA Nature 255 5503 28 33 Bibcode 1975Natur 255 28A doi 10 1038 255028a0 PMID 1128665 Wei CM Gershowitz A Moss B January 1976 5 Terminal and internal methylated nucleotide sequences in HeLa cell mRNA Biochemistry 15 2 397 401 doi 10 1021 bi00647a024 PMID 174715 Perry RP Kelley DE Friderici K Rottman F April 1975 The methylated constituents of L cell messenger RNA evidence for an unusual cluster at the 5 terminus Cell 4 4 387 94 doi 10 1016 0092 8674 75 90159 2 PMID 1168101 Levis R Penman S April 1978 5 terminal structures of poly A cytoplasmic messenger RNA and of poly A and poly A heterogeneous nuclear RNA of cells of the dipteran Drosophila melanogaster Journal of Molecular Biology 120 4 487 515 doi 10 1016 0022 2836 78 90350 9 PMID 418182 Nichols JL 1979 In maize poly A containing RNA Plant Science Letters 15 4 357 361 doi 10 1016 0304 4211 79 90141 X Kennedy TD Lane BG June 1979 Wheat embryo ribonucleates XIII Methyl substituted nucleoside constituents and 5 terminal dinucleotide sequences in bulk poly AR rich RNA from imbibing wheat embryos Canadian Journal of Biochemistry 57 6 927 31 doi 10 1139 o79 112 PMID 476526 Zhong S Li H Bodi Z Button J Vespa L Herzog M Fray RG May 2008 MTA is an Arabidopsis messenger RNA adenosine methylase and interacts with a homolog of a sex specific splicing factor The Plant Cell 20 5 1278 88 doi 10 1105 tpc 108 058883 PMC 2438467 PMID 18505803 Clancy MJ Shambaugh ME Timpte CS Bokar JA October 2002 Induction of sporulation in Saccharomyces cerevisiae leads to the formation of N6 methyladenosine in mRNA a potential mechanism for the activity of the IME4 gene Nucleic Acids Research 30 20 4509 18 doi 10 1093 nar gkf573 PMC 137137 PMID 12384598 Bodi Z Button JD Grierson D Fray RG September 2010 Yeast targets for mRNA methylation Nucleic Acids Research 38 16 5327 35 doi 10 1093 nar gkq266 PMC 2938207 PMID 20421205 Meyer KD Saletore Y Zumbo P Elemento O Mason CE Jaffrey SR June 2012 Comprehensive analysis of mRNA methylation reveals enrichment in 3 UTRs and near stop codons Cell 149 7 1635 46 doi 10 1016 j cell 2012 05 003 PMC 3383396 PMID 22608085 Dominissini D Moshitch Moshkovitz S Schwartz S Salmon Divon M Ungar L Osenberg S Cesarkas K Jacob Hirsch J Amariglio N Kupiec M Sorek R Rechavi G April 2012 Topology of the human and mouse m6A RNA methylomes revealed by m6A seq Nature 485 7397 201 6 doi 10 1038 nature11112 PMID 22575960 Bokar JA Shambaugh ME Polayes D Matera AG Rottman FM November 1997 Purification and cDNA cloning of the AdoMet binding subunit of the human mRNA N6 adenosine methyltransferase RNA 3 11 1233 47 PMC 1369564 PMID 9409616 Harper JE Miceli SM Roberts RJ Manley JL October 1990 Sequence specificity of the human mRNA N6 adenosine methylase in vitro Nucleic Acids Research 18 19 5735 41 doi 10 1093 nar 18 19 5735 PMC 332308 PMID 2216767 Liu J Yue Y Han D Wang X Fu Y Zhang L Jia G Yu M Lu Z Deng X Dai Q Chen W He C February 2014 A METTL3 METTL14 complex mediates mammalian nuclear RNA N6 adenosine methylation Nature Chemical Biology 10 2 93 5 doi 10 1038 nchembio 1432 PMC 3911877 PMID 24316715 Wang Y Li Y Toth JI Petroski MD Zhang Z Zhao JC February 2014 N6 methyladenosine modification destabilizes developmental regulators in embryonic stem cells Nature Cell Biology 16 2 191 8 doi 10 1038 ncb2902 PMC 4640932 PMID 24394384 Ping XL Sun BF Wang L Xiao W Yang X Wang WJ Adhikari S Shi Y Lv Y Chen YS Zhao X Li A Yang Y Dahal U Lou XM Liu X Huang J Yuan WP Zhu XF Cheng T Zhao YL Wang X Rendtlew Danielsen JM Liu F Yang YG February 2014 Mammalian WTAP is a regulatory subunit of the RNA N6 methyladenosine methyltransferase Cell Research 24 2 177 89 doi 10 1038 cr 2014 3 PMC 3915904 PMID 24407421 Schwartz S Mumbach MR Jovanovic M Wang T Maciag K Bushkin GG Mertins P Ter Ovanesyan D Habib N Cacchiarelli D Sanjana NE Freinkman E Pacold ME Satija R Mikkelsen TS Hacohen N Zhang F Carr SA Lander ES Regev A July 2014 Perturbation of m6A writers reveals two distinct classes of mRNA methylation at internal and 5 sites Cell Reports 8 1 284 96 doi 10 1016 j celrep 2014 05 048 PMC 4142486 PMID 24981863 Lafontaine Denis L J Graille Marc Jaffrey Samie R Bohnsack Markus T Bohnsack Katherine E Hackert Philipp Ulryck Nathalie Zorbas Christiane Hawley Ben R 2019 The human 18S rRNA m6A methyltransferase METTL5 is stabilized by TRMT112 Nucleic Acids Research angl 47 15 7719 7733 doi 10 1093 nar gkz619 PMC 6735865 PMID 31328227 He C December 2010 Grand challenge commentary RNA epigenetics Nature Chemical Biology 6 12 863 5 doi 10 1038 nchembio 482 PMID 21079590 Jia G Fu Y Zhao X Dai Q Zheng G Yang Y Yi C Lindahl T Pan T Yang YG He C October 2011 N6 methyladenosine in nuclear RNA is a major substrate of the obesity associated FTO Nature Chemical Biology 7 12 885 7 doi 10 1038 nchembio 687 PMC 3218240 PMID 22002720 Zheng G Dahl JA Niu Y Fedorcsak P Huang CM Li CJ Vagbo CB Shi Y Wang WL Song SH Lu Z Bosmans RP Dai Q Hao YJ Yang X Zhao WM Tong WM Wang XJ Bogdan F Furu K Fu Y Jia G Zhao X Liu J Krokan HE Klungland A Yang YG He C January 2013 ALKBH5 is a mammalian RNA demethylase that impacts RNA metabolism and mouse fertility Molecular Cell 49 1 18 29 doi 10 1016 j molcel 2012 10 015 PMC 3646334 PMID 23177736 Wang X Lu Z Gomez A Hon GC Yue Y Han D Fu Y Parisien M Dai Q Jia G Ren B Pan T He C January 2014 N6 methyladenosine dependent regulation of messenger RNA stability Nature 505 7481 117 20 doi 10 1038 nature12730 PMC 3877715 PMID 24284625 Wang X Zhao BS Roundtree IA Lu Z Han D Ma H Weng X Chen K Shi H He C June 2015 N 6 methyladenosine Modulates Messenger RNA Translation Efficiency Cell 161 6 1388 99 doi 10 1016 j cell 2015 05 014 PMC 4825696 PMID 26046440 Xu C Wang X Liu K Roundtree IA Tempel W Li Y Lu Z He C Min J November 2014 Structural basis for selective binding of m6A RNA by the YTHDC1 YTH domain Nature Chemical Biology 10 11 927 9 doi 10 1038 nchembio 1654 PMID 25242552 Xiao W Adhikari S Dahal U Chen YS Hao YJ Sun BF Sun HY Li A Ping XL Lai WY Wang X Ma HL Huang CM Yang Y Huang N Jiang GB Wang HL Zhou Q Wang XJ Zhao YL Yang YG February 2016 Nuclear m 6 A Reader YTHDC1 Regulates mRNA Splicing Molecular Cell 61 4 507 519 doi 10 1016 j molcel 2016 01 012 PMID 26876937 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Nedijsnij displayauthors 6 dovidka Huang H Weng H Sun W Qin X Shi H Wu H Zhao BS Mesquita A Liu C Yuan CL Hu YC Huttelmaier S Skibbe JR Su R Deng X Dong L Sun M Li C Nachtergaele S Wang Y Hu C Ferchen K Greis KD Jiang X Wei M Qu L Guan JL He C Yang J Chen J March 2018 6 methyladenosine by IGF2BP proteins enhances mRNA stability and translation Nature Cell Biology 20 3 285 295 doi 10 1038 s41556 018 0045 z PMC 5826585 PMID 29476152 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Nedijsnij displayauthors 6 dovidka Liu N Dai Q Zheng G He C Parisien M Pan T February 2015 N 6 methyladenosine dependent RNA structural switches regulate RNA protein interactions Nature 518 7540 560 4 doi 10 1038 nature14234 PMC 4355918 PMID 25719671 Bodi Z Zhong S Mehra S Song J Graham N Li H May S Fray RG 2012 Adenosine Methylation in Arabidopsis mRNA is Associated with the 3 End and Reduced Levels Cause Developmental Defects Frontiers in Plant Science 3 48 doi 10 3389 fpls 2012 00048 PMC 3355605 PMID 22639649 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Sun WJ Li JH Liu S Wu J Zhou H Qu LH Yang JH January 2016 RMBase a resource for decoding the landscape of RNA modifications from high throughput sequencing data Nucleic Acids Research 44 D1 D259 65 doi 10 1093 nar gkv1036 PMC 4702777 PMID 26464443 Ke S Alemu EA Mertens C Gantman EC Fak JJ Mele A Haripal B Zucker Scharff I Moore MJ Park CY Vagbo CB Kussnierczyk A Klungland A Darnell JE Darnell RB October 2015 A majority of m6A residues are in the last exons allowing the potential for 3 UTR regulation Genes amp Development 29 19 2037 53 doi 10 1101 gad 269415 115 PMC 4604345 PMID 26404942 Ke S Pandya Jones A Saito Y Fak JJ Vagbo CB Geula S Hanna JH Black DL Darnell JE Darnell RB May 2017 6A mRNA modifications are deposited in nascent pre mRNA and are not required for splicing but do specify cytoplasmic turnover Genes amp Development 31 10 990 1006 doi 10 1101 gad 301036 117 PMC 5495127 PMID 28637692 Rosa Mercado NA Withers JB Steitz JA May 2017 6A debate methylation of mature mRNA is not dynamic but accelerates turnover Genes amp Development 31 10 957 958 doi 10 1101 gad 302695 117 PMC 5495124 PMID 28637691 Fustin JM Doi M Yamaguchi Y Hida H Nishimura S Yoshida M Isagawa T Morioka MS Kakeya H Manabe I Okamura H November 2013 RNA methylation dependent RNA processing controls the speed of the circadian clock Cell 155 4 793 806 doi 10 1016 j cell 2013 10 026 PMID 24209618 Hastings MH November 2013 m 6 A mRNA methylation a new circadian pacesetter Cell 155 4 740 1 doi 10 1016 j cell 2013 10 028 PMID 24209613 Na cyu stattyu ne posilayutsya inshi statti Vikipediyi Bud laska rozstavte posilannya vidpovidno do prijnyatih rekomendacij

Дата публікації:
Топ