Слизька́ послідо́вність (англ. slippery sequence) — це невелика частина кодонної нуклеотидної послідовності (зазвичай УУУАААС), яка контролює швидкість і шанс рибосомального зсуву рамки зчитування. Слизька послідовність спричиняє швидше рибосомальне пересування, що, у свою чергу, може спричинити «ковзання» зчитування рибосоми. Це дозволяє тРНК зсуватися на 1 основу (-1) після того, як вона спарується зі своїм антикодоном, змінюючи рамку зчитування. −1 зсув рамки зчитування, запущений такою послідовністю, є запрограмованим рибосомальним зсувом рамки зчитування. За ним йде спейсерна область та вторинна структура РНК. Такі послідовності поширені у вірусних .
Зсув рамки зчитування відбувається через зміщене (воблівське) спаровування основ. Знижена вільна енергія Гіббза вторинних структур вказує на те, як часто відбувається зсув рамки зчитування. Напруження на молекулі мРНК також відіграє певну роль. Список слизьких послідовностей, виявлених у вірусів тварин, наведено у публікації Хуан та ін.
Слизькі послідовності, які спричиняють 2-основне «ковзання» (−2 зсув рамки зчитування), були побудовані з УУУУУУА-послідовності ВІЛ.
Див. також
Посилання
- Jacks T, Madhani HD, Masiarz FR, Varmus HE (November 1988). Signals for ribosomal frameshifting in the Rous sarcoma virus gag-pol region. Cell. 55 (3): 447—58. doi:10.1016/0092-8674(88)90031-1. PMID 2846182.
- Green L, Kim CH, Bustamante C, Tinoco I (January 2008). Characterization of the mechanical unfolding of RNA pseudoknots. Journal of Molecular Biology. 375 (2): 511—28. doi:10.1016/j.jmb.2007.05.058. PMID 18021801.
- Yu CH, Noteborn MH, Olsthoorn RC (December 2010). Stimulation of ribosomal frameshifting by antisense LNA. Nucleic Acids Research. 38 (22): 8277—83. doi:10.1093/nar/gkq650. PMC 3001050. PMID 20693527.
- . Department of Pathology, University of Cambridge. Архів оригіналу за 2 жовтня 2013. Процитовано 28 липня 2013.
{{}}
: Cite має пустий невідомий параметр:|df=
() - Molecular Biology: Frameshifting occurs at slippery sequences. Molecularstudy.blogspot.com. 16 жовтня 2012. Процитовано 28 липня 2013.
- Farabaugh PJ, Björk GR (March 1999). How translational accuracy influences reading frame maintenance. The EMBO Journal. 18 (6): 1427—34. doi:10.1093/emboj/18.6.1427. PMC 1171232. PMID 10075915.
- Cao S, Chen SJ (March 2008). Predicting ribosomal frameshifting efficiency. Physical Biology. 5 (1): 016002. Bibcode:2008PhBio...5a6002C. doi:10.1088/1478-3975/5/1/016002. PMC 2442619. PMID 18367782.
- Lin Z, Gilbert RJ, Brierley I (September 2012). Spacer-length dependence of programmed -1 or -2 ribosomal frameshifting on a U6A heptamer supports a role for messenger RNA (mRNA) tension in frameshifting. Nucleic Acids Research. 40 (17): 8674—89. doi:10.1093/nar/gks629. PMC 3458567. PMID 22743270.
- Huang X, Cheng Q, Du Z (2013). A genome-wide analysis of RNA pseudoknots that stimulate efficient -1 ribosomal frameshifting or readthrough in animal viruses. BioMed Research International. 2013: 984028. doi:10.1155/2013/984028. PMC 3835772. PMID 24298557.
{{}}
: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом ()
Це незавершена стаття з молекулярної біології. Ви можете проєкту, виправивши або дописавши її. |
Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет
Slizka poslido vnist angl slippery sequence ce nevelika chastina kodonnoyi nukleotidnoyi poslidovnosti zazvichaj UUUAAAS yaka kontrolyuye shvidkist i shans ribosomalnogo zsuvu ramki zchituvannya Slizka poslidovnist sprichinyaye shvidshe ribosomalne peresuvannya sho u svoyu chergu mozhe sprichiniti kovzannya zchituvannya ribosomi Ce dozvolyaye tRNK zsuvatisya na 1 osnovu 1 pislya togo yak vona sparuyetsya zi svoyim antikodonom zminyuyuchi ramku zchituvannya 1 zsuv ramki zchituvannya zapushenij takoyu poslidovnistyu ye zaprogramovanim ribosomalnim zsuvom ramki zchituvannya Za nim jde spejserna oblast ta vtorinna struktura RNK Taki poslidovnosti poshireni u virusnih Tandemne kovzannya 2 tRNK na slizkij poslidovnosti virusu sarkomi Rausa Pislya zsuvu ramki zchituvannya nove sparovuvannya osnov ye pravilnim dlya pershogo ta drugogo nukleotidiv ale nepravilnim v zmishenomu voblivskomu polozheni E P i A sajt ribosomi pokazani Roztashuvannya narostalnogo polipeptidnogo lancyuga ne vkazano na zobrazhenni tomu sho poki nemaye yedinoyi dumki shodo togo chi 1 kovzannya vidbuvayetsya do chi pislya togo yak polipeptid perenositsya z tRNK R sajtu do tRNK A sajtu v comu vipadku z asparagil tRNK do lejcil tRNK Zsuv ramki zchituvannya vidbuvayetsya cherez zmishene voblivske sparovuvannya osnov Znizhena vilna energiya Gibbza vtorinnih struktur vkazuye na te yak chasto vidbuvayetsya zsuv ramki zchituvannya Napruzhennya na molekuli mRNK takozh vidigraye pevnu rol Spisok slizkih poslidovnostej viyavlenih u virusiv tvarin navedeno u publikaciyi Huan ta in Slizki poslidovnosti yaki sprichinyayut 2 osnovne kovzannya 2 zsuv ramki zchituvannya buli pobudovani z UUUUUUA poslidovnosti VIL Div takozhVidkrita ramka zchituvannya Ribosomalnij zsuv ramki zchituvannya TranspozonPosilannyaJacks T Madhani HD Masiarz FR Varmus HE November 1988 Signals for ribosomal frameshifting in the Rous sarcoma virus gag pol region Cell 55 3 447 58 doi 10 1016 0092 8674 88 90031 1 PMID 2846182 Green L Kim CH Bustamante C Tinoco I January 2008 Characterization of the mechanical unfolding of RNA pseudoknots Journal of Molecular Biology 375 2 511 28 doi 10 1016 j jmb 2007 05 058 PMID 18021801 Yu CH Noteborn MH Olsthoorn RC December 2010 Stimulation of ribosomal frameshifting by antisense LNA Nucleic Acids Research 38 22 8277 83 doi 10 1093 nar gkq650 PMC 3001050 PMID 20693527 Department of Pathology University of Cambridge Arhiv originalu za 2 zhovtnya 2013 Procitovano 28 lipnya 2013 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite web title Shablon Cite web cite web a Cite maye pustij nevidomij parametr df dovidka Molecular Biology Frameshifting occurs at slippery sequences Molecularstudy blogspot com 16 zhovtnya 2012 Procitovano 28 lipnya 2013 Farabaugh PJ Bjork GR March 1999 How translational accuracy influences reading frame maintenance The EMBO Journal 18 6 1427 34 doi 10 1093 emboj 18 6 1427 PMC 1171232 PMID 10075915 Cao S Chen SJ March 2008 Predicting ribosomal frameshifting efficiency Physical Biology 5 1 016002 Bibcode 2008PhBio 5a6002C doi 10 1088 1478 3975 5 1 016002 PMC 2442619 PMID 18367782 Lin Z Gilbert RJ Brierley I September 2012 Spacer length dependence of programmed 1 or 2 ribosomal frameshifting on a U6A heptamer supports a role for messenger RNA mRNA tension in frameshifting Nucleic Acids Research 40 17 8674 89 doi 10 1093 nar gks629 PMC 3458567 PMID 22743270 Huang X Cheng Q Du Z 2013 A genome wide analysis of RNA pseudoknots that stimulate efficient 1 ribosomal frameshifting or readthrough in animal viruses BioMed Research International 2013 984028 doi 10 1155 2013 984028 PMC 3835772 PMID 24298557 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Ce nezavershena stattya z molekulyarnoyi biologiyi Vi mozhete dopomogti proyektu vipravivshi abo dopisavshi yiyi