Thaumarchaeota | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Біологічна класифікація | ||||||||
| ||||||||
Класи | ||||||||
| ||||||||
Посилання | ||||||||
|
Thaumarchaeota — тип архей з царства . Включає 3 підтверджених види та близько 20 кандидатів (Candidatus). Представники типу є хемолітотрофами, що окислюють аміак.
Історія
Тип був виділений в 2008 році на основі філогенетичних даних, таких як послідовності генів рРНК цих організмів, а також утворення ними топоізомерази I типу, який раніше вважався унікальним для еукаріот. Ці положення були підтверджені додатковими аналізами, результати яких були опубліковані в 2010 році. У них перевірялися геноми архей Nitrosopumilus maritimus і . За результатами цих досліджень було встановлено, що ці два види відрізняються від , який став першим описаним видом Thaumarchaeota.
Філогенія
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Класифікація
Клас
- «Candidatus
- «Candidatus »
- «Candidatus
- «Candidatus
- «Candidatus
- «Candidatus
- «Candidatus
- «Candidatus
- «Candidatus
- ряд
- родина
- ♠
♠
»
- родина
- ряд
- родина
- «Candidatus
- «Candidatus » Hatzenpichler et al. 2008
- родина
- «Candidatus
- «Candidatus
- «Candidatus
- «Candidatus
- «Candidatus
» - «Candidatus
- «Candidatus
- «Candidatus
- «Candidatus
- «Candidatus
- «Candidatus
- «Candidatus Nitrosopumilus maritimus»
- «Candidatus
- «Candidatus
»
» - «Candidatus
» - «Candidatus
Примітки
- Stieglmeier M, Klingl A, Alves RJ, Rittmann SK, Melcher M, Leisch N, Schleper C (August 2014). Nitrososphaera viennensis gen. nov., sp. nov., an aerobic and mesophilic, ammonia-oxidizing archaeon from soil and a member of the archaeal phylum Thaumarchaeota. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 64 (Pt 8): 2738—52. doi:10.1099/ijs.0.063172-0. PMC 4129164. PMID 24907263.
{{}}
: Недійсний|display-authors=6
() - Nunoura T, Takaki Y, Kakuta J, Nishi S, Sugahara J, Kazama H, Chee GJ, Hattori M, Kanai A, Atomi H, Takai K, Takami H (April 2011). Insights into the evolution of Archaea and eukaryotic protein modifier systems revealed by the genome of a novel archaeal group. Nucleic Acids Research. 39 (8): 3204—23. doi:10.1093/nar/gkq1228. PMC 3082918. PMID 21169198.
{{}}
: Недійсний|display-authors=6
() - Muller F, Brissac T, Le Bris N, Felbeck H, Gros O (August 2010). First description of giant Archaea (Thaumarchaeota) associated with putative bacterial ectosymbionts in a sulfidic marine habitat. Environmental Microbiology. 12 (8): 2371—83. doi:10.1111/j.1462-2920.2010.02309.x. PMID 21966926.
- Santoro AE, Dupont CL, Richter RA, Craig MT, Carini P, McIlvin MR, Yang Y, Orsi WD, Moran DM, Saito MA (January 2015). Genomic and proteomic characterization of "Candidatus Nitrosopelagicus brevis": an ammonia-oxidizing archaeon from the open ocean. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112 (4): 1173—8. Bibcode:2015PNAS..112.1173S. doi:10.1073/pnas.1416223112. PMC 4313803. PMID 25587132.
{{}}
: Недійсний|display-authors=6
() - Lehtovirta-Morley LE, Stoecker K, Vilcinskas A, Prosser JI, Nicol GW (September 2011). Cultivation of an obligate acidophilic ammonia oxidizer from a nitrifying acid soil. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 (38): 15892—7. Bibcode:2011PNAS..10815892L. doi:10.1073/pnas.1107196108. PMC 3179093. PMID 21896746.
- Cavalier-Smith T (January 2002). The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 52 (Pt 1): 7—76. doi:10.1099/00207713-52-1-7. PMID 11837318.
- Preston CM, Wu KY, Molinski TF, DeLong EF (June 1996). A psychrophilic crenarchaeon inhabits a marine sponge: Cenarchaeum symbiosum gen. nov., sp. nov. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 93 (13): 6241—6. Bibcode:1996PNAS...93.6241P. doi:10.1073/pnas.93.13.6241. PMC 39006. PMID 8692799.
- Zhalnina KV, Dias R, Leonard MT, Dorr de Quadros P, Camargo FA, Drew JC, Farmerie WG, Daroub SH, Triplett EW (7 July 2014). Genome sequence of Candidatus Nitrososphaera evergladensis from group I.1b enriched from Everglades soil reveals novel genomic features of the ammonia-oxidizing archaea. PLOS ONE. 9 (7): e101648. Bibcode:2014PLoSO...9j1648Z. doi:10.1371/journal.pone.0101648. PMC 4084955. PMID 24999826.
{{}}
: Недійсний|display-authors=6
()Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом () - Könneke M, Bernhard AE, de la Torre JR, Walker CB, Waterbury JB, Stahl DA (September 2005). Isolation of an autotrophic ammonia-oxidizing marine archaeon. Nature. 437 (7058): 543—6. Bibcode:2005Natur.437..543K. doi:10.1038/nature03911. PMID 16177789.
- Blainey PC, Mosier AC, Potanina A, Francis CA, Quake SR (February 2011). Genome of a low-salinity ammonia-oxidizing archaeon determined by single-cell and metagenomic analysis. PLOS ONE. 6 (2): e16626. Bibcode:2011PLoSO...616626B. doi:10.1371/journal.pone.0016626. PMC 3043068. PMID 21364937.
{{}}
: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом () - Kim BK, Jung MY, Yu DS, Park SJ, Oh TK, Rhee SK, Kim JF (October 2011). Genome sequence of an ammonia-oxidizing soil archaeon, "Candidatus Nitrosoarchaeum koreensis" MY1. Journal of Bacteriology. 193 (19): 5539—40. doi:10.1128/JB.05717-11. PMC 3187385. PMID 21914867.
- Lebedeva EV, Hatzenpichler R, Pelletier E, Schuster N, Hauzmayer S, Bulaev A, Grigor'eva NV, Galushko A, Schmid M, Palatinszky M, Le Paslier D, Daims H, Wagner M (2013). Enrichment and genome sequence of the group I.1a ammonia-oxidizing Archaeon "Ca. Nitrosotenuis uzonensis" representing a clade globally distributed in thermal habitats. PLOS ONE. 8 (11): e80835. Bibcode:2013PLoSO...880835L. doi:10.1371/journal.pone.0080835. PMC 3835317. PMID 24278328.
{{}}
: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом () - Li Y, Ding K, Wen X, Zhang B, Shen B, Yang Y (March 2016). A novel ammonia-oxidizing archaeon from wastewater treatment plant: Its enrichment, physiological and genomic characteristics. Scientific Reports. 6: 23747. Bibcode:2016NatSR...623747L. doi:10.1038/srep23747. PMC 4814877. PMID 27030530.
- Park SJ, Kim JG, Jung MY, Kim SJ, Cha IT, Kwon K, Lee JH, Rhee SK (December 2012). Draft genome sequence of an ammonia-oxidizing archaeon, "Candidatus Nitrosopumilus koreensis" AR1, from marine sediment. Journal of Bacteriology. 194 (24): 6940—1. doi:10.1128/JB.01857-12. PMC 3510587. PMID 23209206.
- Mosier AC, Allen EE, Kim M, Ferriera S, Francis CA (April 2012). Genome sequence of "Candidatus Nitrosopumilus salaria" BD31, an ammonia-oxidizing archaeon from the San Francisco Bay estuary. Journal of Bacteriology. 194 (8): 2121—2. doi:10.1128/JB.00013-12. PMC 3318490. PMID 22461555.
- Bayer B, Vojvoda J, Offre P, Alves RJ, Elisabeth NH, Garcia JA, Volland JM, Srivastava A, Schleper C, Herndl GJ (May 2016). Physiological and genomic characterization of two novel marine thaumarchaeal strains indicates niche differentiation. The ISME Journal. 10 (5): 1051—63. doi:10.1038/ismej.2015.200. PMC 4839502. PMID 26528837.
Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри, мобільний, телефон, android, ios, apple, мобільний телефон, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, ПК, web, Інтернет
Thaumarchaeota Biologichna klasifikaciya Domen Arheyi Archaea Carstvo inshi movi Nadtip Tip Thaumarchaeota Brochier Armanet Boussau Gribaldo amp Forterre 2008 Klasi inshi movi Posilannya Vikividi Thaumarchaeota EOL 10594366 ITIS 951425 Thaumarchaeota tip arhej z carstva inshi movi Vklyuchaye 3 pidtverdzhenih vidi ta blizko 20 kandidativ Candidatus Predstavniki tipu ye hemolitotrofami sho okislyuyut amiak IstoriyaTip buv vidilenij v 2008 roci na osnovi filogenetichnih danih takih yak poslidovnosti geniv rRNK cih organizmiv a takozh utvorennya nimi topoizomerazi I tipu yakij ranishe vvazhavsya unikalnim dlya eukariot Ci polozhennya buli pidtverdzheni dodatkovimi analizami rezultati yakih buli opublikovani v 2010 roci U nih pereviryalisya genomi arhej Nitrosopumilus maritimus i inshi movi Za rezultatami cih doslidzhen bulo vstanovleno sho ci dva vidi vidriznyayutsya vid inshi movi yakij stav pershim opisanim vidom Thaumarchaeota Filogeniya inshi movi Korarchaeota Crenarchaeota Aigarchaeota inshi movi Thaumarchaeota inshi movi Eukaryomorpha Odinarchaeota Thorarchaeota Lokiarchaeota Helarchaeota Heimdallarchaeota a Proteobacteria Eukaryota KlasifikaciyaKlas inshi movi Candidatus Candidatus inshi movi Candidatus Candidatus Candidatus Candidatus Candidatus Candidatus Candidatus ryad inshi movi rodina inshi movi inshi movi inshi movi ryad inshi movi rodina inshi movi inshi movi Candidatus Candidatus inshi movi Hatzenpichler et al 2008 inshi movi Candidatus inshi movi Candidatus inshi movi Candidatus inshi movi Candidatus Candidatus Candidatus Candidatus Candidatus Candidatus inshi movi Candidatus Candidatus Candidatus Nitrosopumilus maritimus Candidatus CandidatusPrimitkiStieglmeier M Klingl A Alves RJ Rittmann SK Melcher M Leisch N Schleper C August 2014 Nitrososphaera viennensis gen nov sp nov an aerobic and mesophilic ammonia oxidizing archaeon from soil and a member of the archaeal phylum Thaumarchaeota International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 64 Pt 8 2738 52 doi 10 1099 ijs 0 063172 0 PMC 4129164 PMID 24907263 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Nedijsnij display authors 6 dovidka Nunoura T Takaki Y Kakuta J Nishi S Sugahara J Kazama H Chee GJ Hattori M Kanai A Atomi H Takai K Takami H April 2011 Insights into the evolution of Archaea and eukaryotic protein modifier systems revealed by the genome of a novel archaeal group Nucleic Acids Research 39 8 3204 23 doi 10 1093 nar gkq1228 PMC 3082918 PMID 21169198 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Nedijsnij display authors 6 dovidka Muller F Brissac T Le Bris N Felbeck H Gros O August 2010 First description of giant Archaea Thaumarchaeota associated with putative bacterial ectosymbionts in a sulfidic marine habitat Environmental Microbiology 12 8 2371 83 doi 10 1111 j 1462 2920 2010 02309 x PMID 21966926 Santoro AE Dupont CL Richter RA Craig MT Carini P McIlvin MR Yang Y Orsi WD Moran DM Saito MA January 2015 Genomic and proteomic characterization of Candidatus Nitrosopelagicus brevis an ammonia oxidizing archaeon from the open ocean Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 112 4 1173 8 Bibcode 2015PNAS 112 1173S doi 10 1073 pnas 1416223112 PMC 4313803 PMID 25587132 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Nedijsnij display authors 6 dovidka Lehtovirta Morley LE Stoecker K Vilcinskas A Prosser JI Nicol GW September 2011 Cultivation of an obligate acidophilic ammonia oxidizer from a nitrifying acid soil Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 108 38 15892 7 Bibcode 2011PNAS 10815892L doi 10 1073 pnas 1107196108 PMC 3179093 PMID 21896746 Cavalier Smith T January 2002 The neomuran origin of archaebacteria the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 52 Pt 1 7 76 doi 10 1099 00207713 52 1 7 PMID 11837318 Preston CM Wu KY Molinski TF DeLong EF June 1996 A psychrophilic crenarchaeon inhabits a marine sponge Cenarchaeum symbiosum gen nov sp nov Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 93 13 6241 6 Bibcode 1996PNAS 93 6241P doi 10 1073 pnas 93 13 6241 PMC 39006 PMID 8692799 Zhalnina KV Dias R Leonard MT Dorr de Quadros P Camargo FA Drew JC Farmerie WG Daroub SH Triplett EW 7 July 2014 Genome sequence of Candidatus Nitrososphaera evergladensis from group I 1b enriched from Everglades soil reveals novel genomic features of the ammonia oxidizing archaea PLOS ONE 9 7 e101648 Bibcode 2014PLoSO 9j1648Z doi 10 1371 journal pone 0101648 PMC 4084955 PMID 24999826 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Nedijsnij display authors 6 dovidka Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Konneke M Bernhard AE de la Torre JR Walker CB Waterbury JB Stahl DA September 2005 Isolation of an autotrophic ammonia oxidizing marine archaeon Nature 437 7058 543 6 Bibcode 2005Natur 437 543K doi 10 1038 nature03911 PMID 16177789 Blainey PC Mosier AC Potanina A Francis CA Quake SR February 2011 Genome of a low salinity ammonia oxidizing archaeon determined by single cell and metagenomic analysis PLOS ONE 6 2 e16626 Bibcode 2011PLoSO 616626B doi 10 1371 journal pone 0016626 PMC 3043068 PMID 21364937 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Kim BK Jung MY Yu DS Park SJ Oh TK Rhee SK Kim JF October 2011 Genome sequence of an ammonia oxidizing soil archaeon Candidatus Nitrosoarchaeum koreensis MY1 Journal of Bacteriology 193 19 5539 40 doi 10 1128 JB 05717 11 PMC 3187385 PMID 21914867 Lebedeva EV Hatzenpichler R Pelletier E Schuster N Hauzmayer S Bulaev A Grigor eva NV Galushko A Schmid M Palatinszky M Le Paslier D Daims H Wagner M 2013 Enrichment and genome sequence of the group I 1a ammonia oxidizing Archaeon Ca Nitrosotenuis uzonensis representing a clade globally distributed in thermal habitats PLOS ONE 8 11 e80835 Bibcode 2013PLoSO 880835L doi 10 1371 journal pone 0080835 PMC 3835317 PMID 24278328 a href wiki D0 A8 D0 B0 D0 B1 D0 BB D0 BE D0 BD Cite journal title Shablon Cite journal cite journal a Obslugovuvannya CS1 Storinki iz nepoznachenim DOI z bezkoshtovnim dostupom posilannya Li Y Ding K Wen X Zhang B Shen B Yang Y March 2016 A novel ammonia oxidizing archaeon from wastewater treatment plant Its enrichment physiological and genomic characteristics Scientific Reports 6 23747 Bibcode 2016NatSR 623747L doi 10 1038 srep23747 PMC 4814877 PMID 27030530 Park SJ Kim JG Jung MY Kim SJ Cha IT Kwon K Lee JH Rhee SK December 2012 Draft genome sequence of an ammonia oxidizing archaeon Candidatus Nitrosopumilus koreensis AR1 from marine sediment Journal of Bacteriology 194 24 6940 1 doi 10 1128 JB 01857 12 PMC 3510587 PMID 23209206 Mosier AC Allen EE Kim M Ferriera S Francis CA April 2012 Genome sequence of Candidatus Nitrosopumilus salaria BD31 an ammonia oxidizing archaeon from the San Francisco Bay estuary Journal of Bacteriology 194 8 2121 2 doi 10 1128 JB 00013 12 PMC 3318490 PMID 22461555 Bayer B Vojvoda J Offre P Alves RJ Elisabeth NH Garcia JA Volland JM Srivastava A Schleper C Herndl GJ May 2016 Physiological and genomic characterization of two novel marine thaumarchaeal strains indicates niche differentiation The ISME Journal 10 5 1051 63 doi 10 1038 ismej 2015 200 PMC 4839502 PMID 26528837